genome.fa.s7988.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007988.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110435_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  847207

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5871--5930	20	2.8	20	85	7	75	31	25	23	20	1.98
5964--6008	22	2.0	22	86	4	63	28	31	26	13	1.94
7298--7508	103	2.0	103	96	0	386	26	14	22	36	1.92
7525--7592	23	3.0	23	88	0	91	22	27	25	25	1.99
7911--7954	13	3.2	13	82	17	54	27	0	27	45	1.54
7914--7953	15	2.7	15	81	14	55	27	0	25	47	1.52
19472--19648	98	1.8	98	92	2	302	35	12	14	37	1.84
24090--24130	21	2.0	21	90	0	64	17	12	7	63	1.50
24153--24193	21	2.0	21	90	0	64	53	2	2	41	1.27
28546--28655	24	4.5	24	73	10	80	22	11	16	49	1.78
35566--35714	72	2.1	73	91	3	239	22	17	16	44	1.87
43092--43155	32	2.0	32	100	0	128	15	18	25	40	1.90
50237--50327	20	4.7	20	78	10	91	35	17	19	27	1.95
50296--50383	20	4.4	20	89	0	122	28	26	19	26	1.99
51449--51478	12	2.6	12	94	5	53	50	20	23	6	1.71
53516--53554	12	3.2	12	85	0	51	56	28	0	15	1.40
53517--53551	18	1.9	18	94	0	61	57	25	0	17	1.40
53611--53876	140	1.9	140	96	0	496	28	12	15	43	1.83
53893--54094	20	10.4	20	84	7	247	31	22	20	26	1.98
53851--54094	40	6.4	39	77	12	240	32	21	18	26	1.97
53913--54143	93	2.5	94	88	1	349	32	21	19	25	1.97
53893--54074	73	2.4	74	84	7	231	31	22	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53851--54073	113	2.0	114	88	2	333	33	21	18	26	1.97
54137--54175	20	2.0	20	89	0	60	12	20	15	51	1.76
54289--54350	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
55763--55855	42	2.2	42	80	3	107	21	17	39	21	1.92
56342--56390	20	2.5	20	100	0	98	38	26	20	14	1.91
58374--58414	20	2.0	20	85	0	55	58	14	12	14	1.63
59030--59167	20	6.9	20	94	0	204	23	23	27	24	2.00
62017--62257	118	2.0	119	80	5	265	38	5	5	50	1.51
63464--63560	47	2.1	48	81	11	112	35	13	16	35	1.88
65387--65578	97	2.0	97	94	2	341	38	18	21	21	1.94
70123--70378	136	1.9	134	82	4	318	36	22	14	26	1.92
70485--71279	137	5.8	137	89	1	1103	34	26	15	23	1.95
71770--71979	76	2.8	77	88	2	291	24	32	23	20	1.98
77729--77766	19	2.0	19	89	0	58	21	36	26	15	1.93
80012--80083	30	2.3	30	95	4	126	41	2	18	37	1.65
80392--80598	76	2.7	77	88	3	287	24	31	23	19	1.98
82179--82419	118	2.0	119	80	5	265	38	5	5	50	1.51
83128--83158	11	2.8	11	100	0	62	16	19	38	25	1.92
88441--88504	31	2.1	31	91	5	103	29	14	29	26	1.95
90011--90085	31	2.4	31	82	4	89	36	13	24	26	1.92
91218--91270	20	2.7	20	96	0	97	24	26	11	37	1.89
93875--93906	14	2.1	16	88	11	50	46	3	3	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94973--95000	5	5.6	5	100	0	56	39	21	0	39	1.54
96344--96374	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
101362--101458	24	4.0	23	76	7	68	19	16	17	46	1.84
101410--101470	12	5.1	12	72	7	52	18	14	16	50	1.78
101399--101470	24	3.0	24	85	0	99	19	13	16	50	1.79
104749--104780	11	2.9	11	90	0	55	37	0	31	31	1.58
104808--104916	35	3.1	35	79	7	123	33	4	35	26	1.77
109143--109184	21	2.0	20	86	4	57	64	0	21	14	1.29
109334--109442	35	3.1	35	83	7	132	33	3	37	25	1.74
118034--118073	19	2.0	20	90	4	64	45	10	0	45	1.37
120679--120715	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
121895--121932	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
123235--123270	17	2.1	17	100	0	72	30	27	5	36	1.80
130291--130336	21	2.3	21	85	14	62	52	6	4	36	1.47
136912--136957	15	3.1	15	96	0	83	54	0	0	45	0.99
