genome.fa.s7877.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007877.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110253_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  614694

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4296--4381	21	4.1	21	84	3	102	37	19	41	1	1.59
4304--4392	21	4.2	21	84	4	90	38	20	40	1	1.60
4817--4936	42	2.8	43	73	10	106	30	22	20	25	1.98
5021--5062	12	3.2	13	83	16	52	14	16	26	42	1.86
5403--5428	7	3.7	7	100	0	52	11	0	88	0	0.52
5756--5830	37	2.1	36	89	2	114	24	8	14	53	1.68
6026--6190	11	13.9	11	65	13	51	22	25	24	27	2.00
6063--6198	24	5.7	24	100	0	272	21	28	25	25	1.99
9404--9452	20	2.5	20	83	3	55	44	4	0	51	1.20
19176--19289	60	1.9	60	83	7	151	31	13	16	38	1.87
22826--22900	22	3.4	22	98	1	141	25	14	25	34	1.94
32019--32070	9	5.8	9	75	8	52	73	3	5	17	1.19
32381--32405	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
33065--33167	36	2.8	37	83	2	118	33	10	13	42	1.79
33711--34268	105	5.3	105	89	3	759	22	18	26	33	1.96
37032--37462	55	7.9	55	78	11	392	30	24	16	29	1.96
37051--37460	162	2.5	161	87	3	563	30	24	15	29	1.96
38778--38832	23	2.4	22	76	11	56	7	16	0	76	1.00
38793--38843	15	3.3	16	77	22	56	7	17	0	74	1.05
38797--38843	23	2.0	23	84	8	60	8	19	0	72	1.10
38791--38890	9	11.7	9	76	12	54	12	13	2	73	1.19
38878--38911	17	2.0	17	88	0	50	8	14	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48529--48630	46	2.1	49	89	7	156	42	19	10	27	1.84
52484--52525	18	2.3	18	84	8	59	0	14	4	80	0.86
63243--63285	12	3.6	12	78	9	52	81	0	4	13	0.84
63243--63289	24	1.9	24	86	4	67	78	0	4	17	0.90
63556--63598	18	2.5	17	81	7	52	69	2	2	25	1.12
63954--64055	37	2.8	37	84	0	123	30	11	13	44	1.80
64164--64204	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
83105--83173	22	3.1	22	95	0	120	17	23	42	17	1.89
85445--85502	23	2.5	23	94	0	98	41	20	6	31	1.79
86713--86753	5	8.2	5	100	0	82	39	0	60	0	0.96
88872--88920	24	2.0	24	100	0	98	28	16	16	38	1.90
89639--89745	55	1.9	55	86	3	153	34	15	4	44	1.68
89647--89816	55	2.9	60	77	12	149	35	20	4	40	1.71
89931--90088	60	2.7	58	78	6	167	43	3	20	32	1.70
90497--90610	57	2.0	59	84	6	153	31	21	7	39	1.82
90809--90901	29	3.2	29	70	11	100	45	4	17	33	1.68
90758--90911	58	2.6	59	87	5	213	45	6	16	31	1.73
90822--90916	29	3.3	29	69	5	84	46	6	14	32	1.70
92198--92304	45	2.3	46	84	4	137	32	15	21	29	1.95
96479--96542	3	21.7	3	81	9	78	65	0	1	32	1.02
96466--96534	21	3.4	21	75	17	74	60	0	1	37	1.06
97195--97246	20	2.6	20	100	0	104	21	21	25	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97234--97313	22	3.6	23	75	8	94	26	23	26	23	2.00
102563--102699	65	2.1	65	86	6	190	26	19	22	31	1.98
102710--102747	20	1.9	20	88	0	58	18	13	34	34	1.89
120772--120906	21	6.3	22	71	14	113	20	19	22	38	1.93
120772--120906	65	2.1	63	90	2	207	20	19	22	38	1.93
121628--121759	21	6.3	21	81	8	146	29	21	23	25	1.99
121635--121737	42	2.5	42	100	0	206	28	23	24	24	2.00
121638--121762	63	2.0	62	86	7	173	30	22	23	24	1.99
121747--121959	21	10.5	21	78	14	198	24	22	23	29	1.99
121685--121945	83	3.2	79	80	12	300	27	22	22	28	1.99
121727--121904	62	2.9	62	89	6	204	26	21	21	30	1.98
122551--122698	60	2.4	61	84	7	203	44	4	17	33	1.70
126746--126772	7	3.9	7	100	0	54	29	40	0	29	1.57
135161--135240	39	2.0	39	83	7	99	36	15	6	42	1.72
143803--143861	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
144227--144278	26	2.0	26	85	11	70	50	0	3	46	1.20
144314--144426	60	1.9	60	90	3	183	31	15	18	33	1.93
