genome.fa.s7763.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007763.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  397934

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259--2298	21	1.9	21	100	0	80	37	15	15	32	1.88
3037--3239	83	2.4	83	85	0	271	25	22	19	32	1.97
4554--4698	79	1.8	78	95	1	263	54	13	2	29	1.52
7982--8235	43	5.9	43	76	5	244	24	18	24	33	1.96
7982--8235	86	3.0	85	82	4	285	24	18	24	33	1.96
16993--17043	21	2.4	21	93	0	84	21	25	15	37	1.93
19234--19724	76	6.5	76	79	5	496	41	19	9	29	1.83
19264--19642	147	2.5	146	80	5	402	40	19	8	31	1.81
19234--19711	223	2.1	223	80	3	537	41	19	9	29	1.83
20064--20105	19	2.1	21	83	16	54	21	19	9	50	1.75
23178--23253	28	2.6	29	89	6	118	18	38	19	23	1.93
23553--23714	76	2.1	76	87	2	236	39	16	15	29	1.89
24293--24348	24	2.3	24	100	0	112	28	17	16	37	1.91
24581--24636	21	2.8	21	81	5	71	5	32	26	35	1.79
24742--25100	76	4.8	76	87	1	508	42	21	9	27	1.83
35179--35464	141	2.0	142	95	4	524	30	12	24	32	1.93
36778--36857	39	2.0	40	97	2	153	37	12	17	32	1.87
37340--37444	31	3.4	31	89	5	160	12	26	31	29	1.93
42929--42955	13	2.1	13	100	0	54	29	7	25	37	1.83
43041--43102	23	2.7	23	82	2	79	17	38	20	22	1.93
49606--49669	35	1.9	33	87	9	94	14	12	25	48	1.78
59612--59679	28	2.4	28	87	0	91	32	1	23	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60776--60817	13	3.2	13	100	0	84	21	47	30	0	1.51
63722--63747	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
65352--65410	24	2.5	24	82	0	73	20	10	18	50	1.75
69663--69725	24	2.6	24	74	0	63	20	17	17	44	1.87
75886--75957	7	10.3	7	79	5	83	52	1	1	44	1.18
76410--76575	69	2.4	69	81	0	197	23	27	18	30	1.98
76775--77194	76	5.5	76	87	1	554	42	19	10	27	1.84
77100--77301	107	1.9	107	87	2	298	40	18	12	27	1.88
77018--77350	183	1.8	183	90	1	542	40	20	10	28	1.86
77201--77354	76	2.0	76	88	2	229	38	20	11	30	1.87
79800--79846	21	2.2	21	100	0	94	42	8	19	29	1.80
80234--80436	76	2.7	75	79	6	212	41	17	13	27	1.87
84402--84464	28	2.2	28	88	0	90	30	1	23	44	1.63
86552--86787	69	3.4	69	76	1	240	23	26	20	29	1.99
88295--88382	46	1.9	45	88	2	131	30	22	17	29	1.96
88578--88948	76	4.9	76	85	2	460	39	19	11	29	1.87
88590--88948	150	2.4	151	84	1	443	40	19	11	28	1.86
88896--89006	58	1.9	58	86	0	159	36	18	14	29	1.91
88949--89133	76	2.4	76	88	0	271	38	20	12	28	1.89
90233--90571	83	4.1	83	74	8	267	34	15	16	33	1.91
91438--91526	44	2.0	44	84	4	117	21	12	25	40	1.88
92771--92852	29	2.8	29	90	1	119	31	14	12	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97540--97620	29	2.8	29	88	1	117	34	13	9	41	1.78
101119--101152	5	6.8	5	100	0	68	41	20	17	20	1.91
103983--104071	27	3.4	27	81	6	94	22	4	28	44	1.72
104785--104815	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
105200--105382	90	2.0	90	93	0	312	32	15	14	37	1.87
105494--105583	27	3.3	27	90	3	128	24	3	27	44	1.69
106699--107049	85	4.1	84	76	7	253	28	17	18	35	1.94
110272--110319	19	2.5	19	96	0	87	16	10	4	68	1.33
118668--118706	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
128656--128704	23	2.1	23	81	7	55	71	2	8	18	1.21
139030--139131	43	2.3	42	81	8	114	28	15	21	34	1.94
139048--139129	43	1.9	43	87	0	119	30	13	23	32	1.93
139098--139262	43	3.8	43	83	3	190	22	20	24	32	1.98
139117--139301	86	2.2	86	82	2	210	23	18	23	34	1.96
139839--139887	21	2.3	21	85	0	71	2	38	20	38	1.64
