genome.fa.s776.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000776.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001509_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  304350

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764--827	29	2.2	30	82	5	85	32	23	6	37	1.80
1943--2019	40	1.9	40	97	0	145	20	35	11	32	1.89
3870--3900	12	2.5	13	89	10	55	54	0	0	45	0.99
4429--4604	60	2.9	59	84	3	226	30	21	4	43	1.73
8334--8386	20	2.6	20	93	3	88	39	20	11	28	1.87
15057--15380	116	2.8	115	85	5	411	30	9	8	51	1.62
16466--16501	18	2.0	18	94	0	63	25	11	19	44	1.83
25830--26071	30	8.2	30	73	11	160	59	9	11	19	1.58
25830--26060	88	2.6	89	78	6	238	60	9	10	19	1.56
25791--25981	30	6.4	30	72	9	122	56	7	14	21	1.62
25789--26071	118	2.4	117	79	5	275	57	9	12	20	1.61
26370--26398	14	2.0	15	93	6	51	55	17	0	27	1.42
27461--27511	3	17.0	3	88	8	77	62	0	0	37	0.95
27461--27521	21	3.0	20	80	15	65	60	0	1	37	1.07
27670--27783	40	2.7	42	82	4	133	23	19	33	23	1.97
27708--28013	134	2.3	134	82	2	348	25	16	32	25	1.96
27921--28108	94	2.0	94	89	2	288	22	15	32	28	1.95
27954--28098	43	3.2	42	71	17	119	22	14	34	28	1.93
28465--28573	36	3.0	36	81	4	130	40	12	17	29	1.87
30270--30911	81	8.0	81	88	2	882	30	20	13	36	1.91
31051--31176	54	2.3	54	82	2	155	26	23	21	29	1.99
31592--31659	18	3.5	19	78	10	66	26	26	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33765--33809	2	22.5	2	90	0	72	44	0	0	55	0.99
36259--36665	81	5.0	81	88	0	571	31	20	11	36	1.89
37301--37548	45	5.5	46	88	5	330	29	24	10	35	1.89
37301--37548	90	2.8	90	89	4	392	29	24	10	35	1.89
37809--38399	135	4.4	134	89	2	884	29	27	14	28	1.95
37809--38399	67	8.8	67	90	1	875	29	27	14	28	1.95
37809--38399	202	2.9	200	90	2	891	29	27	14	28	1.95
38600--38912	54	5.7	55	89	3	456	32	20	12	34	1.90
38600--38907	109	2.8	109	91	3	496	32	20	12	33	1.90
40929--40985	22	2.6	22	86	8	73	31	24	15	28	1.96
42164--42188	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
44079--44133	17	3.5	17	68	27	57	60	16	1	21	1.45
43989--44263	29	9.5	29	79	4	234	50	16	4	28	1.65
44010--44257	87	2.9	85	81	6	266	51	15	4	28	1.63
43986--44263	116	2.4	115	77	5	292	50	16	4	28	1.65
44232--44345	58	2.0	58	82	6	142	45	18	6	29	1.73
44828--44865	20	1.9	20	89	10	60	21	7	10	60	1.54
51456--51686	29	8.1	29	76	5	202	48	14	4	32	1.64
51461--51688	85	2.7	86	83	2	278	48	13	4	33	1.62
51457--51680	114	2.0	114	80	7	258	48	14	4	33	1.62
56194--56463	30	9.1	28	73	11	130	56	10	12	21	1.65
56224--56463	89	2.7	89	74	10	233	56	10	12	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56192--56463	59	4.6	60	74	7	234	56	9	12	21	1.65
57805--57873	3	22.7	3	97	2	129	65	0	1	33	1.02
60706--60752	19	2.5	19	89	0	67	21	25	23	29	1.99
60722--60770	19	2.6	19	90	0	71	22	18	24	34	1.96
61739--61809	29	2.4	29	97	0	133	23	8	26	40	1.83
63360--63415	28	2.0	28	96	0	103	30	16	14	39	1.88
64450--64511	17	3.6	17	81	14	65	79	1	4	14	0.98
64468--64511	16	2.8	16	96	3	81	84	0	0	15	0.63
64462--64512	25	2.0	26	92	3	86	80	0	1	17	0.81
64470--64512	9	5.0	9	86	11	63	81	0	0	18	0.69
64463--64531	25	2.7	25	80	13	79	76	0	5	17	0.97
64518--64566	18	2.7	18	78	12	64	75	4	8	12	1.16
64637--64678	22	1.9	22	100	0	84	78	0	4	16	0.91
64626--64735	17	6.2	17	75	19	93	71	1	6	20	1.17
64782--64818	16	2.3	16	90	0	56	81	2	2	13	0.92
