genome.fa.s7900.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007900.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110290_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  270466

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6729--6767	17	2.3	17	100	0	78	12	23	46	17	1.83
24446--24486	20	2.0	21	85	4	57	53	2	2	41	1.27
24515--24552	19	2.1	19	95	5	69	71	5	5	18	1.25
25899--25943	20	2.3	19	84	3	54	35	0	2	62	1.08
25894--25949	29	2.0	30	83	13	75	37	0	1	60	1.07
25942--26036	3	31.7	3	93	0	163	63	0	3	33	1.10
26353--26702	114	3.1	113	94	1	596	30	17	14	37	1.90
26552--26868	166	1.9	166	99	0	625	31	17	16	35	1.92
26718--27154	225	1.9	226	97	0	831	29	18	13	37	1.90
26718--27154	113	3.9	113	97	0	831	29	18	13	37	1.90
27905--28270	83	4.4	83	95	1	614	37	21	13	27	1.91
29497--29535	18	2.1	18	90	4	60	12	10	0	76	1.01
40158--40204	18	2.7	17	75	15	51	70	2	0	27	0.99
40893--40933	20	2.0	21	85	4	57	53	2	2	41	1.27
40968--41003	18	2.1	17	94	5	63	69	5	5	19	1.29
42347--42391	20	2.3	19	84	3	54	35	0	2	62	1.08
42342--42397	29	2.0	30	83	13	75	37	0	1	60	1.07
42390--42469	3	26.7	3	92	0	133	62	0	3	33	1.13
43132--43189	24	2.4	24	88	0	80	27	5	27	39	1.78
49731--49763	17	1.9	17	88	11	50	30	27	3	39	1.72
49900--50029	42	3.2	40	72	10	120	23	14	13	47	1.80
49864--50053	81	2.3	80	81	3	220	26	16	12	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56634--56802	89	1.9	88	85	4	232	39	12	22	26	1.89
63314--63383	15	4.7	14	73	16	52	47	10	0	42	1.37
63550--63664	30	3.8	30	88	4	153	33	17	14	33	1.90
63550--63664	60	1.9	60	87	3	169	33	17	14	33	1.90
63554--63662	15	7.3	15	66	19	66	33	16	14	34	1.89
63584--63679	30	3.2	30	91	5	142	36	19	12	31	1.89
65916--65961	23	2.0	23	86	0	65	36	13	10	39	1.79
67573--67645	23	3.0	24	78	11	78	63	4	2	30	1.27
67996--68020	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
69011--69048	20	1.9	20	94	0	67	42	13	23	21	1.88
69220--69245	11	2.4	11	100	0	52	38	15	0	46	1.46
71152--71193	22	1.9	22	90	0	66	47	2	9	40	1.49
75750--75791	20	2.1	20	100	0	84	45	14	9	30	1.77
79928--80019	31	3.0	31	86	0	121	22	19	9	47	1.78
82813--82838	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
84075--84111	11	3.5	11	78	14	51	59	0	0	40	0.97
87066--87121	28	2.0	28	89	0	85	50	23	0	26	1.50
90308--90392	42	2.0	41	97	2	161	35	16	5	42	1.72
92634--93831	6	201.7	6	98	1	2312	50	16	0	33	1.46
95529--95579	25	2.0	25	92	0	84	33	19	25	21	1.97
101153--101199	24	2.0	24	82	0	58	63	2	4	29	1.25
101154--101263	22	4.7	22	70	10	76	63	5	3	27	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106676--106722	24	1.9	24	86	4	67	34	2	10	53	1.48
107729--107779	19	2.5	20	81	12	59	39	25	27	7	1.83
108369--108465	52	1.9	51	81	6	117	46	4	6	43	1.47
117522--117553	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
117525--117550	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
117523--117552	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
119024--119167	32	4.6	32	74	11	95	41	10	7	40	1.68
119043--119168	32	4.0	32	74	12	118	41	10	7	40	1.68
119815--119855	21	1.9	21	85	14	57	31	2	4	60	1.30
123581--123638	16	3.7	15	71	8	53	34	1	0	63	1.04
123581--123650	35	2.1	35	87	10	103	31	1	0	67	1.00
123600--123650	16	2.9	18	74	14	61	29	1	0	68	1.00
131365--131408	19	2.3	19	92	0	70	47	0	0	52	1.00
132097--132463	182	2.0	183	93	2	623	32	16	11	39	1.84
134003--134065	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
