genome.fa.s7730.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007730.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109982_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  339569

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 222 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149592--149668	3	27.0	3	77	15	74	67	0	0	32	0.91
149606--149656	14	3.6	14	77	15	52	72	0	0	27	0.85
149606--149668	20	3.2	20	82	13	69	71	0	0	28	0.86
149605--149671	25	2.6	25	77	15	75	71	0	0	28	0.86
149608--149670	31	2.1	30	87	3	90	73	0	0	26	0.84
149592--149668	17	4.6	17	79	11	79	67	0	0	32	0.91
149917--150173	101	2.4	105	83	9	317	26	20	14	39	1.90
150109--150208	38	2.6	39	93	3	166	21	23	10	46	1.81
149997--150336	151	2.2	159	84	8	439	23	21	15	40	1.91
150256--150580	112	2.9	112	90	1	499	25	19	16	37	1.93
155735--155870	72	1.9	72	92	0	227	35	16	20	27	1.94
158271--158309	20	2.0	20	84	0	51	64	7	10	17	1.48
158282--158320	20	1.9	20	84	5	51	61	10	10	17	1.55
158487--158573	43	2.0	44	86	2	122	34	24	10	31	1.89
160816--160853	3	13.0	3	91	5	60	71	0	0	28	0.87
162005--162090	3	30.0	3	73	17	67	65	1	1	32	1.08
162005--162090	17	5.0	17	73	17	70	65	1	1	32	1.08
167321--167379	11	5.4	11	82	8	75	13	1	18	66	1.34
167321--167390	22	3.2	22	93	0	113	12	2	17	67	1.35
171230--171292	32	2.0	32	84	12	85	66	3	4	25	1.26
173598--173638	17	2.4	17	91	0	64	21	0	36	41	1.54
183605--183636	15	2.1	15	94	0	55	68	3	21	6	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192768--192805	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
199302--199406	31	3.4	30	81	4	111	26	30	29	13	1.94
199811--199878	34	2.0	34	88	11	104	44	14	13	27	1.83
201843--201900	29	2.0	29	96	0	107	29	13	15	41	1.86
201900--201939	20	2.0	21	90	5	64	37	22	22	17	1.94
201915--201945	14	2.3	14	94	5	55	41	22	19	16	1.89
201901--201945	20	2.2	20	84	7	56	40	22	20	17	1.92
204832--204898	32	2.1	32	82	0	80	22	28	29	19	1.98
205003--205068	34	2.0	33	85	8	89	42	13	15	28	1.85
210414--210443	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
213755--213793	19	2.1	19	90	0	60	41	0	2	56	1.13
215237--215276	20	2.1	20	86	9	57	55	2	20	22	1.56
220809--221170	180	2.0	180	100	0	724	32	16	12	39	1.86
222739--222769	15	2.1	15	100	0	62	48	6	6	38	1.55
222769--222805	18	2.1	18	100	0	74	56	10	0	32	1.34
226494--226536	21	2.0	21	95	0	77	37	0	16	46	1.47
233576--233621	21	2.1	23	84	8	60	56	6	2	34	1.37
235090--235266	60	3.0	59	75	12	182	33	18	4	42	1.71
235385--235478	29	3.1	29	65	14	82	42	5	20	31	1.74
243203--243259	27	2.1	27	100	0	114	33	10	19	36	1.86
246558--246623	16	3.9	17	72	14	57	50	1	1	46	1.20
246558--246592	17	2.1	16	89	5	52	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247322--247416	20	4.8	20	94	0	163	35	20	14	29	1.92
248188--248343	65	2.4	64	82	5	172	30	22	17	30	1.96
248390--248441	21	2.5	22	87	9	81	25	30	25	19	1.98
254124--254187	21	3.0	21	75	8	74	28	25	21	25	1.99
254087--254187	44	2.3	43	88	5	141	27	24	21	25	1.99
