genome.fa.s7730.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007730.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109982_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  339569

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712--2000	19	16.4	19	80	16	356	46	17	20	14	1.83
1740--1981	51	4.6	53	85	10	295	46	16	21	14	1.83
1712--2022	33	8.9	38	83	13	356	46	18	20	14	1.84
1712--2022	51	5.9	50	82	12	292	46	18	20	14	1.84
2029--2129	19	5.6	19	85	12	142	14	23	17	43	1.87
2029--2129	33	2.8	37	78	18	140	14	23	17	43	1.87
2236--2272	12	2.8	13	88	12	58	45	18	0	35	1.50
4203--4259	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
4184--4276	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
4147--4281	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
4277--4367	33	2.8	33	91	5	141	7	18	28	45	1.77
4277--4404	19	7.3	19	74	18	116	8	17	28	45	1.78
4448--4913	93	5.1	93	95	3	858	46	18	12	22	1.83
4448--4913	181	2.5	184	97	2	870	46	18	12	22	1.83
6607--6696	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
6599--6713	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
6606--6718	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
6730--6783	14	3.6	14	77	18	63	9	25	24	40	1.85
6725--6771	18	2.9	17	75	18	55	8	23	23	44	1.80
6904--6974	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
7153--7205	22	2.4	22	80	0	70	20	15	39	24	1.91
7349--7541	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7349--7541	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
7597--7648	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
11138--11176	18	2.1	18	85	4	51	17	7	5	69	1.32
11401--11594	63	3.1	63	98	0	372	39	14	24	21	1.91
18882--18957	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
20470--20600	60	2.2	58	82	5	147	32	14	16	35	1.89
23667--23753	30	2.9	30	80	13	106	26	31	28	13	1.94
25874--25911	20	1.9	20	94	0	67	47	15	13	23	1.81
25874--25924	20	2.5	20	87	0	66	43	19	17	19	1.89
27989--28103	31	3.7	31	74	13	110	30	32	26	11	1.91
35364--35412	23	2.2	23	85	7	75	18	22	40	18	1.91
41595--41654	31	1.9	31	89	0	93	31	31	23	13	1.93
43191--43337	31	4.7	31	90	3	224	24	17	21	36	1.95
43187--43337	62	2.4	62	91	4	250	24	17	21	36	1.95
44176--44280	31	3.4	31	82	0	129	34	32	21	11	1.89
48872--48986	31	3.7	31	81	6	126	28	29	26	14	1.95
51517--51572	14	4.0	14	75	6	51	23	25	26	25	2.00
53775--53805	16	1.9	16	100	0	62	6	6	9	77	1.12
53930--54001	21	3.5	21	70	9	60	43	13	0	43	1.44
56919--57091	60	2.9	59	82	6	172	40	4	22	32	1.74
59453--59503	18	2.8	18	93	0	93	56	29	5	7	1.51
60239--60382	42	3.5	41	80	5	150	39	20	14	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60558--60718	81	2.0	81	86	4	227	31	22	15	30	1.95
65651--65684	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
68925--69051	32	4.0	32	75	4	114	26	26	24	22	2.00
72485--72568	35	2.3	35	90	8	125	46	19	0	34	1.50
73737--73786	18	2.7	18	79	11	57	22	4	6	68	1.29
73828--73855	9	3.1	9	100	0	56	32	0	0	67	0.91
74158--74211	25	2.2	26	86	6	76	31	3	0	64	1.11
74719--74745	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
74861--74988	25	5.0	25	65	12	71	63	3	2	30	1.25
74954--74998	18	2.5	19	79	13	51	62	0	0	37	0.96
75357--75510	77	2.0	80	82	7	190	44	10	7	37	1.68
75720--75760	21	2.0	21	90	4	66	39	14	19	26	1.90
75702--75818	61	1.9	61	81	6	139	38	20	14	26	1.91
76098--76128	16	1.9	16	93	0	53	29	3	0	67	1.06
