genome.fa.s7971.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007971.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110408_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  346037

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
500--539	21	1.9	21	89	0	62	15	27	25	32	1.95
5990--6040	13	3.9	13	92	0	84	17	45	21	15	1.86
6004--6064	31	2.0	31	86	0	86	18	42	21	18	1.89
6057--6094	10	3.8	10	80	13	51	13	31	31	23	1.93
6058--6102	20	2.2	20	100	0	90	15	26	31	26	1.96
14761--15774	106	9.6	106	90	2	1488	23	18	24	33	1.97
14761--15738	312	3.1	312	91	2	1553	23	18	24	33	1.97
19542--19573	6	5.2	6	96	3	55	68	0	0	31	0.90
25285--25563	100	2.8	101	84	5	293	39	10	10	39	1.74
25408--25613	100	2.1	99	81	7	238	37	10	13	37	1.80
30275--30654	190	2.0	190	97	0	715	29	16	14	39	1.88
38757--38916	65	2.5	63	85	7	205	29	23	20	26	1.99
47054--47092	19	2.0	21	90	10	64	69	7	7	15	1.35
48154--48187	6	5.3	6	86	13	50	20	0	0	79	0.73
53041--53066	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
53669--54933	634	2.0	634	98	0	2440	25	16	18	38	1.92
56575--56617	18	2.4	18	88	0	59	69	0	2	27	1.00
56573--56621	22	2.2	23	88	3	73	69	0	2	28	1.00
56993--57044	22	2.3	23	76	6	61	67	3	5	23	1.29
58050--58118	23	3.0	23	91	0	111	33	18	11	36	1.87
73863--73923	20	2.9	21	85	7	70	16	26	32	24	1.96
75644--75683	21	1.9	21	84	0	53	22	15	5	57	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79674--79711	20	2.0	20	89	5	60	13	21	42	23	1.88
81488--81577	33	2.8	32	79	5	99	50	26	2	21	1.60
83098--83183	17	4.8	18	72	15	63	74	3	2	19	1.07
83100--83150	26	2.0	25	88	11	77	78	3	0	17	0.90
83100--83168	14	5.2	12	77	16	66	76	4	1	17	1.02
83100--83161	15	4.6	14	72	23	53	77	3	1	17	0.98
83374--83413	17	2.4	17	95	4	73	60	0	5	35	1.19
83382--83437	28	2.1	26	83	6	67	62	3	1	32	1.23
84525--84740	116	1.9	116	82	5	276	25	22	12	39	1.89
84885--85198	139	2.3	136	82	6	384	26	21	17	35	1.95
85762--85799	18	2.1	18	95	0	67	23	21	21	34	1.97
86165--86507	109	3.2	109	85	1	447	42	16	8	32	1.77
86165--86526	54	6.7	54	80	1	375	42	15	8	33	1.78
89332--89612	122	2.3	119	86	1	382	27	12	22	38	1.90
89676--89814	61	2.3	61	92	2	226	29	12	23	34	1.91
91134--91166	12	2.8	12	90	4	50	6	12	0	81	0.85
97307--97506	95	2.1	95	82	8	237	37	13	24	25	1.91
97928--98109	45	4.3	45	80	12	231	43	12	21	22	1.85
98006--98085	36	2.2	36	90	0	124	43	10	23	22	1.83
97960--98109	81	1.9	80	91	1	246	43	11	22	22	1.85
100208--100246	8	5.1	8	81	12	55	61	10	12	15	1.56
100208--100246	15	2.6	15	88	12	62	61	10	12	15	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100208--100246	7	5.3	7	84	9	51	61	10	12	15	1.56
104929--105018	32	2.8	32	83	5	110	48	1	16	33	1.54
106664--106695	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
111461--111500	21	2.0	21	85	5	55	20	5	15	60	1.53
111803--111840	20	1.9	20	88	0	58	26	5	13	55	1.59
113156--113196	21	2.0	21	90	0	64	46	0	12	41	1.41
113477--113517	3	13.7	3	94	0	73	0	31	2	65	1.05
115512--115617	30	3.5	31	77	12	105	19	16	19	43	1.88
119403--119467	30	2.2	30	91	0	103	15	21	21	41	1.90
119414--119488	30	2.5	30	86	4	98	13	25	24	37	1.91
120333--120401	22	3.5	19	72	18	52	23	15	18	42	1.89
122638--122685	20	2.4	20	96	0	87	29	20	20	29	1.98
123081--123108	14	2.0	14	100	0	56	21	14	0	64	1.29
130673--130737	28	2.3	28	91	0	112	13	13	30	41	1.84
130416--130964	288	1.9	281	83	11	713	26	13	19	39	1.89
131334--131380	18	2.7	17	83	6	67	29	29	8	31	1.87
