genome.fa.s7917.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007917.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110320_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  409361

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1289--1333	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
3040--3102	13	5.5	13	68	27	61	20	26	26	25	1.99
3027--3115	22	4.0	22	98	0	160	21	26	26	24	1.99
8300--8378	39	2.0	40	90	5	124	31	15	10	43	1.80
15081--15129	23	2.0	25	84	7	66	46	2	6	44	1.39
15292--15352	32	1.9	32	83	6	79	52	3	1	42	1.27
21033--21069	5	7.4	5	87	0	56	2	18	37	40	1.65
21133--21165	17	2.0	17	94	5	59	3	12	24	60	1.46
21160--21204	24	1.9	24	86	4	65	13	6	24	55	1.62
23700--24395	182	3.8	180	84	3	813	43	15	14	26	1.84
25317--25388	30	2.4	30	90	0	108	30	23	20	25	1.99
25375--25499	31	4.0	31	76	14	114	32	20	17	29	1.95
26619--26775	64	2.5	64	76	12	153	26	19	20	33	1.96
28117--28165	19	2.6	19	93	0	80	32	2	8	57	1.40
28524--29822	198	6.5	197	89	2	1726	38	15	15	31	1.88
28521--29822	397	3.3	396	87	2	1783	38	15	15	31	1.88
28521--29822	595	2.2	596	87	1	1844	38	15	15	31	1.88
30232--30271	20	2.0	20	90	4	64	55	5	12	27	1.58
30371--30472	34	2.9	36	88	5	163	45	13	13	27	1.82
30851--30893	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
30891--30972	2	41.5	2	75	16	64	41	2	1	54	1.21
31385--31414	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31842--31866	13	1.9	13	100	0	50	24	40	20	16	1.91
33736--33774	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
34918--34951	16	2.1	16	89	10	52	76	5	14	2	1.09
34924--35014	8	11.7	7	71	15	56	76	6	14	2	1.07
34924--34994	31	2.3	31	77	20	76	77	5	15	1	1.02
35653--35703	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
36563--36672	37	3.0	37	91	2	177	26	23	13	36	1.92
36683--36769	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
36581--36936	102	3.5	102	96	0	640	29	20	12	36	1.90
36799--36871	37	2.0	37	88	0	110	26	21	13	38	1.91
36836--37001	65	2.6	65	96	0	305	30	19	12	36	1.89
36719--37036	167	1.9	169	92	1	541	29	20	12	37	1.90
36565--37027	204	2.3	195	80	12	579	29	20	13	36	1.91
37109--37180	37	1.9	37	82	0	90	26	22	11	40	1.87
37784--38438	105	6.2	105	89	3	919	33	26	17	22	1.96
38982--39079	37	2.8	36	89	4	155	44	13	13	28	1.81
39552--39602	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
40018--40051	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
41581--41621	21	2.0	21	85	0	55	34	36	14	14	1.87
41688--41735	21	2.3	21	85	3	62	18	20	33	27	1.96
42598--42691	40	2.3	40	90	3	143	35	28	17	19	1.94
42623--42818	63	3.1	62	85	5	245	33	26	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42595--42823	103	2.2	104	89	1	352	33	24	19	22	1.97
42595--42818	21	10.8	21	76	11	221	33	25	20	21	1.97
43076--43146	35	2.0	35	94	0	124	21	21	19	38	1.94
56279--56442	84	2.0	84	91	0	265	24	18	20	35	1.95
61843--61887	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
61912--61960	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
63051--63268	103	2.1	103	96	0	400	27	12	22	36	1.91
63275--63329	23	2.3	23	81	3	65	23	16	21	38	1.93
64441--64523	19	4.6	19	84	14	113	16	28	36	18	1.93
64433--64517	33	2.6	33	96	0	152	15	28	36	20	1.92
64433--64499	14	4.4	14	81	17	80	14	28	37	19	1.91
65678--65712	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
69465--69547	19	4.6	19	84	14	113	16	28	36	18	1.93
69457--69541	33	2.6	33	96	0	152	15	28	36	20	1.92
