genome.fa.s7947.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007947.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110369_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  254465

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393--2566	31	5.6	31	98	0	330	39	22	18	18	1.92
9356--9411	22	2.6	21	76	15	69	41	10	16	32	1.82
12346--12382	17	2.2	17	90	9	58	8	8	0	83	0.80
17712--17755	20	2.2	20	84	8	54	65	4	0	29	1.12
18151--18202	14	3.6	14	78	16	61	61	5	0	32	1.20
18147--18223	18	4.6	17	70	22	65	61	5	1	32	1.26
18134--18204	30	2.4	30	88	4	108	66	4	0	29	1.11
18135--18187	4	12.8	4	78	7	52	67	3	0	28	1.07
21896--22010	18	5.9	18	73	15	95	31	32	21	14	1.94
21895--22009	40	2.9	40	92	0	185	30	32	21	15	1.95
28693--28729	18	2.1	18	89	0	56	27	29	18	24	1.98
30340--30374	14	2.5	14	90	0	61	31	17	20	31	1.95
30759--30798	21	1.9	21	84	0	53	60	0	5	35	1.19
31493--31527	15	2.3	15	95	0	61	25	0	22	51	1.48
31602--31642	22	1.9	21	85	5	55	17	12	9	60	1.57
36153--36193	22	1.9	21	85	5	55	60	9	12	17	1.57
37476--37532	22	2.6	22	85	0	69	35	1	7	56	1.37
39173--39214	3	14.0	3	94	0	75	33	2	0	64	1.07
44078--44515	201	2.2	200	79	2	441	34	18	10	35	1.86
47671--47762	31	3.1	27	78	12	85	42	5	6	45	1.53
47659--47762	29	3.6	29	73	15	97	42	5	7	44	1.57
47852--47932	30	2.8	28	80	12	92	44	4	7	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53271--53374	51	2.1	50	85	1	136	16	25	32	25	1.96
54753--54808	19	2.8	19	75	19	51	35	0	8	55	1.31
58640--58672	16	2.1	16	94	0	57	6	15	24	54	1.63
62553--62628	29	2.5	30	81	12	84	39	13	5	42	1.66
64874--64913	13	3.3	13	73	20	50	37	22	22	17	1.94
71513--71543	12	2.6	12	94	0	53	12	6	9	70	1.31
73031--73071	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
73128--73425	85	3.5	84	88	1	409	33	16	19	30	1.94
73404--73438	13	2.7	13	95	0	61	31	22	20	25	1.98
77129--77186	24	2.4	24	82	0	62	46	5	8	39	1.57
78965--79074	14	7.9	14	69	16	52	25	1	0	71	1.01
78985--79074	7	11.9	7	71	14	54	22	2	1	74	0.99
79051--79081	16	1.9	16	93	0	53	9	9	0	80	0.90
83105--84132	84	12.4	83	78	4	923	30	25	19	24	1.98
83127--84132	248	4.1	249	80	5	910	30	25	19	24	1.98
83127--84132	165	6.1	165	80	4	972	30	25	19	24	1.98
85586--85610	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
86428--86536	19	5.4	19	82	13	119	32	27	5	34	1.80
86429--86536	44	2.7	38	80	12	126	32	27	5	34	1.80
86822--86921	40	2.4	41	86	5	139	25	24	15	36	1.94
88442--88494	25	2.1	25	96	0	97	28	11	15	45	1.80
89232--89377	43	3.4	43	75	0	121	34	17	15	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92332--92383	3	17.7	3	92	4	88	32	0	1	65	1.04
93503--93546	23	2.0	23	82	13	56	61	9	2	27	1.38
101773--101824	22	2.5	21	81	9	61	61	3	1	32	1.25
102154--102201	10	4.4	10	80	19	60	58	18	10	12	1.62
102154--102221	24	2.9	23	86	2	91	60	16	10	13	1.59
103611--103655	21	2.1	21	100	0	90	26	13	8	51	1.70
104792--104862	35	2.0	35	97	0	133	35	8	23	32	1.85
108263--108291	14	2.1	14	100	0	58	55	17	13	13	1.70
110042--110081	21	2.0	20	95	5	71	12	12	5	70	1.33
110044--110100	25	2.2	25	81	9	71	10	12	7	70	1.34
114310--114341	14	2.4	14	90	10	50	75	0	18	6	1.01
115351--115405	25	2.2	25	86	3	74	12	12	5	69	1.35
115961--116020	27	2.2	27	79	5	68	23	15	3	58	1.52
117162--117192	12	2.5	13	89	10	55	16	0	0	83	0.64
117198--117493	36	8.2	36	77	7	210	46	2	6	44	1.43
