genome.fa.s7869.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007869.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110243_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  590314

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12701--13008	135	2.3	129	82	8	352	27	28	18	25	1.98
12931--13034	40	2.5	40	78	4	109	25	31	16	26	1.96
13206--13250	13	3.5	13	79	11	56	35	2	0	62	1.08
20051--20716	43	15.5	43	73	9	416	49	6	18	25	1.72
20051--20395	128	2.7	128	79	6	317	50	5	18	25	1.67
20093--20467	85	4.4	84	77	9	282	50	5	19	24	1.69
21932--21978	20	2.5	18	79	6	58	34	19	19	27	1.96
22266--22359	22	4.3	22	86	2	127	21	15	25	37	1.93
30650--30705	25	2.2	25	96	0	103	39	3	14	42	1.63
32190--32366	90	2.0	89	94	1	309	37	10	6	45	1.66
43687--43769	23	3.8	22	76	12	80	25	30	24	20	1.99
45343--45390	18	2.6	17	87	12	69	43	25	31	0	1.55
50928--50959	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
51170--51256	29	2.9	30	78	13	83	57	6	16	19	1.61
51204--51271	15	4.5	15	74	3	64	61	5	11	20	1.50
51204--51271	30	2.2	31	87	7	95	61	5	11	20	1.50
52764--53318	210	2.6	209	84	1	707	27	15	25	31	1.95
65107--65161	27	2.0	28	89	3	85	36	23	29	10	1.89
66656--66772	59	2.0	59	86	5	164	40	17	15	27	1.89
67861--67906	16	2.9	15	84	9	56	28	0	2	69	1.00
72364--72436	38	2.0	37	83	5	94	47	4	1	46	1.30
73374--73407	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73449--73482	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
73953--74200	130	1.9	130	89	0	388	35	12	15	36	1.84
74594--74669	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
79413--79463	26	1.9	26	84	4	66	45	5	0	49	1.26
79856--79936	39	2.2	37	86	10	112	43	0	8	48	1.34
79855--79963	39	3.0	36	77	17	93	42	0	11	44	1.47
79897--79963	34	2.0	34	85	8	93	41	1	14	41	1.55
80010--80069	28	2.1	28	81	6	68	21	1	26	50	1.59
80094--80273	14	12.5	14	70	12	78	46	27	2	23	1.64
80098--80226	21	6.2	20	70	10	64	48	28	0	22	1.56
80104--80160	20	2.8	20	76	12	64	47	24	0	28	1.52
80166--80268	7	14.7	7	78	0	62	47	29	2	20	1.64
80286--80409	7	17.9	7	77	1	88	20	0	30	48	1.50
80284--80408	14	9.0	14	76	5	101	21	0	29	48	1.50
80724--80766	22	2.0	22	90	0	68	55	27	0	16	1.41
80752--80866	39	2.9	37	72	23	101	48	12	0	39	1.41
80761--80847	35	2.5	36	80	17	103	48	12	0	39	1.41
81370--81430	29	2.1	29	93	0	104	13	21	26	39	1.90
82533--82608	37	2.1	37	97	0	143	50	10	9	30	1.68
85330--85505	89	2.0	89	94	0	307	38	11	6	43	1.67
89869--90025	46	3.4	46	83	0	197	22	20	12	43	1.85
93084--94096	507	2.0	506	98	0	1956	32	20	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96023--96057	10	3.5	10	88	0	52	62	22	2	11	1.41
103693--103735	21	2.0	21	90	0	68	20	41	23	13	1.88
107069--107274	46	4.5	46	87	4	290	23	16	13	46	1.82
109961--109987	8	3.4	8	100	0	54	40	0	11	48	1.39
110626--110770	65	2.3	65	80	9	147	34	19	20	25	1.96
114483--114523	21	1.9	22	95	5	75	21	24	19	34	1.97
125347--125858	153	3.3	151	83	7	574	27	17	5	49	1.69
126171--126227	2	29.0	2	92	3	98	49	1	0	49	1.11
143624--143664	21	1.9	23	85	14	61	19	19	2	58	1.50
154286--154360	25	3.1	25	75	14	84	26	2	8	62	1.36
154294--154362	23	2.9	23	72	12	59	23	2	8	65	1.35
159981--160045	19	3.5	19	79	4	62	43	9	3	44	1.51
160016--160077	22	2.8	23	78	11	67	43	14	1	40	1.55
161226--161378	42	3.7	42	81	1	166	26	24	23	24	2.00
161568--161593	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
