genome.fa.s7743.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007743.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110006_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  323463

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 237 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252--295	22	2.0	22	91	8	72	27	11	22	38	1.88
889--943	15	3.7	15	88	9	78	0	10	5	83	0.79
890--949	24	2.5	24	83	8	77	0	10	5	85	0.75
919--963	17	2.6	17	82	3	54	2	15	4	77	1.02
890--963	18	4.4	17	79	10	64	1	13	5	79	0.96
890--951	15	3.9	16	85	8	74	0	11	6	82	0.84
2121--2159	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
2121--2159	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
5149--5204	21	2.7	20	71	15	51	53	1	7	37	1.39
5184--5293	59	1.9	58	81	10	136	61	2	4	30	1.30
5258--5300	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
7319--7371	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
7577--7630	26	2.1	26	83	10	67	16	9	5	68	1.35
9520--9651	67	2.0	67	84	3	176	37	19	20	22	1.95
12900--12940	17	2.4	17	95	0	73	43	21	0	34	1.53
17213--17285	28	2.6	28	84	4	85	50	23	0	26	1.49
19561--19780	37	5.8	36	76	11	197	45	3	6	44	1.46
19548--19781	75	3.1	74	80	12	246	46	3	6	43	1.47
19753--19848	30	3.2	30	84	8	108	38	2	9	50	1.47
19760--19848	31	2.9	31	85	9	105	37	2	10	50	1.49
19908--19948	3	13.7	3	85	10	57	26	2	0	70	0.99
19902--19948	12	3.9	11	84	15	58	27	2	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21296--21331	16	2.3	15	90	4	54	30	2	5	61	1.33
23111--23155	19	2.4	19	96	3	83	11	11	8	68	1.39
26747--27577	165	5.0	164	83	4	974	29	25	20	24	1.99
26753--27577	249	3.3	248	87	2	1129	29	25	20	24	1.99
26556--27486	414	2.3	401	93	2	1574	29	25	20	24	1.99
27973--28176	41	5.1	40	78	14	201	46	3	5	44	1.46
28167--28242	29	2.5	30	81	8	84	42	2	9	46	1.50
28187--28262	31	2.5	30	85	8	93	36	1	10	51	1.45
28325--28354	13	2.2	13	94	5	51	26	0	0	73	0.84
29685--29720	16	2.3	15	90	4	54	30	2	5	61	1.33
38501--38613	60	1.9	60	83	7	149	53	3	13	30	1.56
39672--39710	20	2.0	20	85	10	53	43	12	10	33	1.77
40284--40320	3	12.0	3	94	5	65	67	0	0	32	0.91
41124--41183	27	2.2	27	88	5	86	18	6	38	36	1.77
41728--41759	16	2.0	16	93	0	55	53	6	0	40	1.26
41754--41791	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
42030--42080	19	2.7	19	96	0	93	25	31	21	21	1.98
42171--42263	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
42171--42263	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
42190--42324	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
42252--42346	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
42832--42869	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44191--44235	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
44752--44809	14	3.9	14	77	16	62	48	22	17	12	1.80
44736--44826	32	2.8	33	93	3	157	47	20	18	13	1.82
44843--44900	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
44838--44908	32	2.2	33	97	2	135	8	19	23	47	1.77
44889--44955	19	3.5	19	79	4	80	14	22	23	38	1.92
46824--46859	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
46974--47041	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
47060--47117	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
48001--48054	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
48229--48253	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
50547--50645	19	5.8	18	69	23	79	42	19	24	14	1.88
50547--50640	33	2.8	33	96	0	170	42	19	24	13	1.87
