genome.fa.s7740.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007740.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110001_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  287134

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4258--4304	20	2.4	20	85	3	60	38	19	14	27	1.91
11294--11318	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
20516--20543	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
24055--24109	9	6.3	9	78	21	55	80	0	7	12	0.91
24055--24100	18	2.8	16	83	9	65	82	0	4	13	0.81
25111--25648	55	9.8	55	91	0	817	30	14	26	28	1.95
31208--31235	14	2.0	14	100	0	56	57	14	0	28	1.38
32043--32078	19	1.9	19	94	5	65	38	8	0	52	1.32
33303--33330	12	2.3	12	100	0	56	28	57	7	7	1.52
34090--34162	31	2.3	32	95	2	130	8	21	8	61	1.50
35259--35389	30	4.4	30	82	5	140	58	6	12	21	1.57
35258--35389	60	2.2	60	88	0	192	58	6	13	21	1.58
35275--35396	30	4.1	30	82	4	147	59	4	13	22	1.52
35275--35405	60	2.2	60	90	0	199	59	5	12	22	1.53
37087--37339	66	3.9	67	82	8	283	37	13	20	28	1.91
37087--37343	132	2.0	130	82	13	314	37	13	21	27	1.91
37215--37434	102	2.1	102	89	5	329	39	14	20	26	1.90
37210--37434	103	2.2	102	88	6	330	39	13	20	27	1.90
37317--37699	66	5.8	66	82	6	445	39	14	20	25	1.90
37317--37699	133	2.9	133	89	4	587	39	14	20	25	1.90
37583--37800	102	2.1	102	94	1	375	37	14	22	26	1.92
37450--37941	235	2.1	234	88	2	711	38	13	20	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37087--37983	368	2.5	367	85	5	1194	39	13	20	27	1.89
37683--37988	133	2.3	131	87	3	436	37	11	19	31	1.88
37683--37989	66	4.7	65	85	4	411	37	11	19	31	1.87
38039--38137	36	2.8	36	72	10	94	35	11	16	37	1.84
42500--42626	30	4.4	30	84	5	158	59	6	14	19	1.56
42473--42604	60	2.2	60	87	0	183	58	9	12	19	1.61
42579--42639	25	2.4	26	78	13	72	63	4	13	18	1.46
42745--42790	24	2.0	23	82	4	56	58	17	4	19	1.55
55182--55247	24	2.8	24	74	4	62	45	18	16	19	1.86
59656--59745	24	3.8	24	79	5	74	50	14	12	23	1.76
64365--64454	24	3.8	24	80	0	81	51	16	12	20	1.76
64413--64466	24	2.2	25	77	9	67	46	14	18	20	1.84
66637--66672	17	2.1	18	94	5	65	33	13	11	41	1.80
74991--75066	26	2.9	26	86	0	107	46	3	5	44	1.44
75585--75661	28	2.7	29	76	9	77	29	2	12	54	1.52
75663--75703	15	2.6	16	85	11	50	65	0	2	31	1.05
75698--75753	21	2.5	22	80	11	53	71	5	1	21	1.15
75720--75765	20	2.2	20	85	11	58	67	4	0	28	1.10
85857--86011	36	4.3	36	88	3	213	36	23	20	20	1.95
86426--87190	51	14.8	51	83	5	840	33	19	25	21	1.97
86425--87190	104	7.4	104	84	5	921	33	19	25	21	1.97
86425--87190	155	4.9	155	88	3	1046	33	19	25	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87144--87883	55	13.6	54	85	5	808	30	15	27	27	1.96
87206--87883	108	6.2	108	91	1	1027	30	14	27	27	1.95
92208--92247	13	3.1	13	79	13	55	77	2	17	2	0.99
92419--92531	42	2.7	43	85	1	147	30	12	19	37	1.89
92583--92667	44	1.9	45	88	7	129	31	20	17	30	1.95
92813--92862	21	2.4	21	93	0	82	50	22	6	22	1.70
94410--94450	6	6.8	6	88	0	64	4	51	0	43	1.23
97094--97525	113	3.9	110	87	5	567	28	19	15	36	1.92
96883--97520	327	2.0	322	82	8	785	27	20	14	37	1.92
97097--97529	225	2.0	214	86	5	598	28	19	15	36	1.92
98728--98869	54	2.6	54	79	0	167	26	21	13	38	1.91
99069--99095	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
99756--99928	75	2.3	75	89	0	256	27	24	16	30	1.97
106218--106254	7	5.3	7	87	12	58	59	10	16	13	1.61
107647--107727	28	3.2	26	80	13	82	62	0	6	30	1.19
