genome.fa.s785.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000785.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001523_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  195188

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1098--1131	16	2.1	17	88	5	52	32	0	11	55	1.36
2667--2732	3	22.7	3	79	17	77	68	0	0	31	0.90
3081--3845	84	9.2	83	78	5	726	24	19	25	30	1.98
3081--3846	248	3.1	248	88	2	1083	24	19	25	30	1.98
3214--3842	332	1.9	330	82	4	793	24	19	25	30	1.98
3966--4591	217	2.9	216	86	4	833	26	18	20	34	1.96
4012--4593	109	5.4	110	85	3	804	25	18	21	34	1.96
8324--8387	21	3.1	22	76	10	57	75	0	6	18	1.01
8833--8890	24	2.5	22	86	13	82	70	0	0	29	0.87
8830--8888	19	3.2	19	79	13	61	72	0	0	27	0.84
8841--8888	17	2.8	16	84	9	51	70	0	0	29	0.87
11280--11319	14	2.8	15	85	11	57	15	7	15	62	1.53
11559--11619	24	2.5	24	100	0	122	11	14	18	55	1.68
11703--11736	16	2.0	17	88	11	52	8	14	17	58	1.61
15018--15096	41	1.9	42	92	2	133	27	8	7	55	1.58
18426--18474	19	2.5	20	86	3	64	46	6	12	34	1.66
21749--21805	13	4.7	12	76	23	57	3	15	3	77	1.05
21739--21812	33	2.2	33	81	11	89	5	14	5	74	1.18
21735--21812	17	4.8	16	73	17	63	5	15	5	74	1.17
24163--24198	16	2.2	17	90	5	56	47	0	2	50	1.15
25140--25186	20	2.4	20	82	3	60	48	2	2	46	1.25
28997--29059	29	2.2	28	83	10	83	19	3	14	63	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33607--33635	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
34368--34433	3	22.0	3	79	11	73	60	1	0	37	1.06
34357--34433	24	3.0	25	92	7	120	58	1	0	40	1.06
34558--35277	76	9.5	76	96	1	1318	35	21	21	21	1.96
35952--36006	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
38604--39024	92	4.6	92	96	0	754	35	23	14	26	1.93
45943--45993	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
47518--47546	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
48281--48346	3	22.0	3	79	11	73	60	1	0	37	1.06
48270--48346	24	3.0	25	92	7	120	58	1	0	40	1.06
52563--52594	7	4.4	7	96	4	55	12	18	0	68	1.20
53560--53622	3	20.3	3	84	12	83	63	1	1	33	1.13
53795--54373	134	4.3	134	82	3	675	30	16	21	32	1.95
53806--54376	268	2.1	268	85	3	747	30	15	21	32	1.95
55576--55617	19	2.2	19	87	8	59	7	16	0	76	1.00
55629--55682	20	2.8	19	91	5	83	14	11	0	74	1.08
57467--57517	23	2.2	23	85	0	66	25	21	21	31	1.98
59152--59195	17	2.6	17	96	0	79	52	11	13	22	1.72
59549--59591	18	2.4	18	88	7	61	9	11	2	76	1.10
65945--66010	3	21.3	3	82	11	80	63	1	3	31	1.19
66637--66829	97	2.0	98	96	1	361	24	25	18	31	1.98
66800--66851	21	2.5	21	83	0	68	19	23	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66816--66867	21	2.3	23	83	6	63	23	21	15	40	1.91
66826--66974	42	3.6	41	77	3	145	27	17	16	38	1.91
66904--66968	19	3.2	19	70	16	58	29	18	18	33	1.95
67059--67088	6	5.2	6	96	4	53	30	53	16	0	1.44
67213--67300	42	2.1	42	97	0	167	36	22	20	20	1.95
67229--67321	21	4.4	21	82	10	118	32	27	20	19	1.97
67213--67321	42	2.6	41	88	5	121	34	24	20	20	1.96
67215--67332	21	5.7	20	79	11	96	34	23	20	21	1.96
67770--68302	157	3.4	157	85	3	653	27	18	7	46	1.75
68583--68612	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
70329--70356	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71356--71401	23	1.9	23	86	8	65	52	4	4	39	1.41
71356--71403	24	2.0	25	84	12	64	52	4	4	39	1.40
71404--71462	22	2.5	22	86	8	73	54	0	5	40	1.23
71403--71469	25	2.8	25	75	24	72	55	0	4	40	1.20
71436--71488	26	2.1	25	82	10	63	50	1	3	43	1.30
