genome.fa.s7753.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007753.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110019_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  180811

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 129 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
494--523	15	2.0	15	93	0	51	13	23	20	43	1.86
6839--6893	24	2.3	23	90	6	92	41	0	10	47	1.39
10403--10446	8	5.9	8	84	15	67	36	11	25	27	1.90
14961--15398	230	1.9	222	84	5	574	36	16	15	30	1.90
15421--15625	109	1.9	109	80	2	241	36	12	16	35	1.86
15040--16630	556	2.9	557	88	1	2303	36	15	16	31	1.90
16129--16626	224	2.2	224	85	4	664	36	16	17	29	1.92
22598--22635	13	2.9	13	88	11	60	52	0	13	34	1.40
22598--22640	12	3.1	14	80	16	54	55	2	11	30	1.48
23352--23389	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
25178--25220	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
31612--31653	18	2.4	17	84	15	50	54	2	2	40	1.26
33523--33562	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
33519--33565	19	2.6	18	83	12	60	19	14	0	65	1.26
41345--41391	21	2.2	21	84	0	58	61	10	10	17	1.55
41837--41900	21	3.1	21	72	4	67	17	15	26	40	1.89
42019--42054	6	6.3	6	90	9	58	33	50	16	0	1.46
42019--42054	17	2.1	16	90	10	54	33	50	16	0	1.46
42516--42546	3	10.3	3	100	0	62	0	64	35	0	0.94
42684--42736	22	2.4	22	93	0	97	37	28	16	16	1.91
42725--42785	22	2.9	22	80	4	81	40	19	21	18	1.91
43056--43090	18	1.9	18	88	0	52	65	17	5	11	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44937--45133	98	2.0	98	98	2	378	34	16	30	19	1.94
51532--51704	20	8.6	20	85	5	233	33	27	19	19	1.96
52019--52054	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
52165--52279	19	6.2	19	87	10	168	46	16	22	14	1.84
52280--52575	19	16.3	19	85	11	433	15	21	16	46	1.83
54870--54894	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
55069--55115	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
55807--56035	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
56003--56100	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
56003--56101	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94
56764--56800	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
58070--58144	40	1.9	38	86	5	105	26	13	6	53	1.64
59824--59887	23	2.7	23	67	11	58	54	14	15	15	1.71
71082--71109	13	2.2	13	100	0	56	7	46	14	32	1.71
74994--75097	39	2.7	39	86	1	138	36	18	0	44	1.56
75019--75097	38	2.1	39	90	7	126	39	16	1	43	1.56
75469--75509	17	2.4	17	83	0	55	46	29	2	21	1.64
76012--76094	14	5.5	15	75	12	80	38	0	6	55	1.25
75994--76173	47	3.9	47	85	10	246	34	0	11	53	1.37
76075--76372	79	3.8	80	96	1	555	32	0	15	52	1.43
76167--76214	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
76075--76372	159	1.9	159	96	1	553	32	0	15	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76335--76378	22	2.0	22	100	0	88	36	0	13	50	1.42
77389--77451	17	3.8	17	74	19	69	19	4	28	47	1.69
77383--77445	33	1.9	33	93	6	110	17	4	28	49	1.67
77393--77444	16	3.2	16	72	22	54	19	5	26	48	1.71
89760--89811	24	2.2	24	82	3	61	11	40	19	28	1.86
94818--94842	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
98899--98956	29	2.0	30	86	3	82	36	1	22	39	1.64
100572--100751	21	8.6	21	84	7	215	31	26	20	22	1.98
100628--100900	41	6.4	41	76	15	182	29	21	23	24	1.99
100765--100837	20	3.6	20	74	17	78	35	16	21	26	1.94
100572--100818	133	1.9	125	89	6	377	31	23	21	23	1.98
100788--100901	21	5.5	21	77	14	85	27	21	25	26	1.99
100792--100963	83	2.1	83	85	6	233	26	21	23	29	1.99
100827--100991	21	7.9	21	79	10	151	24	22	21	30	1.99
