genome.fa.s7710.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007710.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109925_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  668603

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1406--1527	42	2.9	41	80	6	120	23	36	17	22	1.95
1461--1527	21	3.2	21	66	6	55	25	35	19	19	1.95
2863--2897	13	2.6	14	90	4	54	28	0	25	45	1.54
2850--2898	13	3.7	14	76	10	50	26	0	22	51	1.49
3066--3162	18	5.8	17	70	28	75	13	23	19	43	1.86
3091--3144	14	3.6	14	77	18	63	11	24	20	44	1.83
3071--3162	32	2.8	33	95	4	170	13	23	19	43	1.86
6895--6931	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
7288--7337	19	2.5	20	90	3	75	32	24	24	20	1.98
7379--7426	18	2.6	19	93	6	89	14	20	16	47	1.82
7542--7577	13	2.7	13	86	4	54	50	22	0	27	1.50
9433--9499	19	3.5	19	81	4	80	37	22	23	16	1.94
9414--9531	20	6.4	19	74	13	86	41	23	20	14	1.89
9488--9545	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
9472--9550	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
9557--9620	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
9605--9659	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
10131--10212	18	4.6	18	84	0	110	15	14	42	26	1.86
10131--10212	36	2.3	36	100	0	164	15	14	42	26	1.86
11519--11571	20	2.7	19	80	5	61	47	22	16	13	1.82
12031--12124	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
12011--12125	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12053--12187	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
12114--12206	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
12114--12209	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
41221--41247	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
41343--41423	41	2.0	41	90	0	126	37	22	19	20	1.95
63522--63546	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
87054--87092	15	2.6	15	87	0	60	30	15	20	33	1.94
99027--99062	19	1.9	19	88	5	56	33	2	0	63	1.08
104280--104407	54	2.4	54	80	5	143	36	18	17	26	1.94
107442--107573	48	2.8	48	84	0	174	32	27	17	22	1.96
109628--109705	31	2.5	31	93	0	138	38	20	0	41	1.53
111572--111649	31	2.5	31	89	0	120	38	19	0	42	1.51
127089--127115	13	2.1	13	100	0	54	37	25	14	22	1.93
137711--137753	23	2.0	21	86	9	59	34	0	2	62	1.08
137724--137763	19	2.0	21	90	9	66	27	0	2	70	1.01
137906--137962	25	2.3	25	100	0	114	31	43	12	12	1.79
139362--139431	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
141589--141622	2	17.5	2	87	6	52	55	0	0	44	0.99
143189--143248	22	2.7	21	82	10	75	45	25	1	28	1.63
143198--143253	21	2.6	22	85	2	78	44	23	1	30	1.63
148037--148073	18	2.1	18	94	0	65	21	18	35	24	1.96
148041--148080	18	2.2	18	86	0	53	27	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148140--148182	21	2.0	21	100	0	86	27	25	18	27	1.98
148285--148326	17	2.5	17	100	0	84	45	16	4	33	1.69
161377--161432	21	2.7	21	85	0	76	23	37	30	8	1.85
164011--164036	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
165077--165102	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
165750--165827	20	3.9	20	88	3	95	38	10	26	24	1.87
181507--181637	66	2.0	67	83	4	167	30	10	2	56	1.46
182169--182200	14	2.3	14	100	0	64	43	21	6	28	1.77
195100--195147	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
195519--195572	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
195534--195596	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
195887--196523	181	3.5	183	97	1	1210	34	15	14	35	1.88
197173--198382	198	6.1	200	96	2	2126	32	15	14	36	1.88
198467--198520	18	2.9	18	91	5	90	51	11	3	33	1.55
