genome.fa.s7726.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007726.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109973_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  404270

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299--349	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
194--351	62	2.5	62	80	11	158	26	17	26	29	1.97
6382--6430	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
6589--6658	12	5.8	12	80	6	79	51	18	15	14	1.77
6585--6681	24	4.0	24	84	0	122	48	17	15	18	1.81
6585--6678	48	2.0	48	89	0	143	48	17	15	18	1.81
6588--6695	24	4.5	24	76	4	94	47	16	16	19	1.83
9156--9203	8	6.5	8	84	15	68	20	25	39	14	1.91
9200--9243	18	2.4	18	96	0	79	15	15	50	18	1.79
9163--9221	13	4.3	13	86	6	73	20	22	42	15	1.89
11193--11219	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11380--11449	12	5.8	12	80	6	79	51	18	15	14	1.77
11378--11472	24	4.0	24	84	0	118	48	17	14	18	1.81
11378--11469	48	1.9	48	88	0	139	48	17	15	18	1.81
11379--11486	24	4.5	24	76	4	94	47	16	16	19	1.83
13960--13991	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
13961--14007	8	6.5	8	79	20	59	21	25	38	14	1.92
13961--14007	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92
13968--14012	13	3.3	13	90	6	63	17	24	42	15	1.88
13989--14034	18	2.6	18	96	0	83	10	19	52	17	1.74
17559--17739	64	2.8	63	81	3	209	27	16	26	29	1.97
17687--17737	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17580--17739	65	2.5	65	84	3	207	27	15	26	30	1.96
20490--20617	31	4.1	31	77	7	134	35	19	16	28	1.93
21477--21514	20	1.9	20	94	0	67	26	23	18	31	1.97
23069--23129	2	30.5	2	96	0	113	50	47	0	1	1.10
23129--23163	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
27142--27188	25	2.0	24	84	12	62	48	21	10	19	1.78
28131--28296	89	1.9	89	87	2	244	34	17	13	34	1.89
30649--32582	123	15.7	122	88	1	2486	40	16	17	25	1.90
47787--47872	30	2.8	30	78	5	93	16	30	18	34	1.93
47833--47872	20	2.0	20	85	0	53	15	32	20	32	1.93
56605--56738	67	2.0	67	98	0	259	41	8	10	39	1.69
58008--58051	21	2.0	22	82	4	54	45	0	6	47	1.29
58335--58380	20	2.4	18	86	10	65	67	2	0	30	1.03
58341--58380	20	2.1	20	90	9	66	70	0	0	30	0.88
59552--59625	3	25.0	3	83	8	98	66	0	0	33	0.92
59967--60455	113	4.4	113	91	5	811	29	19	14	35	1.92
60233--60445	103	2.1	103	96	1	392	30	18	15	34	1.92
59967--60453	216	2.2	217	92	4	789	29	19	14	35	1.92
60904--60958	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
64569--64593	8	3.1	8	100	0	50	0	0	52	48	1.00
64623--64662	21	1.9	21	94	0	71	12	25	37	25	1.91
64624--64703	21	3.8	21	74	9	63	17	25	35	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68515--68554	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
73329--73662	114	2.9	114	94	0	578	30	20	15	33	1.93
77743--77794	27	1.9	27	92	0	86	55	9	13	21	1.66
77743--77795	12	4.2	12	77	13	61	54	9	13	22	1.67
77854--77896	7	6.0	7	81	5	50	55	11	16	16	1.68
79382--79445	21	3.2	20	70	22	55	64	0	4	31	1.14
79396--79452	18	3.3	18	73	4	55	70	0	3	26	1.03
80081--80124	21	2.0	22	82	4	54	45	0	6	47	1.29
80408--80453	20	2.4	18	89	10	74	69	0	0	30	0.89
81574--81650	3	26.0	3	82	12	97	66	0	0	33	0.92
81574--81651	39	2.0	39	92	5	131	66	0	0	33	0.92
86025--86089	17	3.6	17	71	15	58	24	30	24	20	1.98
86042--86110	21	3.5	21	70	22	67	21	26	27	24	1.99
86023--86118	38	2.5	38	93	0	165	22	28	23	25	2.00
92934--92998	17	3.6	17	71	15	58	24	30	24	20	1.98