101045--101109	21	3.1	21	93	0	103	23	18	29	29	1.98
101713--101775	29	2.2	29	94	0	90	39	9	1	49	1.45
101803--101853	27	2.0	25	88	7	75	52	0	0	47	1.00
106138--106447	36	8.6	36	97	0	548	18	27	23	30	1.98
109774--109869	20	4.7	21	75	3	70	34	19	18	27	1.96
110428--110532	20	5.6	19	72	16	76	20	18	21	40	1.92
110439--110491	19	2.7	20	82	2	63	11	16	24	47	1.80
110428--110566	73	1.9	73	83	2	181	21	15	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113616--113827	103	2.1	103	95	0	379	26	14	22	36	1.92
113846--113911	23	2.9	23	83	0	78	22	24	22	30	1.99
115706--115774	20	3.5	20	95	0	120	33	26	23	17	1.96
115871--115939	20	3.5	20	86	7	86	15	20	26	37	1.93
115926--115968	19	2.2	20	95	4	79	13	11	23	51	1.74
116472--116532	21	2.9	22	75	7	63	22	42	14	19	1.88
116471--116562	42	2.2	42	88	3	132	23	38	17	20	1.93
116493--116562	21	3.3	21	72	4	70	24	37	18	20	1.94
117947--118008	14	4.3	14	79	6	70	37	0	16	46	1.47
117949--118003	29	1.9	29	85	3	76	34	0	18	47	1.49
118102--118155	20	2.7	20	82	5	65	42	25	18	12	1.86
118198--118348	20	7.8	20	81	8	170	26	18	21	33	1.96
118149--118348	94	2.1	93	87	6	280	26	18	21	34	1.96
118237--118340	54	1.9	54	94	0	181	23	18	25	33	1.96
118323--118601	140	2.0	140	97	0	531	42	16	13	28	1.85
118659--118693	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
119909--119976	35	1.9	35	100	0	136	29	22	17	30	1.97
120712--121226	256	2.0	260	96	3	954	27	24	13	34	1.93
121196--121249	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
122070--122117	20	2.4	20	92	0	78	25	18	31	25	1.98
122187--122298	19	5.8	19	83	4	143	24	17	27	30	1.97
122167--122296	39	3.3	39	92	0	170	26	18	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128735--128801	32	2.1	32	94	0	116	5	32	5	55	1.49
129924--129986	32	2.0	32	83	0	81	42	26	14	15	1.86
130360--130503	65	2.2	65	85	7	186	31	24	18	26	1.97
130397--130550	65	2.4	63	82	9	186	30	22	21	25	1.99
137055--137094	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
141227--141285	23	2.6	23	83	0	82	32	27	23	16	1.96
143303--143379	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
144255--144293	17	2.3	17	90	0	60	17	23	41	17	1.91
144304--144352	19	2.6	19	87	6	64	24	32	28	14	1.94
144304--144367	10	6.7	9	79	13	56	29	29	25	15	1.96
144309--144357	10	5.1	10	80	9	57	28	32	24	14	1.94
150589--150665	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
150542--150665	63	2.0	63	80	6	144	26	28	28	16	1.97
151523--151560	7	5.4	7	93	0	67	26	26	28	18	1.98
154534--154689	65	2.4	65	91	3	244	29	24	19	26	1.99
155830--155933	48	2.2	47	92	1	172	62	1	4	30	1.27
161522--161660	21	6.8	20	70	8	73	35	25	17	20	1.95
161628--161836	20	10.4	20	86	2	222	38	24	17	19	1.93
162814--162970	19	8.7	19	80	16	199	45	17	21	15	1.85
162814--162970	72	2.2	72	94	2	271	45	17	21	15	1.85
162800--162964	53	3.1	52	83	14	214	46	18	21	13	1.84
162941--163056	53	2.2	52	84	3	151	18	22	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162960--163077	53	2.2	53	93	3	211	13	23	17	44	1.85
162979--163077	20	5.4	19	81	14	127	14	22	17	46	1.83
163184--163220	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
163484--163589	20	5.3	20	84	4	124	18	18	26	35	1.95
172510--172648	21	6.8	20	70	8	73	35	25	17	20	1.95
172656--172715	19	3.1	19	88	4	93	30	26	20	23	1.98
172616--172716	20	5.1	20	79	7	107	36	25	18	18	1.94
172980--173015	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
173118--173215	19	5.4	19	77	13	116	45	17	22	14	1.84
173122--173234	53	2.2	53	95	1	201	45	17	23	13	1.84

Tables:   1   2