117353--117419	32	2.2	29	89	7	98	47	4	5	41	1.48
117279--117568	103	2.8	99	80	12	316	47	2	5	44	1.38
117487--117567	42	2.0	41	80	11	94	50	2	2	44	1.28
117622--117671	9	5.2	9	84	13	57	16	2	0	82	0.77
117615--117662	24	2.0	25	87	4	71	18	0	0	81	0.70
117622--117671	16	3.1	16	80	5	57	16	2	0	82	0.77
118827--118865	20	2.0	20	94	0	69	23	10	2	64	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122912--123099	93	2.0	93	98	0	367	36	23	17	22	1.95
123223--123822	84	7.2	84	79	5	619	30	25	19	24	1.98
123111--123822	249	2.9	248	90	0	1057	30	24	19	25	1.98
124194--124224	12	2.5	13	89	10	55	16	0	0	83	0.64
124234--124621	36	10.9	37	73	18	249	46	2	6	44	1.43
124354--124494	67	2.2	63	87	7	201	46	2	5	45	1.41
124391--124557	29	5.2	29	74	17	109	48	4	5	41	1.45
124319--124608	103	2.8	100	81	12	331	47	3	5	44	1.42
124523--124602	40	2.0	41	85	7	110	51	2	2	43	1.28
125861--125899	20	2.0	20	94	0	69	23	10	2	64	1.37
125849--125952	33	3.2	31	72	14	93	20	6	0	72	1.13
148176--148295	35	3.3	36	88	5	172	44	20	5	30	1.72
148227--148287	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
148195--148322	35	3.6	36	85	9	140	42	18	7	32	1.77
152785--152904	35	3.3	36	87	5	172	42	20	5	31	1.74
152832--152896	21	3.5	20	66	30	54	43	21	6	29	1.77
152966--153101	49	2.8	49	91	0	209	31	29	12	26	1.93
154313--154359	19	2.5	19	80	13	53	68	6	2	23	1.24
155250--155297	20	2.4	20	75	0	51	29	12	10	47	1.74
161065--161099	14	2.3	16	90	9	56	31	2	2	62	1.24
162406--162456	23	2.2	23	100	0	102	23	7	31	37	1.83
162413--162467	23	2.4	23	87	6	76	21	9	27	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163955--163997	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
184954--185617	89	7.4	89	82	2	706	28	17	21	32	1.96
184954--185617	177	3.7	178	83	3	771	28	17	21	32	1.96
184954--185602	269	2.4	266	84	2	816	28	18	21	32	1.96
186770--186904	38	3.5	38	87	1	189	29	23	11	34	1.91
193391--193455	30	2.1	32	94	5	116	43	30	3	23	1.69
195244--195280	15	2.5	15	90	0	56	37	10	21	29	1.88
197140--197310	59	2.9	59	88	2	229	33	20	9	35	1.86
197294--197785	54	9.1	54	90	0	741	34	21	17	27	1.95
198139--198336	94	2.1	95	84	2	256	26	23	14	35	1.94
198719--198796	30	2.6	30	97	0	147	21	20	25	32	1.98
212709--212778	12	5.8	12	76	6	70	51	17	14	17	1.77
212707--212801	24	4.0	24	77	2	93	49	16	13	20	1.79
212705--212798	48	2.0	48	85	4	127	50	15	13	20	1.78
217109--217153	20	2.2	21	88	4	65	17	11	13	57	1.64
217807--217858	21	2.5	21	96	0	95	17	40	0	42	1.49
226795--226825	15	2.0	16	93	6	55	45	0	3	51	1.17
226800--226833	15	2.3	15	89	0	50	52	0	0	47	1.00
231631--231662	14	2.3	14	94	0	55	50	28	3	18	1.62
232558--233006	229	2.0	227	94	2	785	44	8	7	39	1.62
233072--233117	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
233239--233285	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235586--235651	33	2.0	33	87	0	96	28	1	45	24	1.62
237441--237484	19	2.3	19	88	0	70	29	2	9	59	1.41
237566--238370	199	4.1	199	97	1	1510	37	14	15	32	1.88
238682--238749	21	3.4	18	69	21	55	36	8	35	19	1.83
238682--238779	6	16.3	6	80	0	70	36	7	34	21	1.81
238697--238783	3	29.0	3	77	0	84	35	5	34	24	1.79
238685--238775	42	2.2	42	91	0	146	35	7	35	21	1.83
238682--238779	18	5.4	18	78	0	88	36	7	34	21	1.81
240237--240894	184	3.6	184	97	0	1246	34	15	15	34	1.89
243449--243512	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78

Tables:   1   2