genome.fa.s7921.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007921.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110325_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  892961

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838--892	21	2.6	21	77	8	58	34	21	20	23	1.97
880--949	19	3.7	18	85	11	86	41	28	18	11	1.85
880--1126	20	12.4	20	83	6	236	37	25	17	19	1.93
1804--1849	23	2.0	24	91	4	76	23	15	21	39	1.92
4227--4444	34	6.2	33	68	18	136	46	18	22	13	1.83
4271--4450	72	2.5	72	96	0	324	45	17	23	14	1.85
4227--4444	53	4.1	53	79	14	229	46	18	22	13	1.83
4421--4536	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
4459--4546	19	4.8	19	82	14	123	13	22	15	47	1.81
4631--4670	14	2.8	14	88	3	62	45	20	0	35	1.51
6575--6728	19	8.6	19	74	14	130	45	22	20	11	1.83
6650--6706	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
6593--6723	33	3.8	33	88	5	172	46	21	21	10	1.81
6592--6728	52	2.6	51	73	7	132	45	21	21	10	1.82
6740--6798	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
6724--6847	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	46	1.76
6724--6815	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
6773--6829	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
6945--7259	93	3.4	93	97	0	596	45	18	13	22	1.85
8939--9002	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
8937--9001	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
9054--9145	42	2.3	40	85	7	123	14	20	18	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9225--9295	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
9671--9862	60	3.2	60	85	2	244	20	19	25	34	1.96
9670--9862	40	4.8	40	84	1	226	20	19	25	34	1.96
9671--9824	20	7.7	20	87	2	229	22	19	25	31	1.98
28575--28616	21	2.0	21	95	0	75	30	7	38	23	1.82
46428--46509	35	2.3	34	79	10	85	32	1	0	65	1.00
46774--46828	23	2.5	21	77	8	56	34	3	0	61	1.13
51105--51144	16	2.4	17	87	4	55	20	15	20	45	1.86
52421--52461	21	2.0	21	90	0	64	41	14	0	43	1.45
57592--57684	20	4.6	20	75	2	105	15	21	21	41	1.89
57567--57684	61	1.9	61	96	0	218	17	19	22	40	1.91
57612--57732	41	3.0	41	84	8	133	19	20	21	38	1.93
57676--57768	22	4.4	22	76	9	86	19	18	25	36	1.94
57656--57732	40	1.9	40	86	7	111	18	22	22	37	1.94
57870--57974	6	17.7	6	99	1	203	17	50	32	0	1.46
58453--58477	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
58592--58643	20	2.6	20	96	0	95	40	25	25	9	1.85
58632--58681	21	2.4	21	96	0	91	30	28	14	28	1.95
59092--59161	18	3.6	20	78	20	69	62	0	0	37	0.95
59092--59166	20	3.9	19	77	19	75	64	0	0	36	0.94
59146--59202	27	2.1	27	87	9	80	57	0	0	42	0.98
59095--59184	48	1.9	47	84	4	119	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59162--59232	13	5.6	13	71	22	62	54	0	0	45	0.99
59176--59247	18	3.6	19	73	22	60	54	1	0	44	1.08
60722--60753	14	2.3	14	100	0	64	34	21	21	21	1.97
68689--68740	26	2.0	26	88	0	77	23	13	11	51	1.73
72031--72088	18	3.1	18	76	9	53	55	0	6	37	1.27
77820--77879	29	2.1	29	100	0	120	21	13	31	33	1.92
87196--87278	43	1.9	43	92	0	139	27	20	22	28	1.99
88188--88213	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88680--88721	19	2.0	22	82	13	54	40	0	9	50	1.35
89290--89319	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
96360--96417	21	2.8	22	82	10	61	25	17	18	37	1.93
96412--96499	19	4.6	20	94	2	137	37	20	11	30	1.88
96411--96499	39	2.3	38	88	7	135	37	20	11	31	1.88
97245--97278	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
97404--97457	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
