genome.fa.s7887.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007887.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110267_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  327798

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3386--3420	16	2.1	17	94	5	63	34	25	8	31	1.86
19288--19319	15	2.1	15	94	0	55	53	9	25	12	1.68
20019--20047	14	2.1	14	100	0	58	51	6	27	13	1.66
20737--20774	14	2.7	14	95	0	67	21	18	13	47	1.82
24977--25010	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
31398--31784	183	2.1	184	91	3	631	43	2	8	45	1.47
31906--31942	18	2.1	18	94	0	65	32	13	24	29	1.93
34289--34335	24	2.0	23	92	8	78	23	4	0	72	1.02
34812--35106	38	7.8	37	81	11	280	45	5	5	43	1.50
34813--35164	36	9.5	37	77	15	277	44	4	6	44	1.50
35091--35151	32	1.9	32	93	6	106	44	3	4	47	1.41
35084--35151	31	2.2	32	89	7	95	45	2	4	47	1.38
34832--35205	148	2.5	146	80	12	372	45	4	6	44	1.48
34812--35205	150	2.7	148	80	10	364	44	4	6	44	1.49
35216--35267	16	3.2	16	78	8	61	21	0	0	78	0.74
35218--35268	17	2.9	17	77	11	59	21	0	0	78	0.75
36347--36421	27	2.8	27	70	8	64	25	5	5	64	1.36
37253--37277	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
38486--38512	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
40506--40544	20	1.9	21	89	5	62	46	15	5	33	1.68
40819--40868	20	2.5	20	90	0	73	30	8	16	46	1.75
42270--42308	18	2.2	18	100	0	78	48	7	15	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44756--44843	25	3.3	25	71	17	77	36	29	11	22	1.89
44721--44885	31	5.5	31	76	11	153	38	30	9	20	1.85
44753--44861	56	1.9	57	88	3	166	37	29	11	22	1.88
44821--44886	33	2.0	33	85	5	89	39	30	10	19	1.86
54148--54213	28	2.3	29	89	2	98	40	1	4	53	1.31
58177--58243	34	1.9	35	82	8	84	43	5	5	44	1.53
60858--60950	12	7.8	12	69	9	64	48	17	13	20	1.81
60858--60950	24	3.9	24	77	2	80	48	17	13	20	1.81
60909--60964	24	2.3	24	78	6	69	46	16	17	19	1.84
62103--62138	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
63461--63490	13	2.3	13	100	0	60	13	23	46	16	1.82
69417--69441	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
73905--73937	15	2.2	15	94	0	57	27	12	18	42	1.85
81266--81308	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
82501--82603	31	3.2	32	81	6	127	56	4	2	35	1.36
82945--83256	114	2.6	125	87	11	488	34	17	24	23	1.96
86255--86292	17	2.2	17	90	0	58	36	10	10	42	1.74
95983--96019	7	5.4	7	93	6	67	24	29	29	16	1.96
95983--96019	13	2.7	14	91	8	67	24	29	29	16	1.96
96009--96065	17	3.4	17	97	0	105	17	22	42	17	1.89
96062--96111	9	5.1	10	76	13	59	30	28	22	20	1.98
96060--96111	20	2.7	20	90	3	79	28	26	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103184--103255	17	4.2	17	94	0	117	13	22	44	19	1.86
103190--103263	17	3.9	20	81	15	79	13	22	44	18	1.85
103259--103327	9	7.1	10	73	12	63	28	30	21	18	1.97
103257--103327	19	3.7	20	84	5	92	28	29	23	18	1.98
107948--107994	24	1.9	25	86	4	69	51	0	2	46	1.13
107955--108005	23	2.2	24	79	10	61	56	0	1	41	1.10
109037--109084	25	1.9	25	95	0	87	39	0	12	47	1.41
110297--110380	28	3.0	28	79	5	82	32	19	19	29	1.96
116274--116323	23	2.1	22	89	10	73	38	6	2	54	1.37
123761--123795	13	2.6	14	86	9	54	25	17	0	57	1.40
124988--125130	31	4.6	31	67	20	93	27	11	6	53	1.63
125062--125152	31	2.8	31	81	8	85	27	14	6	51	1.66
125081--125152	31	2.3	31	85	4	92	30	16	4	48	1.65
128869--128922	28	1.9	28	96	0	99	20	18	11	50	1.77
131317--131392	3	25.3	3	100	0	152	65	0	0	34	0.93
