genome.fa.s7994.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007994.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110444_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  788627

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
524--561	18	2.2	18	90	4	60	26	7	0	65	1.19
4331--4393	22	2.9	22	76	19	60	73	4	14	7	1.23
5392--5442	22	2.3	21	87	9	75	13	13	5	66	1.42
5395--5457	23	2.8	22	90	4	90	7	17	3	71	1.23
6056--6098	18	2.4	18	84	7	52	23	9	2	65	1.34
7748--7789	17	2.5	17	84	0	57	33	30	23	11	1.91
7779--7806	14	2.0	14	100	0	56	35	21	21	21	1.96
12580--12619	17	2.4	17	86	0	53	30	30	25	15	1.95
16838--16883	15	3.1	15	96	0	83	45	2	34	17	1.61
20487--20529	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
23823--24015	72	2.7	71	82	6	237	39	19	17	24	1.92
25710--25890	72	2.5	71	82	8	206	40	18	17	23	1.91
42846--42967	43	2.8	43	87	1	163	18	27	20	33	1.96
42956--43069	39	2.9	39	89	0	165	15	25	26	32	1.96
43730--43775	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
47817--47841	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
49520--50297	308	2.5	309	89	1	1220	34	15	17	33	1.91
50442--50488	23	2.0	25	87	8	71	34	12	10	42	1.78
54448--54476	13	2.2	13	100	0	58	17	48	20	13	1.81
56910--57032	48	2.6	47	84	6	158	25	16	17	41	1.89
56911--57032	24	5.1	23	78	10	129	24	16	17	41	1.89
60651--60766	24	4.8	24	85	6	146	23	17	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60703--60776	24	3.1	24	86	3	78	21	16	18	43	1.88
60944--60972	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
64049--64081	5	6.8	5	93	6	59	0	21	57	21	1.41
64049--64081	14	2.3	14	94	5	57	0	21	57	21	1.41
71246--71277	13	2.4	13	94	5	55	25	28	31	15	1.96
71246--71283	20	1.9	20	94	0	67	23	26	31	18	1.97
71273--71324	14	3.3	16	84	10	63	9	21	48	21	1.78
71246--71283	7	5.6	7	90	6	60	23	26	31	18	1.97
71266--71314	21	2.2	22	89	10	73	12	22	44	20	1.84
71322--71369	19	2.6	19	90	9	73	25	29	27	18	1.98
74998--75044	21	2.2	21	88	0	67	42	23	10	23	1.85
78495--78560	33	2.0	33	93	0	114	48	18	4	28	1.67
79350--79398	20	2.5	20	96	3	91	75	0	4	20	0.96
79349--79391	19	2.6	16	82	17	52	76	0	4	18	0.95
80139--80174	15	2.4	15	90	0	54	38	8	30	22	1.83
80577--80719	41	3.5	42	80	6	157	30	21	21	25	1.98
80880--80991	41	2.7	42	87	2	154	32	20	22	25	1.98
80443--81222	272	2.9	272	94	1	1305	33	18	16	31	1.94
81121--81222	42	2.5	41	83	1	132	30	21	23	24	1.99
84647--84704	29	2.0	29	93	0	98	44	18	5	31	1.72
84711--84772	21	2.9	21	80	2	70	16	17	43	22	1.87
84781--84817	19	1.9	19	94	0	65	24	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91813--91911	29	3.4	29	87	1	135	44	17	5	33	1.70
91919--91999	22	3.8	21	79	11	92	14	20	43	20	1.88
98966--99031	33	2.0	33	93	0	114	46	16	4	31	1.67
99822--99855	17	1.9	17	88	5	50	76	0	5	17	0.98
100954--101096	41	3.5	42	79	8	141	32	21	20	25	1.98
101029--101742	231	3.1	231	95	0	1248	33	18	16	31	1.93
105091--105189	29	3.4	29	90	1	126	43	18	7	31	1.76
112224--112292	29	2.3	30	90	2	104	43	18	5	31	1.74
112300--112361	21	2.9	21	82	2	79	14	22	45	17	1.85
115598--115689	46	2.0	47	85	8	125	34	20	10	33	1.88
117923--117962	9	4.3	9	90	6	62	12	30	30	27	1.93
117959--118001	22	2.0	22	100	0	86	18	48	23	9	1.76
117991--118015	7	3.6	7	100	0	50	16	32	28	24	1.96
125285--125329	22	2.0	22	100	0	90	17	51	22	8	1.73
127696--127761	33	2.0	33	96	0	123	46	18	4	30	1.68
131426--131450	11	2.3	11	100	0	50	16	8	0	76	1.02
