genome.fa.s787.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000787.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001525_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129779

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 135 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2656--2711	28	2.0	28	85	3	76	37	3	0	58	1.15
2630--2731	30	3.5	28	78	8	87	32	3	0	62	1.20
3926--3969	19	2.3	19	84	0	52	31	15	27	25	1.96
10660--10705	4	11.0	4	86	9	65	0	2	26	71	0.97
16664--16743	26	2.8	29	79	16	94	57	0	1	41	1.07
22377--22433	3	18.7	3	77	16	55	3	35	1	59	1.25
24168--24198	16	1.9	16	100	0	62	45	29	6	19	1.75
24958--25061	31	3.6	27	78	15	84	30	4	1	62	1.27
28484--28527	16	2.8	16	92	0	70	22	27	9	40	1.84
28472--28544	32	2.3	30	77	13	74	21	27	10	39	1.87
28783--28832	20	2.5	20	96	0	91	46	24	12	18	1.82
29344--29382	20	2.0	20	89	0	60	51	17	10	20	1.74
29389--29432	20	2.2	20	95	0	79	11	18	22	47	1.80
29400--29443	20	2.2	20	83	0	52	13	15	20	50	1.78
30926--31022	42	2.3	42	81	0	113	29	32	16	20	1.95
31137--31186	21	2.4	21	75	0	55	18	10	34	38	1.84
31203--31298	21	4.5	22	69	10	58	20	12	33	33	1.90
31178--31299	63	1.9	63	82	9	151	22	13	32	31	1.92
31600--31712	21	5.4	21	89	4	140	22	38	18	20	1.93
31588--31712	63	2.0	63	88	0	187	23	39	16	20	1.92
31600--31712	42	2.7	42	87	0	163	22	38	18	20	1.93
32445--32471	13	2.1	13	100	0	54	48	7	22	22	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33278--33338	29	2.1	29	96	0	113	34	22	16	26	1.95
36851--37018	20	8.5	20	67	12	71	34	12	21	31	1.91
36969--37027	21	2.8	21	92	2	91	25	8	25	40	1.83
36963--37102	20	6.9	20	76	14	94	25	12	28	34	1.92
37227--37253	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
37292--37341	23	2.1	24	92	3	84	46	0	6	48	1.27
37508--37574	21	3.2	20	78	17	66	23	0	28	47	1.52
37517--37557	14	2.9	14	81	0	55	21	0	26	51	1.48
37649--37693	13	3.3	13	87	6	63	40	0	8	51	1.33
37649--37698	15	3.4	15	81	13	68	40	2	8	50	1.43
37674--37724	20	2.4	21	74	9	59	41	7	5	45	1.57
38180--38251	7	10.3	7	80	0	63	19	0	31	48	1.49
38185--38251	28	2.4	28	87	0	89	19	0	31	49	1.49
38305--38352	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
38592--38680	2	45.5	2	69	16	53	47	4	1	47	1.30
38890--38934	19	2.3	20	92	3	74	22	35	0	42	1.54
38899--38958	27	2.2	27	82	11	70	28	28	0	43	1.55
39044--39290	2	125.0	2	68	18	126	45	2	3	48	1.34
39124--39276	13	10.3	14	72	16	89	45	3	5	46	1.42
39174--39290	49	2.5	48	79	10	116	47	1	3	47	1.29
42324--42374	26	2.0	26	84	0	66	19	19	15	45	1.86
44355--44512	38	4.2	39	76	16	145	42	2	7	47	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44381--44578	36	5.4	36	77	13	160	43	4	6	45	1.48
44420--44770	36	9.1	37	71	17	166	43	4	6	46	1.49
44565--44594	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
44579--44782	38	5.4	36	77	10	176	43	4	5	46	1.48
45990--46034	11	4.1	11	88	5	65	33	0	0	66	0.92
45989--46032	22	2.0	22	91	8	72	31	0	0	68	0.90
47161--47193	17	1.9	17	93	0	57	6	12	9	72	1.26
47816--47860	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
51265--52053	84	9.5	84	78	3	720	29	24	21	25	1.99
51307--52127	168	4.9	164	85	3	1038	30	23	20	25	1.99
51278--52154	333	2.6	329	85	3	1118	30	23	20	25	1.99
52690--52969	38	7.5	37	77	15	177	44	3	6	45	1.49
52689--53014	75	4.3	73	76	12	252	44	3	6	45	1.47
52716--53015	39	8.0	37	82	9	263	45	4	6	45	1.47