131535--131766	80	2.9	79	83	1	268	27	18	16	36	1.93
131810--131856	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
132769--132806	19	2.0	20	89	5	60	55	5	0	39	1.23
140808--140838	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
145466--145503	17	2.3	17	95	4	69	18	15	15	50	1.79
146208--146273	28	2.4	28	82	7	73	19	0	31	48	1.49
148592--148617	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160250--160284	18	1.9	18	88	0	52	51	0	2	45	1.16
162013--162153	71	2.0	71	84	0	183	34	18	15	31	1.92
164000--164081	41	2.0	41	95	0	146	42	18	14	24	1.87
176569--176618	22	2.2	23	89	3	75	10	14	18	58	1.63
178466--178557	31	3.0	31	93	4	152	33	6	16	43	1.73
178622--178688	19	3.5	19	93	0	107	41	10	11	35	1.76
178794--178835	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
178864--178903	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
182967--183006	20	2.0	20	95	0	71	42	0	17	40	1.49
183446--183533	26	3.4	25	81	13	99	44	2	0	53	1.13
183495--183554	26	2.3	27	80	8	70	46	0	0	53	1.00
183579--183717	29	4.8	29	68	19	85	53	0	7	38	1.34
183718--183772	23	2.4	23	78	6	67	58	1	0	40	1.09
183730--183784	28	1.9	29	85	3	76	60	1	0	38	1.08
184292--184325	12	2.8	12	86	0	50	5	23	47	23	1.73
189953--190008	16	3.2	17	77	10	60	73	0	3	23	0.99
189949--190009	25	2.4	25	78	10	61	73	0	3	22	0.97
189949--190022	31	2.4	31	82	6	80	72	1	2	22	1.04
190012--190068	16	3.2	16	69	21	51	64	1	5	28	1.25
190103--190148	2	23.5	2	80	12	51	52	2	4	41	1.33
190113--190163	25	2.0	27	84	7	70	58	0	3	37	1.16
190113--190177	25	2.7	23	73	15	51	63	0	3	33	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190403--190556	21	7.4	21	79	11	131	20	19	24	35	1.96
190428--190577	21	7.2	20	76	16	96	21	18	22	38	1.94
190409--190588	42	4.3	42	77	13	185	22	18	22	36	1.95
190409--190577	63	2.7	61	84	8	223	21	18	23	37	1.94
191273--191489	21	10.6	21	71	12	173	35	25	18	20	1.96
191248--191465	40	5.3	40	92	4	355	36	24	18	21	1.95
191248--191465	82	2.7	82	93	3	368	36	24	18	21	1.95
194020--194215	65	2.9	67	84	4	236	38	9	20	31	1.84
194164--194389	36	6.4	36	72	14	168	39	11	19	28	1.87
194176--194267	37	2.5	36	87	1	121	41	15	21	21	1.90
194110--194369	138	1.9	138	83	3	344	40	11	19	27	1.87
195921--196058	69	2.0	69	94	0	240	24	13	24	37	1.91
196131--196179	13	3.8	13	84	15	66	2	18	4	75	1.06
196130--196181	27	2.0	25	92	7	86	3	17	3	75	1.11
197152--197192	21	2.0	21	85	0	55	29	29	24	17	1.97
198686--198721	18	2.0	18	100	0	72	11	22	33	33	1.89
198583--198824	121	2.0	121	96	0	448	23	14	25	35	1.94
198598--198788	59	3.2	59	63	25	137	25	14	24	36	1.93
198704--198919	103	2.1	103	94	0	378	25	13	24	36	1.92
198935--198995	23	2.7	23	80	10	79	19	24	27	27	1.99
202556--202608	25	2.2	23	83	16	63	77	5	7	9	1.12
202546--202632	26	3.3	26	75	14	63	75	4	5	13	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202676--202719	19	2.3	18	81	11	52	77	0	9	13	0.99
202826--202881	16	3.2	17	77	10	60	73	0	3	23	0.99
202900--202968	20	3.2	21	74	15	61	60	2	8	27	1.40
202978--203020	2	22.0	2	84	13	54	51	0	4	44	1.22
202981--203043	14	4.2	14	75	18	56	58	0	3	38	1.14
202985--203035	25	2.0	27	84	7	70	58	0	3	37	1.16
203009--203089	42	1.9	43	82	7	103	69	0	6	24	1.11
203785--203818	16	2.1	16	100	0	68	11	11	44	32	1.77
214915--214939	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
217678--217858	31	5.8	31	86	0	236	34	7	15	42	1.76

Tables:   1   2