genome.fa.s7762.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007762.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110032_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  314764

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8614--8919	45	6.8	44	82	4	328	29	21	10	37	1.88
8616--8867	134	1.9	135	86	4	366	29	21	11	37	1.88
8614--8919	90	3.4	88	82	4	362	29	21	10	37	1.88
8793--8957	90	1.8	91	81	6	210	29	23	12	34	1.92
9004--9053	18	2.9	17	81	18	59	58	8	4	30	1.45
15258--15610	45	7.8	45	81	2	341	29	20	10	39	1.85
15213--15609	135	2.9	134	76	7	347	29	19	9	40	1.84
21257--21292	15	2.4	15	90	0	54	44	2	5	47	1.41
42218--42342	61	2.0	61	96	0	232	38	4	20	37	1.71
42646--42671	11	2.4	11	100	0	52	73	0	7	19	1.07
43530--44384	437	2.0	436	86	3	1211	33	13	15	37	1.86
44472--44533	26	2.4	26	86	0	79	50	30	6	12	1.66
44577--44610	17	1.9	18	94	5	61	47	2	0	50	1.16
45402--45431	10	2.8	11	90	10	53	0	0	16	83	0.65
46009--46905	443	2.0	451	82	5	1111	34	14	14	36	1.87
51833--51899	33	2.1	33	83	13	86	14	26	0	58	1.37
51833--51879	15	2.8	17	75	18	53	12	31	0	55	1.38
55280--55407	35	3.6	35	81	6	150	32	17	19	30	1.95
55279--55414	71	1.9	71	89	0	209	32	16	20	30	1.95
56492--56553	27	2.3	27	85	2	88	30	12	11	45	1.78
58011--58107	31	3.1	30	86	5	140	8	6	36	49	1.58
66240--66282	2	21.5	2	85	0	59	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68243--68361	24	5.0	24	86	4	168	40	20	13	26	1.89
70053--70089	18	2.1	18	85	14	51	32	13	10	43	1.79
72743--72857	24	4.8	24	76	8	99	40	20	11	27	1.87
72758--72857	48	2.1	48	83	7	123	41	22	12	25	1.88
72776--72861	24	3.6	24	84	6	111	41	19	11	26	1.86
73918--73954	18	2.1	18	85	14	51	32	13	10	43	1.79
74618--74658	17	2.4	17	87	0	64	26	29	24	19	1.98
76857--76974	24	5.0	24	85	2	157	40	20	11	27	1.86
76872--76970	47	2.1	48	90	1	155	41	22	11	25	1.86
76836--76992	71	2.2	72	79	3	183	45	18	8	27	1.79
78665--78701	18	2.1	18	85	14	51	32	13	10	43	1.79
81460--81526	35	1.9	35	93	0	116	34	26	28	10	1.90
81609--81723	24	4.8	24	83	4	133	39	20	13	26	1.90
81624--81723	48	2.1	48	88	3	148	42	21	13	24	1.88
81643--81745	48	2.1	48	82	3	118	43	19	10	26	1.83
82726--82781	26	2.2	26	96	0	103	23	32	16	28	1.96
86185--86221	15	2.5	15	90	0	65	18	37	8	35	1.81
86285--86399	24	4.8	24	86	4	151	40	20	13	26	1.88
86285--86426	72	2.0	71	80	6	162	43	17	11	26	1.84
90778--90844	35	1.9	35	87	0	98	31	31	26	10	1.90
90835--90871	15	2.5	15	90	0	65	18	37	8	35	1.81
90935--91053	24	5.0	24	86	4	168	41	19	12	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90935--91076	72	2.0	71	83	6	180	43	17	11	26	1.84
92743--92779	18	2.1	18	85	14	51	32	13	10	43	1.79
93441--93477	17	2.2	17	90	0	56	29	18	27	24	1.98
98277--98312	18	2.0	18	88	0	54	19	0	16	63	1.30
102986--103013	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
107730--107763	14	2.4	14	86	13	52	5	29	0	64	1.17
108415--108460	21	2.2	20	84	3	56	41	19	10	28	1.85
109501--109557	16	3.6	16	75	0	51	54	19	7	19	1.66
109456--109575	32	3.8	32	75	6	100	52	19	7	20	1.70
109828--109958	34	3.6	34	68	22	104	17	24	29	28	1.97
109836--110002	77	2.2	77	100	0	334	18	25	28	27	1.98
113487--113845	172	2.1	173	89	1	560	37	18	5	39	1.72
114298--114341	23	1.9	23	100	0	88	25	40	25	9	1.84
114358--114411	22	2.5	22	87	0	90	16	35	18	29	1.93
119836--119900	23	2.8	23	92	0	112	33	7	23	35	1.83
119986--120676	199	3.4	200	81	6	704	31	16	12	39	1.86