100010--100051	20	2.1	20	95	0	75	16	23	16	42	1.88
100548--100584	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
100540--100592	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
100886--100972	39	2.2	39	95	0	156	45	20	16	17	1.85
101176--101220	20	2.2	21	84	11	67	20	20	22	37	1.94
102808--102904	21	4.7	20	70	13	70	24	18	31	24	1.97
105375--105436	22	2.8	22	97	0	115	20	14	41	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112745--112770	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
117384--117413	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
125183--125239	20	2.8	21	81	7	64	10	33	26	29	1.90
125567--125592	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
139464--139498	18	1.9	18	88	11	54	40	2	5	51	1.40
141673--141718	23	2.0	23	83	8	58	54	6	6	32	1.52
164403--164441	19	2.1	19	85	0	51	71	5	0	23	1.05
164842--164867	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
191348--191405	29	2.0	29	89	0	89	13	36	27	22	1.92
191490--191542	23	2.3	24	83	9	74	30	24	33	11	1.90
191560--191615	29	1.9	29	89	7	87	19	26	39	14	1.90
191644--191668	12	2.1	12	100	0	50	16	36	8	40	1.77
194456--194503	22	2.1	24	84	7	64	60	8	2	29	1.37
197480--197959	128	3.7	128	92	1	809	21	24	21	32	1.98
197480--197971	257	1.9	256	94	1	860	22	23	20	32	1.98
198324--198430	34	3.1	34	86	0	151	36	2	4	56	1.35
198953--199037	21	4.1	20	83	7	98	22	24	34	18	1.96
198950--199041	42	2.2	42	88	0	130	22	26	32	18	1.97
199047--199094	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
200041--200085	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
201797--201859	13	5.5	13	68	27	61	20	26	26	25	1.99
201785--201872	22	4.0	22	96	0	149	21	27	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204025--204103	32	2.4	34	82	6	99	59	1	0	39	1.06
216259--216331	37	2.0	36	84	7	94	43	0	4	52	1.20
216478--216513	16	2.2	16	90	0	54	25	11	13	50	1.75
221546--221583	20	1.9	20	88	0	58	31	2	2	63	1.22
221889--221931	17	2.5	17	76	0	50	60	2	0	37	1.10
222046--222090	20	2.3	19	81	7	54	26	24	22	26	2.00
222053--222091	20	2.0	20	89	0	60	25	23	23	28	1.99
222126--222152	11	2.5	11	100	0	54	22	0	0	77	0.76
222125--222161	12	3.2	12	88	7	58	27	0	0	72	0.84
225038--225073	10	3.8	9	92	7	54	38	0	0	61	0.96
224997--225075	41	1.9	41	82	5	97	39	0	0	60	0.97
232528--232590	30	2.0	31	82	11	76	57	3	0	39	1.15
234745--234793	24	2.0	24	100	0	98	51	8	8	32	1.61
237977--238119	60	2.4	59	80	4	151	31	16	4	46	1.68
238304--238476	59	3.1	59	68	15	166	40	7	2	49	1.46
239071--239163	29	3.2	29	76	3	107	52	5	15	26	1.63
243528--243611	41	2.0	41	97	0	159	28	21	21	28	1.99
244580--244611	14	2.3	15	89	10	50	15	3	9	71	1.24
245835--245879	18	2.4	18	85	7	54	17	22	0	60	1.37
246716--247138	214	2.0	215	85	3	584	39	17	14	28	1.90
255173--255205	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
255271--255361	10	9.7	10	65	25	56	58	21	10	8	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255275--255355	16	5.1	16	95	0	144	58	23	11	7	1.58
256097--256142	14	3.3	14	96	0	83	50	26	15	8	1.73
256077--256127	24	2.1	24	85	7	68	54	19	11	13	1.69
259757--259789	3	11.3	3	93	6	59	66	0	0	33	0.92
259760--259788	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
259757--259789	17	1.9	17	100	0	66	66	0	0	33	0.92
263194--263222	5	5.8	5	100	0	58	62	0	17	20	1.33
270793--270833	18	2.3	18	100	0	82	43	0	26	29	1.55
271311--271433	33	3.6	33	80	10	156	39	36	11	12	1.79
271321--271428	38	3.0	38	86	8	154	40	35	10	13	1.79

Tables:   1   2   3