254110--254182	23	3.3	22	76	7	85	26	24	21	27	2.00
256820--256955	65	2.1	65	84	4	177	29	22	17	30	1.97
259613--259659	22	2.1	22	92	0	76	38	12	14	34	1.85
266659--266699	7	5.9	7	85	8	57	53	14	0	31	1.41
275921--275953	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
276204--276238	18	1.9	18	94	0	61	28	34	17	20	1.95
283078--283129	18	2.9	18	97	0	95	36	34	13	15	1.87
283078--283168	18	4.9	18	82	5	92	34	31	15	18	1.92
283740--283879	64	2.2	64	82	7	160	26	18	22	32	1.97
285756--285871	59	2.0	59	87	0	169	37	18	7	36	1.79
286725--286762	16	2.4	16	82	4	51	36	18	0	44	1.50
291335--291378	22	2.0	22	90	0	70	22	45	13	18	1.84
291641--291679	20	2.0	20	94	0	69	10	15	20	53	1.70
291813--291867	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
292992--293039	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
293574--293619	20	2.3	20	84	0	56	39	26	19	15	1.91
293629--293687	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293613--293704	33	2.8	33	96	0	166	48	21	17	11	1.79
293613--293709	19	5.6	19	70	22	88	47	21	18	12	1.81
293747--293799	20	2.7	19	85	8	70	15	26	22	35	1.93
293789--293827	20	2.0	20	89	0	60	28	12	25	33	1.93
294169--294259	44	2.1	42	83	4	110	21	42	14	20	1.88
295670--295708	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
295845--295931	19	4.8	19	83	10	121	45	16	21	16	1.84
295938--296027	40	2.4	36	82	12	103	15	18	21	44	1.87
295959--296016	20	2.9	20	70	10	55	17	20	20	41	1.90
296239--296288	20	2.5	20	76	0	64	22	18	20	40	1.92
297135--297188	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
297364--297393	9	3.3	9	100	0	60	76	0	23	0	0.78
299685--299782	19	5.7	19	67	22	81	44	19	23	12	1.84
299689--299778	33	2.7	33	96	0	162	45	18	23	12	1.83
299941--299979	14	2.8	14	84	0	60	43	20	0	35	1.52
301658--301842	91	2.0	90	90	6	291	47	19	12	21	1.82
303525--303584	20	3.0	20	80	0	66	48	18	20	13	1.81
303577--303628	14	3.4	14	72	23	50	40	25	25	9	1.85
303549--303645	33	2.9	33	93	1	158	43	22	22	11	1.85
303646--303709	33	1.9	34	90	3	103	10	20	23	45	1.82
304251--304344	20	4.7	20	84	2	125	20	20	19	40	1.92
304251--304344	41	2.3	40	87	1	125	20	20	19	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304273--304407	41	3.3	42	77	7	125	28	19	20	31	1.97
304341--304462	21	5.9	21	75	9	92	39	18	22	19	1.92
304415--304462	21	2.3	21	100	0	96	41	20	22	14	1.89
304353--304481	62	2.1	62	84	8	174	37	19	22	20	1.95
304354--304497	62	2.3	62	80	12	163	36	18	23	21	1.95
308216--308300	34	2.6	33	66	17	77	30	15	9	44	1.78
317090--317125	16	2.2	17	90	5	56	13	30	30	25	1.94
318595--318660	24	2.8	24	88	0	78	18	15	10	56	1.67
318605--318694	24	3.8	24	84	0	108	20	11	13	55	1.68
320834--320863	10	2.9	10	95	5	51	13	36	30	20	1.90
322337--322439	24	4.3	24	78	6	93	22	11	12	53	1.70
329161--329200	16	2.5	16	87	0	62	27	12	15	45	1.82
330160--330272	57	2.0	58	87	5	167	50	9	14	25	1.73
334165--334225	20	2.9	21	85	4	79	16	24	37	21	1.93

Tables:   1   2

The End!