genome.fa.s7880.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007880.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110258_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1382630

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634403--634479	39	2.0	39	87	2	111	33	20	14	31	1.93
634975--635012	18	2.1	18	90	0	58	39	0	18	42	1.50
653582--653637	24	2.3	24	96	0	103	37	5	21	35	1.76
654884--654922	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
662868--663575	6	117.5	6	94	3	1183	49	35	0	14	1.44
663838--665727	4	474.8	4	91	2	2412	49	6	25	18	1.71
666910--667228	107	3.0	105	86	5	451	32	18	15	33	1.92
667757--667881	63	2.0	63	100	0	250	33	24	20	21	1.97
672416--672480	14	4.7	14	75	3	69	23	0	29	47	1.52
672615--672653	21	1.9	20	89	5	60	35	7	10	46	1.67
673696--673854	83	1.9	83	100	0	318	35	5	18	39	1.75
677604--677642	5	7.6	5	82	5	51	23	0	5	71	1.05
680188--680244	24	2.5	23	83	13	73	52	3	3	40	1.35
682430--682481	23	2.2	24	89	3	79	48	17	25	9	1.77
685901--685951	20	2.5	20	90	3	75	27	43	17	11	1.84
690333--690576	122	2.0	122	100	0	488	44	15	6	33	1.72
693129--693168	2	20.5	2	89	5	64	45	0	2	52	1.14
693181--693239	3	20.3	3	72	6	50	25	6	0	67	1.15
693172--693233	20	3.1	20	77	13	56	24	6	0	69	1.12
693464--693507	21	2.0	21	82	4	52	22	4	0	72	1.02
693573--693626	21	2.7	20	91	5	83	16	1	3	77	1.00
693566--693620	26	2.1	25	83	12	67	16	1	5	76	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693581--693647	32	2.1	31	86	8	91	14	2	4	77	1.05
693617--693660	23	1.9	23	86	9	63	9	6	6	77	1.13
699513--699858	173	2.0	173	98	1	676	24	23	24	27	2.00
704149--704186	18	2.1	18	85	9	51	55	0	5	39	1.23
707065--707090	13	2.0	13	100	0	52	0	15	15	69	1.20
708317--708494	29	6.2	28	84	4	205	33	1	16	48	1.54
708317--708494	57	3.1	57	78	8	191	33	1	16	48	1.54
708447--708509	17	3.9	17	74	23	64	36	0	20	42	1.52
708528--708568	10	3.9	10	87	6	55	21	26	19	31	1.97
718032--719244	5	242.6	5	87	1	944	46	19	12	20	1.82
718026--719245	10	121.5	10	93	1	1335	47	19	12	20	1.82
723335--723392	31	1.9	31	96	3	109	34	13	13	37	1.85
724566--724613	21	2.3	21	100	0	96	25	18	14	41	1.88
730425--730471	20	2.4	20	96	3	87	25	34	17	23	1.96
733523--733548	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
733604--733677	29	2.6	28	74	18	71	63	8	9	18	1.49
733999--734029	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
737258--737303	18	2.6	18	96	0	83	23	45	21	8	1.80
737280--737311	13	2.5	13	94	0	55	18	43	25	12	1.85
739776--739891	24	4.8	24	86	6	155	24	15	18	41	1.89
739828--739901	24	3.1	24	84	3	87	22	13	18	44	1.85
745760--745810	25	2.0	25	85	11	68	62	3	7	25	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746196--746230	16	2.2	16	89	0	52	34	17	17	31	1.93
746294--746344	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
746888--747042	33	4.4	36	80	12	171	39	7	16	36	1.76
746886--747042	70	2.2	70	93	0	269	40	7	16	36	1.76
747226--747439	107	2.0	106	92	0	356	33	17	14	34	1.91
756901--756945	17	2.6	17	92	0	72	26	6	28	37	1.82
758203--758247	17	2.6	17	92	0	72	26	6	28	37	1.82
759512--759550	17	2.3	17	95	0	69	28	7	28	35	1.85
764589--764661	30	2.4	30	90	0	110	61	5	4	28	1.37
764708--764747	20	2.0	20	90	4	64	50	2	0	47	1.14
766516--766608	31	3.0	31	95	0	168	18	22	25	33	1.97
769340--769373	16	2.1	17	94	5	61	35	17	5	41	1.74
769754--769789	18	2.0	18	100	0	72	22	22	16	38	1.93
770147--770200	20	2.7	20	91	0	81	25	27	12	33	1.93