123232--123977	200	3.7	200	92	0	1231	32	15	14	36	1.88
124232--124280	19	2.6	19	93	0	80	53	12	2	32	1.50
125847--125887	21	2.0	21	95	0	73	2	43	0	53	1.13
126063--126126	33	1.9	33	93	0	110	23	46	0	29	1.52
126160--126203	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
126288--126317	15	2.0	15	100	0	60	13	53	6	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128572--128617	20	2.3	19	78	10	56	17	19	10	52	1.74
128412--128830	182	2.3	181	87	0	577	28	15	13	42	1.84
130316--131184	440	2.0	429	97	2	1623	33	13	12	40	1.83
135765--135831	31	2.2	31	86	0	89	22	26	13	37	1.91
135772--135831	31	1.9	31	89	0	93	23	23	15	38	1.92
139866--139915	18	2.8	18	87	3	75	16	44	26	14	1.85
139916--140128	29	7.5	29	88	5	319	31	3	15	49	1.62
145814--145858	19	2.4	19	88	3	74	20	26	28	24	1.99
145853--145887	18	1.9	18	100	0	70	17	51	17	14	1.77
145898--146029	29	4.6	29	96	0	237	32	3	17	46	1.63
150801--150853	24	2.2	24	86	0	70	24	0	26	49	1.51
150857--151031	49	3.5	48	68	19	144	24	2	23	49	1.64
150823--151058	101	2.3	103	88	5	336	24	2	23	49	1.63
151029--151106	23	3.2	24	85	5	104	20	0	29	50	1.49
151030--151108	25	3.2	25	83	7	117	21	0	27	50	1.49
160074--160132	17	3.4	17	72	21	59	18	16	5	59	1.55
160074--160144	35	2.0	35	91	0	115	19	18	5	56	1.61
167092--167198	37	2.8	38	88	2	153	45	2	6	44	1.44
168358--168397	14	2.9	14	84	0	53	20	0	2	77	0.88
171957--172017	12	5.1	12	70	7	52	18	13	18	50	1.77
171926--172017	48	1.9	48	84	4	123	20	14	16	48	1.80
171946--172017	24	3.0	24	85	0	99	19	12	18	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184712--184753	14	2.8	15	82	7	50	66	2	16	14	1.35
188298--188357	31	1.9	31	89	0	93	40	15	18	26	1.90
200880--200916	17	2.1	18	85	14	51	40	10	10	37	1.75
202802--203025	84	2.7	85	84	5	278	18	26	23	31	1.97
202802--203020	42	5.2	42	79	10	232	19	25	23	31	1.98
202955--203048	43	2.2	42	86	1	125	20	21	25	32	1.97
202802--203057	84	3.0	83	78	9	252	19	25	23	31	1.98
207485--207747	43	6.1	43	83	4	287	19	23	22	34	1.96
208604--209273	330	2.0	324	94	5	1162	34	11	13	40	1.82
209212--209241	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
213607--213742	29	4.7	29	76	5	130	43	23	5	27	1.75
213754--213779	13	2.0	13	100	0	52	15	23	46	15	1.83
213756--213796	18	2.4	17	95	4	73	9	24	48	17	1.76
213776--213801	12	2.2	12	100	0	52	15	23	46	15	1.83
213823--213853	11	2.9	11	95	4	55	35	19	19	25	1.95
220812--220934	29	4.3	29	76	3	106	43	21	5	29	1.76
220815--220976	57	2.8	57	75	6	157	41	24	6	27	1.78
220984--221013	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
221010--221035	12	2.2	12	100	0	52	15	23	46	15	1.83
220994--221030	18	2.1	18	95	5	67	10	24	45	18	1.81
222213--222261	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
222303--222352	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222320--222374	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
222339--222382	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
224242--224381	20	7.3	20	84	9	193	39	21	19	20	1.93
224242--224406	40	4.4	40	81	13	192	41	21	19	18	1.91
224430--224478	20	2.5	20	80	6	55	22	18	22	36	1.95
224452--224545	33	2.8	34	85	3	136	13	18	22	45	1.84
224519--224565	20	2.3	20	92	0	76	17	17	23	42	1.88
224413--224582	87	2.0	87	87	4	245	17	17	20	44	1.87
226509--226561	14	3.9	13	76	9	52	33	0	18	47	1.49
226634--226675	20	2.1	20	86	8	59	45	21	16	16	1.86

Tables:   1   2