genome.fa.s7803.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007803.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110121_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  468357

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17154--17199	13	3.5	13	87	0	74	34	19	15	30	1.93
23677--23705	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
24214--24258	18	2.5	18	92	7	74	40	33	11	15	1.83
27041--27110	26	2.7	26	86	4	97	38	22	14	24	1.91
27413--27456	20	2.1	21	84	16	56	13	18	0	68	1.22
28528--28583	22	2.8	19	80	15	67	23	1	26	48	1.61
28538--28604	22	3.0	22	95	0	116	20	0	25	53	1.46
34292--34350	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
38956--39014	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
42065--42184	60	2.0	60	100	0	240	33	11	18	36	1.87
42253--42301	22	2.3	22	82	3	64	16	10	8	65	1.46
44715--44757	20	2.2	20	87	8	61	53	4	16	25	1.62
51252--51309	21	2.7	21	86	2	80	41	17	22	18	1.90
51759--51891	63	2.1	63	94	2	232	28	27	6	36	1.82
53025--53069	18	2.8	16	81	15	56	42	0	0	57	0.98
53848--53888	22	2.0	22	85	9	59	53	2	0	43	1.13
68667--68710	23	2.0	23	86	4	63	11	13	4	70	1.31
69314--69351	18	2.1	19	90	5	60	23	7	5	63	1.42
86223--86298	31	2.5	31	84	0	89	18	10	14	56	1.66
86240--86299	31	1.9	31	89	0	93	18	10	13	58	1.62
87007--87078	30	2.4	31	83	6	103	55	15	9	19	1.67
87502--87551	19	2.6	20	81	9	59	46	4	6	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88418--88529	45	2.5	45	97	0	206	31	8	10	49	1.68
105718--105770	16	3.6	16	75	19	69	15	35	3	45	1.64
105708--105773	28	2.4	28	97	0	123	13	36	3	46	1.59
120133--120179	21	2.2	21	96	0	85	8	55	19	17	1.67
123590--123818	76	3.0	75	83	3	264	30	14	18	36	1.91
132455--132529	36	2.1	36	87	2	107	26	18	20	34	1.95
133845--133935	31	3.0	31	95	3	159	34	6	16	42	1.74
134115--134156	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
134439--134508	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
137148--137180	15	2.1	16	88	5	50	27	9	30	33	1.88
140324--140350	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
141710--141738	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
145473--145540	35	1.9	35	87	3	100	47	4	5	42	1.48
145813--145871	26	2.3	26	90	0	91	44	22	18	15	1.87
146205--146247	16	2.5	19	75	24	51	53	23	9	13	1.69
155738--155771	13	2.6	13	90	0	50	50	5	0	44	1.26
159588--159618	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
175999--176031	13	2.5	14	85	14	52	75	3	21	0	0.93
180140--180273	72	1.9	72	84	1	180	47	8	13	30	1.74
180418--180708	76	3.8	74	79	7	298	36	17	10	35	1.84
189807--189851	21	2.2	21	84	4	56	28	28	26	15	1.96
190385--190431	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190641--190793	30	5.0	31	91	3	231	20	20	22	36	1.95
193857--193902	21	2.2	21	88	0	65	30	28	26	15	1.96
194497--194543	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
194759--194945	31	6.0	31	91	1	277	20	20	21	36	1.95
206365--206401	14	2.6	14	95	0	65	0	35	0	64	0.94
209583--210119	180	3.0	179	87	1	729	31	19	15	33	1.93
214015--214115	51	2.0	51	96	0	184	34	11	21	31	1.90
218204--218232	6	4.8	6	100	0	58	17	51	0	31	1.45
230275--230328	18	2.8	19	78	16	58	11	18	12	57	1.64
238329--239974	822	2.0	821	97	0	3094	28	8	20	42	1.81
244841--244890	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
247198--247247	26	1.9	26	91	0	82	26	16	28	30	1.96
254896--254974	2	40.0	2	91	7	126	50	0	2	46	1.14
254961--255032	23	3.2	22	75	18	69	65	0	5	29	1.15
