genome.fa.s7806.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007806.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110125_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  416740

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18333--18378	20	2.3	20	100	0	92	23	30	34	10	1.89
19408--19461	22	2.4	22	82	17	67	51	11	5	31	1.60
26216--26260	24	1.9	23	82	13	56	24	2	24	48	1.62
28702--28736	4	8.8	4	93	0	61	54	0	22	22	1.45
30124--30241	54	2.2	54	81	6	132	30	17	14	37	1.90
34511--34625	45	2.6	45	90	1	178	30	25	6	37	1.82
34724--34790	33	2.0	33	97	0	125	29	26	16	26	1.97
42362--42526	72	2.3	72	83	5	199	27	17	10	43	1.83
43222--43257	15	2.4	15	100	0	72	27	13	19	38	1.90
43764--43895	44	3.0	44	81	2	147	32	25	20	21	1.97
49125--49179	26	2.2	25	81	15	69	41	12	12	32	1.81
50141--50189	25	2.0	25	91	0	80	28	18	22	30	1.97
52602--52649	18	2.7	18	93	0	78	35	4	29	31	1.76
53009--53533	44	12.0	44	89	0	719	40	10	21	27	1.86
53171--53297	25	5.6	24	66	21	85	39	11	22	25	1.89
56743--56774	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
63239--63379	45	3.2	45	66	14	132	44	9	7	39	1.64
63214--63345	40	3.2	40	64	15	104	46	12	8	32	1.72
63213--63389	85	2.1	85	96	3	338	46	11	7	33	1.70
63375--63461	35	2.5	34	80	12	97	54	10	8	27	1.62
63456--63539	34	2.5	33	79	12	91	61	14	2	21	1.43
65709--65741	16	1.9	18	88	11	52	60	3	0	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80498--80527	15	2.0	15	93	0	51	63	0	16	20	1.31
80626--80675	18	2.9	17	78	3	55	80	2	6	12	0.98
80666--80751	39	2.2	39	87	10	129	69	0	2	27	1.00
80611--80738	30	4.4	31	75	15	100	74	0	4	20	1.05
80637--80721	25	3.6	22	73	16	64	75	1	3	20	1.02
80670--80759	40	2.4	37	85	9	110	70	0	2	27	1.00
80680--80793	40	2.9	36	78	16	104	65	0	2	30	1.12
80798--80854	24	2.3	25	82	11	64	73	3	5	17	1.16
80806--80882	24	3.4	22	76	15	68	70	3	7	18	1.28
81190--81258	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
81807--82428	105	6.0	105	91	2	891	22	17	26	33	1.96
83058--83228	68	2.5	68	82	4	204	36	8	21	33	1.84
83204--83484	36	8.0	35	76	12	245	40	13	19	25	1.89
83156--83465	138	2.3	137	83	1	397	40	12	20	27	1.88
83240--83428	102	1.9	102	85	4	265	40	13	19	26	1.89
83346--83518	36	4.8	36	85	4	172	39	16	20	23	1.91
83965--84000	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
85042--85086	23	2.0	23	86	0	63	2	20	8	68	1.27
85072--85145	8	10.1	7	78	18	64	0	13	5	81	0.86
88155--88184	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
88158--88192	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
88283--88331	17	2.9	16	79	8	53	79	2	6	12	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88320--88393	29	2.6	28	79	16	73	71	0	2	25	0.99
88271--88380	46	2.4	45	78	12	118	75	0	3	20	1.01
88448--88532	23	3.8	22	75	18	70	69	3	7	20	1.27
88840--88905	34	1.9	34	96	0	123	33	12	12	42	1.79
89036--89085	26	2.0	25	88	4	73	34	2	0	64	1.05
90283--90400	33	3.3	33	67	24	94	24	11	25	38	1.90
90275--90424	76	2.0	76	96	2	275	26	14	24	35	1.93
93250--93295	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
98319--98345	13	2.1	13	100	0	54	14	37	0	48	1.45
99798--99965	85	2.0	85	80	6	189	31	17	19	31	1.95
107717--107757	19	2.2	19	86	8	57	19	0	9	70	1.14
109553--109586	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
117512--117981	230	2.0	230	91	0	762	26	15	18	39	1.90
121767--121814	24	2.0	24	95	0	87	22	20	20	35	1.96