69457--69523	14	4.4	14	81	17	80	14	28	37	19	1.91
70701--70735	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
75046--75111	30	2.2	31	83	2	80	42	16	19	21	1.89
75753--75794	21	2.0	22	85	4	59	35	16	2	45	1.61
85878--85918	20	2.0	20	85	0	55	24	21	17	36	1.94
85935--85977	6	7.5	6	82	7	54	30	0	0	69	0.88
85928--85976	17	2.9	17	77	17	57	30	0	0	69	0.89
85930--86017	21	4.2	22	72	13	78	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86005--86092	13	6.9	12	70	18	54	44	1	2	52	1.21
85957--86092	63	2.1	65	87	6	206	41	0	1	56	1.13
87381--87426	21	2.2	21	84	7	58	50	0	10	39	1.38
90650--90687	17	2.3	17	86	13	53	57	0	2	39	1.12
93061--93339	140	2.0	137	97	2	522	30	17	15	36	1.91
98582--98616	17	2.1	16	89	5	52	45	0	5	48	1.26
107593--107633	21	1.9	22	85	5	57	36	4	7	51	1.51
120493--120519	8	3.4	8	100	0	54	25	11	14	48	1.77
120638--120676	16	2.6	16	88	8	55	28	10	20	41	1.85
120757--120808	23	2.3	23	86	0	77	15	21	28	34	1.94
123327--123373	20	2.4	20	82	3	60	34	19	12	34	1.89
133401--133503	28	3.6	28	88	5	154	36	23	6	33	1.81
133506--133543	17	2.2	18	90	4	60	13	21	50	15	1.78
133549--133588	19	2.1	19	90	0	62	20	27	30	22	1.98
135224--135272	21	2.3	21	100	0	98	24	18	16	40	1.90
136844--137212	184	2.0	185	98	1	715	36	14	25	23	1.93
142274--142320	18	2.5	19	83	13	62	48	2	0	48	1.13
142281--142322	17	2.3	18	92	8	68	52	2	0	45	1.13
143791--143868	20	3.8	19	66	21	50	69	2	5	23	1.21
143795--143895	45	2.2	44	76	13	98	68	3	2	24	1.21
143811--143898	33	2.6	34	76	13	85	68	4	2	25	1.20
144525--144626	37	2.8	37	86	0	132	32	12	14	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145378--146537	106	11.0	106	91	3	1747	22	18	25	33	1.97
145379--146537	412	2.8	412	89	3	1665	22	18	25	33	1.97
145935--146568	213	3.0	212	90	2	1002	22	17	26	33	1.96
147485--147539	22	2.5	22	100	0	110	23	12	27	36	1.91
148143--148207	33	2.1	33	83	11	84	6	9	4	80	1.03
148157--148207	15	3.1	16	78	21	61	3	9	5	80	1.01
148157--148210	16	3.5	15	78	16	56	3	9	7	79	1.03
152705--152730	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
152923--152989	19	3.3	19	75	8	62	71	2	2	22	1.13
153072--153097	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
153048--153172	61	2.0	61	95	3	225	57	2	11	28	1.46
153133--153158	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
153178--153225	22	2.2	22	85	7	62	62	0	4	33	1.14
160501--160553	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
160543--160656	20	5.7	20	79	6	140	37	18	20	23	1.94
160543--160672	40	3.2	39	79	9	138	36	20	20	23	1.95
161224--161290	34	2.0	34	87	0	98	38	22	23	14	1.92
161286--161352	20	3.4	20	83	2	91	11	14	22	50	1.76
161317--161360	20	2.2	20	83	0	52	13	11	20	54	1.69
163233--163322	20	4.5	20	91	0	135	40	22	16	21	1.92
163369--163497	20	6.8	20	80	10	162	20	18	19	41	1.91
163369--163497	54	2.3	57	82	8	156	20	18	19	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165574--165648	33	2.2	34	85	2	98	40	20	24	16	1.91
165659--165752	20	4.7	20	88	2	136	19	21	24	35	1.96
168157--168210	24	2.2	24	90	0	81	38	20	18	22	1.93
169501--169561	32	1.9	31	83	3	77	49	8	1	40	1.42
170976--171058	32	2.6	31	81	3	94	42	7	4	45	1.53
178939--178963	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
183214--183240	3	9.0	3	100	0	54	0	0	66	33	0.92
187385--187416	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
192763--192802	19	2.2	19	86	4	55	35	5	7	52	1.51
193833--193868	12	3.0	12	83	0	54	38	25	8	27	1.84

Tables:   1   2