genome.fa.s7928.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007928.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110334_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  336612

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10415--10453	20	2.0	20	90	5	62	58	5	0	35	1.20
11767--11872	3	35.0	3	82	1	131	65	0	2	32	1.07
11769--11885	12	10.8	11	73	20	54	65	0	4	29	1.11
22704--22754	24	2.1	24	88	0	75	13	13	13	58	1.63
24910--24939	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26655--26697	17	2.5	17	96	0	77	34	0	25	39	1.56
27413--27437	11	2.3	11	100	0	50	40	8	36	16	1.77
27469--27519	24	2.1	24	88	0	75	60	13	11	13	1.59
31569--31593	11	2.3	11	100	0	50	40	8	36	16	1.77
31617--31667	24	2.1	24	92	0	84	58	15	13	11	1.63
36486--36558	31	2.4	31	88	0	101	30	17	24	27	1.97
36541--36617	31	2.5	31	89	0	109	31	24	6	37	1.81
38189--38260	20	3.6	20	77	7	74	29	23	20	26	1.99
38830--38866	19	1.9	19	100	0	74	27	29	5	37	1.79
47003--47547	163	3.4	163	81	4	548	30	19	20	29	1.97
47013--47536	81	6.4	80	77	5	478	29	19	20	30	1.97
47273--47413	41	3.5	41	71	13	130	29	19	21	29	1.98
47055--47511	244	1.9	244	85	2	632	30	18	20	30	1.96
51816--51971	43	3.7	43	81	4	156	21	16	20	41	1.91
56494--56541	2	24.5	2	82	4	62	52	0	0	47	1.00
60154--60204	25	2.0	27	84	7	70	13	7	7	70	1.32
63976--64155	65	2.8	63	82	9	204	29	23	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64113--64155	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
72141--72179	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
72701--72860	65	2.5	63	80	6	169	30	23	18	28	1.97
72848--72899	19	2.7	19	93	0	86	19	30	23	26	1.98
77210--77363	83	1.9	83	82	5	195	61	10	19	8	1.53
77320--77375	8	7.4	8	77	18	50	76	3	19	0	0.93
78485--78741	109	2.4	107	83	6	306	36	22	17	24	1.95
80883--80944	32	1.9	32	81	12	74	32	3	1	62	1.20
83969--84008	20	2.0	20	85	9	55	80	2	12	5	0.98
84080--84217	69	2.0	69	95	0	249	38	19	15	26	1.91
85142--85261	32	3.7	31	85	4	141	28	14	21	35	1.92
85837--86157	106	3.0	106	87	0	430	34	22	19	23	1.96
86429--86513	37	2.3	36	82	6	91	24	20	12	42	1.87
86424--86817	100	3.9	101	85	2	443	29	18	12	38	1.88
86531--86855	36	9.5	35	71	15	196	28	19	13	38	1.89
86737--86918	36	5.2	36	71	15	157	27	19	13	39	1.90
86651--86917	137	1.9	138	89	2	412	27	19	13	40	1.88
86804--86970	65	2.5	67	85	4	205	30	20	8	40	1.82
87703--87960	110	2.4	108	81	3	297	33	22	19	24	1.97
88141--88313	82	2.1	81	84	7	222	36	21	17	24	1.95
89415--89454	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
89374--89454	25	3.1	25	75	10	63	25	6	0	67	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89511--89612	39	2.9	35	78	8	91	26	4	1	66	1.22
89833--89871	16	2.3	18	86	8	55	20	2	0	76	0.90
91453--91485	17	1.9	17	93	0	57	39	9	6	45	1.61
94994--95188	94	2.1	94	89	0	291	34	15	22	27	1.94
95538--95956	59	7.1	59	89	0	622	32	12	18	36	1.89
105605--105663	3	19.7	3	91	6	93	30	0	1	67	1.00
105889--105948	13	4.7	13	80	17	54	71	3	16	8	1.24
105900--105949	13	3.8	13	79	10	57	74	2	16	8	1.15
105889--105949	6	9.5	6	77	10	50	72	3	16	8	1.23
108144--108205	20	3.0	20	86	6	72	17	40	25	16	1.90
110123--110164	21	2.0	21	90	0	66	50	7	16	26	1.71
110980--111025	24	1.9	24	100	0	92	41	15	13	30	1.85
118762--118803	21	2.0	21	85	0	57	21	40	26	11	1.88
119511--119553	19	2.3	19	100	0	86	18	44	9	27	1.80
121097--121186	5	16.6	5	85	12	92	80	2	17	0	0.82