121893--121966	35	2.1	35	97	0	139	9	27	28	35	1.88
134170--134444	7	38.6	7	70	21	157	54	5	0	39	1.28
134134--134188	25	2.2	26	83	9	69	63	0	1	34	1.05
134173--134391	5	44.0	5	69	22	133	54	4	0	40	1.23
134182--134389	60	3.4	61	75	15	171	54	4	0	40	1.24
134170--134439	52	5.4	50	76	17	228	54	5	0	40	1.28
134260--134421	10	16.5	10	77	20	93	53	6	0	38	1.32
137884--137917	15	2.3	15	95	5	61	58	0	8	32	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143718--143763	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
148278--148324	22	2.0	22	84	12	58	53	12	2	31	1.51
157604--157636	15	2.2	15	100	0	66	36	18	6	39	1.75
159923--161005	543	2.0	543	93	0	1846	28	22	15	33	1.94
162513--162567	24	2.3	24	84	6	76	30	25	16	27	1.96
165378--165418	15	2.6	16	77	22	50	56	4	4	34	1.42
177124--177198	35	2.1	35	87	0	105	44	24	0	32	1.54
177194--177270	35	2.2	35	81	4	93	40	0	18	41	1.50
178078--178263	92	2.1	89	91	3	300	45	8	6	39	1.59
178711--178744	18	1.9	18	88	5	52	55	5	5	32	1.48
181295--181351	26	2.2	25	84	12	71	36	15	1	45	1.57
181444--181493	16	2.9	17	78	18	50	38	2	12	48	1.52
181454--181488	18	1.9	18	88	11	54	42	0	11	45	1.40
187022--187413	186	2.1	186	94	1	689	42	3	8	45	1.53
191333--191365	16	2.2	16	89	10	52	27	9	24	39	1.85
192305--192398	23	4.1	23	78	0	89	18	21	22	38	1.93
194955--195051	47	2.1	46	84	7	126	24	18	7	49	1.73
195083--195262	67	2.7	67	93	0	315	29	22	15	32	1.95
195538--195696	79	2.0	79	93	0	273	15	14	32	37	1.87
195866--195913	14	3.2	16	82	14	57	72	2	0	25	0.95
195870--195913	5	9.0	5	85	5	54	72	2	0	25	0.96
195943--196281	36	9.7	37	74	16	305	43	7	3	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195992--196082	12	7.3	12	72	14	60	43	6	3	46	1.46
195943--196281	74	4.8	72	82	13	381	43	7	3	46	1.48
196023--196087	27	2.4	27	94	2	112	41	6	4	47	1.49
196177--196241	25	2.4	27	90	7	98	43	7	3	46	1.48
196141--196279	65	2.2	61	91	6	215	43	7	3	45	1.50
196202--196281	38	2.0	40	95	4	146	45	7	2	45	1.45
196202--196303	38	2.5	39	81	12	109	44	6	3	45	1.49
201097--201152	20	2.8	20	91	0	94	30	33	16	19	1.94
201116--201324	65	3.2	63	78	12	192	32	23	16	27	1.96
214914--214977	11	5.8	11	80	12	69	3	10	9	76	1.12
214914--214977	22	2.9	22	80	0	83	3	10	9	76	1.12
216868--216901	14	2.5	14	95	4	61	44	8	0	47	1.34
217199--217406	65	3.2	63	77	12	199	31	24	17	27	1.97
220726--220816	30	3.3	27	73	15	78	57	2	5	35	1.34
222221--222274	20	2.7	19	83	11	63	48	18	20	12	1.81
222288--222381	20	4.4	20	77	8	71	35	17	27	20	1.94
222469--222511	6	7.2	6	100	0	86	34	48	16	0	1.46
248771--249026	118	2.2	118	89	0	388	35	13	18	32	1.90
248879--249466	226	2.6	225	86	4	826	36	13	17	31	1.89
249702--249751	2	25.5	2	85	4	66	2	2	46	50	1.24
254002--254040	18	2.2	18	90	0	60	53	10	5	30	1.56
253996--254059	24	2.7	24	87	0	92	51	10	4	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256607--256646	18	2.2	18	86	0	53	35	10	27	27	1.89
256980--257648	200	3.3	200	86	3	927	31	16	11	41	1.84
260057--260088	16	2.0	16	93	0	55	31	28	0	40	1.57
262413--262823	183	2.2	183	90	2	621	28	14	12	43	1.83
262650--262958	163	1.9	163	95	0	555	29	11	11	46	1.76
263104--263145	21	2.0	21	100	0	84	23	19	19	38	1.93
265089--265139	2	26.5	2	76	7	52	50	0	0	49	1.00
265097--265180	42	2.0	42	82	13	102	48	0	2	48	1.14
266037--266422	136	2.8	137	82	4	454	32	15	15	36	1.89
271333--271419	44	2.0	44	90	0	138	19	24	12	43	1.85

Tables:   1   2