genome.fa.s7954.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007954.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110379_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  289567

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5310--5358	25	2.0	24	92	7	82	28	12	20	38	1.89
9545--9624	25	3.2	25	64	22	67	37	5	5	52	1.45
12624--12669	18	2.6	18	96	0	83	19	23	32	23	1.97
12695--12739	23	2.0	22	87	8	65	71	0	0	28	0.87
15154--15186	16	2.1	16	94	0	57	33	0	27	39	1.57
17781--17813	16	2.1	16	94	0	57	33	0	27	39	1.57
23904--23941	20	1.9	20	94	0	67	31	23	7	36	1.84
24409--24441	9	3.8	9	88	8	50	72	0	15	12	1.12
24402--24452	17	2.8	17	80	19	59	68	0	19	11	1.20
25134--25307	90	1.9	90	97	0	330	43	17	6	32	1.75
25248--25367	60	2.0	60	100	0	240	45	18	3	33	1.66
29947--29997	20	2.5	20	90	6	77	35	19	21	23	1.96
29966--30073	20	5.4	20	86	0	135	28	25	18	26	1.98
30894--30947	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
31123--31157	6	5.8	6	86	0	52	80	0	20	0	0.72
31126--31157	12	2.7	12	100	0	64	78	0	21	0	0.76
31149--31185	14	2.5	15	86	8	58	54	21	18	5	1.64
32277--32546	140	1.9	140	95	0	486	29	12	14	42	1.83
32517--32661	54	2.7	54	89	0	209	37	21	17	24	1.94
32579--32789	34	5.8	35	74	12	167	35	22	19	22	1.96
32562--32795	74	3.2	74	89	2	353	35	22	20	22	1.96
32562--32795	20	12.6	20	71	15	180	35	22	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32950--33011	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
34413--34499	21	4.1	21	72	0	75	22	19	35	21	1.96
34989--35051	20	3.3	18	80	12	63	36	23	19	20	1.95
34996--35051	20	2.8	20	88	0	76	35	21	19	23	1.96
34962--35163	100	2.0	100	94	0	350	44	20	16	18	1.87
35089--35146	20	3.0	19	80	14	66	39	25	15	18	1.91
35096--35146	20	2.5	20	87	6	68	39	23	15	21	1.92
35194--35261	20	3.4	20	91	0	109	19	20	25	35	1.96
35454--35539	20	4.3	20	93	0	136	39	25	18	16	1.91
35582--35647	20	3.3	20	91	0	96	15	19	27	37	1.92
35797--35846	18	2.8	18	93	0	91	44	6	18	32	1.74
37570--37657	20	4.4	20	84	1	79	45	22	15	15	1.85
38042--38093	22	2.3	23	80	9	63	21	15	38	25	1.92
38259--38352	20	4.7	20	89	0	134	26	22	24	26	2.00
50401--50431	16	2.0	15	93	6	53	48	6	0	45	1.28
50988--51041	21	2.4	24	81	12	69	42	0	0	57	0.98
55556--55595	5	7.4	5	84	15	53	40	0	0	60	0.97
55768--55813	24	2.0	23	91	4	74	50	0	0	50	1.00
62964--63036	27	2.7	27	89	0	119	39	2	15	42	1.61
64875--65355	106	4.7	99	72	15	320	51	13	3	31	1.56
64836--65549	321	2.2	308	81	7	804	54	12	2	30	1.52
65292--65505	117	1.8	118	84	7	292	57	9	3	29	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68877--68970	27	3.6	27	94	2	156	29	12	15	41	1.85
72668--72759	27	3.4	27	93	0	157	28	11	16	43	1.83
81119--81209	44	2.2	39	81	11	94	47	4	4	43	1.43
81306--81343	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
81609--81650	22	1.9	22	85	9	59	61	0	0	38	0.96
81614--81661	17	2.9	16	82	14	53	62	2	0	35	1.07
82725--82774	26	1.9	26	84	8	66	16	26	10	48	1.77
101888--101921	16	2.1	17	88	5	52	55	2	2	38	1.30
107158--107191	15	2.4	14	90	5	50	41	2	0	55	1.15
110291--112124	683	2.7	683	86	3	2500	29	10	19	40	1.84
113749--113803	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
124833--124920	40	2.2	39	82	6	113	27	20	15	36	1.93
124793--124940	20	7.5	20	71	15	76	29	22	14	33	1.93
125853--125906	24	2.2	24	93	0	90	24	18	16	40	1.90
128460--128506	20	2.3	20	88	0	67	19	19	23	38	1.93
128622--128647	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
