genome.fa.s7976.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007976.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110413_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  428971

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698--754	18	3.2	17	74	18	53	42	3	0	54	1.17
1218--1282	20	3.3	20	81	12	64	29	32	13	24	1.94
2112--2146	12	2.9	12	91	0	52	54	31	0	14	1.40
4879--4942	20	3.5	20	74	24	77	45	25	18	10	1.82
4879--4977	34	2.9	34	90	0	153	41	23	20	15	1.89
5030--5068	20	2.0	20	100	0	78	17	20	20	41	1.91
5131--5177	24	2.0	24	95	0	85	27	8	21	42	1.81
5551--5637	39	2.2	39	97	0	165	47	20	14	17	1.83
5878--5951	20	3.7	20	81	0	103	20	20	21	37	1.94
6057--6098	14	3.1	14	79	3	50	54	9	0	35	1.33
6012--6141	63	2.1	62	84	5	167	53	15	0	30	1.47
7514--7612	42	2.4	42	74	6	101	25	17	34	23	1.96
9847--9891	13	3.5	13	90	0	72	75	13	8	2	1.13
9847--9897	26	2.0	24	88	7	75	74	13	9	1	1.15
9851--9897	13	3.8	12	88	5	60	74	12	10	2	1.16
10103--10152	22	2.3	22	86	6	66	26	14	36	24	1.93
10280--10363	20	4.2	20	80	8	109	17	16	23	41	1.89
10280--10363	39	2.1	40	88	2	125	17	16	23	41	1.89
10387--10440	20	2.7	20	77	11	65	27	12	29	29	1.94
12728--13005	43	6.5	42	78	4	227	32	17	23	26	1.97
12755--12996	42	5.7	42	78	6	170	31	17	23	27	1.97
12740--12976	84	2.8	85	79	8	223	31	16	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15749--15847	41	2.4	41	91	0	153	34	19	19	27	1.95
16019--16067	20	2.5	20	96	0	89	32	8	34	24	1.85
16031--16091	10	6.1	10	71	5	52	36	3	39	21	1.70
16031--16078	20	2.4	20	85	0	60	37	4	35	22	1.74
17086--17140	7	8.1	7	78	15	53	40	12	27	20	1.88
17108--17151	20	2.2	20	95	0	79	40	20	25	13	1.89
17098--17140	13	3.2	13	78	15	52	39	16	27	16	1.90
17237--17261	11	2.3	11	100	0	50	28	28	16	28	1.97
18008--18049	21	2.0	21	90	4	68	16	28	38	16	1.91
19435--19482	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
20762--20822	20	3.0	20	90	2	95	14	29	34	21	1.93
21957--22049	20	4.7	20	90	0	150	30	24	26	18	1.98
22368--22411	21	2.1	21	95	0	79	52	9	9	29	1.64
23542--23591	19	2.6	19	100	0	100	36	20	4	40	1.71
25505--25557	20	2.7	20	96	0	97	28	24	30	16	1.97
25904--26048	45	3.2	45	85	1	200	31	22	6	40	1.79
26054--26096	20	2.2	20	86	0	59	58	20	2	18	1.50
26064--26089	13	2.0	13	100	0	52	61	23	0	15	1.33
27893--27925	17	1.9	17	100	0	66	48	12	6	33	1.65
31231--31278	20	2.4	20	89	0	69	29	8	35	27	1.86
36524--36567	19	2.3	19	96	4	79	59	22	4	13	1.53
36924--37023	30	3.3	30	88	0	137	3	33	7	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39048--39153	43	2.4	44	81	6	126	27	16	24	31	1.97
39988--40026	19	2.0	20	90	5	62	46	0	0	53	1.00
39974--40022	19	2.7	18	82	14	57	46	0	2	51	1.12
40231--40276	24	1.9	24	82	8	58	43	4	0	52	1.21
41983--42007	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
46044--46080	3	12.7	3	83	16	51	35	0	0	64	0.94
47386--47485	48	2.1	48	90	0	155	31	8	25	36	1.85
47793--47855	31	2.0	31	100	0	126	50	12	9	26	1.71
49005--49064	31	1.9	31	89	0	93	55	6	13	25	1.62
51188--51226	20	1.9	20	89	5	60	56	15	23	5	1.59
58051--58115	28	2.3	29	79	12	73	80	1	16	1	0.88
58052--58115	29	2.3	28	86	10	87	79	1	17	1	0.89
58051--58114	18	3.4	18	82	14	76	79	1	17	1	0.89
61119--61156	18	2.1	18	95	0	67	34	21	21	23	1.97
65309--65375	29	2.3	29	89	0	98	35	11	25	26	1.91
