genome.fa.s7920.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007920.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110324_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  328425

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3060--3115	28	2.0	28	85	0	76	37	37	7	17	1.78
9106--9185	41	1.9	43	87	10	121	45	8	2	43	1.48
11317--11418	36	2.8	36	92	0	168	45	11	32	10	1.75
20516--20588	31	2.4	31	97	0	137	36	10	4	47	1.58
27645--27810	84	2.0	84	83	7	212	45	14	13	26	1.81
28694--28724	16	1.9	16	93	0	53	35	3	16	45	1.63
30143--30264	50	2.4	50	78	2	129	17	36	25	21	1.95
34178--34399	111	2.0	111	95	0	399	45	10	7	36	1.67
45088--45139	16	3.2	17	72	22	58	42	0	21	36	1.53
48629--48664	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
55333--55390	29	2.0	30	90	10	93	39	5	8	46	1.57
57782--57815	18	1.9	18	88	5	52	14	26	29	29	1.95
70662--70716	29	1.9	28	88	3	83	29	27	12	30	1.93
71014--71044	10	3.1	10	95	0	53	32	32	0	35	1.58
71076--71116	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
73174--73205	12	2.7	12	95	0	55	37	25	28	9	1.87
80053--80101	23	2.1	23	85	7	64	59	12	2	26	1.44
81089--81215	63	2.0	63	96	0	236	33	8	29	28	1.87
82689--82803	24	4.8	24	85	6	144	22	17	20	40	1.92
82892--82992	35	2.9	35	93	0	175	8	27	29	33	1.87
92213--92276	16	4.0	16	75	15	60	40	1	0	57	1.08
93952--93997	19	2.4	20	82	7	51	58	2	0	39	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93953--93997	18	2.4	18	85	10	56	60	2	0	37	1.09
96712--96869	21	7.8	20	71	7	77	39	24	17	18	1.92
96834--96888	20	2.8	19	80	5	65	45	25	18	10	1.82
96875--96989	20	5.7	20	83	6	160	33	26	18	20	1.96
96836--96990	40	3.8	40	81	4	177	38	25	18	18	1.93
97371--97441	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
97521--97659	21	7.6	20	71	19	108	45	19	24	10	1.82
97521--97663	19	7.8	20	71	22	116	45	18	24	11	1.82
97521--97686	33	4.7	33	88	8	197	45	21	23	10	1.82
97581--97670	14	5.7	14	72	23	72	44	22	24	8	1.81
97573--97686	33	3.5	33	97	0	210	46	21	22	8	1.79
97682--97787	19	6.1	19	72	20	106	11	22	19	46	1.82
97704--97760	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
97687--97779	33	2.8	33	98	0	177	10	21	21	46	1.81
99483--99950	93	5.1	93	98	0	913	21	12	19	46	1.83
100015--100107	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
99998--100107	19	6.3	19	71	20	87	45	28	17	9	1.78
100103--100237	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
100125--100181	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
100108--100200	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
101114--101164	14	3.6	14	94	0	93	33	0	21	45	1.52
101271--101348	19	4.4	19	81	15	112	46	17	21	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101289--101367	33	2.4	33	97	0	149	43	18	25	12	1.86
101357--101545	19	10.7	19	78	17	219	15	21	17	45	1.85
101357--101559	52	3.9	52	86	10	281	15	21	17	45	1.85
101414--101559	33	4.2	33	81	13	195	14	21	17	46	1.83
103982--104028	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
104710--105019	20	15.5	20	88	1	361	20	18	24	37	1.94
105006--105088	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
104986--105084	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
106191--106778	291	2.0	291	97	0	1113	34	15	16	33	1.90
119282--119361	29	2.8	29	96	0	142	31	2	28	37	1.71
120244--120295	24	2.2	24	96	0	95	19	13	11	55	1.68
123122--123146	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
123175--123227	14	3.8	14	84	0	70	11	13	18	56	1.66
