genome.fa.s7914.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007914.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110317_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  500553

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1386--1411	7	3.7	7	100	0	52	38	15	0	46	1.46
13465--13510	15	3.1	15	82	14	60	4	28	0	67	1.10
13444--13515	25	2.8	26	91	2	119	4	29	0	66	1.10
14447--14515	23	3.0	22	76	4	66	28	24	23	23	1.99
14531--14748	103	2.1	103	95	0	391	36	24	13	24	1.92
15475--15501	13	2.1	13	100	0	54	25	14	14	44	1.84
16587--16647	24	2.4	24	81	8	68	27	0	3	68	1.05
18155--18280	45	2.8	46	90	4	193	27	12	22	37	1.90
27936--27973	8	4.8	8	81	12	51	76	0	15	7	1.01
27930--27966	17	2.2	16	90	9	56	78	0	16	5	0.93
27938--27995	25	2.4	25	83	13	77	74	1	15	8	1.14
27930--28028	18	5.7	18	71	20	52	72	1	20	6	1.11
29389--29860	159	3.0	159	91	2	720	27	16	27	29	1.97
29367--29861	104	4.7	104	73	14	363	26	16	27	29	1.97
29379--29942	51	10.6	55	78	9	442	27	16	26	29	1.97
30644--30670	13	2.1	13	100	0	54	25	14	14	44	1.84
31732--31794	16	4.1	15	78	10	56	26	0	3	69	1.03
31730--31789	15	4.0	15	80	6	68	28	0	1	70	0.97
32912--32949	20	1.9	20	88	0	58	10	28	34	26	1.90
39068--39155	23	3.8	23	82	11	110	27	25	23	23	2.00
39162--39387	103	2.2	103	93	1	382	37	24	12	25	1.91
39867--39904	20	1.9	20	88	0	58	10	28	34	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39932--39974	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
41748--41811	15	4.1	15	76	13	67	65	0	28	6	1.16
41743--41808	25	2.8	23	89	10	107	63	0	30	6	1.18
41767--41811	10	4.3	10	78	10	54	66	0	26	6	1.16
53038--53245	53	3.9	53	91	1	321	19	25	22	32	1.98
53612--53703	41	2.2	41	85	11	118	35	23	17	22	1.95
53612--53825	42	5.2	42	70	15	137	32	22	17	27	1.96
53749--53832	42	2.0	42	95	0	150	30	22	20	26	1.98
53820--53844	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
54029--54152	42	3.0	40	74	6	113	29	23	21	25	1.99
53868--54258	214	1.8	214	94	0	692	32	18	14	34	1.91
54046--54151	42	2.6	41	83	3	140	30	22	22	24	1.99
72539--72569	15	2.1	15	93	0	53	38	6	9	45	1.63
72839--73123	153	1.9	153	97	0	543	37	9	8	44	1.68
76809--76856	18	2.6	19	78	18	57	66	4	2	27	1.21
76867--76892	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
80942--80998	18	3.4	16	74	13	53	64	3	8	22	1.37
81609--81658	14	3.9	14	72	20	54	12	16	16	56	1.68
81608--81698	24	3.8	24	89	0	137	14	13	16	56	1.68
81601--81703	24	4.3	24	87	0	134	14	11	16	57	1.66
81873--81998	10	11.2	10	75	17	90	11	14	18	56	1.67
81869--81906	20	1.9	20	94	0	67	18	13	10	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81911--81951	14	3.2	14	74	25	54	7	17	21	53	1.67
81883--82014	24	5.6	22	76	12	102	12	14	17	56	1.68
81878--81974	47	2.1	47	90	0	149	10	13	19	56	1.65
81873--81998	57	2.2	55	86	8	164	11	14	18	56	1.67
81981--82012	14	2.3	14	94	0	55	9	15	18	56	1.66
94195--94253	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
98879--98937	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
100827--100861	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
102197--102646	105	4.3	105	92	2	703	22	18	27	32	1.97
103209--103560	65	5.2	66	76	8	262	37	11	20	30	1.88
103377--103500	36	3.4	36	83	4	169	38	13	20	26	1.90
103993--104028	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
104420--104490	22	3.2	22	95	0	124	28	14	23	33	1.94
105116--105200	7	11.1	7	73	19	64	1	14	5	78	0.99
105116--105200	8	11.0	8	69	15	54	1	14	5	78	0.99