78473--78533	14	4.5	13	76	17	61	14	4	18	62	1.49
78473--78533	27	2.2	28	88	2	88	14	4	18	62	1.49
78799--78828	10	3.0	10	95	0	51	6	0	23	70	1.11
79937--80011	32	2.3	32	90	0	123	32	32	9	26	1.88
79956--80033	32	2.4	32	82	0	84	35	30	10	23	1.88
85641--85683	22	2.0	22	100	0	86	23	20	27	27	1.99
86099--86160	28	2.1	30	94	5	110	30	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86649--86693	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
89757--89788	10	3.2	10	90	0	55	25	9	9	56	1.61
89790--90039	60	4.2	60	90	4	411	40	0	12	46	1.42
89986--90055	25	3.1	22	79	16	63	38	0	11	50	1.39
90007--90054	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
90185--90211	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
90128--90242	58	2.0	60	89	3	180	41	0	12	46	1.41
90653--91076	215	2.0	208	95	3	767	28	23	20	27	1.99
92572--92612	22	1.9	21	90	5	64	51	24	0	24	1.49
92718--92781	26	2.5	26	97	0	119	7	39	6	46	1.58
93502--93583	29	2.8	29	92	0	128	21	28	36	13	1.91
93993--94057	33	2.0	33	93	0	112	13	33	21	30	1.92
94885--95077	75	2.6	75	84	1	244	35	14	11	37	1.83
95086--95136	23	2.2	23	89	0	75	33	13	17	35	1.89
95119--95346	72	3.1	73	89	3	341	33	14	13	39	1.85
94885--95380	267	1.8	268	91	3	818	34	14	12	37	1.85
95332--95380	23	2.1	23	85	7	64	34	14	14	36	1.86
95186--95553	173	2.1	172	90	3	575	33	14	12	39	1.84
95258--95444	98	1.9	97	86	1	266	34	12	13	39	1.84
95355--95530	75	2.3	75	86	0	235	33	13	13	39	1.83
95505--95576	23	3.1	22	86	4	90	33	13	15	37	1.87
95430--95652	121	1.8	122	90	0	358	32	14	14	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95332--95729	196	2.0	198	89	2	615	33	13	14	39	1.84
95551--95809	76	3.4	76	92	1	414	33	13	13	40	1.83
97143--97187	12	3.8	12	77	11	56	44	20	15	20	1.87
97131--97188	24	2.4	24	82	0	80	50	18	13	17	1.79
105141--105212	3	23.7	3	83	8	92	61	0	0	38	0.96
106126--106201	22	3.5	22	94	1	136	40	14	11	32	1.82
110445--110508	9	7.9	9	76	16	61	1	17	1	79	0.89
110445--110508	16	4.1	16	80	11	78	1	17	1	79	0.89
110451--110519	25	2.8	25	79	16	74	1	17	1	79	0.88
117435--117493	3	19.7	3	81	13	68	61	0	0	38	0.96
117818--117892	31	2.5	31	91	8	120	44	9	18	28	1.81
118268--118371	39	2.5	40	77	11	104	44	0	2	52	1.15
120318--120360	19	2.3	19	88	8	61	53	4	2	39	1.34
121883--122015	56	2.4	56	81	6	144	36	6	1	54	1.36
121884--122023	29	4.9	29	78	10	137	37	7	1	53	1.39
122039--122087	26	1.9	25	87	4	71	59	0	2	38	1.09
122318--122366	21	2.4	19	78	15	53	34	6	0	59	1.22
125867--125926	3	20.0	3	83	13	79	66	1	0	31	1.01
125867--125926	27	2.2	27	93	0	102	66	1	0	31	1.01
126127--126461	124	2.7	122	86	4	469	26	19	13	40	1.89
126397--126789	113	3.6	101	76	15	369	27	21	14	36	1.93
126465--126830	113	3.2	113	96	0	651	28	20	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127541--127764	115	2.0	114	92	0	376	30	21	14	32	1.94
128489--128551	25	2.5	25	79	5	74	1	20	0	77	0.85
128487--128551	28	2.4	26	82	12	85	1	20	0	78	0.83
128483--128553	37	1.9	36	86	8	99	1	21	0	77	0.85
141468--141526	3	19.7	3	83	13	77	66	1	0	32	1.02
141469--141526	21	2.8	21	94	0	98	67	1	0	31	1.01
144560--144630	13	5.5	13	78	18	85	15	22	46	15	1.83
144554--144634	39	2.1	39	97	0	153	16	20	46	16	1.83
144544--144612	8	8.9	8	76	17	74	18	24	42	14	1.88
146175--146231	24	2.4	24	85	5	71	35	10	1	52	1.46

Tables:   1   2   3