770186--770251	19	3.4	19	89	8	89	37	24	16	21	1.93
770423--770467	22	2.0	22	95	0	81	24	37	17	20	1.93
770814--770852	20	2.0	20	100	0	78	51	20	12	15	1.76
770859--770925	20	3.4	20	87	2	100	10	17	20	50	1.75
772400--772498	42	2.4	42	89	0	153	28	34	19	18	1.95
772885--772930	4	11.5	4	80	0	56	26	2	4	67	1.21
773078--773150	21	3.5	21	84	0	83	23	36	17	21	1.94
774620--774700	20	4.3	20	78	15	91	40	23	16	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776699--776741	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
776940--776999	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
779089--779267	20	8.9	20	71	7	94	34	12	24	29	1.92
779089--779185	40	2.4	41	84	3	126	35	12	23	28	1.91
779210--779370	20	8.0	20	73	14	93	27	12	29	30	1.93
779178--779370	101	1.9	101	82	10	243	29	12	27	30	1.93
783118--783160	21	2.0	22	90	9	70	25	0	41	32	1.56
783160--783199	20	2.0	20	100	0	80	40	30	15	15	1.87
785178--785220	21	2.0	22	90	9	70	25	0	41	32	1.56
794239--794310	32	2.2	32	87	0	99	27	29	22	20	1.99
812940--813042	22	4.7	22	89	4	127	36	25	21	16	1.94
815916--815987	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
820064--820111	15	3.1	15	82	14	62	45	16	0	37	1.48
820079--820122	11	3.9	11	77	16	54	45	18	0	36	1.49
820093--820180	14	6.6	14	71	21	66	43	17	2	37	1.61
820078--820166	29	3.3	28	80	16	107	43	17	2	35	1.62
827909--827937	14	2.1	14	100	0	58	34	13	6	44	1.71
831567--831662	13	6.9	13	75	20	79	35	20	23	19	1.96
831566--831644	29	2.8	28	86	7	97	35	21	22	20	1.96
834245--834273	15	1.9	15	100	0	58	37	0	20	41	1.53
837192--837251	22	2.9	21	82	7	70	40	21	23	15	1.91
837139--837235	51	1.9	51	89	4	151	36	20	23	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841084--841126	13	3.1	13	78	18	50	37	18	23	20	1.94
841069--841126	29	2.0	29	86	0	80	34	22	24	18	1.96
841098--841178	22	3.8	20	78	10	74	37	22	20	19	1.95
849115--849621	212	2.4	213	82	3	579	42	14	8	34	1.76
849210--849655	217	2.1	212	82	2	532	44	13	7	34	1.72
850279--850527	22	11.0	22	76	13	220	44	3	9	42	1.52
850269--850527	46	5.7	46	80	10	282	44	3	9	42	1.52
850269--850527	92	2.8	90	90	5	389	44	3	9	42	1.52
850281--850497	113	1.9	110	81	5	256	45	3	9	41	1.52
850552--850607	21	2.7	20	78	10	58	48	1	5	44	1.36
850551--850602	20	2.6	19	77	16	52	50	1	5	42	1.37
851475--851562	22	3.9	22	83	5	113	32	26	15	25	1.96
854790--854846	18	2.9	19	76	20	64	29	12	8	49	1.70
855058--855121	22	2.9	22	90	0	92	29	25	18	26	1.98
856390--856428	9	4.2	9	90	9	53	25	0	0	74	0.82
857270--857713	4	111.8	4	97	1	822	50	24	0	25	1.54
857783--857826	4	10.5	4	85	9	61	47	22	0	29	1.51
857786--857852	29	2.3	30	86	2	91	44	19	2	32	1.66
861509--861537	14	2.1	14	100	0	58	34	13	6	44	1.71
870173--870256	29	2.8	30	77	13	84	41	3	19	35	1.68
880068--881039	490	2.0	482	97	2	1840	31	18	21	28	1.97
882906--882983	26	3.2	25	67	22	76	24	23	10	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883608--883645	11	3.4	11	89	7	58	71	10	13	5	1.30
884814--884841	14	2.0	14	100	0	56	50	28	0	21	1.49
885163--885271	38	2.9	36	80	6	110	33	19	11	35	1.88
885488--885601	36	3.2	34	79	7	113	30	19	13	36	1.90
885501--885602	36	2.9	36	82	4	129	33	19	11	35	1.88
885843--886002	57	2.8	57	84	7	216	30	9	15	45	1.77
885854--886291	29	15.0	29	71	14	251	28	10	14	47	1.77
885901--886291	147	2.7	148	93	3	666	27	10	14	47	1.77
886091--886320	118	1.9	118	97	0	433	27	11	13	47	1.77
886287--886389	52	2.0	53	92	1	172	32	14	16	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5