140777--140820	22	2.0	22	82	8	54	29	29	9	31	1.88
141068--141097	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
142420--142474	15	3.3	15	77	22	65	32	5	10	50	1.60
145284--145337	27	2.0	28	82	10	67	46	3	0	50	1.19
146329--146427	51	1.9	51	83	4	128	21	34	6	38	1.78
147574--147619	24	1.9	24	90	0	74	26	26	28	19	1.99
148022--148072	20	2.4	21	81	15	61	33	15	0	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148549--148594	18	2.6	17	89	6	65	26	23	19	30	1.98
148489--148639	63	2.4	63	83	5	171	25	21	19	33	1.96
148567--148670	45	2.3	45	100	0	208	22	19	20	38	1.94
152425--152494	29	2.4	29	97	2	131	18	12	17	51	1.76
153153--153587	216	2.0	218	97	2	831	45	12	20	21	1.85
162802--162838	16	2.3	17	86	9	51	56	0	5	37	1.22
163007--163379	185	2.0	187	98	1	732	39	10	7	41	1.69
177419--177462	22	2.0	22	100	0	88	22	27	36	13	1.92
179185--179271	39	2.2	39	95	0	156	27	13	13	44	1.82
181510--181584	23	3.0	23	69	23	60	44	17	13	25	1.85
181553--181597	23	2.0	23	86	0	63	48	20	8	22	1.76
181576--181644	30	2.2	32	84	7	88	59	18	7	14	1.58
185515--185561	12	4.2	11	78	10	51	42	27	2	27	1.67
185894--185962	23	3.0	23	84	0	93	26	24	27	21	1.99
185978--186188	102	2.1	103	94	0	370	36	23	14	25	1.92
187852--187876	13	1.9	13	100	0	50	24	32	32	12	1.91
189082--189235	64	2.4	64	79	2	175	27	18	18	35	1.95
192995--193029	18	1.9	18	94	0	61	31	34	20	14	1.92
192994--193116	22	5.8	22	87	4	164	29	32	21	16	1.95
192994--193130	44	3.3	43	85	9	164	29	32	21	16	1.96
193214--193266	28	1.9	27	84	3	70	32	22	5	39	1.78
194333--194486	63	2.4	62	79	4	182	27	18	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201701--201725	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
203535--203725	54	3.6	50	71	14	134	19	22	15	42	1.89
203543--203767	105	2.1	105	86	5	306	18	20	16	44	1.87
203805--204061	57	4.6	57	82	4	267	19	19	17	43	1.88
203864--204093	57	4.3	52	84	6	230	18	18	17	44	1.87
203897--204093	51	3.7	49	83	8	110	19	18	18	43	1.89
203976--204172	51	3.9	51	80	0	214	16	20	18	44	1.87
208131--208165	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
214714--214781	31	2.2	31	86	0	91	50	2	4	42	1.37
214727--214831	31	3.4	30	83	5	122	45	3	3	46	1.39
218916--218961	18	2.5	19	79	10	60	50	0	2	47	1.13
219848--219874	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
220711--220743	5	6.6	5	100	0	66	60	39	0	0	0.97
223474--223526	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
226599--226638	14	2.9	14	96	0	71	7	52	15	25	1.68
226928--226996	35	1.9	36	91	2	113	28	18	18	33	1.95
232425--232473	22	2.2	22	85	7	64	20	14	20	44	1.86
243181--243240	29	2.1	27	88	11	86	48	6	0	45	1.29
244066--244105	21	1.9	21	85	10	55	27	7	2	62	1.35
247106--247157	22	2.3	23	74	9	54	36	3	5	53	1.43
249224--249264	20	2.2	19	91	8	66	39	14	26	19	1.90
251753--251790	13	2.9	13	84	7	51	57	0	7	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255043--255159	59	2.0	59	86	3	164	24	20	25	29	1.99
257129--257179	21	2.4	21	87	6	68	25	9	25	39	1.86
262604--262649	19	2.8	15	77	22	56	28	6	0	65	1.17
262611--262655	19	2.4	19	100	0	90	24	4	0	71	1.05
266133--266205	27	2.7	26	77	10	76	50	6	6	35	1.56
271408--271452	21	2.1	21	91	0	72	8	26	28	35	1.87
291835--291869	17	1.9	18	88	11	54	31	11	0	57	1.34
294201--294603	204	2.0	199	97	2	761	45	10	14	28	1.79
296265--296329	31	2.1	31	82	0	76	40	13	15	30	1.86
296442--296494	17	2.8	18	78	18	54	54	5	1	37	1.35

Tables:   1   2   3   4