genome.fa.s7898.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007898.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110287_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  546391

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14715--14776	24	2.6	24	100	0	124	51	6	12	29	1.65
15133--15196	23	2.8	22	73	15	67	50	6	1	42	1.37
16360--16409	25	2.0	26	84	4	66	40	0	4	56	1.18
17379--17425	23	2.0	24	87	4	69	48	10	6	34	1.63
20585--20633	23	2.1	23	88	0	71	59	0	8	32	1.27
21447--21484	16	2.4	16	83	12	51	65	2	0	31	1.06
21842--21989	59	2.5	59	79	10	144	38	4	22	33	1.75
24200--24232	17	1.9	17	93	0	57	42	3	0	54	1.15
26865--26966	25	4.0	25	98	1	195	31	15	20	32	1.94
27040--27100	3	21.0	3	83	12	83	67	0	1	31	1.01
27348--27517	90	1.9	89	92	3	288	24	18	29	27	1.98
27348--27481	46	3.0	46	68	10	132	24	19	28	27	1.99
27365--27507	46	3.2	44	72	10	139	25	18	28	27	1.98
27381--27518	43	3.1	44	72	11	129	25	18	27	28	1.98
40706--40790	30	2.8	31	72	10	86	60	4	15	20	1.53
42213--42386	25	6.9	25	98	1	330	31	15	20	32	1.94
42464--42524	3	21.0	3	83	12	83	67	0	1	31	1.01
50470--50538	23	3.0	23	100	0	138	13	30	26	30	1.93
53461--53491	10	2.9	11	90	9	55	25	0	0	74	0.82
53924--53978	12	4.6	12	88	0	74	21	1	58	18	1.49
57582--57647	29	2.3	29	94	0	123	16	31	34	16	1.92
57718--57755	20	1.9	20	88	0	58	15	7	50	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57744--57781	20	1.9	20	88	0	58	18	13	47	21	1.82
58310--58353	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
58330--58392	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
58881--58937	16	3.3	16	71	17	51	40	0	8	50	1.33
58892--58934	21	2.1	20	87	12	61	32	0	11	55	1.36
59202--59260	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
62141--62631	26	19.7	25	76	14	301	42	2	9	44	1.51
62087--62579	124	4.0	124	96	1	884	43	2	10	44	1.52
62291--62631	98	3.4	99	78	10	331	43	2	9	45	1.49
62144--62631	12	36.1	14	69	18	143	43	2	9	44	1.51
62223--62644	38	10.7	37	67	19	114	42	2	9	45	1.50
62584--62657	38	1.9	38	83	5	96	45	4	5	44	1.45
62839--62871	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
62785--62864	24	3.3	23	71	21	67	38	3	8	48	1.52
65030--65060	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
65035--65081	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
65122--65202	32	2.5	34	79	16	84	49	13	0	37	1.42
65241--65345	46	2.2	48	83	6	124	47	11	0	40	1.46
65311--65401	41	2.2	40	78	7	94	46	9	1	42	1.44
65527--65567	21	2.1	19	86	9	55	2	34	0	63	1.08
65552--65607	26	2.2	26	87	6	78	7	32	10	50	1.64
65901--66033	29	4.6	29	92	0	185	21	30	29	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74309--74348	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
74475--74806	111	3.0	111	95	0	594	36	7	10	45	1.68
76693--76754	9	6.9	9	84	0	88	32	22	35	9	1.87
76693--76751	3	19.7	3	82	0	64	32	23	35	8	1.85
79309--79347	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
79295--79455	65	2.5	65	85	3	200	31	26	15	27	1.96
80569--80815	121	2.0	121	99	0	485	43	13	18	23	1.86
85349--85428	24	3.5	24	77	16	105	23	23	20	32	1.98
85345--85471	45	2.8	45	93	1	211	25	24	19	29	1.98
85344--85471	24	5.7	22	73	18	95	26	24	19	29	1.98
86985--87023	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
86971--87133	65	2.5	65	83	3	213	29	26	15	27	1.96
88888--88934	21	2.3	21	85	10	62	53	2	6	38	1.39
92605--92656	23	2.3	23	80	6	72	21	40	19	19	1.92
93364--93403	21	1.9	21	89	0	62	37	35	0	27	1.57
