genome.fa.s7709.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109924_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  657132

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1603--1638	2	18.5	2	94	5	65	50	0	50	0	1.00
18064--18091	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
18487--18579	21	4.6	20	75	4	87	38	17	24	19	1.92
18484--18579	41	2.3	41	96	0	174	39	16	23	19	1.92
18487--18579	20	4.6	20	75	4	87	38	17	24	19	1.92
18568--18661	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
18565--18642	41	1.9	41	86	0	111	39	21	16	21	1.92
19219--19263	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
19259--19410	19	8.1	19	81	11	170	13	21	19	45	1.84
19259--19348	39	2.3	38	92	1	144	13	20	21	45	1.84
19321--19385	34	1.9	34	90	3	105	10	23	23	43	1.85
19353--19410	20	2.9	19	82	7	62	13	22	18	44	1.85
21410--21532	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
21466--21532	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
22889--22924	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
23069--23186	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
23073--23166	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
26894--26930	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
28058--28094	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
26782--28929	586	3.7	588	97	2	4074	37	19	11	31	1.88
28644--28680	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
29277--29334	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29262--29350	32	2.7	33	94	3	162	11	19	23	46	1.82
29335--29389	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
29862--29906	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
31221--31258	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
31521--31564	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
31752--31845	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
31732--31846	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
31774--31908	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
31835--31927	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
31835--31930	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
33295--33322	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
34294--34334	19	2.1	20	90	4	66	65	0	0	34	0.93
36700--36768	33	2.1	33	91	5	113	52	14	7	26	1.67
50101--50151	27	1.9	26	81	18	61	19	7	3	68	1.30
52481--52536	22	2.5	23	77	19	64	53	5	5	35	1.47
56881--56923	23	1.9	22	85	4	59	32	13	2	51	1.54
60198--60222	12	2.1	12	100	0	50	20	8	32	40	1.81
63041--63105	29	2.3	28	84	5	78	53	6	7	32	1.54
63057--63114	29	2.0	29	100	0	116	48	10	10	31	1.71
63733--63760	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
63870--63898	5	5.8	5	100	0	58	62	0	37	0	0.96
70528--70565	11	3.6	11	82	10	53	44	0	7	47	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74354--74712	43	8.3	42	73	13	241	50	5	18	25	1.69
74372--74712	128	2.6	129	78	11	349	49	5	19	25	1.70
83336--83360	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
84030--84075	18	2.6	18	89	0	65	23	8	54	13	1.66
84423--84460	11	3.6	11	82	10	53	44	0	7	47	1.32
88229--88585	43	8.3	44	74	14	209	50	5	18	25	1.67
88247--88585	128	2.6	126	78	10	330	49	5	19	25	1.69
92955--93003	21	2.3	21	82	3	53	22	14	18	44	1.85
94543--94586	22	2.0	22	82	8	54	22	22	25	29	1.99
100130--100194	29	2.2	30	81	10	80	46	3	3	47	1.33
100382--100438	16	3.6	16	70	13	55	70	0	1	28	0.98
100400--100441	22	2.0	22	90	4	68	76	0	0	23	0.79
100811--100846	18	2.0	19	89	10	58	63	0	2	33	1.08
