genome.fa.s7779.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007779.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110062_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  298930

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1494--1537	21	2.2	20	83	4	52	27	0	9	63	1.24
4088--4266	29	6.3	28	85	3	198	32	2	12	51	1.55
4104--4266	57	2.8	56	83	7	202	31	2	12	52	1.52
5547--5599	16	2.9	20	71	26	62	16	24	11	47	1.80
5622--5667	23	2.0	23	86	0	65	21	19	19	39	1.93
5647--5763	44	2.7	43	85	2	144	29	13	24	31	1.94
5723--6070	115	3.0	114	83	3	376	26	20	16	36	1.94
6462--6566	36	2.9	36	82	0	129	49	7	13	29	1.69
6643--6978	116	2.9	115	81	4	392	25	23	16	34	1.95
8031--8245	107	2.0	107	82	7	258	33	15	12	37	1.86
20085--20172	43	2.0	44	95	2	160	21	12	12	53	1.71
21408--21478	30	2.4	30	100	0	142	29	36	11	22	1.89
30346--30416	33	2.2	33	84	0	88	21	25	30	22	1.98
30591--30668	39	2.0	39	82	5	95	25	28	28	17	1.98
32936--32974	15	2.8	14	85	11	53	30	17	5	46	1.70
41504--41563	25	2.3	26	80	11	70	66	10	3	20	1.35
43789--43822	9	3.9	9	84	7	52	61	2	0	35	1.11
43785--43823	17	2.4	17	95	4	71	61	5	0	33	1.18
58598--58689	3	30.0	3	78	12	89	57	0	2	40	1.11
58600--58688	14	6.4	14	81	16	82	57	0	2	40	1.11
58598--58688	31	2.9	30	83	6	119	57	0	2	40	1.11
58948--59001	20	2.7	20	82	0	63	29	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58821--59108	121	2.4	119	91	1	461	34	19	15	30	1.93
67748--67834	3	29.0	3	75	15	65	59	0	2	37	1.10
67738--67828	10	8.6	10	78	14	85	56	0	2	41	1.12
67748--67828	28	3.2	24	78	14	85	58	0	2	39	1.12
67960--68232	119	2.3	119	94	0	483	36	18	12	32	1.88
68118--68341	99	2.3	99	88	0	322	34	16	13	34	1.89
76973--77052	3	26.0	3	74	14	65	56	1	1	41	1.15
76963--77048	28	3.2	26	81	16	88	53	1	1	44	1.15
76974--77052	34	2.2	36	82	12	101	56	1	1	40	1.15
76982--77052	31	2.3	31	85	9	101	56	1	1	40	1.17
79476--79527	21	2.4	22	87	9	72	26	23	17	32	1.96
81092--81352	118	2.2	118	86	2	355	36	14	18	30	1.90
81211--81673	218	2.1	218	81	5	504	38	14	15	31	1.88
83950--83995	21	2.0	22	84	12	58	43	23	10	21	1.84
86149--86187	18	2.2	18	90	0	60	53	7	7	30	1.57
86143--86206	24	2.7	24	82	0	74	53	9	6	31	1.58
89096--89137	22	2.0	22	90	4	68	47	7	9	35	1.64
89220--89263	21	2.1	21	91	0	70	27	4	20	47	1.69
89246--89759	200	2.6	200	91	0	814	31	15	14	38	1.87
89724--89781	21	2.7	22	91	5	100	56	10	10	22	1.62
89530--89982	223	2.0	221	89	3	687	33	14	13	38	1.85
89323--90170	422	2.0	422	91	1	1378	32	14	14	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89745--90287	199	2.7	200	89	2	822	31	15	13	39	1.86
97825--97862	20	1.9	20	94	0	67	23	18	13	44	1.85
97240--98065	183	4.5	183	89	1	1203	28	14	13	43	1.84
98508--98570	27	2.4	26	83	2	72	44	1	0	53	1.10
98530--98569	18	2.2	17	86	8	53	42	0	0	57	0.98
98539--98573	18	2.1	16	89	10	52	40	0	0	60	0.97
99579--99649	35	2.0	35	86	10	101	57	5	2	33	1.37
105266--105310	23	2.0	23	95	0	81	42	4	24	28	1.74
109335--109365	16	1.9	16	93	0	53	25	3	0	70	1.02
112608--112652	18	2.6	16	80	16	54	71	4	4	20	1.21
114946--114987	20	2.1	20	90	0	66	71	0	0	28	0.86
114955--115264	19	17.3	17	68	16	85	55	3	0	40	1.20
114977--115369	2	207.5	2	69	24	241	53	4	0	41	1.27
114999--115370	82	4.7	77	74	19	290	53	4	0	41	1.24
115403--115452	26	1.9	26	83	0	64	50	4	6	40	1.46
114976--115438	7	65.9	7	70	19	265	52	5	1	40	1.33