72810--72916	36	3.0	35	85	6	126	38	12	7	42	1.71
73739--73858	2	61.5	2	87	8	167	53	1	0	45	1.10
75441--75493	24	2.2	24	82	0	61	37	22	15	24	1.92
76137--76178	22	1.9	22	90	0	66	26	23	28	21	1.99
76220--76348	30	4.4	30	88	5	176	40	23	5	31	1.77
76368--76392	13	1.9	13	100	0	50	12	24	48	16	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76356--76409	17	3.0	18	78	8	56	18	22	40	18	1.91
79518--79684	84	2.0	84	98	0	325	36	26	16	20	1.94
82491--82598	31	3.5	31	81	3	112	24	18	21	36	1.95
82513--82619	31	3.5	31	81	6	94	24	18	23	33	1.97
85020--85066	24	2.0	24	82	0	58	38	21	14	25	1.92
85787--85915	30	4.4	30	85	4	165	41	20	6	31	1.77
85786--85915	58	2.2	58	83	5	163	40	20	6	32	1.77
92027--92088	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
93234--93278	20	2.2	20	84	0	63	48	11	17	22	1.78
93022--93495	182	2.6	181	88	3	693	42	14	16	26	1.87
93416--93462	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
93425--93467	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
95666--95709	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
95743--95808	33	2.0	33	87	0	96	28	1	48	21	1.59
97600--97648	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
97767--99137	199	6.9	198	95	0	2400	37	14	17	30	1.90
100601--100682	6	13.7	6	80	0	65	37	7	31	23	1.82
100601--100682	12	6.8	12	84	0	92	37	7	31	23	1.82
100618--100698	3	27.0	3	77	5	83	37	4	30	27	1.78
100601--100682	36	2.3	36	91	0	128	37	7	31	23	1.82
101891--101924	16	2.1	16	94	0	59	47	5	20	26	1.73
102286--102358	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102717--102789	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
102078--103132	431	2.5	431	96	0	1981	41	7	11	39	1.70
105755--105819	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
106107--106179	23	3.2	23	88	7	112	34	1	21	42	1.62
106107--106204	46	2.1	45	81	7	108	34	4	17	43	1.68
106538--106610	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
105819--107638	431	4.2	431	97	0	3448	40	7	12	40	1.71
106969--107041	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
107400--107472	23	3.2	23	88	0	101	35	4	20	39	1.72
107949--107996	23	2.1	23	92	0	78	35	18	10	35	1.85
110378--110491	30	3.8	30	92	1	174	32	13	17	36	1.88
112992--113096	30	3.5	29	73	7	84	25	18	18	38	1.93
113327--113369	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
115123--115166	21	2.1	21	95	0	79	31	0	13	54	1.39
115143--115205	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
115194--115218	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
119119--119310	49	3.9	49	93	2	312	42	0	10	46	1.39
119457--119513	19	3.2	18	72	23	57	36	0	10	52	1.36
119520--119739	14	16.3	14	74	15	171	45	1	7	45	1.41
119489--119725	12	19.2	11	74	16	123	43	1	8	45	1.44
119856--119900	24	1.9	24	86	4	65	40	2	4	53	1.33
119867--119908	17	2.5	17	80	0	57	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119824--119950	59	2.2	56	83	11	148	39	3	7	50	1.46
122218--122284	30	2.2	31	79	10	77	46	11	1	40	1.50
122464--122503	21	1.9	21	94	0	71	57	12	0	30	1.36
122531--122592	29	2.2	27	76	17	72	51	8	1	38	1.41
122592--122651	30	2.1	28	81	12	68	45	10	0	45	1.37
122716--122780	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
122834--122873	21	1.9	21	94	0	71	60	15	0	25	1.35
122964--122997	17	1.9	18	94	5	61	61	2	0	35	1.11
122964--123002	20	2.1	18	85	9	51	61	5	0	33	1.18
123169--123257	23	3.9	23	89	0	133	40	15	23	20	1.91

Tables:   1   2