122104--122181	22	3.5	22	87	0	111	29	21	20	28	1.98
122806--122858	26	2.0	26	92	0	88	66	5	9	18	1.41
123352--123397	23	2.0	23	83	8	58	60	2	0	36	1.09
127955--128313	179	2.0	180	99	0	711	40	20	10	28	1.85
134050--134159	21	5.2	21	93	0	175	24	19	23	32	1.97
134169--134246	21	3.8	20	77	14	79	24	21	23	30	1.99
134166--134259	21	4.5	21	73	7	75	29	20	21	28	1.98
143462--143500	21	1.9	21	89	5	62	17	2	5	74	1.12
146390--146544	59	2.6	59	76	14	165	32	20	4	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147198--147256	27	2.2	27	96	0	109	47	3	5	44	1.42
147467--147501	14	2.5	14	85	0	52	71	5	0	22	1.07
157024--157072	21	2.3	21	85	0	71	26	40	24	8	1.83
158955--159072	54	2.2	54	89	0	182	33	18	12	35	1.89
160918--160942	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
161367--161412	18	2.6	18	100	0	92	41	15	39	4	1.67
164585--164652	13	5.3	13	76	18	54	61	2	1	33	1.20
164954--165020	31	2.2	31	88	0	98	19	29	11	38	1.88
165055--165114	29	2.1	29	81	6	68	33	8	26	31	1.86
166080--166173	34	2.7	36	85	3	129	41	26	1	30	1.63
166969--167048	35	2.3	35	91	4	126	30	0	26	43	1.55
183781--183832	27	1.9	27	84	7	70	36	3	1	57	1.28
188902--188935	14	2.5	13	85	4	50	41	5	0	52	1.25
189038--189087	24	2.1	23	82	17	59	54	0	0	46	1.00
189560--189602	12	3.6	12	83	0	50	39	6	9	44	1.64
189703--189860	12	13.4	12	78	14	70	46	5	1	46	1.34
189722--190016	2	152.0	2	70	19	164	44	6	3	46	1.43
189687--189771	43	2.0	43	81	9	102	43	12	2	41	1.56
190909--190953	21	2.1	21	95	0	81	31	17	26	24	1.97
195119--195163	12	4.0	12	77	16	51	53	0	33	13	1.40
195116--195162	15	3.1	15	93	0	76	51	0	34	14	1.43
195113--195163	18	2.8	18	90	0	75	50	0	33	15	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195122--195175	15	3.8	15	88	7	69	59	0	29	11	1.32
202478--202519	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
204961--204999	16	2.5	16	83	4	53	66	7	2	23	1.30
207205--207242	20	2.0	20	84	5	51	52	2	5	39	1.38
210994--211042	18	2.5	21	87	9	68	26	6	4	63	1.36
211979--212003	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
218796--219143	84	4.1	84	83	5	373	19	26	23	30	1.98
218781--219093	42	7.5	42	67	12	187	19	25	23	30	1.98
218993--219127	42	3.2	42	70	12	132	23	25	21	28	1.99
219014--219145	42	3.1	42	70	12	126	20	27	21	31	1.98
222516--222547	14	2.3	14	94	0	55	65	0	34	0	0.93
224493--224561	27	2.4	29	77	18	72	40	5	0	53	1.25
225797--225931	25	5.4	25	100	0	270	32	20	20	27	1.97
228891--228952	23	2.7	23	94	0	106	25	22	11	40	1.87
231425--231458	17	1.9	18	88	5	52	47	0	5	47	1.26
242708--242867	80	2.0	79	91	1	257	31	13	14	40	1.85
253262--253293	15	2.1	15	94	0	55	3	53	0	43	1.16
255929--256001	38	1.9	38	91	2	121	39	34	10	15	1.82
260714--260795	38	2.1	39	82	10	98	42	1	3	52	1.26
262659--262690	15	2.0	17	88	11	50	43	0	0	56	0.99
267266--267308	22	2.0	22	95	0	77	39	4	18	37	1.72
289515--289556	16	2.6	16	100	0	84	45	4	7	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290037--290077	21	2.0	21	85	0	55	34	7	21	36	1.82
290820--290845	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
295161--295244	39	2.2	39	93	0	141	33	16	13	36	1.87
297431--297487	15	3.8	15	97	0	105	19	64	0	15	1.28
302380--302405	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
302479--302522	23	1.9	23	85	0	61	54	11	9	25	1.65
313290--313327	20	1.9	20	100	0	76	31	23	13	31	1.93
319060--319091	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
319332--319361	8	3.8	8	90	0	51	43	0	0	56	0.99
321153--321184	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3