50640--50682	20	2.2	21	84	16	65	13	18	23	44	1.86
50668--50701	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
50823--50859	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
54337--54541	20	11.1	19	78	13	178	42	21	22	13	1.87
54386--54479	33	2.8	33	85	1	125	39	25	22	12	1.89
54452--54541	19	4.7	19	93	2	153	46	21	20	12	1.82
54452--54541	39	2.3	38	94	1	153	46	21	20	12	1.82
54537--54617	19	4.5	19	74	16	73	11	16	24	48	1.78
55137--55250	20	5.7	20	83	2	111	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55137--55253	61	1.9	61	85	0	162	24	17	23	33	1.97
55137--55271	61	2.2	61	81	2	155	23	20	23	32	1.98
55321--55361	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
55561--55594	15	2.3	15	94	0	59	52	5	11	29	1.61
56266--56659	186	2.1	187	93	0	675	44	9	3	42	1.53
58197--58356	60	2.7	58	77	11	153	44	5	16	33	1.71
61246--61271	6	4.3	6	100	0	52	46	34	0	19	1.50
62914--63037	62	2.0	62	100	0	248	22	9	16	51	1.73
62935--63032	30	3.2	30	64	25	78	24	9	13	53	1.69
64313--64373	26	2.3	27	80	5	70	39	18	0	42	1.50
67115--67208	29	3.2	29	96	0	170	26	24	6	42	1.78
67460--67682	45	5.5	44	69	22	189	28	26	12	32	1.92
67494--67692	34	5.2	34	70	23	146	27	26	11	34	1.91
67449--67692	79	3.1	79	93	0	407	27	25	11	35	1.91
67945--68160	58	3.7	58	92	0	351	34	17	9	38	1.83
72188--72297	58	1.9	58	100	0	220	28	24	5	41	1.77
72188--72297	29	3.8	29	93	0	193	28	24	5	41	1.77
72552--72657	45	2.4	45	85	0	140	30	27	12	30	1.93
72586--72906	79	4.1	79	89	1	482	29	24	10	34	1.90
72710--72849	34	3.8	34	73	18	136	29	25	11	34	1.91
72744--72898	45	3.7	43	72	18	148	29	25	12	32	1.92
73362--73570	58	3.6	58	92	2	348	33	18	10	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74051--74090	21	1.9	21	85	10	55	37	17	12	32	1.87
75732--75770	20	2.0	20	100	0	78	25	5	28	41	1.77
76320--76396	3	25.7	3	100	0	154	67	0	0	32	0.91
78116--78174	19	3.2	19	68	20	52	25	1	23	49	1.60
81574--81605	11	2.9	11	100	0	64	46	9	18	25	1.79
82569--82624	21	2.7	21	88	2	87	23	23	28	25	1.99
83497--83545	2	24.5	2	95	0	89	51	2	0	46	1.12
84510--84546	19	1.9	20	88	5	58	70	16	8	5	1.30
96960--97006	3	15.7	3	90	0	76	63	0	4	31	1.13
97132--97313	81	2.2	82	86	4	253	20	21	20	37	1.94
97360--97546	88	2.2	82	87	6	268	24	16	19	39	1.91
97138--97602	223	2.1	217	82	7	553	24	18	21	36	1.95
97588--98112	89	5.9	89	83	5	598	32	20	17	29	1.95
98045--98180	68	2.0	68	92	0	227	32	21	15	30	1.94
98113--98389	89	3.1	89	87	5	355	29	18	19	32	1.96
97956--98261	157	1.9	157	88	0	459	31	20	17	31	1.96
97867--98350	246	2.0	246	87	2	704	31	20	17	30	1.96
104120--104416	148	2.0	147	95	4	535	23	23	10	42	1.84
106637--107002	183	2.0	183	98	1	707	23	22	14	38	1.92
110248--110274	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
121597--121628	15	2.1	16	94	5	57	28	0	0	71	0.86
123026--123066	19	2.1	19	86	4	55	26	9	14	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127820--127861	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
129249--129301	2	26.0	2	96	3	97	49	0	1	49	1.12
138757--138883	51	2.5	50	81	7	166	17	32	29	21	1.96
138757--138898	51	2.8	50	75	8	153	18	32	27	21	1.97
139045--139081	12	3.2	12	77	14	51	8	45	8	37	1.63
142443--142545	35	2.9	37	79	13	103	56	8	7	27	1.57
142744--142794	12	4.2	12	78	9	50	17	31	15	35	1.92
143137--143188	18	2.9	18	94	0	86	25	19	25	30	1.98
144634--144966	111	3.0	111	94	0	594	44	11	8	36	1.70
145255--145380	50	2.5	50	84	5	173	21	28	34	15	1.94

Tables:   1   2