76702--76731	12	2.5	12	94	0	51	56	26	0	16	1.40
76856--76902	24	2.0	24	91	0	76	25	21	19	34	1.96
76861--76914	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
79474--79537	20	3.1	21	80	10	71	45	23	9	21	1.81
79464--79574	33	3.2	33	82	11	107	45	24	9	21	1.80
79499--79576	20	3.9	20	91	0	129	46	25	8	19	1.79
79600--79758	20	8.0	20	75	4	133	25	13	19	41	1.88
79600--79745	59	2.5	60	87	2	204	25	13	19	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81593--81648	21	2.7	21	91	0	94	25	12	41	21	1.88
81589--81701	21	5.4	21	83	2	75	27	15	35	22	1.93
81646--81717	21	3.4	21	94	0	117	29	12	34	23	1.92
82023--82094	21	3.4	21	71	7	65	36	30	13	19	1.91
82021--82110	42	2.1	42	83	4	119	34	32	13	20	1.91
82052--82173	63	1.9	62	82	9	149	33	32	12	21	1.90
82124--82178	21	2.6	23	83	16	82	40	29	10	20	1.86
82292--82356	21	3.2	21	63	12	55	18	12	43	26	1.85
82331--82434	42	2.5	42	85	0	145	19	17	33	29	1.94
82400--82496	41	2.3	42	85	5	126	31	16	26	24	1.96
84003--84069	14	4.3	15	72	23	57	49	22	13	14	1.79
84016--84055	20	2.0	20	95	0	71	52	20	15	12	1.74
84003--84081	34	2.3	34	93	0	131	46	24	13	15	1.82
84086--84124	20	1.9	21	89	5	62	10	12	23	53	1.69
84111--84143	14	2.4	14	89	0	57	6	15	24	54	1.63
86161--86190	14	2.1	14	100	0	60	26	6	13	53	1.64
86182--86267	42	2.0	42	95	0	154	31	10	9	48	1.69
86485--86581	31	3.3	29	74	11	74	52	10	1	36	1.42
86577--86617	18	2.3	18	87	8	57	41	2	0	56	1.13
87488--87603	60	1.9	60	82	3	144	43	6	18	31	1.75
88721--88774	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
91023--91305	140	2.0	140	97	0	539	28	13	15	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91276--91426	20	7.8	20	83	8	188	34	21	18	25	1.96
91324--91350	14	1.9	14	100	0	54	48	29	14	7	1.71
91284--91386	54	1.9	54	95	0	188	34	26	17	21	1.95
91276--91475	94	2.1	94	85	2	260	35	21	18	25	1.96
91465--91522	20	2.9	20	84	0	80	15	17	24	43	1.87
93035--93197	21	7.7	21	74	6	132	24	16	36	22	1.94
93054--93196	64	2.3	63	98	1	277	23	14	38	23	1.92
93663--93701	20	2.0	20	100	0	78	48	20	10	20	1.78
93664--93707	20	2.2	20	91	0	70	50	20	13	15	1.78
93862--93928	20	3.4	19	81	4	71	20	19	22	37	1.95
95812--95850	20	2.0	20	89	0	60	64	17	7	10	1.48
95855--95928	33	2.2	33	85	0	94	40	22	20	16	1.91
96639--96684	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
96650--96686	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
97114--97149	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
98293--98340	24	2.0	23	88	4	69	25	2	20	52	1.58
99519--102546	705	4.4	694	79	9	2986	35	18	16	29	1.93
102885--102912	12	2.3	12	100	0	56	14	14	28	42	1.84
103450--103560	50	2.2	52	77	6	120	29	12	15	42	1.84
105418--105447	13	2.3	13	94	0	51	43	20	13	23	1.86
106064--106172	53	2.0	55	96	3	204	30	14	7	47	1.71
124577--124619	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126944--126983	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
129411--129464	19	2.8	19	72	10	65	31	20	18	29	1.96
129357--129491	38	3.6	38	79	2	128	30	20	23	25	1.98
139463--139504	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
139842--139895	11	4.8	12	90	6	78	72	14	12	0	1.13
139832--139896	11	5.9	11	82	10	53	73	15	10	0	1.08
139832--139894	22	2.8	22	81	11	83	73	15	11	0	1.10
145643--145684	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
147787--147813	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
148166--148204	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2