genome.fa.s7797.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007797.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110105_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  397486

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--11415	7	1640.0	7	98	1	22080	42	43	0	14	1.47
11412--11870	7	65.7	7	99	0	893	28	57	13	0	1.37
13253--13393	64	2.2	63	83	7	178	31	17	24	26	1.97
13381--13438	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
16632--16696	28	2.4	28	94	2	114	23	24	16	35	1.95
31624--31651	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
38296--38330	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
45798--45837	21	1.9	21	90	10	64	55	5	7	32	1.50
49661--49762	23	4.7	21	72	11	73	24	25	21	28	1.99
53797--53837	21	2.0	21	95	4	75	24	4	21	48	1.69
53923--54028	24	4.3	25	66	25	66	66	13	2	17	1.37
59191--59280	31	2.9	31	93	0	153	43	7	6	42	1.60
60650--60717	31	2.2	31	94	0	118	39	4	8	47	1.55
68720--68757	17	2.1	19	85	9	53	52	18	10	18	1.73
75260--75320	21	3.2	21	60	26	53	50	24	8	16	1.72
75252--75321	36	1.9	36	100	0	140	50	21	8	20	1.74
75254--75330	36	2.1	36	92	0	127	50	19	11	18	1.77
77115--77194	23	3.5	23	76	10	83	55	2	1	41	1.21
77394--77509	42	2.7	43	85	7	157	46	0	0	51	1.12
78662--78812	74	2.0	74	92	0	248	39	10	19	30	1.85
82039--82888	451	1.9	451	89	0	1326	27	21	24	25	1.99
85302--85368	28	2.4	28	100	0	134	31	14	19	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101083--101157	5	13.8	5	76	15	69	8	22	50	18	1.73
101076--101158	17	5.3	17	77	14	81	10	22	48	18	1.79
101069--101157	22	4.0	22	95	2	151	11	23	47	17	1.80
101156--101233	19	4.1	19	80	14	97	26	29	26	16	1.97
101154--101232	10	8.3	9	83	6	86	26	29	29	15	1.96
101155--101251	29	3.4	28	83	9	99	28	27	26	16	1.97
103103--103243	70	2.0	70	100	0	282	34	24	17	24	1.96
105291--105332	21	2.0	21	100	0	84	23	4	38	33	1.76
105293--105340	21	2.3	21	92	0	78	27	8	31	33	1.86
115679--115987	35	8.8	32	73	21	128	42	4	7	44	1.54
115768--115987	34	6.4	32	75	19	126	44	4	8	43	1.54
115680--115962	110	2.6	106	79	12	274	43	4	7	43	1.55
115831--115952	33	3.3	39	82	12	141	46	4	5	42	1.49
115783--116021	73	3.4	69	73	16	197	45	4	7	43	1.51
117508--117581	20	3.7	20	76	3	85	41	18	21	17	1.90
117511--117590	41	2.0	41	100	0	160	43	16	22	17	1.87
117525--117595	21	3.4	21	74	3	81	43	16	22	16	1.87
117505--117597	41	2.2	41	90	1	159	41	16	22	19	1.89
117527--117661	41	3.3	41	80	4	121	39	19	20	21	1.93
117631--117682	20	2.6	20	93	0	86	28	28	17	25	1.97
118258--118443	20	10.1	19	75	14	131	12	22	21	43	1.86
118311--118398	33	2.6	33	90	1	131	11	26	25	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120442--120564	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
120498--120564	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
121919--121954	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
122133--122283	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
122130--122262	66	2.0	66	94	0	230	16	22	19	41	1.90
122137--122263	33	3.8	33	86	4	184	14	22	19	42	1.88
124553--124577	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
124752--124805	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
125912--126027	33	3.4	33	81	11	142	14	22	18	43	1.87
125912--125998	19	4.8	19	87	9	130	14	21	16	47	1.82
128020--128086	19	3.5	19	79	4	71	37	20	23	17	1.94
128075--128132	14	3.9	14	75	16	62	48	24	17	10	1.78
128059--128137	32	2.4	33	91	2	133	46	22	18	11	1.81
128160--128223	14	4.4	14	78	16	67	10	14	23	51	1.73
128149--128239	32	2.8	33	91	3	148	12	16	21	49	1.78