137647--137686	13	3.2	12	82	10	53	80	0	17	2	0.83
137648--137682	18	1.9	18	88	11	54	85	0	11	2	0.69
138415--138469	6	9.3	6	94	2	94	18	0	0	81	0.68
141350--141413	31	2.1	31	87	0	92	48	9	12	29	1.72
146582--146630	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
146599--146705	45	2.4	46	82	7	139	30	15	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146689--146727	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
146753--146792	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
149337--149417	24	3.6	23	77	14	96	28	23	25	22	1.99
149315--149432	44	2.7	42	76	8	128	25	21	27	26	1.99
155170--155218	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
155187--155306	47	2.6	46	81	9	147	28	14	28	29	1.95
155279--155317	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
155343--155382	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
156581--156629	14	3.4	14	80	5	53	22	8	0	69	1.14
158323--158384	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
158365--158485	63	1.9	63	88	6	183	28	0	14	57	1.39
159074--159114	17	2.4	17	91	0	64	19	2	0	78	0.87
160793--160840	20	2.5	20	96	3	89	27	8	29	35	1.86
162064--162113	24	2.1	24	81	7	57	64	12	2	22	1.37
162596--162680	29	3.0	29	94	5	147	14	34	29	22	1.93
162739--162817	23	2.9	27	78	21	94	12	35	31	20	1.90
162824--162914	33	2.8	32	81	6	101	8	35	26	29	1.87
162835--162944	10	10.4	10	73	11	76	10	33	29	27	1.89
162858--162944	20	4.2	19	80	13	84	9	33	31	26	1.88
163002--163059	29	2.0	29	89	0	89	22	27	36	13	1.92
163696--163724	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
169518--169550	8	4.1	8	92	0	57	12	27	15	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170480--171066	180	3.2	177	85	5	748	42	12	17	27	1.86
170429--171066	182	3.5	177	85	4	760	41	13	16	28	1.86
171363--171412	22	2.2	23	86	13	68	22	0	18	60	1.37
173871--173906	17	2.1	17	94	0	63	50	8	8	33	1.63
175045--175093	19	2.6	19	87	9	73	32	2	10	55	1.45
175423--176390	198	4.9	198	92	2	1605	36	16	16	30	1.91
175423--176451	395	2.6	394	90	3	1601	37	16	16	30	1.90
175429--176577	198	5.8	197	89	4	1063	37	15	15	31	1.90
176864--176912	15	3.3	15	82	8	64	18	48	2	30	1.59
178049--178082	6	5.7	6	96	0	59	47	0	32	20	1.51
179455--180561	199	5.6	199	86	5	1386	39	15	13	30	1.87
180150--180195	21	2.1	21	84	4	56	30	15	10	43	1.81
180339--180384	21	2.1	21	84	4	56	30	15	10	43	1.81
184252--184413	86	1.9	87	88	1	245	33	13	11	41	1.80
184335--184379	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
184327--184373	23	2.0	23	91	0	76	31	21	8	38	1.83
184545--184585	21	2.0	21	90	9	66	21	12	0	65	1.25
187493--187566	19	3.9	18	78	18	71	78	6	13	1	1.01
187511--187577	7	9.7	7	73	14	50	77	5	14	1	1.03
187505--187556	19	2.8	18	85	8	77	78	7	13	0	0.94
189119--189238	43	2.8	43	90	0	186	31	32	16	19	1.94
189510--189621	32	3.7	32	77	7	117	30	25	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189739--189779	21	2.0	21	95	0	73	26	17	12	43	1.84
189752--190000	36	7.3	36	67	19	113	28	18	12	40	1.86
189783--190231	166	2.6	166	84	6	510	25	20	13	40	1.89
190015--190173	37	4.4	36	81	6	187	22	21	15	40	1.91
190015--190173	73	2.2	73	85	3	205	22	21	15	40	1.91
190226--190313	36	2.6	33	82	10	122	39	18	11	30	1.86
190310--190657	80	4.2	80	82	6	356	30	24	20	24	1.99
190310--190609	164	1.8	165	85	2	424	30	25	19	25	1.98
191023--191048	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
201266--201420	77	2.0	79	83	7	201	40	11	5	43	1.63

Tables:   1   2