121097--121187	28	3.3	27	89	6	139	80	2	17	0	0.82
121098--121215	33	3.4	35	85	12	138	77	1	18	1	0.93
121100--121218	30	3.9	29	76	18	91	78	1	18	1	0.93
122437--122832	42	9.0	42	72	13	287	28	21	20	29	1.98
122442--122832	89	4.4	89	88	2	527	28	21	20	29	1.98
122434--122832	177	2.2	178	88	3	590	28	21	20	29	1.98
122801--123050	111	2.3	111	88	1	367	32	26	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123237--123329	3	30.7	3	90	6	143	31	1	1	66	1.05
126135--126171	19	1.9	19	100	0	74	35	16	16	32	1.91
130337--130378	17	2.4	18	88	4	59	21	7	0	71	1.09
133381--133536	65	2.4	65	87	5	210	30	19	22	28	1.98
139599--139758	79	2.0	79	97	0	302	48	15	7	28	1.71
140124--140345	117	1.9	117	82	3	277	29	13	7	49	1.70
141665--141817	65	2.4	64	86	3	200	32	19	20	28	1.97
146725--146944	42	5.2	40	65	24	119	27	26	22	22	1.99
146641--147442	86	9.3	86	89	0	1133	28	25	22	23	1.99
146940--147162	44	5.2	42	63	23	106	29	24	21	24	1.99
147217--147438	42	5.2	41	65	13	117	30	24	23	20	1.99
148784--148827	18	2.4	18	92	0	70	20	6	0	72	1.07
148895--148956	5	11.8	5	75	16	54	14	6	1	77	1.04
148894--148956	16	3.6	16	72	24	56	14	6	1	77	1.03
148894--148993	37	2.7	37	81	9	98	16	8	1	75	1.09
149585--149721	42	3.4	39	70	19	104	43	5	6	44	1.52
149597--149739	77	1.9	77	88	2	216	42	4	7	44	1.54
150033--150134	39	2.6	39	80	6	107	43	0	24	32	1.55
151242--151292	21	2.4	21	90	0	75	41	11	15	31	1.83
151336--151391	5	11.0	5	81	11	69	55	0	3	41	1.17
151975--152000	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
154073--154106	12	2.8	12	95	0	59	23	17	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155075--155113	20	2.0	20	90	10	62	41	5	10	43	1.61
155394--155440	14	3.4	14	82	2	60	25	0	29	44	1.54
155570--155626	11	5.5	11	72	17	50	35	1	1	61	1.17
156645--156669	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
177222--177274	20	2.8	19	78	18	65	41	26	0	32	1.56
180451--180481	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
190714--190770	20	2.8	20	82	10	64	42	12	7	38	1.70
199861--199951	46	2.0	46	91	4	148	30	14	19	35	1.92
201243--201287	18	2.5	18	88	0	72	42	15	13	28	1.85
204530--204583	28	1.9	28	92	0	90	25	18	14	40	1.89
211484--211525	22	1.9	22	90	0	66	19	2	42	35	1.64
219277--219315	21	2.0	21	85	14	57	43	0	20	35	1.52
219721--219772	21	2.5	21	90	0	77	30	9	9	50	1.67
223720--224817	225	4.9	225	89	1	1632	32	16	14	35	1.89
223720--224817	451	2.4	451	89	1	1684	32	16	14	35	1.89
225694--225890	55	3.6	54	72	10	186	27	20	14	37	1.91
225846--226070	55	4.1	55	75	6	186	29	19	13	37	1.90
225866--226091	111	2.0	110	80	4	249	30	17	12	39	1.87
226034--226190	76	2.0	78	81	2	183	36	18	7	37	1.79
226783--226834	26	2.0	26	81	3	61	32	7	17	42	1.77
230914--231078	31	5.3	30	79	7	179	11	23	32	32	1.90
230914--231078	62	2.7	62	87	3	226	11	23	32	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237020--237048	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
237625--238206	55	10.7	55	85	2	732	35	17	16	30	1.92
237625--238206	109	5.4	110	85	3	736	35	17	16	30	1.92
238553--238606	22	2.6	20	72	11	54	16	29	16	37	1.91
238678--238731	21	2.6	21	93	0	90	33	18	11	37	1.86
243506--243835	54	6.1	54	81	3	362	36	16	16	31	1.91
251180--251245	21	3.2	21	66	12	64	30	27	3	39	1.72
251166--251253	41	2.1	41	97	0	167	31	25	5	37	1.79
251169--251233	20	3.2	20	64	12	51	29	24	4	41	1.75
251607--251635	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58

Tables:   1   2