137634--137666	9	3.8	9	88	8	50	63	0	0	36	0.95
137645--137689	11	4.4	10	81	13	56	57	4	0	37	1.19
149315--149353	16	2.5	15	84	12	51	23	10	0	66	1.22
150073--151173	151	7.3	152	98	0	2158	35	22	21	21	1.96
150073--151173	76	14.6	76	99	0	2158	35	22	21	21	1.96
150073--151173	227	4.9	228	99	0	2158	35	22	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151136--151208	35	2.1	35	100	0	146	38	24	20	16	1.93
151060--151284	111	2.0	111	100	0	450	36	23	20	19	1.95
150985--151360	187	2.0	186	99	0	743	35	22	21	20	1.96
151171--153235	151	13.7	152	98	1	3995	35	22	21	21	1.96
151171--153235	76	27.4	76	98	1	3995	35	22	21	21	1.96
153926--153980	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
154333--154444	54	2.1	54	87	0	161	24	21	15	39	1.91
161627--161666	21	1.9	21	94	0	71	55	10	12	22	1.67
165177--165202	13	2.0	13	100	0	52	7	53	30	7	1.57
165886--165916	3	10.3	3	92	0	53	29	0	0	70	0.87
165910--165982	38	2.0	38	86	7	107	50	0	1	47	1.09
167604--167646	17	2.6	16	88	7	59	23	9	0	67	1.19
169629--169672	23	1.9	23	85	0	61	50	13	22	13	1.77
178154--178215	26	2.4	27	78	8	65	33	8	3	54	1.46
178234--178260	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
181006--181032	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
191638--191671	7	4.7	7	96	3	59	14	17	14	52	1.74
191638--191673	14	2.5	15	90	9	65	13	19	13	52	1.74
192909--192977	16	4.5	15	76	16	61	71	8	18	1	1.20
193574--193628	22	2.5	22	100	0	110	36	27	12	23	1.91
194432--194535	36	2.9	36	72	4	93	29	14	12	43	1.82
194515--194606	37	2.5	37	82	5	96	30	19	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194644--194766	36	3.4	36	89	4	185	25	20	13	40	1.89
194685--194746	21	3.2	21	63	25	55	25	22	12	38	1.90
195182--195404	106	2.1	106	90	1	349	36	24	18	20	1.95
197404--197430	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
199555--199887	180	1.8	183	87	4	494	29	18	12	38	1.88
208725--208762	19	2.0	20	89	5	60	26	0	0	73	0.83
212800--212825	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
216154--216199	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
217636--217798	42	3.9	42	84	4	195	53	13	3	29	1.54
217643--217798	84	1.9	84	87	0	231	53	13	3	30	1.55
220536--220570	16	2.1	17	94	5	63	34	8	22	34	1.85
227387--227477	46	1.9	47	80	8	105	18	18	26	36	1.94
227951--227996	10	4.6	10	84	15	51	78	10	10	0	0.97
227964--228003	9	4.4	9	83	0	53	75	15	10	0	1.05
227948--227979	12	2.7	12	100	0	64	78	9	12	0	0.97
233948--234040	48	1.9	48	84	4	125	18	20	26	34	1.96
235676--235736	29	2.1	29	100	0	122	44	19	9	26	1.82
237997--238041	20	2.2	20	84	7	56	44	6	8	40	1.62
238010--238058	19	2.5	20	86	3	64	38	8	14	38	1.76
238479--238542	11	5.6	11	77	3	65	28	26	20	25	1.99
240730--240762	17	1.9	17	88	11	50	12	12	18	57	1.64
241052--241163	21	5.7	21	77	14	130	46	33	0	19	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241052--241163	7	16.0	7	80	0	107	46	33	0	19	1.56
242910--242951	21	1.9	23	85	9	61	23	23	7	45	1.78
242910--242957	22	2.1	23	81	11	55	25	27	6	41	1.79
245033--245080	21	2.3	21	85	7	62	43	18	18	18	1.88
245048--245080	14	2.3	15	89	5	50	42	21	18	18	1.89
245110--245175	23	2.9	23	93	0	105	27	16	18	37	1.92
246681--246833	39	3.9	39	74	3	121	19	24	23	32	1.98
246682--246833	78	1.9	78	82	2	189	19	25	23	32	1.98
263668--263713	20	2.3	20	84	0	56	30	15	19	34	1.93
267024--267072	20	2.4	21	83	10	66	30	14	22	32	1.93

Tables:   1   2   3   4