128224--128267	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
128751--128795	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
130115--130152	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
130417--130460	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
130648--130700	20	2.7	20	93	0	88	24	18	28	28	1.98
130711--130762	20	2.5	20	81	3	59	17	25	19	38	1.93
135165--135287	64	1.9	64	91	0	201	33	18	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135655--135690	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
135710--135779	29	2.4	29	97	2	133	44	15	21	18	1.87
135867--135896	15	2.0	15	93	0	51	13	23	33	30	1.93
142054--142215	64	2.5	64	84	5	195	30	19	22	26	1.98
142183--142234	19	2.7	19	100	0	104	28	17	30	23	1.97
142119--142299	83	2.2	83	82	4	204	32	22	21	24	1.98
142610--142645	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
142665--142763	29	3.4	29	94	1	164	44	14	22	19	1.86
145487--146428	164	5.8	165	84	4	1203	30	23	19	26	1.98
145487--146428	329	2.9	329	89	3	1359	30	23	19	26	1.98
147094--147409	35	8.9	36	70	21	111	45	4	6	43	1.49
147256--147339	40	2.1	39	86	6	116	50	4	7	38	1.51
147453--147484	15	2.1	15	94	0	55	18	9	0	71	1.12
147451--147509	20	3.1	19	85	4	82	23	8	1	66	1.29
148602--148713	19	6.2	18	67	11	59	18	5	2	73	1.15
148651--148705	22	2.5	22	77	13	60	23	3	5	67	1.28
156746--156774	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
157132--157172	21	2.0	21	85	9	57	36	0	12	51	1.40
159149--159189	22	2.0	21	85	9	57	26	26	24	21	2.00
170292--170335	21	2.1	22	83	8	56	29	9	11	50	1.69
171890--171923	8	4.4	8	96	3	61	26	0	52	20	1.46
179464--179495	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180995--181036	21	2.2	20	87	12	61	69	0	19	11	1.19
181069--181105	19	1.9	20	94	5	67	75	0	0	24	0.80
182786--183766	105	9.3	105	97	0	1818	22	18	25	33	1.97
195052--195093	20	2.3	19	84	15	61	66	0	21	11	1.23
195123--195155	15	2.1	16	94	5	59	75	0	0	24	0.80
206639--206693	29	1.9	28	88	3	83	47	12	10	29	1.76
207134--207194	20	3.0	20	73	20	63	45	4	1	47	1.34
207745--207772	6	4.7	6	100	0	56	50	0	32	17	1.47
214067--214403	168	2.0	169	94	1	597	29	16	18	35	1.93
234522--234569	6	8.0	6	100	0	96	16	16	50	16	1.79
241225--241473	117	2.1	117	87	0	372	32	19	31	16	1.94
241225--241536	117	2.7	116	83	3	313	32	19	32	16	1.93
242144--242178	15	2.3	15	95	0	61	20	11	31	37	1.88
246131--246165	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
258795--258906	41	2.7	41	73	10	95	34	15	17	32	1.91
258881--258961	42	2.0	42	85	2	110	33	12	17	37	1.87
259267--259636	184	2.0	184	93	2	636	45	8	3	42	1.52
263878--263916	19	2.1	19	90	4	62	41	12	0	46	1.42
268895--269068	85	2.0	85	92	0	285	24	22	26	26	2.00
275048--275116	34	2.0	34	94	0	120	18	20	23	37	1.94
281309--281510	100	2.0	100	98	0	386	40	25	16	17	1.91
288918--289047	60	2.2	60	84	5	174	30	28	4	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289170--289357	60	3.1	59	76	6	164	40	5	20	32	1.75
292756--292806	25	2.0	25	100	0	102	19	11	15	52	1.73
294792--294833	15	2.8	15	100	0	84	7	14	11	66	1.43
300398--300447	20	2.5	20	83	3	66	42	0	12	46	1.41
321757--322014	118	2.2	116	85	2	329	39	11	15	32	1.83
326101--326126	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
339467--339518	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
339507--339641	20	6.7	20	80	7	121	33	24	17	24	1.96
339504--339635	61	2.2	61	87	0	183	35	24	16	23	1.95
339809--339852	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85

Tables:   1   2