genome.fa.s7940.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007940.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110356_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1348078

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664532--664583	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
664517--664726	41	5.1	41	68	11	117	32	18	19	29	1.96
664603--664665	20	3.0	21	79	4	74	22	19	17	41	1.90
664655--664748	20	4.7	20	84	2	125	40	19	20	20	1.92
664655--664748	41	2.3	41	87	1	127	40	19	20	20	1.92
665290--665374	19	4.7	19	70	15	63	47	22	20	10	1.80
665370--665461	19	5.1	19	75	16	97	11	23	20	43	1.85
665524--665577	24	2.2	26	78	18	62	16	9	20	53	1.70
667216--667359	71	2.0	70	95	1	261	26	13	19	40	1.88
669194--669229	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
669336--669382	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
669395--669518	33	3.8	33	94	0	212	12	22	18	45	1.83
669427--669538	19	6.4	19	72	20	91	13	22	19	44	1.85
669413--669500	14	5.6	14	70	23	59	11	23	19	45	1.83
669491--669584	20	4.7	20	72	13	68	21	20	23	35	1.96
672033--672077	23	2.0	23	90	0	72	35	22	17	24	1.95
672830--672917	20	4.4	20	88	0	122	28	19	27	25	1.99
672830--672959	20	6.4	20	81	5	118	25	18	26	30	1.98
672887--673040	41	3.8	40	76	12	107	25	18	22	33	1.97
672948--672999	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
672989--673049	21	3.0	20	76	13	70	34	16	22	26	1.95
672927--673049	41	3.0	41	75	9	108	28	18	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673799--673858	23	2.6	23	89	2	84	46	10	13	30	1.75
673852--673963	30	3.7	30	74	9	111	57	16	8	17	1.63
674117--674152	15	2.4	15	90	9	56	33	0	0	66	0.92
677283--677317	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
679075--679099	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
682674--682805	41	3.2	41	66	19	119	23	28	31	16	1.96
682760--682870	55	2.0	55	100	0	222	27	21	34	16	1.95
682676--682951	139	2.0	139	100	0	552	24	25	32	17	1.96
682815--682944	41	3.1	41	65	20	115	23	26	32	16	1.96
682933--682970	19	2.0	19	100	0	76	21	15	42	21	1.89
682978--683086	29	3.8	29	93	2	175	16	31	30	22	1.96
683092--683151	23	2.6	23	97	0	111	23	45	8	23	1.80
683262--683313	25	2.1	25	92	0	86	28	9	32	28	1.89
683375--683432	4	14.0	4	75	7	53	63	0	34	1	1.04
683374--683405	17	1.9	16	93	6	55	62	0	37	0	0.95
683375--683432	25	2.3	25	96	0	107	63	0	34	1	1.04
683636--683726	44	2.0	46	87	8	134	40	0	12	47	1.41
686881--686939	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
687199--687254	16	3.3	16	74	13	58	50	10	0	39	1.37
687739--687801	28	2.2	30	88	5	94	55	11	0	33	1.35
687743--687808	28	2.4	28	82	10	89	54	10	0	34	1.35
688134--688197	32	2.0	32	96	0	119	32	21	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688248--688427	15	11.1	15	72	17	137	17	53	7	21	1.69
688236--688362	51	2.6	50	92	6	215	18	53	7	20	1.69
688249--688427	82	2.2	83	83	5	229	17	53	7	21	1.69
688314--688440	65	1.9	66	95	3	229	16	50	9	23	1.74
688528--688616	29	3.1	29	100	0	178	17	37	31	13	1.89
692217--692256	21	1.9	21	84	0	53	22	0	7	70	1.12
697643--697686	22	2.1	20	83	8	52	43	4	4	47	1.44
701399--701526	66	1.9	66	96	0	238	43	9	9	37	1.69
701682--701720	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
710988--711045	20	2.8	20	97	2	107	58	15	10	15	1.62
712791--712828	13	2.8	14	84	8	51	39	2	0	57	1.12
715536--715613	40	2.0	40	82	9	99	51	2	1	44	1.23
721079--721127	19	2.5	20	83	6	64	51	0	2	46	1.12
721094--721133	19	2.1	19	86	9	55	47	0	0	52	1.00