110009--110405	41	9.6	41	81	3	375	29	18	17	35	1.94
110009--110405	83	4.8	81	77	7	318	29	18	17	35	1.94
116531--116564	10	3.4	10	87	0	50	44	8	26	20	1.81
119728--120077	59	6.0	59	91	0	551	30	20	11	36	1.88
120469--120588	54	2.2	55	87	1	170	29	20	16	34	1.94
126240--126356	61	1.9	61	82	0	144	33	23	17	26	1.96
126655--126691	16	2.4	16	90	4	58	45	10	8	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132730--133244	235	2.2	236	90	1	782	32	20	10	36	1.86
132729--133244	59	8.8	59	89	0	746	32	20	10	36	1.87
135371--135401	11	2.8	11	100	0	62	35	45	9	9	1.70
137484--137516	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
137588--137640	25	2.0	28	85	10	76	52	7	3	35	1.48
138279--138324	15	2.8	16	83	9	58	52	0	0	47	1.00
138266--138337	32	2.2	32	80	11	85	51	0	0	48	1.00
138392--138460	11	6.1	11	67	12	50	53	4	4	37	1.41
138372--138433	23	2.5	24	76	10	63	54	3	3	38	1.32
140067--140127	21	3.1	19	72	21	61	34	24	18	22	1.96
140143--140195	20	2.6	21	90	3	90	26	32	16	24	1.97
141182--141240	20	3.0	20	75	9	68	30	0	3	66	1.08
141780--141841	26	2.3	27	88	5	90	41	3	17	37	1.66
146685--146743	31	1.9	31	82	6	75	33	8	15	42	1.77
150426--150512	34	2.6	34	90	7	133	19	2	12	65	1.36
150484--150508	13	1.9	13	100	0	50	20	0	8	72	1.10
153853--153899	22	2.1	22	92	0	76	44	10	6	38	1.65
163033--163086	3	17.7	3	78	17	58	35	1	1	61	1.18
174947--175034	46	1.9	46	92	0	149	22	20	11	45	1.83
175324--175871	110	5.0	111	85	4	738	35	18	10	35	1.85
175324--175871	56	10.0	56	85	5	726	35	18	10	35	1.85
177332--177390	30	1.9	31	93	3	102	23	3	33	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179969--179998	8	3.8	8	95	0	51	3	46	0	50	1.18
184855--185391	56	9.7	54	86	5	718	35	17	10	35	1.85
190415--190476	22	2.7	23	82	9	74	17	24	35	22	1.95
190414--190477	23	2.9	21	81	11	67	17	25	35	21	1.95
197582--197621	21	2.0	21	85	14	57	40	17	12	30	1.86
198815--199138	162	2.0	161	96	0	594	35	14	20	29	1.93
207448--207482	14	2.4	15	95	4	63	14	11	0	74	1.08
208273--208538	127	2.1	129	82	4	322	32	19	19	28	1.96
208273--208570	127	2.3	127	80	4	294	31	19	19	29	1.97
209771--209837	24	2.7	25	80	13	77	7	13	0	79	0.94
209982--210019	19	2.1	19	85	5	51	31	13	13	42	1.82
219363--219428	33	1.9	35	87	6	100	22	36	22	18	1.95
221572--221640	23	3.0	23	89	0	102	26	26	27	20	1.99
221656--221868	103	2.1	103	95	0	381	36	23	13	26	1.92
222684--222731	20	2.4	20	100	0	96	22	29	0	47	1.51
223236--223320	22	4.0	22	89	4	129	20	24	24	30	1.98
223236--223320	42	2.0	44	88	4	129	20	24	24	30	1.98
225807--225843	18	2.0	19	94	5	67	37	8	5	48	1.56
226120--226168	21	2.3	21	100	0	98	20	40	16	22	1.91
226206--226263	18	3.4	17	73	23	59	22	39	17	20	1.92
226201--226263	33	1.9	33	90	0	99	23	39	15	20	1.91
226376--226415	20	1.9	22	90	10	66	37	35	10	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229386--229429	20	2.2	20	91	0	70	2	20	0	77	0.88
230946--231122	59	3.1	57	82	6	205	29	25	16	27	1.97
231267--231313	22	2.1	22	84	7	60	46	12	6	34	1.67
237444--237621	59	3.1	59	82	6	247	29	23	17	29	1.97
238260--238312	24	2.2	24	96	0	97	20	26	18	33	1.96
240478--240510	15	2.1	17	88	11	52	75	0	3	21	0.93
240510--240539	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
242343--242493	77	2.0	77	95	0	275	38	14	23	23	1.92
247212--247344	60	2.2	60	82	5	153	30	12	18	39	1.87
252628--252669	14	3.1	14	75	3	50	16	2	2	78	0.96

Tables:   1   2