genome.fa.s7902.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007902.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110293_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  611524

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3970--4049	27	3.0	27	74	15	76	48	2	1	47	1.23
4037--4088	18	2.9	18	76	0	50	51	0	0	48	1.00
3970--4095	53	2.4	52	74	6	128	50	1	0	46	1.16
4105--4166	29	2.1	30	85	8	83	53	0	3	43	1.17
4123--4217	47	2.0	47	82	13	115	51	0	3	45	1.17
9897--9929	17	2.0	17	88	5	50	63	0	6	30	1.18
22862--23016	3	51.7	3	90	2	249	63	0	3	33	1.11
23331--23965	113	5.6	113	97	0	1159	28	18	14	37	1.91
24558--24943	82	4.7	82	92	2	603	35	21	13	29	1.92
25689--25733	18	2.6	17	89	6	65	55	6	6	31	1.52
26060--26094	16	2.2	16	94	0	61	0	14	0	85	0.59
26064--26098	10	3.3	10	92	8	52	0	11	0	88	0.51
38857--39006	3	49.7	3	90	1	237	62	0	3	34	1.12
54096--54136	22	2.0	21	85	9	57	46	7	9	36	1.65
55456--55618	43	3.8	42	84	4	168	27	19	5	47	1.71
55329--55637	85	3.6	85	77	9	299	28	18	4	49	1.66
55329--55637	42	7.2	43	77	8	256	28	18	4	49	1.66
63712--63759	16	2.9	16	81	3	60	62	2	0	35	1.07
66658--66775	60	2.0	61	84	5	159	35	18	11	33	1.88
68867--68920	28	1.9	28	88	0	81	61	11	9	18	1.55
77570--77606	18	2.1	18	100	0	74	16	10	24	48	1.77
77573--77613	18	2.3	18	91	0	64	19	14	19	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81885--81943	31	2.0	30	83	6	75	37	20	6	35	1.79
84674--84739	31	2.1	31	94	0	114	33	13	30	22	1.93
89732--89789	30	2.0	29	86	3	80	37	1	15	44	1.57
93951--94023	36	2.0	36	89	0	110	30	13	19	36	1.90
101322--101377	12	4.9	11	74	22	53	60	19	5	14	1.53
101308--101377	34	2.1	34	97	0	131	60	20	4	15	1.52
101323--101377	17	3.2	17	66	19	51	60	20	5	14	1.54
102168--102197	9	3.2	9	90	9	51	80	10	0	10	0.92
102168--102197	10	3.1	10	95	4	53	80	10	0	10	0.92
108377--108408	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
109541--109592	20	2.6	20	96	0	95	9	23	23	44	1.82
109584--109698	22	5.6	21	76	8	103	20	17	23	38	1.93
109584--109676	22	4.4	22	81	6	104	20	17	24	37	1.93
109564--109640	40	1.9	41	89	2	120	19	19	20	40	1.92
109773--109851	6	13.2	6	100	0	158	34	49	16	0	1.46
110341--110387	5	9.0	5	82	13	51	0	19	53	27	1.45
110345--110388	11	4.0	12	88	11	60	0	18	52	29	1.46
110341--110388	16	3.0	16	90	6	71	0	18	52	29	1.46
110538--110581	16	2.9	16	86	10	65	36	31	22	9	1.86
110540--110580	14	2.7	15	88	7	57	34	34	24	7	1.83
110588--110641	21	2.6	21	96	0	99	29	27	16	25	1.97
113171--113348	92	1.9	92	94	2	313	37	20	16	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123210--123255	23	2.0	24	82	4	58	30	2	0	67	1.03
123232--123269	17	2.2	17	86	9	51	31	5	0	63	1.17
124496--124573	23	3.4	22	73	7	57	53	2	3	39	1.33
124847--124884	16	2.4	16	86	8	51	42	0	0	57	0.98
124860--124899	16	2.3	18	87	8	57	45	0	0	55	0.99
125280--125330	19	2.7	17	80	19	57	41	1	1	54	1.22
125302--125342	15	2.8	15	88	3	57	43	0	2	53	1.13
125419--125493	25	3.0	26	73	16	61	48	1	0	50	1.09
125407--125504	50	2.0	50	80	8	110	47	2	0	50	1.12
125474--125513	20	2.2	17	86	13	53	40	0	0	60	0.97
125489--125529	14	2.9	14	81	0	55	41	0	0	58	0.98
125424--125532	51	2.2	48	78	15	114	46	0	0	52	1.06
125609--125676	23	3.0	22	74	8	55	44	1	2	51	1.25
125771--125821	23	2.2	23	86	6	68	41	1	3	52	1.31
125811--125857	22	2.1	23	88	4	69	53	2	2	42	1.25
139960--140030	36	2.0	36	94	0	124	28	5	23	42	1.77