64895--64946	20	2.5	20	79	14	61	71	1	0	26	0.97
66325--66444	59	2.0	59	88	0	177	25	17	25	31	1.97
77915--77977	7	8.7	7	80	15	58	79	0	4	15	0.90
77915--77976	24	2.6	24	84	5	81	79	0	4	16	0.90
77926--77959	15	2.3	15	100	0	68	82	0	5	11	0.83
77917--77976	15	3.8	17	82	12	65	78	0	5	16	0.92
77990--78033	18	2.4	19	81	14	56	81	4	6	6	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77916--78040	24	5.5	22	70	15	69	76	2	8	13	1.11
78150--78182	17	1.9	17	88	11	50	78	3	6	12	1.04
78314--78374	19	3.0	20	75	18	63	63	1	0	34	1.04
80636--80677	19	2.4	17	88	8	57	50	2	7	40	1.43
82141--82198	24	2.4	24	100	0	116	63	0	32	3	1.11
82635--82670	14	2.6	14	100	0	72	44	5	27	22	1.75
83942--83979	10	3.8	10	92	0	67	42	10	18	28	1.83
83937--83985	20	2.5	20	82	0	71	44	8	14	32	1.74
84718--84770	21	2.5	21	81	0	61	20	24	18	35	1.95
85375--85447	33	2.2	34	82	7	87	15	20	24	39	1.91
85418--85467	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
85435--85489	20	2.8	20	88	0	74	10	14	23	50	1.74
85454--85497	20	2.2	20	83	0	52	13	11	20	54	1.69
87376--87465	20	4.5	20	97	0	162	37	21	18	22	1.94
87376--87503	40	3.4	40	82	10	162	39	20	20	20	1.93
87510--87558	20	2.5	20	83	6	64	20	18	24	36	1.94
87532--87628	33	2.9	34	78	3	124	13	18	21	46	1.83
88109--88215	41	2.6	42	78	14	114	22	36	17	23	1.95
89570--89605	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
89742--89792	19	2.7	19	93	0	84	19	21	15	43	1.88
89788--89819	14	2.3	14	100	0	64	9	28	21	40	1.84
89813--89885	20	3.7	20	87	3	103	19	20	21	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89813--89889	40	1.9	41	89	7	122	19	20	20	38	1.93
89811--89899	20	4.5	18	78	16	88	19	21	22	37	1.95
89811--89899	40	2.2	38	83	14	117	19	21	22	37	1.95
93243--93369	40	3.2	40	87	5	175	20	20	21	37	1.94
93243--93369	20	6.3	20	84	3	157	20	20	21	37	1.94
93366--93411	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
93845--93886	21	2.0	21	95	0	75	26	4	52	16	1.63
94549--94655	52	2.1	50	89	5	162	54	10	0	34	1.41
97571--97871	167	1.8	165	90	2	487	53	12	3	29	1.57
106818--106882	13	5.0	13	86	0	85	29	21	16	32	1.96
106818--106882	26	2.5	26	87	0	94	29	21	16	32	1.96
127363--127425	33	1.9	33	100	0	126	34	12	11	41	1.79
138844--138886	21	2.0	21	95	0	77	23	11	39	25	1.88
149200--149386	97	1.9	98	86	1	268	39	17	17	25	1.92
152155--152191	19	1.9	19	88	0	56	24	21	29	24	1.99
152188--152266	14	5.6	14	81	1	86	24	30	20	25	1.98
154434--154483	23	2.2	23	92	0	82	22	24	30	24	1.99
158417--158460	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
159436--159550	60	1.9	60	82	10	146	32	20	3	44	1.68
161019--161100	25	3.2	25	79	5	76	56	1	0	42	1.07
161047--161106	27	2.2	29	77	17	74	60	1	0	38	1.07
161775--161824	2	25.0	2	91	0	82	46	0	4	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162063--162100	20	1.9	20	100	0	76	42	10	5	42	1.62
162515--162554	20	2.0	21	90	5	64	25	0	2	72	0.97
162536--162582	16	2.9	17	84	6	62	25	2	8	63	1.34
163104--163146	17	2.4	17	84	11	50	53	6	0	39	1.28
163201--163900	197	3.5	196	80	7	718	32	15	13	38	1.86
167118--168262	199	5.8	198	76	7	1102	32	15	13	39	1.86
167126--168238	400	2.9	384	87	5	1521	31	15	13	39	1.86
168263--168301	15	2.6	15	87	0	51	35	7	17	38	1.79
168573--168597	11	2.3	11	100	0	50	48	8	8	36	1.62
169574--169606	3	11.0	3	93	0	57	36	30	0	33	1.58

Tables:   1   2