genome.fa.s7949.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007949.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110371_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  222664

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311--370	30	2.0	30	100	0	120	36	6	30	26	1.82
1033--1105	28	2.6	27	78	18	78	54	2	6	35	1.41
1056--1154	26	3.8	25	82	8	101	48	4	6	41	1.47
1083--1161	25	3.0	26	85	7	99	48	5	7	39	1.54
1085--1184	26	3.8	25	78	10	85	48	6	9	37	1.60
4514--4538	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
5236--5264	14	2.1	14	93	6	51	34	10	0	55	1.34
5600--5683	23	3.7	23	96	0	150	27	27	28	16	1.97
7214--7252	20	2.0	20	94	0	69	35	20	20	23	1.96
12475--12537	30	2.1	30	90	0	99	33	12	12	41	1.81
14873--15798	311	3.0	309	90	3	1347	26	21	17	34	1.95
20858--21330	181	2.6	181	88	3	664	42	13	16	27	1.86
23508--23572	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
23605--23668	32	2.0	32	84	0	83	31	0	46	21	1.52
25453--25501	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
25732--26895	200	5.9	200	90	4	1809	35	14	18	31	1.91
25769--26895	379	2.9	386	91	3	1779	35	14	18	31	1.91
27518--28102	183	3.2	183	97	0	1082	34	15	16	33	1.90
27976--28222	120	2.1	120	92	0	404	33	13	14	38	1.86
31734--31953	87	2.5	87	97	0	413	33	15	9	41	1.79
31818--31862	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
32363--32435	23	3.2	23	88	0	110	34	5	20	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32851--32923	23	3.2	23	92	0	119	34	4	21	39	1.73
33340--33412	23	3.2	23	92	0	110	34	5	20	39	1.76
32001--33813	489	3.7	489	96	1	3248	41	6	10	41	1.67
35081--35137	2	28.5	2	96	0	105	50	1	0	47	1.11
42292--42440	52	2.9	52	95	0	271	32	7	16	43	1.75
45089--45133	21	2.1	21	91	0	72	35	20	42	2	1.64
45581--45829	43	5.8	43	77	4	162	29	22	20	27	1.98
45604--45829	86	2.6	85	78	4	211	28	22	21	27	1.99
46214--46314	47	2.2	44	82	8	114	35	6	21	35	1.81
47597--47635	18	2.1	19	85	4	53	43	2	5	48	1.38
53244--53302	31	1.9	31	96	0	109	42	3	8	45	1.51
53327--53752	22	19.5	22	83	7	525	47	9	0	42	1.39
53327--53750	130	3.2	131	89	3	615	47	9	0	42	1.39
68699--68775	40	1.9	39	82	12	95	9	19	12	58	1.61
71601--72026	214	2.0	214	88	1	640	38	19	20	21	1.94
77653--77691	16	2.3	17	86	8	53	61	5	5	28	1.39
80240--80314	25	3.0	25	96	0	132	26	14	20	38	1.91
80321--80391	22	3.5	22	69	25	75	8	19	43	28	1.80
80315--80414	37	2.7	37	100	0	200	7	19	45	29	1.76
80469--80506	3	13.0	3	84	15	53	68	0	0	31	0.90
80472--80496	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
80463--80517	16	3.7	15	81	13	69	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80463--80506	19	2.5	17	80	20	54	68	0	0	31	0.90
81973--82007	16	2.2	16	90	10	54	8	14	0	77	0.99
81984--82023	21	1.9	21	84	0	53	7	12	0	80	0.91
89504--89542	16	2.3	17	86	8	53	61	5	5	28	1.39
92079--92153	25	3.0	25	92	0	123	26	13	20	40	1.89
92160--92230	22	3.5	22	69	25	75	8	19	43	28	1.80
92154--92253	37	2.7	37	100	0	200	7	19	45	29	1.76
92308--92345	3	13.0	3	84	15	53	68	0	0	31	0.90
92311--92335	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
92302--92356	16	3.7	15	81	13	69	70	0	0	29	0.87
92302--92345	19	2.5	17	80	20	54	68	0	0	31	0.90
92392--92834	113	3.9	112	92	1	690	46	13	14	25	1.80
92695--93187	182	2.7	182	89	1	763	43	12	16	27	1.84
93011--93343	162	2.1	162	87	1	479	45	13	16	25	1.83
92833--93832	344	2.8	346	90	4	1535	44	12	15	27	1.83