92951--93019	21	3.5	21	70	22	67	21	26	27	24	1.99
92932--93027	38	2.5	38	93	0	165	22	28	23	25	2.00
93646--93714	36	1.9	35	91	8	113	21	33	27	17	1.96
99703--99884	89	2.1	88	90	1	283	26	24	10	37	1.89
101658--101811	77	2.0	77	100	0	308	42	15	11	29	1.82
102694--103010	159	2.0	158	98	0	616	46	16	13	23	1.83
109838--110319	105	4.6	105	95	0	822	21	22	20	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111226--111344	34	3.4	33	78	13	121	6	13	0	79	0.91
111237--111343	17	6.5	17	77	15	100	7	13	0	79	0.93
111242--111330	8	11.0	8	84	9	92	7	12	0	79	0.92
114871--114897	14	1.9	14	100	0	54	66	3	22	7	1.33
125936--126029	4	23.8	4	72	20	56	76	2	3	18	1.02
125936--126029	11	8.3	11	70	20	52	76	2	3	18	1.02
125954--126014	17	3.4	17	76	12	68	78	3	4	13	1.03
125943--126051	37	3.3	33	76	15	109	77	1	4	15	1.01
125936--126030	37	2.5	38	88	8	140	76	2	3	17	1.01
125967--126102	28	5.1	28	75	15	112	77	0	5	16	0.99
125958--126102	37	3.7	38	75	16	111	76	1	5	16	1.04
126005--126114	7	14.5	8	66	21	51	76	0	4	18	1.01
125970--126052	5	16.6	5	70	22	50	80	1	4	13	0.92
126009--126114	54	2.0	54	85	7	144	75	0	4	18	1.03
127033--127081	12	4.1	12	86	5	64	65	0	2	32	1.04
127102--127278	44	4.3	43	83	9	210	48	6	0	44	1.33
127150--127288	40	3.7	38	82	12	171	51	6	0	42	1.28
130566--130595	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
131124--131173	21	2.4	21	86	6	66	10	26	40	24	1.86
131964--132007	21	2.2	20	84	12	54	45	2	9	43	1.48
137174--137205	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
144944--144983	20	2.0	20	85	9	55	52	0	2	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146429--146483	3	18.7	3	77	17	53	65	0	1	32	1.03
146711--147309	113	5.3	113	94	0	979	30	18	13	37	1.90
147265--147376	38	3.1	38	59	21	87	38	13	16	32	1.87
147217--147378	69	2.3	69	92	4	261	35	14	15	33	1.88
147126--147491	182	2.0	182	92	0	606	34	15	14	35	1.89
146991--147528	295	1.8	295	92	2	916	32	17	13	36	1.89
147290--147532	113	2.2	111	90	5	393	30	17	13	38	1.88
148723--148772	18	2.8	18	100	0	100	44	6	10	40	1.63
149144--149186	17	2.6	16	88	7	59	9	20	0	69	1.15
152130--152180	20	2.5	20	96	0	93	31	25	21	21	1.98
152529--152594	24	2.8	24	74	17	66	63	0	13	22	1.29
158316--158363	17	3.0	15	77	14	51	56	27	2	14	1.50
160320--160400	20	3.9	20	76	12	65	16	22	34	27	1.95
169751--169775	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
169996--170039	22	2.1	21	84	16	56	56	0	4	38	1.20
170147--170225	29	2.8	27	78	14	79	64	3	2	29	1.24
171463--171505	3	14.7	3	83	13	54	69	0	2	27	1.00
171464--171519	26	2.1	27	90	9	89	71	1	1	25	1.05
184693--184775	31	2.7	31	88	1	114	21	12	12	54	1.69
187930--188246	138	2.3	137	82	2	384	29	11	16	42	1.84
191383--191432	15	3.2	16	80	11	59	48	0	0	52	1.00
206407--206594	32	5.8	32	90	1	279	26	17	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207275--207311	11	3.4	11	88	0	56	29	5	24	40	1.77
211977--212018	20	2.2	20	87	8	61	54	23	0	21	1.44
212492--212627	62	2.2	63	94	1	238	32	22	10	35	1.88
214186--214482	148	2.0	148	97	0	567	40	14	10	35	1.79
219703--219748	3	15.7	3	90	4	58	32	6	0	60	1.22
219709--219752	21	2.1	21	91	0	70	31	9	0	59	1.29
222278--222461	54	3.4	54	84	3	217	39	8	5	46	1.58
227110--227179	34	2.1	34	94	0	122	32	14	0	52	1.41
227182--227207	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
230675--230932	123	2.1	123	93	0	435	37	24	5	32	1.78

Tables:   1   2