146782--146837	16	3.6	16	92	2	87	37	17	5	39	1.73
151204--151242	5	7.8	5	91	0	51	2	41	33	23	1.68
151240--151330	6	15.2	6	97	0	155	3	16	49	30	1.62
151608--151662	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
157223--157325	6	17.2	6	97	0	188	1	16	49	32	1.57
157603--157657	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162836--162943	31	3.6	30	69	17	82	47	0	0	50	1.13
162822--162949	57	2.3	56	80	9	145	46	0	0	51	1.11
163373--163404	16	2.0	16	93	0	55	46	6	0	46	1.27
163546--163581	15	2.3	15	95	4	63	47	2	0	50	1.15
169508--169559	18	2.9	18	91	0	86	23	34	25	17	1.96
172220--172276	21	2.7	21	79	12	71	45	5	0	49	1.24
175332--175386	27	2.0	28	96	3	103	45	10	10	32	1.74
189004--189120	39	3.0	39	100	0	234	46	20	17	15	1.84
190368--190428	30	2.0	30	96	0	113	40	9	22	26	1.85
190374--190427	17	3.4	17	73	19	62	42	11	20	25	1.85
193897--194084	67	3.0	60	75	18	156	40	5	21	32	1.76
201203--201234	15	2.1	16	94	5	57	25	0	6	68	1.12
202628--202675	22	2.1	23	81	11	55	31	18	0	50	1.48
210403--210443	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
212052--212090	16	2.5	16	95	4	71	43	5	5	46	1.48
218992--219060	20	3.7	20	75	12	76	47	7	18	26	1.74
220778--220803	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
221947--221997	16	2.9	18	82	14	70	47	0	0	52	1.00
223318--224982	4	416.2	4	67	0	873	50	33	0	16	1.46
223301--225000	6	285.0	6	96	3	3103	49	33	0	16	1.47
225008--225113	6	17.7	6	82	0	131	37	17	12	32	1.87
225008--225113	30	3.5	30	94	0	185	37	17	12	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226694--226779	31	2.8	31	77	3	86	27	18	16	37	1.92
227733--227796	31	2.1	31	100	0	128	37	12	6	43	1.68
229304--229360	27	2.2	25	84	6	69	31	8	12	47	1.72
229326--229433	49	2.2	49	89	3	162	35	13	13	37	1.85
229394--229491	41	2.4	41	86	6	137	38	10	12	38	1.77
230150--230226	38	2.0	38	87	0	109	37	0	6	55	1.26
230456--230583	62	2.0	62	92	4	213	39	7	10	42	1.66
231766--231837	34	2.1	34	87	5	101	38	11	30	19	1.86
232014--232155	34	4.1	34	82	10	126	32	14	31	21	1.93
232045--232155	38	3.0	38	83	10	158	32	16	29	21	1.95
234146--234320	60	3.0	60	75	9	162	32	20	4	43	1.72
239540--239692	60	2.5	61	78	15	156	32	21	5	41	1.75
239847--239962	60	1.9	60	85	3	162	38	4	21	35	1.73
241742--241778	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
243664--243741	33	2.4	33	89	2	113	43	16	7	32	1.76
245969--246212	36	6.8	36	93	0	382	32	23	25	18	1.97
248388--248427	20	2.0	20	90	0	62	50	5	15	30	1.65
252270--252340	36	2.0	36	85	0	97	40	7	16	35	1.76
260441--260492	19	2.6	19	87	6	77	17	42	23	17	1.89
266720--266780	23	2.9	20	78	11	61	24	31	24	19	1.98
268440--268483	24	1.9	24	86	9	65	22	2	22	52	1.58
273298--273336	20	2.0	20	100	0	78	10	30	33	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277439--277541	30	3.4	30	73	12	102	16	2	16	64	1.42
277435--277597	61	2.6	62	83	4	213	19	4	17	58	1.56
277874--277927	24	2.2	24	93	0	90	44	14	14	25	1.84
279098--279179	41	2.0	41	95	0	146	46	9	23	20	1.80
284745--284799	13	4.6	12	78	21	62	38	18	0	43	1.50
284750--284795	22	2.1	22	100	0	92	32	21	0	45	1.52
285539--285810	140	1.9	140	89	0	418	37	8	14	40	1.75
289117--289221	21	5.2	20	71	12	63	29	13	21	35	1.92
289132--289221	20	4.6	20	72	13	78	31	12	22	34	1.91
289117--289228	59	1.9	59	100	0	224	28	13	23	34	1.92

Tables:   1   2   3