genome.fa.s7850.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007850.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110209_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1775394

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767223--767318	40	2.4	40	91	0	156	38	23	22	14	1.92
767337--767439	19	5.7	19	89	7	162	15	21	16	46	1.84
769028--769118	42	2.2	42	81	0	110	21	16	39	21	1.92
769056--769116	21	2.9	21	77	0	68	22	13	39	24	1.90
769457--769495	20	2.0	20	89	0	60	38	25	7	28	1.83
769467--769535	20	3.5	20	83	0	66	40	26	17	15	1.89
769530--769599	19	3.9	19	78	17	96	48	18	20	12	1.80
769557--769615	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
769538--769620	33	2.5	33	98	0	157	49	21	18	10	1.77
769627--769723	19	5.7	18	70	23	84	12	18	21	47	1.81
769649--769707	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
769632--769723	33	2.8	33	96	0	166	11	17	21	48	1.79
769709--769751	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
769717--769762	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
770297--770344	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
771638--771694	20	2.8	20	86	0	69	43	21	17	17	1.88
772142--772257	20	5.6	22	75	11	95	21	17	24	37	1.94
772182--772259	41	1.9	41	89	0	120	19	16	24	39	1.91
772182--772277	41	2.3	41	83	3	113	19	18	23	37	1.94
772286--772338	21	2.5	22	75	6	65	35	16	26	20	1.94
773726--773759	12	2.9	11	87	12	50	70	0	0	29	0.87
773767--773825	23	2.5	23	84	13	75	40	10	1	47	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773860--773959	44	2.2	45	81	10	116	47	7	2	44	1.41
773860--773975	23	5.0	24	76	14	95	45	6	3	44	1.45
773821--773948	67	1.9	68	85	9	181	46	7	2	43	1.45
773937--773996	33	1.9	31	83	10	77	48	5	3	43	1.41
773942--774038	50	1.9	50	83	8	126	48	7	3	41	1.46
784650--784724	31	2.4	31	97	0	141	44	8	25	22	1.80
790006--790067	20	3.2	19	79	6	70	37	6	20	35	1.79
793166--793377	45	4.7	45	89	0	325	22	22	9	45	1.82
793458--793753	56	5.3	56	91	0	459	32	19	10	36	1.87
794100--794168	22	3.2	22	68	15	63	27	24	11	36	1.90
797028--797066	21	1.9	20	84	5	51	53	5	12	28	1.60
797384--797519	21	6.8	21	66	11	79	36	25	16	22	1.94
809933--809968	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
812688--812795	15	7.6	15	66	19	61	40	1	5	51	1.36
812673--812803	42	3.1	42	98	0	253	41	2	6	50	1.40
813342--813385	18	2.4	18	88	0	61	29	29	20	20	1.98
814376--814506	55	2.4	55	89	1	192	32	22	15	29	1.95
817228--817292	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
822997--823032	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
825405--825449	13	3.6	13	82	5	58	24	17	13	44	1.85
830697--830875	37	4.8	37	81	3	200	36	20	18	24	1.95
830697--830875	73	2.4	74	82	3	209	36	20	18	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831252--832112	55	15.8	55	83	5	426	32	16	24	26	1.96
831251--832064	110	7.4	109	82	6	608	32	16	23	27	1.96
831362--832068	165	4.3	163	81	6	711	31	16	24	28	1.96
831855--832112	54	4.9	54	86	5	350	34	18	23	24	1.96
832099--832123	11	2.3	11	100	0	50	40	8	52	0	1.31
834744--834795	24	2.2	24	96	0	95	25	21	28	25	1.99
835571--835626	29	2.0	28	86	10	78	46	8	0	44	1.34
848160--848199	15	2.7	15	100	0	80	12	20	30	37	1.89
851537--852011	182	2.6	182	88	2	668	41	14	16	28	1.87
851932--851976	20	2.3	19	77	11	54	53	8	17	20	1.70
854210--854253	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
854287--854352	33	2.0	33	93	0	114	30	0	46	22	1.52
856423--856965	200	2.7	200	92	1	921	37	15	15	31	1.89
861332--861387	27	2.1	27	89	0	85	33	25	12	28	1.92
861449--861523	8	9.2	8	74	22	52	48	0	0	52	1.00
