genome.fa.s7743.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007743.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110006_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  323463

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 237 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145396--145470	29	2.6	29	95	0	132	37	9	21	32	1.85
145747--145793	18	2.6	18	96	0	85	25	19	36	19	1.95
152120--152206	43	2.0	43	84	0	111	26	11	29	32	1.91
152630--152687	18	3.2	18	100	0	116	39	27	20	12	1.88
154171--154206	17	2.0	19	89	10	58	61	0	2	36	1.11
154326--154380	10	5.4	10	91	4	74	80	0	5	14	0.89
154326--154380	11	5.2	11	91	8	69	80	0	5	14	0.89
162236--162293	21	2.8	21	92	2	91	24	20	12	43	1.86
164837--164991	38	4.1	38	78	6	127	26	22	13	37	1.91
165541--165870	113	2.9	114	78	6	278	37	14	20	27	1.92
165678--165942	112	2.3	112	78	7	295	37	15	21	25	1.92
166114--166169	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
167475--167502	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
170438--170483	24	2.0	25	87	12	71	4	21	2	71	1.14
170852--170919	33	2.1	33	97	0	127	26	17	17	38	1.92
172913--172987	21	3.6	21	94	0	132	26	14	28	30	1.95
172976--173149	20	8.6	20	76	13	153	14	21	22	40	1.90
172979--173089	41	2.7	41	91	4	179	17	19	22	40	1.91
172999--173070	22	3.4	22	69	11	78	18	18	25	38	1.92
173080--173177	40	2.4	41	84	8	128	12	22	23	41	1.87
173541--173618	40	2.0	38	87	7	113	34	19	19	26	1.95
173707--173840	6	22.5	6	99	0	261	0	16	50	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173946--174002	28	2.1	28	83	9	73	31	15	28	24	1.96
174946--175017	17	4.2	17	78	5	65	38	11	13	36	1.81
175464--175508	16	2.8	16	86	6	56	44	17	6	31	1.75
176651--176842	72	2.6	75	82	5	246	26	4	17	51	1.65
177833--177887	29	1.9	29	85	3	76	40	5	1	52	1.35
180808--180833	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
180801--180834	14	2.4	14	85	0	50	76	5	0	17	0.98
191846--191906	22	2.9	21	87	4	88	21	36	24	18	1.95
196228--196269	22	1.9	22	85	0	57	64	0	4	30	1.14
196261--196288	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
196265--196320	24	2.2	26	87	6	80	66	0	0	33	0.92
196251--196310	15	3.9	14	75	16	57	68	0	1	30	0.99
198682--198823	71	2.0	71	100	0	284	29	21	12	36	1.90
198711--198821	35	3.1	35	63	16	93	28	20	13	36	1.91
201566--201685	59	2.0	59	100	0	240	38	16	19	25	1.92
203586--203613	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
203648--203902	117	2.2	115	86	6	343	32	13	16	38	1.87
204065--204104	21	1.9	21	89	0	62	42	15	10	32	1.79
204119--204178	30	2.0	30	93	0	102	48	13	11	26	1.76
205088--205117	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
205493--205517	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
206280--206315	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208043--208076	3	11.3	3	87	12	52	32	0	0	67	0.91
209719--209751	13	2.5	14	90	9	52	51	0	0	48	1.00
209719--209752	15	2.4	15	90	9	54	50	0	0	50	1.00
216434--216472	17	2.4	16	83	8	51	82	5	2	10	0.93
219083--219263	42	4.3	42	84	2	229	25	22	19	32	1.97
219083--219263	84	2.2	84	88	0	263	25	22	19	32	1.97
219339--220021	111	6.2	111	91	1	1021	29	24	16	28	1.97
228767--228812	25	1.9	24	86	8	67	52	4	4	39	1.41
231219--231282	27	2.3	28	91	5	103	42	9	9	39	1.70
231232--231289	27	2.1	27	90	3	89	36	10	10	43	1.73
238749--239121	126	2.9	127	95	1	667	34	11	14	40	1.82
240690--240965	130	2.1	130	87	2	394	38	17	12	32	1.87