128580--128688	49	2.2	50	88	3	157	55	16	2	25	1.55
130473--130512	21	1.9	21	94	0	71	37	27	12	22	1.90
132124--132340	19	11.4	19	88	2	276	51	18	16	13	1.77
132341--132378	20	1.9	20	88	0	58	15	13	23	47	1.81
132965--133034	34	2.1	34	84	5	90	22	28	15	32	1.95
133249--133288	21	1.9	21	85	10	55	15	10	37	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133391--133464	20	3.7	20	82	7	87	31	24	25	18	1.98
133486--133561	21	3.7	20	89	5	109	22	21	34	22	1.97
133639--133697	30	2.0	30	90	6	93	45	15	5	33	1.68
134670--134762	12	7.8	12	69	9	64	49	18	13	18	1.80
134668--134762	24	4.0	24	80	2	102	49	17	13	18	1.79
134672--134774	24	4.3	25	74	9	65	49	16	15	18	1.80
136168--136307	69	2.0	71	97	2	266	26	20	12	40	1.88
139472--139554	12	6.9	12	70	10	71	48	18	15	18	1.82
139467--139554	24	3.7	24	83	3	106	48	18	14	18	1.81
139460--139568	48	2.3	48	82	6	123	48	17	15	18	1.81
139465--139568	24	4.3	25	76	9	76	49	17	16	17	1.81
141190--141226	18	2.1	18	85	14	51	32	13	10	43	1.79
154837--154875	19	2.1	19	95	0	69	43	2	30	23	1.67
155903--156306	204	1.9	212	92	7	688	41	7	6	44	1.58
158334--158408	3	25.0	3	81	5	80	41	0	0	58	0.98
162869--162909	7	5.9	7	83	11	57	14	17	9	58	1.62
167083--167536	114	4.0	114	92	0	719	33	14	19	32	1.92
168561--168703	76	1.9	75	80	1	169	31	16	23	28	1.96
169967--170021	22	2.5	22	90	0	92	34	10	12	41	1.78
170686--171309	73	8.4	76	92	3	1033	21	20	22	36	1.96
170686--171309	224	2.8	226	93	2	1052	21	20	22	36	1.96
170686--171309	149	4.2	150	91	4	1009	21	20	22	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171451--171524	3	25.0	3	82	8	71	41	0	0	58	0.98
171453--171527	11	7.2	11	68	26	56	44	0	0	56	0.99
171451--171522	20	3.7	20	87	5	103	41	0	0	58	0.98
173892--173940	20	2.5	20	76	6	55	42	0	2	55	1.11
174509--174595	20	4.3	20	74	8	77	33	25	18	22	1.97
174777--174820	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
175071--175117	18	2.5	20	75	13	53	17	19	25	38	1.92
175234--175288	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
176391--176435	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
176917--176958	20	2.1	20	86	0	57	35	26	21	16	1.94
176986--177052	19	3.8	19	75	18	81	47	20	19	11	1.81
176972--177030	14	3.9	14	74	20	55	50	23	15	10	1.74
176964--177047	33	2.5	33	96	0	150	50	21	17	10	1.77
177066--177154	14	5.7	14	70	21	61	13	16	19	50	1.78
177059--177170	33	3.4	33	90	1	172	13	18	18	49	1.80
177136--177210	20	3.8	19	82	7	87	14	18	22	44	1.86
177556--177643	41	2.1	41	85	2	122	21	43	14	20	1.88
179223--179290	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
179318--179401	20	4.2	20	75	6	89	15	21	21	41	1.90
179309--179395	40	2.2	39	77	6	93	17	19	19	43	1.88
179618--179667	20	2.5	20	80	0	73	22	18	22	38	1.94
179901--179932	12	2.7	12	90	0	55	18	37	9	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180489--180542	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
180717--180741	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
183010--183088	19	4.4	19	75	16	78	44	18	20	16	1.87
183030--183156	33	3.8	33	84	4	175	42	18	22	17	1.89
183033--183163	66	2.0	66	93	0	226	41	17	22	18	1.90
183165--183235	33	2.2	33	94	0	124	12	23	16	46	1.82
183185--183245	19	3.5	19	70	21	51	14	22	18	44	1.86
183176--183245	33	2.1	33	91	0	113	14	24	17	44	1.85
183352--183388	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
184743--184809	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95

Tables:   1   2