106382--106420	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
106382--106420	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
109079--109111	15	2.1	17	88	11	52	63	0	9	27	1.24
109121--109172	20	2.7	20	75	3	61	67	1	5	25	1.23
112299--112346	23	2.1	22	84	3	60	16	12	12	58	1.63
112756--112786	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
114233--114283	20	2.5	20	93	0	93	21	21	33	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115461--115520	29	2.1	29	93	6	106	26	15	33	25	1.95
117053--117112	23	2.7	23	89	2	86	20	25	31	23	1.98
122495--122807	155	2.0	158	98	1	605	22	15	20	41	1.89
128129--128166	18	2.1	19	95	5	69	23	15	21	39	1.92
134874--134968	49	2.0	49	91	2	156	49	2	10	37	1.49
138622--138673	23	2.4	22	83	6	61	19	19	28	32	1.96
146148--146201	18	2.8	21	78	21	64	29	1	0	68	1.00
146130--146194	32	2.0	32	84	0	85	27	4	1	66	1.20
152354--152415	24	2.7	23	75	5	61	35	22	14	27	1.93
152354--152448	23	4.1	23	71	5	66	33	24	15	26	1.95
153542--153611	20	3.5	20	66	14	63	31	17	18	32	1.94
153520--153631	40	2.8	40	91	0	179	34	16	17	30	1.93
157576--157696	64	1.9	63	84	1	161	31	22	22	23	1.98
158249--158283	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
161571--161617	23	2.0	23	91	0	76	44	34	4	17	1.68
184264--184320	21	2.7	21	97	0	105	26	26	28	19	1.99
184516--184570	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
184556--184654	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
184649--184690	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
187032--187070	13	3.0	13	85	7	53	51	15	15	17	1.77
187037--187096	13	3.9	14	71	24	50	48	16	15	20	1.81
188440--188544	45	2.3	46	83	4	133	28	20	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193902--194003	44	2.3	43	81	8	116	28	25	19	26	1.99
207100--207168	14	5.2	14	81	13	92	55	24	13	7	1.63
207080--207168	38	2.3	38	96	0	160	56	21	12	10	1.65
207114--207178	24	2.8	24	92	2	114	55	23	13	7	1.64
216387--216435	18	2.5	20	83	12	75	36	6	12	44	1.67
227971--228000	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
233697--233748	21	2.5	21	84	6	70	19	25	19	36	1.95
233739--233832	20	4.7	20	85	2	125	37	21	21	20	1.95
233739--233832	41	2.3	40	85	1	125	37	21	21	20	1.95
234028--234089	18	3.0	22	72	18	69	25	38	16	19	1.92
234480--234526	20	2.3	20	88	0	67	12	12	23	51	1.74
234491--234528	20	1.9	20	100	0	76	10	10	21	57	1.61
234493--234536	20	2.2	20	87	0	61	13	11	20	54	1.69
236089--236181	33	2.8	34	88	3	134	16	22	18	43	1.88
236153--236221	20	3.5	20	85	0	102	18	21	24	34	1.96
238522--238582	23	2.7	23	89	0	95	26	27	26	19	1.99
238598--238918	103	3.1	103	97	0	606	37	22	13	27	1.91
243731--244051	103	3.1	103	97	0	597	36	22	13	28	1.91
247191--247244	24	2.2	24	90	0	81	42	20	16	20	1.89
248110--248191	20	4.1	21	80	14	102	23	18	21	36	1.95
248116--248191	40	1.9	40	97	0	143	22	19	22	35	1.96
257134--257556	111	3.9	108	91	7	680	44	11	8	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257134--257556	212	2.0	214	93	3	724	44	11	8	35	1.70
257626--257666	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
257707--257747	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
257870--257993	50	2.5	48	83	5	158	21	29	33	14	1.93
258264--258470	35	5.8	34	82	10	234	45	2	5	45	1.40
258354--258448	11	8.1	11	69	16	57	46	1	4	48	1.28
258221--258468	36	6.7	37	78	10	233	46	2	5	45	1.39
258257--258470	71	2.9	71	90	3	320	46	2	5	44	1.41
258919--259012	37	2.5	37	81	11	111	46	4	5	43	1.45
259106--259169	5	12.4	5	82	12	69	21	3	0	75	0.95

Tables:   1   2