241584--241654	29	2.5	28	80	8	81	60	8	9	21	1.54
241822--242028	107	1.9	107	81	8	251	47	16	15	19	1.82
242777--242844	34	2.0	34	88	0	100	20	14	44	20	1.87
242928--242974	24	2.0	24	86	0	67	23	21	21	34	1.97
243127--243174	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
245426--245476	13	3.8	13	78	14	50	76	1	3	17	1.03
245491--245563	31	2.4	31	75	11	80	46	6	5	41	1.54
245491--245565	29	2.5	31	76	10	75	45	6	5	42	1.53
245553--245962	38	11.5	36	75	15	258	42	8	4	44	1.55
245676--245700	13	1.9	13	100	0	50	40	8	12	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245729--245789	25	2.4	25	88	0	95	44	8	4	42	1.55
245691--245820	63	2.1	63	94	0	224	41	10	5	43	1.61
245654--245862	101	2.1	98	90	3	328	43	8	5	43	1.58
245777--245801	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
245754--245966	73	2.9	74	86	5	299	43	8	4	43	1.56
245754--245966	112	1.9	110	88	4	320	43	8	4	43	1.56
246364--246936	201	2.9	200	83	1	720	28	19	18	33	1.95
248432--248465	16	2.1	16	100	0	68	47	5	23	23	1.73
248436--248471	16	2.2	16	90	0	54	55	11	16	16	1.68
252122--252168	23	2.0	23	87	0	67	25	27	14	31	1.95
253430--253460	12	2.6	12	94	0	53	74	0	3	22	0.96
255993--256422	38	11.4	37	83	9	512	42	8	6	42	1.60
255926--256418	38	13.1	38	80	8	494	42	8	5	43	1.59
255993--256418	150	2.8	149	85	8	542	42	8	5	42	1.59
255926--256422	150	3.3	148	81	10	539	41	8	6	43	1.60
257029--257454	56	7.7	55	87	3	541	33	16	11	38	1.85
257025--257454	167	2.6	167	86	3	580	33	16	11	38	1.85
257754--257822	19	3.4	19	79	13	75	26	30	14	28	1.95
263869--264411	56	9.7	56	88	1	761	32	18	11	37	1.87
264734--264805	19	3.6	18	72	22	56	27	23	16	31	1.96
264827--264879	20	2.7	20	82	5	63	16	26	18	37	1.93
272493--272544	20	2.6	20	96	0	95	17	23	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272558--272633	21	3.5	21	72	19	66	28	19	19	31	1.97
272574--272620	24	2.0	24	86	0	67	31	19	21	27	1.97
272536--272629	45	2.1	43	84	7	118	28	21	20	29	1.98
276157--276196	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
278913--278942	14	2.1	14	93	0	51	60	10	13	16	1.59
278903--278967	24	2.7	24	85	0	85	60	12	12	15	1.60
279298--279358	20	3.0	20	79	9	70	55	13	11	19	1.67
280412--280600	74	2.5	75	76	7	197	47	10	10	32	1.71
281328--281445	59	2.0	59	100	0	236	40	18	11	28	1.86
285583--285931	131	2.7	129	85	2	430	40	15	8	34	1.79
286380--286429	24	2.1	24	85	7	66	68	12	6	14	1.39
289195--289252	23	2.5	23	94	0	98	50	1	13	34	1.52
289564--289636	3	24.0	3	72	8	58	39	0	1	58	1.06
289566--289611	24	1.9	24	90	0	74	43	0	0	56	0.99
291132--291169	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
291178--291604	160	2.7	156	79	11	439	38	9	7	44	1.64
291596--291650	2	28.0	2	96	3	103	50	0	0	49	1.00
294454--294508	20	2.8	19	74	17	58	20	9	7	63	1.47
296484--296752	135	2.0	135	94	0	475	31	15	21	31	1.94
299744--300003	54	4.8	54	83	3	301	38	13	20	28	1.90
300331--300390	22	2.7	22	84	0	75	36	20	10	33	1.86
301055--301317	76	3.5	76	87	2	402	26	20	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301260--301497	45	5.3	45	89	0	359	23	22	20	33	1.97
301440--301581	75	1.9	74	86	1	203	26	21	19	33	1.97
301515--301609	45	2.1	45	92	0	154	28	21	18	31	1.97
301783--301835	3	17.0	3	84	7	70	39	0	0	60	0.97
303805--303846	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
311612--311651	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
311634--311680	23	2.2	21	85	11	60	14	25	38	21	1.92

Tables:   1   2

The End!