144300--144436	60	2.3	59	82	6	177	31	18	18	31	1.95
144756--144812	28	2.0	28	96	0	105	49	26	3	21	1.65
145903--145932	6	5.0	6	100	0	60	0	66	0	33	0.92
148186--148228	22	1.9	23	90	4	70	48	2	0	48	1.14
148239--148286	15	3.3	15	85	5	62	37	2	0	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148299--148384	37	2.4	37	84	7	108	59	2	2	36	1.23
148549--148601	23	2.2	23	86	10	70	41	1	11	45	1.51
148563--148606	23	1.9	23	90	0	70	43	0	11	45	1.40
148564--148635	25	3.0	25	84	8	78	45	0	6	47	1.29
148600--148647	25	1.9	25	87	8	71	52	0	2	45	1.12
153125--153196	16	4.4	16	69	20	51	33	1	2	62	1.18
153417--153457	20	2.0	21	90	4	66	51	2	7	39	1.43
154059--154105	16	2.9	16	90	3	67	36	0	2	61	1.08
163521--163575	20	2.8	20	85	0	83	36	21	18	23	1.95
164458--164568	43	2.6	43	73	11	102	27	18	19	34	1.96
164498--164596	43	2.3	44	77	8	105	22	16	20	41	1.90
164629--164748	44	2.7	43	82	7	143	26	20	22	30	1.99
168868--169026	52	3.1	52	96	0	300	42	16	8	32	1.77
171298--171453	31	5.0	31	89	6	228	19	17	23	39	1.93
171688--171822	18	7.5	18	71	9	105	42	3	22	31	1.71
171696--171830	36	3.8	36	84	9	170	42	2	21	33	1.68
177168--177239	24	3.0	24	89	4	83	9	15	26	48	1.75
177178--177233	14	4.3	14	78	17	75	7	16	26	50	1.70
177981--178072	10	9.7	10	65	23	56	9	11	20	57	1.62
177987--178076	16	5.7	16	90	5	130	10	11	20	58	1.60
179380--179425	19	2.3	20	81	7	58	28	28	17	26	1.98
179504--179577	20	3.7	20	76	3	85	40	17	22	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179521--179596	21	3.7	21	78	3	91	40	17	25	17	1.90
179504--179596	41	2.3	41	98	0	177	39	17	24	18	1.91
179523--179657	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
179585--179699	20	5.7	20	82	6	115	31	26	18	24	1.97
179582--179719	41	3.4	41	79	6	154	34	24	17	23	1.96
179887--179930	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
181571--181615	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
182101--182162	20	3.2	20	76	2	63	43	22	19	14	1.87
182136--182217	19	4.6	19	76	17	95	46	20	19	13	1.83
182229--182286	14	3.9	14	75	16	53	12	17	22	48	1.80
182224--182302	32	2.4	32	91	2	122	12	18	21	46	1.82
182275--182342	20	3.5	19	84	6	73	16	23	22	38	1.93
182287--182342	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
184210--184245	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
184362--184426	20	3.2	20	95	0	121	18	23	24	33	1.96
185482--185535	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
188024--188154	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
188024--188150	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
188025--188157	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
188181--188239	19	3.4	18	68	22	54	13	22	20	44	1.86
188150--188239	33	2.7	33	87	0	126	14	21	21	43	1.87
188346--188382	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189736--189802	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
189736--189858	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
191860--191958	33	3.0	33	92	1	162	39	23	26	11	1.88
191835--192018	19	10.1	19	76	13	163	45	20	22	11	1.84
192014--192058	19	2.4	19	84	0	63	6	13	24	55	1.62
192609--192661	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
192670--192723	20	2.7	20	91	0	90	27	18	22	31	1.97
192610--192726	61	1.9	61	83	0	153	24	17	23	33	1.97
192605--192744	61	2.3	61	79	6	151	24	18	23	33	1.97
192794--192834	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93

Tables:   1   2   3   4