123613--123637	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
129953--129997	14	3.3	14	84	9	58	48	26	2	22	1.62
130852--131087	43	5.4	43	74	14	185	24	31	20	23	1.98
130891--131190	134	2.2	133	85	2	397	26	32	17	24	1.97
130891--131213	133	2.4	133	80	3	319	27	31	17	23	1.96
133200--133236	5	7.2	5	90	3	56	18	2	2	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145904--145951	20	2.4	20	82	0	60	10	29	58	2	1.43
145921--145952	17	1.9	16	93	6	55	9	31	59	0	1.29
148437--148461	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
158299--158325	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
159072--159470	200	2.0	198	95	4	714	39	13	16	30	1.87
159866--160147	72	3.9	73	86	4	354	40	10	14	35	1.80
159845--160147	147	2.1	147	86	2	412	40	10	13	34	1.80
160743--160783	21	1.9	22	85	5	57	29	19	14	36	1.92
164208--164308	23	4.4	23	75	2	78	36	20	20	21	1.95
164212--164300	46	1.9	46	83	0	115	33	21	22	22	1.97
164208--164308	46	2.2	46	78	0	112	36	20	20	21	1.95
164228--164331	23	4.5	23	78	4	93	35	21	23	20	1.96
164704--164742	20	2.1	18	86	13	53	41	20	5	33	1.74
166070--166118	20	2.5	20	93	0	89	28	22	30	18	1.97
168483--168516	18	1.9	17	88	5	50	58	0	29	11	1.33
168557--168601	23	2.0	22	91	4	72	28	22	26	22	1.99
168557--168617	22	2.7	23	85	7	81	24	21	29	24	1.99
176235--176430	103	1.9	108	88	6	303	39	12	10	38	1.77
177421--177467	20	2.4	20	89	10	71	29	19	4	46	1.68
179268--179308	21	1.9	22	95	5	75	29	19	14	36	1.92
179795--179842	22	2.1	23	88	3	71	39	20	12	27	1.89
180501--180784	108	2.7	109	81	4	310	35	13	10	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184817--184896	36	2.2	36	86	0	115	33	15	36	15	1.88
190781--190825	19	2.4	19	92	0	72	26	15	8	48	1.74
195334--196201	136	6.4	135	83	4	918	25	19	21	33	1.97
195334--196201	273	3.2	269	81	6	943	25	19	21	33	1.97
197163--197228	21	3.2	21	69	4	62	24	22	28	24	1.99
197210--197339	42	3.1	42	82	2	109	24	14	34	26	1.94
197234--197354	42	2.9	42	80	9	147	23	16	33	26	1.96
199091--199143	20	2.6	21	80	13	67	58	3	0	37	1.16
199096--199135	21	1.9	21	90	10	64	55	5	0	40	1.22
199369--199504	69	1.9	69	86	5	193	36	10	10	42	1.73
200082--200129	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
201078--201142	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
201507--201561	23	2.4	23	90	0	83	38	18	7	36	1.78
201920--201982	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
201080--202080	418	2.4	425	95	4	1859	38	13	8	39	1.75
204713--204750	20	2.0	20	85	15	53	31	15	10	42	1.81
204395--205237	181	4.6	182	96	2	1522	34	15	15	35	1.89
206446--206506	32	1.9	32	86	0	86	24	44	1	29	1.63
206543--206583	21	1.9	22	90	5	66	19	21	14	43	1.87
208949--208999	20	2.5	20	84	12	68	15	13	13	56	1.67
209061--209507	225	2.0	225	92	3	749	39	6	8	45	1.61
212557--212590	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213063--213107	20	2.2	20	88	0	63	26	24	13	35	1.92
213828--213925	20	4.8	20	72	12	74	42	15	13	28	1.84
213895--214297	197	2.0	197	90	1	637	40	13	15	30	1.86
217816--217866	19	2.7	19	82	8	68	39	0	3	56	1.18
223740--223816	23	3.6	22	78	11	65	31	20	18	29	1.96
224221--224263	19	2.2	19	83	4	50	16	0	16	67	1.24
226115--226155	19	2.3	19	87	8	59	36	4	4	53	1.44
228642--228806	64	2.6	65	81	10	187	29	18	23	28	1.98
229447--229492	23	2.0	23	100	0	92	52	26	4	17	1.63
231436--231517	23	3.7	23	78	6	105	26	23	25	24	2.00

Tables:   1   2