97618--97687	29	2.4	29	95	0	122	30	11	28	30	1.92
98616--98649	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
105013--105067	28	2.0	28	92	0	92	41	12	23	21	1.88
116863--116952	43	2.2	41	80	17	109	57	2	5	34	1.34
116876--117000	43	3.0	42	81	16	138	55	4	5	35	1.42
117536--117562	14	1.9	14	100	0	54	14	0	25	59	1.36
123280--123322	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126529--126597	35	2.0	35	97	0	129	21	8	15	53	1.69
126633--126659	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
127278--127460	60	3.1	59	82	7	183	33	20	4	41	1.72
127538--127694	60	2.6	60	84	2	190	41	5	21	31	1.76
131181--131240	25	2.3	27	80	8	72	48	10	8	33	1.67
131626--131668	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
131826--131934	24	4.5	24	77	6	114	47	16	16	19	1.83
131828--131897	12	5.8	12	73	6	61	50	18	14	17	1.79
131826--131934	48	2.3	48	84	6	132	47	16	16	19	1.83
132736--132780	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
134480--134547	22	3.1	22	100	0	136	19	27	26	26	1.99
137687--137731	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
139424--139491	22	3.1	22	100	0	136	19	27	26	26	1.99
146732--146792	29	2.1	29	81	6	70	45	4	0	49	1.23
150796--150828	15	2.2	15	100	0	66	21	0	39	39	1.53
150775--150816	12	3.5	12	90	0	66	21	0	38	40	1.53
156434--156570	72	1.9	72	95	0	247	31	16	13	38	1.87
158610--158641	16	2.0	16	100	0	64	18	25	0	56	1.42
164441--164525	32	2.7	32	88	1	127	34	20	8	37	1.82
183017--183082	19	3.5	19	76	19	75	56	1	0	42	1.08
183021--183081	17	3.4	17	74	25	63	54	1	0	44	1.10
185507--185548	16	2.6	18	82	17	56	50	0	11	38	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193089--193337	124	2.0	124	100	0	498	30	11	19	38	1.87
197544--197576	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
199750--199799	21	2.3	21	87	12	75	20	0	36	44	1.52
201540--201602	6	10.5	6	79	6	56	12	20	6	60	1.54
201540--201602	24	2.6	24	82	0	72	12	20	6	60	1.54
202829--203355	90	5.9	90	89	1	770	27	25	18	28	1.98
210368--211874	300	5.0	302	98	0	2952	30	19	14	35	1.92
210368--211874	601	2.5	601	99	0	2946	30	19	14	35	1.92
221160--221537	133	2.9	129	83	7	404	21	16	25	36	1.94
222526--222592	10	6.9	10	73	8	50	2	29	0	67	1.06
222561--222592	3	11.3	3	93	6	50	0	31	0	68	0.90
223747--223789	15	2.9	15	100	0	86	41	4	0	53	1.21
231282--231319	16	2.4	16	95	0	67	21	28	21	28	1.98
232546--232586	18	2.3	18	84	12	50	36	0	4	58	1.20
239539--239635	48	2.0	48	91	0	158	23	12	18	45	1.83
241613--241660	25	1.9	24	83	8	60	52	6	4	37	1.46
243395--243427	2	16.5	2	93	0	57	48	0	51	0	1.00
244346--244386	20	2.0	20	100	0	82	43	0	9	46	1.36
245706--245747	22	1.9	22	100	0	84	28	14	0	57	1.38
247209--247240	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
255574--255703	60	2.2	59	83	4	161	32	23	6	38	1.79
257669--257746	40	2.0	40	89	2	122	35	20	17	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258822--258909	29	3.0	29	84	0	122	15	32	31	19	1.93
258914--258957	22	2.0	23	86	4	63	6	47	20	25	1.74
258955--259005	22	2.4	22	93	3	86	13	33	29	23	1.93
259010--259071	31	2.0	31	100	0	124	25	38	12	22	1.90
260619--260714	31	3.2	30	71	16	90	36	4	25	34	1.75
260618--260763	60	2.4	61	87	5	208	41	4	22	31	1.75
269442--269604	59	2.7	59	82	9	181	44	3	19	31	1.68
272551--272606	20	2.8	20	94	0	94	32	35	14	17	1.90
272570--272778	65	3.2	64	78	12	212	31	24	17	26	1.97
272750--272798	19	2.6	19	87	9	66	24	26	20	28	1.99

Tables:   1   2