164770--164827	20	2.7	20	81	10	62	32	18	20	27	1.97
165519--165567	24	2.1	24	84	3	64	26	16	22	34	1.95
165694--165753	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
174331--174365	18	1.9	18	88	0	52	22	37	22	17	1.94
184914--184990	20	4.0	21	76	15	60	46	7	1	44	1.40
184915--184943	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
184930--185014	41	2.2	40	81	10	95	47	9	2	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184956--184990	17	2.0	18	88	5	54	45	11	2	40	1.55
184966--185067	24	4.4	24	70	15	72	48	11	1	38	1.51
184966--185014	24	2.0	26	88	8	75	48	10	2	38	1.48
185516--185766	131	1.9	128	79	7	274	43	5	8	42	1.60
192959--193021	3	20.0	3	81	12	65	38	0	0	61	0.96
192959--193033	24	3.0	24	78	12	89	41	0	0	58	0.98
194363--194417	11	5.0	11	76	12	51	25	1	3	69	1.15
194349--194422	36	2.1	36	84	5	96	25	2	2	68	1.16
195182--195232	20	2.6	21	76	17	56	27	7	0	64	1.21
200098--200136	10	3.8	10	89	3	60	87	0	12	0	0.55
201944--202281	114	3.0	113	93	1	577	33	14	20	31	1.93
204652--204727	22	3.5	21	89	3	107	35	9	14	40	1.78
205397--205991	76	7.9	76	94	2	1040	23	19	21	36	1.95
205397--205985	223	2.6	226	94	2	1067	22	19	21	36	1.95
205946--206030	31	2.8	31	91	5	129	23	17	22	36	1.95
205869--206106	108	2.2	107	94	2	417	22	19	21	36	1.95
205978--206321	76	4.6	76	91	2	570	22	20	20	35	1.96
205795--206173	184	2.1	182	95	1	677	22	19	21	36	1.95
205978--206321	148	2.3	150	92	2	566	22	20	20	35	1.96
206492--206533	3	14.0	3	89	0	66	38	0	0	61	0.96
206534--206558	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
207893--207954	17	3.6	17	78	10	72	25	1	1	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208237--208271	16	2.3	15	90	5	52	42	0	0	57	0.99
208225--208271	24	2.0	24	83	8	60	42	0	0	57	0.98
209234--209273	6	6.7	6	91	0	62	30	0	17	52	1.45
215995--216029	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
216848--216891	19	2.4	19	88	7	65	38	0	0	61	0.96
218367--218452	2	44.5	2	80	15	92	47	0	4	47	1.22
218383--218496	10	11.1	10	76	19	87	49	0	2	47	1.21
219342--219412	36	2.0	36	94	0	124	40	19	23	15	1.90
220031--220072	18	2.3	18	91	0	66	26	14	33	26	1.94
227003--227039	19	2.0	18	89	5	56	35	10	0	54	1.36
227738--227768	16	1.9	16	93	0	53	19	12	19	48	1.81
229622--229664	4	11.0	4	80	14	54	20	2	0	76	0.89
229629--229676	23	2.1	23	84	7	62	20	2	2	75	1.02
229852--230020	7	22.7	7	71	16	53	17	2	4	74	1.12
229852--229907	24	2.4	22	80	11	58	17	3	5	73	1.17
229939--230024	4	21.0	4	78	15	79	19	2	2	75	1.02
229940--230024	5	17.4	5	72	23	58	18	2	2	76	1.00
229940--230024	9	9.2	9	73	19	77	18	2	2	76	1.00
229859--230031	25	7.0	24	71	17	113	17	2	5	74	1.12
229940--230042	25	4.2	24	78	15	86	17	3	2	75	1.07
233858--233898	21	2.0	21	90	0	64	43	2	34	19	1.64
240410--240453	17	2.5	17	85	10	54	81	2	15	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241420--241920	124	4.0	124	88	2	720	32	24	16	27	1.96
241667--241882	66	3.4	65	67	17	184	32	25	16	25	1.96
241420--241921	247	2.0	247	90	1	783	32	24	16	27	1.96
241901--241940	20	2.0	20	100	0	80	25	20	15	40	1.90
243918--244062	8	17.0	8	67	20	55	19	4	2	73	1.11
243978--244066	4	22.0	4	76	15	85	20	3	2	74	1.07
243979--244070	36	2.6	36	87	6	125	18	3	3	75	1.08
245201--245272	38	1.9	38	94	2	128	13	9	36	40	1.78
245201--245289	38	2.4	37	85	7	126	11	8	39	40	1.72
245862--245930	18	3.9	18	78	3	77	28	24	4	42	1.74

Tables:   1   2   3