genome.fa.s7780.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007780.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110063_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  764298

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744--849	56	1.9	56	98	0	203	46	9	8	35	1.67
3647--3712	31	2.1	31	83	5	80	65	4	7	22	1.37
10326--10361	16	2.2	16	90	0	54	38	0	8	52	1.32
10391--10424	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
10615--10673	25	2.4	25	91	0	100	49	1	3	45	1.28
10917--11164	130	1.9	130	92	0	415	35	12	15	36	1.85
11560--11635	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
16045--16095	25	2.0	25	88	0	75	39	15	13	31	1.87
23006--23129	21	5.8	21	73	9	79	36	25	14	24	1.93
24367--24470	52	2.0	52	98	0	199	40	22	9	27	1.85
24553--24581	7	4.1	7	100	0	58	0	44	0	55	0.99
29611--29666	27	2.1	27	89	0	85	32	28	12	26	1.93
39965--40011	20	2.3	20	100	0	94	17	21	0	61	1.34
39965--40011	10	4.6	11	82	17	66	17	21	0	61	1.34
45044--45086	6	6.8	6	84	7	50	76	0	2	20	0.89
45044--45086	13	3.4	13	87	3	52	76	0	2	20	0.89
52234--52276	21	2.0	21	86	8	61	18	13	23	44	1.86
61478--61601	21	5.7	21	74	14	117	22	11	21	44	1.84
61473--61605	44	3.0	44	88	0	203	23	10	23	42	1.85
67373--67705	54	6.2	54	86	0	432	28	18	20	33	1.96
73557--73607	20	2.5	20	87	6	68	33	15	27	23	1.95
73650--73703	22	2.5	22	85	5	67	29	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74025--74411	54	7.1	54	87	1	551	29	18	18	33	1.95
77350--77473	21	5.7	21	80	14	144	23	9	25	41	1.85
77345--77477	44	3.0	44	92	0	221	24	9	27	39	1.85
81583--81641	28	2.1	28	81	12	68	15	16	20	47	1.83
82521--82562	17	2.5	17	100	0	84	33	16	26	23	1.96
82579--82616	14	2.7	14	100	0	76	23	28	18	28	1.98
85612--85672	20	3.0	21	85	9	90	16	39	27	16	1.90
86260--86315	23	2.4	23	84	0	76	23	39	8	28	1.85
90232--90302	27	2.6	27	88	6	99	19	9	21	49	1.77
91112--91144	17	2.0	17	88	5	50	39	12	6	42	1.67
93650--93697	24	2.0	24	87	0	69	37	10	12	39	1.77
101780--101845	23	2.9	23	83	0	78	15	21	25	37	1.92
103316--103384	30	2.3	31	79	2	77	37	17	5	39	1.74
108379--108412	9	3.7	9	88	4	50	55	0	32	11	1.36
108795--108834	18	2.2	19	86	13	57	35	0	7	57	1.27
109509--109552	22	2.0	22	100	0	88	22	27	18	31	1.97
114349--114426	39	2.0	39	85	5	104	34	15	24	25	1.95
115932--116101	88	1.9	87	89	3	261	37	17	21	24	1.94
122344--122414	27	2.6	27	82	6	72	23	11	18	46	1.81
122412--122445	18	1.9	17	88	5	50	14	20	8	55	1.65
123134--123167	17	2.0	17	88	0	50	41	11	2	44	1.56
123266--123310	13	3.4	13	81	6	63	35	22	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123246--123310	27	2.5	26	90	7	96	33	21	18	26	1.96
127870--127915	21	2.2	21	100	0	92	17	17	39	26	1.91
129337--129370	17	1.9	18	88	5	52	41	0	2	55	1.15
129327--129397	27	2.5	29	76	19	69	40	1	1	56	1.17
129588--129662	20	3.6	21	70	15	66	54	0	4	41	1.19
131260--131349	42	2.1	42	91	0	144	43	7	7	41	1.62
132164--132223	31	1.9	31	90	6	95	58	5	3	33	1.36
132202--132238	19	1.9	19	94	0	65	59	5	0	35	1.20
134564--134602	17	2.3	17	86	0	51	33	2	0	64	1.08
146865--146896	6	5.5	6	96	3	57	0	15	53	31	1.43
146979--147061	42	2.0	42	92	0	139	39	22	15	21	1.91
146989--147214	23	10.5	23	71	13	176	39	21	17	21	1.92
146989--147223	65	3.7	65	79	8	250	39	21	17	21	1.92
147060--147223	42	3.9	42	86	6	233	38	21	18	21	1.93
147025--147214	85	2.2	88	87	6	275	40	21	17	21	1.92