146313--146356	18	2.6	17	85	7	54	72	11	6	9	1.27
146313--146346	8	4.0	8	88	11	50	73	11	2	11	1.20
147730--147793	32	1.9	34	84	12	89	56	18	10	14	1.67
149044--149134	42	2.2	42	84	4	112	25	19	20	34	1.97
149735--149779	19	2.4	19	88	3	65	64	4	15	15	1.44
151843--151877	16	2.1	17	89	5	54	40	2	37	20	1.67
157544--157591	21	2.3	21	100	0	96	20	20	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159130--159199	26	2.7	26	95	0	122	72	0	11	15	1.11
161268--161327	7	8.6	7	74	7	59	51	3	1	43	1.28
161266--161336	35	2.0	37	89	10	112	47	4	2	45	1.36
161837--161952	38	3.2	38	66	24	106	25	24	22	27	2.00
161808--161977	69	2.5	68	80	3	207	23	24	21	30	1.99
162017--162151	25	5.4	25	76	11	125	40	24	8	27	1.83
162042--162288	76	3.2	76	91	0	386	41	22	9	26	1.84
162170--162422	134	1.9	134	84	3	339	41	20	10	27	1.84
162094--162727	210	2.9	210	81	8	637	41	19	10	29	1.84
162049--162772	286	2.5	286	83	5	849	41	19	10	28	1.85
162304--162767	76	6.1	76	84	1	572	40	18	10	29	1.85
163718--163937	69	3.2	69	80	1	217	24	25	20	29	1.99
170686--170728	12	3.7	11	81	9	50	69	0	0	30	0.88
170779--170826	16	2.7	18	81	15	64	75	2	2	20	1.02
171346--171509	76	2.2	75	88	3	240	56	10	2	29	1.47
173319--173360	15	2.9	15	89	3	59	73	2	2	21	1.06
180196--180276	40	2.0	40	100	0	162	23	17	27	32	1.97
180381--180506	47	2.8	45	85	5	164	39	7	23	29	1.83
183329--183426	27	3.5	26	73	19	65	73	2	18	6	1.14
183329--183407	33	2.4	34	82	6	99	74	2	17	5	1.11
187118--187239	40	3.0	40	96	0	226	22	17	27	32	1.96
187344--187469	47	2.8	45	85	5	164	39	7	23	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188479--188519	10	3.9	11	84	9	50	70	0	0	29	0.87
189102--189164	19	3.2	19	75	4	54	55	12	0	31	1.37
189122--189286	76	2.2	76	85	3	226	57	9	2	30	1.44
192090--192153	24	2.7	24	85	0	74	43	18	15	21	1.87
193628--193672	22	2.0	22	95	0	81	31	17	6	44	1.75
194632--194668	17	2.2	17	95	0	65	13	24	32	29	1.93
203277--203476	69	2.9	69	80	1	222	25	26	21	27	1.99
203264--203513	138	1.8	137	80	5	306	24	26	20	28	1.99
205671--205703	17	1.9	17	88	11	50	39	0	24	36	1.56
206236--206706	43	10.9	43	85	1	559	22	24	19	33	1.97
207679--207723	16	2.8	16	93	0	81	31	22	13	33	1.92
207784--208298	76	6.8	75	86	3	600	42	19	9	28	1.83
208047--208253	25	8.2	25	68	15	97	43	21	7	27	1.79
207782--208277	152	3.3	152	86	1	672	42	18	10	28	1.83
207784--208298	228	2.2	228	85	2	712	42	19	9	28	1.83
208299--208535	76	3.1	76	80	1	222	39	18	10	31	1.84
209573--209689	42	2.8	43	69	18	109	34	16	17	32	1.92
209548--209890	84	4.1	84	73	10	265	33	17	16	32	1.93
210770--210858	44	2.0	44	86	4	126	20	13	25	40	1.89
221755--221794	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
222397--222469	27	2.7	27	81	8	78	26	4	21	47	1.68
223664--223864	86	2.4	84	76	9	201	31	21	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223664--223932	85	3.2	84	75	6	245	30	21	17	30	1.96
226312--226351	20	2.0	20	100	0	80	30	10	30	30	1.90
230870--230969	5	20.0	5	75	4	85	69	2	7	22	1.23
234980--235029	21	2.4	21	89	0	73	22	24	14	40	1.90
236049--236539	76	6.5	76	79	5	406	39	19	10	30	1.85
236879--236920	19	2.1	21	83	16	54	21	19	9	50	1.75
238739--238926	93	2.0	93	100	0	376	34	22	15	27	1.95
241174--241254	28	2.7	31	81	11	105	20	38	19	20	1.94
241525--242053	76	6.9	76	83	1	614	41	19	10	28	1.85
252976--253080	31	3.4	31	84	1	140	13	27	30	28	1.94

Tables:   1   2