52981--53030	27	1.9	26	84	8	66	40	2	6	52	1.38
52714--53021	77	4.1	74	76	12	252	44	3	6	45	1.48
54243--54287	11	4.1	11	88	5	65	33	0	0	66	0.92
54242--54285	22	2.0	22	91	8	72	31	0	0	68	0.90
57079--57158	35	2.3	35	93	0	133	52	6	16	25	1.66
58808--58879	29	2.4	29	78	15	76	25	11	5	58	1.54
58839--59239	142	2.9	133	75	12	375	21	11	15	51	1.74
61088--61288	100	2.0	100	100	0	402	38	15	14	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63985--64017	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
64050--64101	20	2.6	19	77	14	52	51	1	0	46	1.12
64456--64492	15	2.5	15	95	0	65	21	24	40	13	1.89
66594--66627	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
67854--67897	21	2.1	21	87	8	63	9	20	11	59	1.59
67854--67889	11	3.4	11	96	3	65	8	25	8	58	1.55
68107--68151	19	2.5	17	80	13	54	22	20	28	28	1.98
68113--68163	19	2.7	19	93	0	84	21	19	31	27	1.97
68151--68310	65	2.5	64	86	1	212	30	16	22	31	1.96
68321--68358	20	1.9	20	88	0	58	18	15	31	34	1.92
76661--76820	65	2.5	64	83	3	187	30	16	22	30	1.96
77377--77467	46	2.0	46	84	0	119	23	17	13	46	1.83
82376--82408	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
82474--82548	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
82478--82542	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
83275--83344	24	2.9	24	89	4	97	58	18	10	12	1.62
83300--83351	14	4.0	14	80	19	67	51	25	13	9	1.71
86327--86570	73	3.4	72	82	7	282	42	3	10	43	1.54
86303--86571	35	7.5	35	77	9	229	43	3	10	43	1.55
86320--86581	108	2.4	108	81	8	320	43	3	11	41	1.57
86665--86711	5	9.6	5	90	4	51	27	0	0	72	0.85
86668--86721	24	2.2	24	83	0	72	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87902--87965	6	10.5	6	71	15	51	20	3	0	76	0.92
87904--87966	19	3.4	19	73	20	53	20	3	0	76	0.93
87890--87968	11	7.3	11	73	17	58	20	2	1	75	0.98
87924--87981	29	2.0	29	83	6	73	20	5	0	74	1.01
89046--89084	18	2.1	18	85	4	51	17	7	2	71	1.21
99352--99467	32	3.5	32	68	13	90	35	26	14	23	1.93
99354--99556	68	2.9	70	81	8	243	33	26	14	24	1.94
99360--99466	35	3.1	35	63	20	89	35	26	15	22	1.94
100226--100345	37	3.3	36	82	6	154	42	5	10	41	1.61
100205--100572	35	10.7	35	72	14	218	42	5	11	41	1.63
100226--100555	71	4.7	70	75	16	274	42	5	10	40	1.64
100323--100368	12	3.8	12	100	0	92	41	6	8	43	1.61
100258--100439	95	1.9	95	87	6	271	41	5	10	41	1.63
100348--100555	36	5.8	35	76	8	195	42	6	11	40	1.65
100348--100549	109	1.8	109	84	5	273	42	5	11	40	1.65
100623--100705	7	12.4	7	73	19	61	34	0	0	65	0.93
100635--100719	9	9.1	9	78	13	50	28	0	1	70	0.95
100642--100706	4	14.8	4	80	16	51	32	0	0	67	0.91
100627--100704	5	16.6	5	82	13	78	34	0	0	65	0.93
100635--100715	20	4.1	20	76	14	78	29	0	1	69	0.97
101904--101958	5	10.8	5	88	7	60	32	0	0	67	0.91
102121--102179	29	2.0	29	96	0	109	38	22	6	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102874--102924	15	3.4	15	81	10	68	39	5	17	37	1.74
102868--102940	30	2.5	30	95	2	130	42	6	19	31	1.77
103101--103139	19	2.0	20	95	5	71	43	0	0	56	0.99
103281--103361	30	2.9	27	77	22	87	55	1	1	41	1.15
103281--103358	28	2.7	29	81	16	92	56	1	1	41	1.15
103422--103514	24	3.8	23	68	25	66	47	0	3	49	1.17
103780--103855	38	2.1	37	82	5	91	48	3	2	44	1.35
105014--105077	33	1.9	34	96	3	121	28	12	15	43	1.83
105554--105620	33	2.0	33	97	0	125	14	29	16	38	1.89
106259--106592	161	2.1	160	93	0	560	33	8	21	36	1.84

Tables:   1   2