722730--723053	148	2.2	148	88	1	470	29	13	20	36	1.91
722967--723173	102	2.0	102	90	1	326	31	12	20	35	1.90
726107--726145	3	13.0	3	83	0	51	58	0	0	41	0.98
726107--726151	12	3.8	12	88	2	65	57	0	0	42	0.98
728084--728110	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
729262--729307	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
729350--729713	60	6.1	60	87	0	469	25	19	18	36	1.94
730421--730461	2	20.5	2	94	0	73	2	0	46	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749533--749616	35	2.4	35	91	0	132	36	16	19	27	1.93
750114--750142	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
756556--756734	36	5.0	36	84	2	189	39	30	15	15	1.88
757261--757295	6	5.8	6	89	0	52	57	0	42	0	0.99
757657--757751	38	2.4	40	81	8	97	65	3	2	29	1.20
757693--757754	18	3.3	18	76	12	63	70	1	0	27	0.96
762841--762880	21	1.9	21	85	10	55	20	2	17	60	1.48
781413--781487	36	2.1	36	87	5	107	18	36	12	33	1.88
783875--783909	17	2.1	17	94	0	61	17	45	22	14	1.84
787279--787319	15	2.7	15	84	0	55	9	39	41	9	1.71
792486--792534	21	2.3	22	82	10	75	53	8	4	34	1.50
792761--792791	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
796748--796789	16	2.8	15	86	10	59	28	0	4	66	1.12
800043--800129	35	2.5	34	78	12	88	56	10	6	26	1.58
802407--802447	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
806562--806610	23	2.1	23	96	0	89	40	12	8	38	1.72
807981--808014	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
808057--808090	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
808557--808804	130	1.9	130	92	0	415	35	12	14	36	1.85
809201--809276	35	2.2	35	90	0	116	36	1	22	39	1.63
811562--811651	31	2.9	31	91	1	144	28	11	15	44	1.81
811652--811691	14	2.9	14	85	3	55	57	27	12	2	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812457--812525	36	1.9	36	87	0	102	36	11	30	21	1.89
812597--812681	2	47.0	2	71	19	53	54	0	0	45	1.00
812592--812679	13	7.2	13	69	22	66	54	0	0	45	0.99
812643--812681	15	2.6	15	87	0	60	48	0	0	51	1.00
813136--813165	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
816066--816131	20	3.2	20	67	12	53	43	7	12	36	1.70
820007--820039	17	1.9	17	100	0	66	57	6	0	36	1.23
822841--822945	30	3.5	30	96	0	192	42	11	18	27	1.84
828543--828577	17	2.1	17	88	0	52	20	42	2	34	1.66
832554--832619	30	2.2	30	83	8	80	33	9	9	48	1.66
833349--833399	18	2.4	23	84	15	67	43	7	0	49	1.32
835234--835289	27	2.0	27	89	3	85	26	8	5	58	1.50
837591--837631	22	1.9	21	85	5	55	31	2	9	56	1.45
839478--839510	13	2.3	15	90	10	52	12	24	18	45	1.83
840794--840840	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
845326--845402	33	2.3	33	97	0	145	2	16	35	45	1.62
845673--845739	20	3.2	22	61	26	54	34	10	1	53	1.44
845663--845744	41	2.0	42	95	2	148	34	10	3	51	1.55
852203--852237	15	2.3	15	90	0	52	31	0	0	68	0.90
852728--852768	21	2.0	21	100	0	82	34	4	9	51	1.56
854245--854379	67	2.0	67	100	0	270	23	19	28	28	1.98
859775--859818	22	2.0	21	82	4	52	52	11	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861403--861439	19	1.9	19	100	0	74	37	21	8	32	1.83
862068--862135	28	2.4	29	82	7	77	50	5	13	30	1.65
861895--862117	108	2.0	113	86	7	314	52	5	13	28	1.62
864842--864892	26	2.0	26	84	3	68	64	0	1	33	1.05
871508--871849	112	3.0	112	91	3	524	44	10	8	36	1.69
871975--872016	20	2.2	20	91	4	68	42	0	23	33	1.55
873517--873719	68	3.0	68	90	0	316	47	9	6	36	1.61
875370--875561	97	2.0	97	84	4	253	32	20	20	26	1.97
887183--887273	19	4.4	20	75	17	96	36	5	27	30	1.80
887181--887262	44	1.9	41	85	7	110	32	6	28	32	1.82

Tables:   1   2   3   4   5