861449--861521	25	3.0	25	82	9	89	47	0	0	52	1.00
861443--861523	29	2.5	32	84	13	105	46	0	0	53	1.00
861466--861520	2	29.0	2	85	10	80	49	0	0	50	1.00
866935--866966	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
874276--874322	19	2.4	19	86	13	60	80	0	19	0	0.70
874282--874323	16	2.6	16	85	14	59	80	0	19	0	0.70
875179--875500	115	2.8	115	96	0	574	32	14	21	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876558--877023	124	3.9	122	81	9	571	40	14	18	25	1.89
876224--877002	236	3.3	236	96	0	1407	39	14	18	27	1.90
876790--877067	124	2.3	123	84	3	346	41	16	19	23	1.90
877237--877313	2	40.0	2	92	7	133	48	0	0	51	1.00
879497--879554	30	1.9	30	92	0	98	15	34	18	31	1.93
881892--881924	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
885336--885545	65	3.3	62	79	12	201	27	18	23	30	1.98
888122--888201	22	3.6	23	73	8	85	25	23	26	25	2.00
888128--888219	44	2.1	42	84	7	123	23	20	27	28	1.99
892006--892045	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
893969--894017	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
895047--895072	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
902348--902378	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
902543--902589	20	2.3	20	96	0	85	21	21	8	48	1.76
902552--902596	20	2.2	20	84	0	63	22	26	8	42	1.83
903280--903314	18	1.9	18	94	0	61	34	5	0	60	1.21
909119--909256	61	2.3	61	90	0	231	35	13	23	26	1.93
913494--913530	15	2.5	15	100	0	74	5	18	70	5	1.27
914014--914841	415	2.0	412	98	1	1613	30	18	15	35	1.92
915784--915857	37	2.0	37	94	0	130	36	17	9	36	1.82
919551--919575	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
921099--921168	15	4.7	15	80	0	77	28	2	25	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921099--921168	30	2.3	30	85	0	95	28	2	25	42	1.69
921269--921344	23	3.3	23	92	0	125	21	23	21	34	1.97
921335--921390	24	2.4	24	87	3	87	25	21	19	33	1.97
921564--921670	52	2.1	52	94	1	189	28	15	9	46	1.77
923344--923490	21	6.9	20	74	10	105	24	14	25	35	1.94
923344--923483	42	3.3	41	78	14	133	24	14	24	37	1.92
923428--923507	23	3.6	23	73	13	76	22	18	26	32	1.97
923373--923496	44	2.9	43	82	8	137	25	16	23	34	1.95
926467--926509	21	2.1	20	82	4	50	27	13	27	30	1.95
926603--926671	35	2.0	35	88	5	104	34	15	23	26	1.95
926624--926654	15	2.1	15	94	5	55	32	19	22	25	1.97
927458--927606	21	6.9	22	80	4	128	22	14	24	38	1.91
927502--927631	23	5.8	23	82	5	126	20	16	25	37	1.93
928452--928476	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
929437--929469	14	2.4	14	94	0	57	57	9	6	27	1.53
929591--929668	41	1.9	41	97	0	147	42	7	11	38	1.70
929648--929703	16	3.5	16	76	13	53	41	10	21	26	1.86
938149--939277	126	8.9	128	93	5	1931	22	25	19	31	1.98
940280--940373	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
940377--940424	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
942096--942166	31	2.3	31	82	2	81	60	1	0	38	1.06
942146--942180	18	2.0	18	88	5	54	65	2	0	31	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
946559--946630	36	2.0	36	100	0	144	38	5	11	44	1.63
947794--947863	2	35.0	2	72	16	56	47	2	4	45	1.37
947806--947870	21	3.2	21	77	18	84	44	4	4	46	1.44
949006--949075	30	2.3	30	95	0	122	45	7	11	35	1.68
950453--950534	23	3.7	22	87	4	112	19	26	30	23	1.98
956635--956666	15	2.1	15	94	0	55	37	15	0	46	1.46
956978--957055	32	2.4	33	86	2	104	35	7	15	41	1.76
957061--957095	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
957892--957930	16	2.4	17	83	12	55	51	12	12	23	1.74
957940--957982	15	2.8	15	78	3	50	25	16	25	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9