93178--93832	182	3.6	180	89	2	1024	44	12	14	28	1.82
94271--94318	23	2.1	23	84	0	60	39	12	6	41	1.68
95577--95647	36	2.0	36	100	0	142	15	19	28	36	1.92
96671--96962	36	8.0	36	85	6	363	29	22	29	18	1.98
103765--104178	190	2.1	194	83	7	529	39	5	8	46	1.57
104085--104209	65	1.9	65	80	11	146	40	4	9	45	1.58
104313--104346	16	2.1	17	88	5	52	35	11	5	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115780--115864	38	2.2	38	100	0	170	57	9	4	28	1.50
117929--118000	35	2.0	36	86	2	101	34	23	6	34	1.82
121018--121092	37	2.0	37	89	5	116	37	14	25	22	1.92
122050--122095	24	1.9	24	86	8	67	34	23	26	15	1.94
122078--122181	23	4.5	23	79	3	102	35	25	18	21	1.95
122267--122408	45	3.1	45	80	1	149	35	19	9	34	1.85
122789--122838	19	2.6	19	100	0	100	32	20	12	36	1.89
127388--127451	23	2.8	23	87	0	101	18	25	26	29	1.98
127563--127672	23	4.8	23	79	12	118	19	25	25	30	1.98
131625--131671	20	2.3	20	100	0	94	46	0	21	31	1.51
149466--149520	28	2.0	28	82	13	69	30	3	47	18	1.66
151557--151589	15	2.3	15	89	5	50	18	0	18	63	1.31
157879--157910	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
158183--158281	30	3.3	30	88	1	137	32	26	20	21	1.97
158267--158331	31	2.1	31	85	5	87	35	23	20	21	1.96
159067--159287	64	3.5	64	83	6	243	27	19	20	33	1.96
161065--161169	37	2.8	38	84	4	133	31	11	15	41	1.82
161900--163063	106	11.0	105	90	2	1658	23	18	24	33	1.96
161900--163063	318	3.7	318	92	0	1838	23	18	24	33	1.96
163867--163943	22	3.5	22	92	0	127	20	11	27	40	1.87
164339--164685	172	2.0	173	92	3	583	25	17	20	36	1.94
168229--168265	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172256--172291	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
172567--172665	30	3.3	30	88	1	137	32	26	20	21	1.97
172588--172701	30	3.8	30	83	4	86	31	23	21	23	1.98
172651--172715	31	2.1	31	85	5	87	35	23	20	21	1.96
173449--173669	64	3.5	64	82	7	236	26	18	19	34	1.95
183080--183182	51	2.0	51	98	0	197	33	10	9	45	1.72
183551--183589	12	2.9	13	82	17	53	58	0	0	41	0.98
183871--184638	106	7.3	106	93	1	1237	22	17	25	34	1.96
195530--195727	101	2.0	99	97	2	378	25	23	23	27	2.00
196222--196270	18	2.8	17	78	6	53	67	2	2	28	1.13
196221--196270	22	2.3	22	79	6	57	68	2	2	28	1.12
197732--197809	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
197816--198029	101	2.1	101	93	3	360	36	24	13	25	1.91
198811--198972	64	2.5	63	76	8	157	26	21	20	31	1.98
203339--203415	23	3.3	23	80	3	75	31	22	20	25	1.98
203422--203637	103	2.1	101	91	1	351	37	23	12	26	1.90
208781--208832	3	18.0	3	80	7	63	30	1	1	65	1.14
211400--211443	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
212959--213020	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
213995--214039	22	2.0	23	83	12	58	37	28	13	20	1.90
215035--215102	25	2.7	25	80	11	68	72	11	11	4	1.27
215048--215115	18	3.7	18	79	15	68	75	10	11	2	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216666--216803	36	3.9	35	79	7	152	31	18	12	36	1.88
216770--217015	105	2.4	105	82	4	304	29	20	11	38	1.88
217219--217257	20	2.0	19	85	5	51	28	7	5	58	1.47
217249--217507	79	3.2	81	86	7	371	28	9	13	47	1.75
217250--217480	106	2.1	110	89	6	364	27	9	14	48	1.75
217253--217492	27	8.8	27	90	4	351	28	10	14	47	1.76
217503--217607	53	2.0	53	98	0	201	33	14	16	36	1.89
217594--217656	30	2.1	30	94	2	110	34	11	14	39	1.81
217640--217710	37	2.0	36	86	5	99	30	15	8	45	1.76
217623--217854	100	2.3	100	79	10	251	32	12	12	42	1.80

Tables:   1   2