123438--123469	14	2.3	14	94	0	55	0	9	21	68	1.17
123430--123541	24	4.7	23	78	2	89	8	11	18	60	1.56
123448--123542	24	4.0	24	79	2	102	9	12	18	58	1.60
123733--123799	34	2.0	33	88	2	98	26	4	10	58	1.50
124232--124299	34	2.0	33	86	11	93	27	4	10	57	1.51
124496--124553	30	2.0	29	90	10	91	43	25	1	29	1.65
123624--124621	500	2.0	499	98	0	1924	33	14	13	39	1.84
125172--125202	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
126474--126543	28	2.4	29	76	11	81	50	11	5	32	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126725--126770	24	1.9	24	90	0	74	47	6	4	41	1.49
126851--126921	28	2.4	29	83	4	99	46	12	8	32	1.72
127087--127131	16	2.8	16	86	3	54	51	2	2	44	1.26
139305--139382	26	3.0	26	75	14	79	60	7	29	2	1.38
139922--139953	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
157333--157395	20	3.2	20	86	4	92	53	4	6	34	1.47
163504--163554	21	2.5	20	81	12	59	47	1	0	50	1.12
165094--165617	174	3.0	173	92	3	849	50	8	9	31	1.65
168875--168985	14	7.9	14	74	7	82	44	4	3	47	1.40
168883--169030	8	18.0	8	68	18	74	45	3	4	46	1.38
168854--169031	42	4.3	41	82	7	191	46	2	3	46	1.35
171397--171422	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
171763--171801	20	2.0	20	94	0	69	17	43	12	25	1.85
172230--172321	40	2.3	40	85	5	116	30	17	21	30	1.96
174368--174434	30	2.2	30	94	0	125	25	28	20	25	1.99
174635--174999	22	16.6	22	86	7	451	49	9	0	41	1.34
174635--174999	44	8.3	44	85	4	504	49	9	0	41	1.34
174635--174999	66	5.5	66	86	5	515	49	9	0	41	1.34
174986--175025	12	3.6	12	83	16	59	55	0	0	45	0.99
179316--179347	3	10.7	3	93	0	55	0	37	0	62	0.95
183344--183382	19	2.0	20	85	5	53	48	5	0	46	1.24
183550--183589	19	2.2	18	90	4	62	22	0	2	75	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187106--187140	15	2.5	14	86	13	54	22	20	20	37	1.95
191263--191297	18	1.9	18	94	0	61	28	34	17	20	1.95
191579--191621	14	3.1	14	100	0	86	44	13	34	6	1.72
191682--191708	12	2.2	12	100	0	54	55	0	7	37	1.28
193327--193370	20	2.2	20	84	8	54	68	0	2	29	1.02
193600--193787	84	2.2	84	86	0	250	22	20	25	31	1.98
193830--193943	36	3.2	36	82	3	131	43	10	19	26	1.83
193957--194175	37	6.2	36	78	13	240	36	13	21	28	1.92
193821--194175	139	2.6	139	89	2	536	38	12	20	28	1.89
193992--194175	102	1.8	102	88	4	282	36	14	21	28	1.92
194510--194896	105	3.6	106	84	5	485	23	17	23	35	1.95
195261--195300	17	2.4	17	84	12	55	70	0	2	27	1.01
195222--195300	30	2.7	29	82	5	88	68	0	1	30	0.98
195222--195298	14	5.3	14	72	16	59	67	0	1	31	0.99
198251--198305	21	2.4	23	74	20	62	34	9	12	43	1.74
198262--198307	21	2.2	21	88	7	67	32	10	10	45	1.74
199671--199710	21	1.9	21	89	0	62	35	0	0	65	0.93
200091--200146	24	2.3	24	93	0	94	30	16	14	39	1.88
205742--206203	230	2.0	232	99	0	910	31	19	18	30	1.96
208113--208307	101	2.0	97	93	4	336	30	12	19	36	1.89
214063--214095	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
217544--217954	216	1.9	218	98	1	799	38	21	10	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218953--219010	17	3.0	21	80	19	88	25	29	27	17	1.97
219323--219357	17	2.2	16	90	10	54	37	11	11	40	1.77
219329--219370	17	2.4	17	88	4	57	35	9	16	38	1.81
219648--219796	66	2.3	66	88	4	212	17	26	28	27	1.98
225807--225872	22	3.0	22	95	4	125	27	25	27	19	1.99
226509--226682	67	2.6	67	86	5	217	17	27	27	27	1.97
229619--229645	7	3.9	7	100	0	54	11	29	14	44	1.80
231579--231651	21	3.6	20	78	7	67	46	0	1	52	1.09
237893--237928	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
243291--243324	15	2.3	15	89	0	50	8	64	17	8	1.47

Tables:   1   2