254970--255048	19	4.0	19	73	18	72	65	0	3	30	1.10
254901--255048	16	8.6	16	77	17	73	58	0	3	37	1.15
256045--256273	85	2.7	83	77	7	219	26	17	20	35	1.95
256509--256712	110	1.9	110	86	0	291	24	17	22	36	1.95
257446--257749	65	4.5	65	73	9	223	40	11	20	28	1.86
257446--257601	65	2.3	67	89	3	226	37	8	21	32	1.84
257560--257785	36	6.4	36	76	11	182	40	12	19	27	1.88
257575--257663	37	2.4	36	90	1	133	42	16	20	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257506--257760	138	1.8	138	87	0	375	40	12	20	26	1.88
257594--257872	101	2.7	101	82	2	290	40	11	18	29	1.86
259525--259584	26	2.4	25	83	8	70	3	18	3	75	1.09
259526--259578	13	4.0	13	81	11	63	1	16	3	77	1.01
259525--259577	28	2.0	25	89	10	79	3	16	3	75	1.10
262557--262581	7	3.6	7	100	0	50	48	0	12	40	1.40
262625--262673	18	2.7	19	81	12	59	75	0	4	20	0.96
262715--262739	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
262834--262907	22	3.3	23	75	16	66	68	0	4	27	1.07
264339--264446	46	2.3	46	82	0	144	26	24	9	39	1.85
264444--264640	81	2.4	81	87	1	288	30	22	10	36	1.88
264618--264678	27	2.3	27	88	5	88	26	24	8	40	1.83
264537--264741	108	1.9	108	89	0	320	30	21	10	37	1.87
264645--265105	80	5.7	81	87	2	642	32	20	12	35	1.89
264456--264822	189	1.9	189	88	0	554	31	20	10	37	1.87
271738--271807	30	2.3	30	85	7	97	22	22	21	32	1.98
274257--274314	21	2.8	21	86	0	71	22	39	27	10	1.86
279056--279118	3	21.0	3	96	0	99	38	0	0	61	0.96
284443--284474	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
286777--287104	161	2.0	165	97	2	619	37	16	17	28	1.92
291908--291963	13	4.2	13	82	13	69	87	0	10	1	0.62
291905--291957	22	2.5	22	84	12	74	86	0	11	1	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292938--293286	93	3.9	92	87	10	549	29	12	21	35	1.91
293244--293331	45	2.0	44	93	6	151	42	12	19	26	1.86
294200--294871	223	3.0	226	86	8	924	36	13	20	29	1.91
294200--294871	116	6.0	115	86	7	841	36	13	20	29	1.91
295106--295132	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
303041--303202	65	2.5	65	85	6	204	30	24	18	27	1.98
309018--309098	24	3.6	23	73	17	80	23	24	23	28	2.00
311773--311956	65	2.9	64	78	8	196	30	24	18	26	1.98
311910--311952	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
311780--311956	64	2.7	64	75	14	175	29	24	18	26	1.98
317382--317432	26	2.0	26	92	0	84	21	17	19	41	1.91
318344--318389	18	2.4	19	79	20	51	36	0	15	47	1.45
320873--320906	1	34.0	1	87	0	50	0	0	5	94	0.32
322707--322760	25	2.1	26	93	3	92	50	11	7	31	1.66
333040--333119	20	4.0	20	68	22	60	48	3	1	46	1.28
333136--333183	23	2.1	23	92	3	80	52	0	2	45	1.12
333619--333920	151	2.0	152	98	0	588	34	10	14	40	1.81
337524--337566	20	2.1	21	91	4	70	41	13	6	37	1.72
344759--344983	110	2.1	108	93	1	378	27	29	14	28	1.95
344759--344983	55	4.1	55	88	1	337	27	29	14	28	1.95
344942--345493	51	10.5	51	83	6	563	24	25	17	32	1.97
344957--345504	207	2.6	208	86	6	739	25	24	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345033--345466	156	2.8	153	85	5	543	23	25	17	32	1.97
344983--345505	156	3.3	152	81	6	532	24	25	17	32	1.97
345875--346140	36	7.4	36	87	2	329	20	19	23	36	1.95
348821--348920	43	2.2	44	82	8	123	9	18	0	73	1.09
351214--351248	6	5.8	6	90	9	54	48	17	17	17	1.81
358213--358259	24	1.9	25	82	4	60	29	19	8	42	1.80
359776--359808	17	2.1	16	88	11	50	24	6	0	69	1.10
360042--360153	31	3.6	31	79	1	125	46	5	8	40	1.56
362550--362575	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
368301--368427	45	2.8	45	100	0	254	29	11	11	46	1.76

Tables:   1   2