198462--198524	19	3.4	19	91	4	101	55	9	3	31	1.48
200318--200383	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
202494--202540	23	2.0	23	84	8	60	27	8	14	48	1.73
202679--202724	20	2.4	18	79	13	56	19	17	8	54	1.68
202954--203397	226	2.0	224	92	2	748	39	7	8	45	1.61
207364--207409	19	2.3	20	78	17	51	45	2	4	47	1.34
214715--214844	65	2.0	65	100	0	260	32	18	20	29	1.96
216295--216431	28	4.9	28	96	0	238	35	28	21	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217757--217793	19	2.0	19	89	5	58	5	51	16	27	1.66
222812--222894	32	2.5	32	84	3	103	48	3	3	44	1.37
222813--223010	68	2.9	67	76	8	179	46	6	5	40	1.53
222850--223048	68	2.9	68	79	6	190	46	8	5	40	1.55
227719--227811	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
227719--227811	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
227738--227872	41	3.3	41	83	4	139	37	20	20	20	1.94
227800--227893	20	4.7	20	77	7	82	32	24	17	25	1.96
228081--228123	21	2.0	21	95	0	77	20	44	16	18	1.87
229659--229703	18	2.5	18	88	0	63	26	44	15	13	1.83
230230--230287	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
230214--230304	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
230176--230309	19	7.6	19	72	18	92	42	23	20	12	1.87
230321--230378	14	3.9	14	77	16	62	10	17	24	48	1.78
230316--230394	32	2.4	32	93	2	131	11	18	22	46	1.81
230337--230436	19	5.5	19	73	16	61	14	21	22	43	1.87
230388--230433	20	2.4	19	88	3	65	17	23	23	34	1.96
232904--232957	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
233132--233156	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
235351--235467	19	6.7	19	73	18	119	45	18	23	12	1.84
235351--235467	52	2.2	52	95	0	207	45	18	23	12	1.84
235463--235505	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235491--235524	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
235648--235684	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
237066--237148	42	2.0	42	85	2	114	22	16	38	21	1.93
239086--239207	19	6.6	19	77	11	128	45	22	20	12	1.84
239212--239278	19	3.5	18	82	11	80	10	16	25	47	1.78
239797--239848	20	2.6	20	93	0	86	25	19	28	26	1.98
239816--239893	41	1.9	41	86	0	111	24	15	21	38	1.92
239879--239971	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
239879--239971	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
243870--243904	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
246513--246568	28	2.0	28	96	0	103	44	17	23	14	1.85
256187--256249	27	2.3	27	94	0	108	36	15	14	33	1.88
260378--260414	19	1.9	19	94	0	65	43	2	29	24	1.68
260593--260641	22	2.2	22	78	7	55	24	28	16	30	1.96
273439--273490	26	2.0	26	96	0	95	36	13	15	34	1.87
283251--283294	23	2.0	22	81	4	52	25	6	0	68	1.14
294746--295505	105	7.4	105	87	5	1077	32	25	19	23	1.97
295297--295475	95	1.9	95	85	1	252	33	25	18	22	1.97
296864--296923	28	2.1	29	82	14	72	25	8	0	66	1.19
299787--299870	41	2.0	41	95	4	125	30	16	27	25	1.97
300022--300070	20	2.5	20	86	6	64	34	14	22	28	1.93
302355--302410	28	1.9	30	82	7	71	50	1	1	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304412--304459	19	2.5	19	77	9	53	54	4	0	41	1.20
306929--306962	14	2.4	14	90	9	52	70	2	5	20	1.21
310172--310272	42	2.3	42	77	9	105	31	18	21	27	1.97
312249--312326	29	2.7	29	87	2	111	33	14	8	43	1.76
317005--317086	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
318424--318461	19	2.0	19	100	0	76	31	15	26	26	1.96
320286--320703	211	2.0	210	99	0	818	44	7	10	37	1.67
321014--321172	72	2.2	72	98	0	309	25	10	24	38	1.88
323522--323677	64	2.4	63	79	11	165	28	13	21	36	1.91
323557--323677	32	3.8	32	90	4	149	28	12	23	36	1.91

Tables:   1   2   3