133605--136499	473	6.1	480	94	3	5069	40	11	7	40	1.69
134478--134540	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
134957--135011	20	2.6	21	85	5	76	36	23	5	34	1.78
135429--135484	23	2.4	23	87	0	85	37	19	5	37	1.75
135903--135965	23	2.7	23	90	0	90	36	20	6	36	1.78
136389--136447	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
136530--136572	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136714--136773	20	3.1	19	83	9	77	18	15	11	55	1.70
137244--137306	23	2.7	23	95	0	108	38	19	4	38	1.73
137052--138313	475	2.6	477	96	2	2308	40	11	7	40	1.70
138195--138251	21	2.6	22	80	5	71	38	21	5	35	1.76
138913--138955	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
139191--140132	227	4.1	229	95	1	1668	39	7	7	45	1.61
140241--140276	17	2.1	17	89	0	54	33	22	13	30	1.93
159289--159339	19	2.6	18	82	14	50	49	1	1	47	1.24
159304--159339	19	1.9	18	88	5	54	50	2	0	47	1.15
161497--161529	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
162106--162149	22	2.0	22	86	0	61	18	11	9	61	1.55
164837--164885	20	2.6	19	83	6	55	69	2	0	28	1.00
170925--170966	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
172787--172895	54	2.0	56	89	5	168	38	9	12	39	1.76
176041--176089	21	2.2	22	82	13	57	26	4	4	65	1.29
176402--176499	49	2.0	49	100	0	196	42	12	22	22	1.86
178839--178885	15	3.3	15	76	11	62	59	8	4	27	1.45
179158--179424	123	2.2	121	82	7	335	32	13	6	47	1.68
182331--182380	25	2.0	26	92	4	84	20	4	34	42	1.70
182332--182388	25	2.2	26	87	3	80	22	3	33	40	1.71
182300--182615	107	3.0	107	87	3	444	25	4	27	43	1.73
182545--182603	23	2.4	25	86	11	95	16	3	35	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182559--182609	23	2.4	21	84	12	61	17	3	29	49	1.65
182710--182763	26	2.1	26	96	0	99	20	3	29	46	1.68
183536--183595	28	2.1	28	96	0	111	26	20	26	26	1.99
191290--191340	25	2.1	24	85	7	68	47	9	0	43	1.36
192110--192148	20	2.0	20	89	0	60	69	2	0	28	1.02
198628--198664	9	4.1	9	100	0	74	54	24	21	0	1.45
198739--198799	6	10.2	6	84	7	70	45	0	36	18	1.49
198724--198800	18	4.6	18	72	18	67	45	0	38	15	1.46
200411--200546	32	4.4	31	75	8	105	40	7	11	41	1.68
200401--200527	32	4.0	32	78	6	143	40	7	10	41	1.68
200401--200527	63	2.0	64	85	1	175	40	7	10	41	1.68
202009--202039	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
209707--209737	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
211817--211849	17	1.9	18	88	11	52	54	0	0	45	0.99
212158--212203	14	3.3	14	77	22	60	34	0	0	65	0.93
212146--212211	28	2.4	28	97	0	123	42	0	0	57	0.98
212151--212205	12	4.2	13	80	19	69	40	0	0	60	0.97
212163--212228	28	2.4	28	82	5	71	48	0	1	50	1.10
212403--212441	11	3.2	12	85	10	53	48	0	2	48	1.15
215114--215178	27	2.4	27	92	0	103	40	16	13	29	1.88
220703--220729	13	2.1	13	100	0	54	29	14	11	44	1.80
223753--223784	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231176--231257	29	2.8	29	100	0	164	25	28	28	18	1.98
231258--231304	21	2.2	21	96	0	85	31	25	27	14	1.95
231333--231389	28	2.0	28	96	0	105	24	21	35	19	1.96
231429--231510	29	2.8	29	96	0	146	17	29	30	23	1.97
231823--231873	26	2.0	26	84	3	68	47	11	33	7	1.69
232029--232117	41	2.2	41	78	8	92	42	1	10	46	1.45
232086--232190	47	2.2	50	86	8	146	40	0	12	47	1.41
232231--232307	34	2.3	33	81	14	88	40	0	12	46	1.42
232353--232399	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
232374--232404	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26

Tables:   1   2