153871--153915	20	2.3	20	80	3	56	53	4	6	35	1.47
154174--154234	3	21.0	3	77	12	65	27	3	1	67	1.16
154167--154229	29	2.2	30	88	8	103	25	4	3	66	1.26
154180--154245	28	2.3	28	82	7	71	27	4	1	66	1.20
161892--162021	36	3.7	35	76	10	106	32	20	14	33	1.92
162272--162383	59	1.9	58	85	8	156	30	8	14	46	1.75
162261--162398	28	4.8	29	83	8	151	30	9	15	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162376--162492	37	3.4	37	68	20	115	29	12	12	44	1.80
162342--162573	67	3.6	65	85	6	274	29	11	13	45	1.78
162651--162768	63	1.9	62	84	8	159	28	17	11	41	1.85
162997--163235	40	5.7	41	71	15	157	23	30	18	26	1.98
162988--163146	82	1.9	86	87	7	236	24	30	18	25	1.98
162846--163201	128	2.8	129	86	4	513	24	31	18	25	1.98
162905--163118	46	4.9	45	71	13	171	25	30	19	24	1.98
163385--163445	3	21.0	3	77	12	65	27	3	1	67	1.16
163378--163440	29	2.2	30	88	8	103	25	4	3	66	1.26
163391--163456	28	2.3	28	82	7	71	27	4	1	66	1.20
167398--167461	23	2.8	23	85	0	74	46	9	4	39	1.57
168397--168976	106	5.5	106	92	0	901	23	16	23	35	1.95
171248--171285	18	2.0	20	85	10	53	26	15	13	44	1.83
191588--191625	19	2.0	20	89	5	60	76	15	7	0	1.01
197176--197255	3	27.7	3	79	12	87	38	2	0	58	1.11
197175--197255	8	10.1	8	84	12	105	39	2	0	58	1.12
197175--197266	46	2.0	47	85	6	125	41	3	0	55	1.16
204772--205048	44	6.2	45	89	3	416	32	23	7	36	1.84
204772--205048	90	3.1	91	93	2	472	32	23	7	36	1.84
204785--205056	134	2.0	133	93	2	465	31	23	8	36	1.84
204772--205056	89	3.2	89	91	4	441	32	23	7	36	1.83
207367--207452	43	2.0	42	88	2	127	30	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208693--209097	120	3.4	119	92	1	652	31	16	18	33	1.93
209230--209312	3	28.7	3	80	11	93	38	2	0	59	1.11
209229--209312	25	3.4	25	88	9	127	39	2	0	58	1.11
209254--209322	22	3.3	22	78	13	74	43	1	0	55	1.08
212560--212684	36	3.7	35	69	20	111	26	18	14	40	1.89
212553--212781	65	3.5	66	88	4	295	29	18	11	40	1.86
213239--213271	3	10.7	3	93	6	57	33	0	0	66	0.92
213396--213441	22	2.1	23	84	8	60	34	41	13	10	1.79
214316--214384	5	13.6	5	75	10	52	15	5	4	73	1.18
216868--216900	12	2.8	12	86	4	50	42	0	0	57	0.98
218305--218343	18	2.1	19	85	4	53	41	0	7	51	1.31
222151--222190	21	1.9	21	85	10	55	15	40	12	32	1.84
232191--232240	3	16.7	3	95	0	91	34	2	0	64	1.05
232239--232273	14	2.4	15	95	4	63	62	0	0	37	0.95
234332--234356	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
234396--234439	22	2.0	23	82	13	56	31	2	2	63	1.19
235932--235973	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
235932--235973	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
236031--236089	26	2.3	26	84	0	82	22	11	8	57	1.61
238035--238069	13	2.8	12	87	12	52	85	0	14	0	0.59
240288--241074	83	9.5	83	90	2	1267	25	14	22	36	1.93
240272--241074	166	4.8	166	98	0	1516	26	14	22	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241710--242347	116	5.6	113	91	4	828	36	14	20	28	1.92
242490--242543	3	18.0	3	96	0	99	33	1	0	64	1.04
242542--242576	14	2.4	15	95	4	63	62	0	0	37	0.95
246122--246172	20	2.5	20	100	0	102	15	21	0	62	1.32
250660--250721	21	2.9	21	81	9	72	50	8	9	32	1.65
250680--250721	22	2.0	22	90	4	68	45	9	9	35	1.69
255401--255463	26	2.4	26	97	0	117	46	0	0	53	1.00
256995--257048	21	2.6	21	73	5	56	29	16	9	44	1.79
259679--259746	20	3.6	19	71	15	61	22	25	20	32	1.98
272871--272917	19	2.5	19	86	6	60	40	12	12	34	1.82

Tables:   1   2   3   4