genome.fa.s8008.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008008.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110470_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  294377

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12778--12836	24	2.5	24	94	2	102	25	11	45	16	1.82
19289--19334	18	2.6	18	100	0	92	34	6	17	41	1.75
23089--23126	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
26609--26769	6	24.3	6	76	19	87	73	0	18	7	1.05
26620--26759	14	10.3	14	75	19	77	74	0	19	6	1.03
26673--26806	8	16.8	8	70	21	52	70	0	18	9	1.18
26615--26838	6	32.9	7	70	25	69	72	0	19	7	1.14
26792--26838	19	2.3	20	85	10	69	74	2	14	8	1.15
26639--26858	36	6.4	36	69	20	102	72	0	19	7	1.14
26620--26760	7	20.7	7	68	20	59	74	0	19	6	1.03
28106--28175	37	1.9	36	91	8	115	35	20	22	21	1.96
28192--28448	55	4.7	55	81	8	253	28	17	25	29	1.97
32442--32589	76	1.9	76	82	5	183	35	13	23	27	1.93
33519--33561	2	22.5	2	90	9	72	48	0	0	51	1.00
35597--35664	3	22.3	3	75	8	57	63	2	1	32	1.18
39529--39584	21	2.9	18	80	14	76	37	28	16	17	1.91
39524--39583	18	3.2	18	80	13	75	40	28	15	16	1.89
45862--45901	19	2.2	18	90	4	62	42	7	0	50	1.30
50934--50983	19	2.6	19	96	0	91	50	36	6	8	1.57
56371--56678	156	2.0	156	83	2	395	42	19	13	25	1.87
64262--64299	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
64594--64648	23	2.4	23	93	0	92	20	12	14	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68434--68492	30	2.1	29	81	9	68	45	11	16	25	1.82
68695--68735	22	2.0	20	90	9	64	34	12	9	43	1.75
69019--69066	23	2.1	23	92	0	78	33	20	12	33	1.90
73158--73288	60	2.2	60	79	8	140	37	7	25	29	1.84
80591--80628	20	1.9	20	100	0	76	36	13	28	21	1.91
80591--80633	20	2.3	19	92	8	70	37	11	30	20	1.89
80783--80856	36	2.1	36	85	10	98	47	2	0	50	1.15
81833--81907	36	2.1	36	85	9	100	48	1	4	46	1.29
81978--82057	35	2.3	35	100	0	160	40	32	7	20	1.80
84170--84194	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
85722--85788	26	2.7	25	84	11	84	41	10	14	32	1.80
95306--95333	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
96270--96327	23	2.6	22	86	2	62	32	18	22	25	1.97
97410--97516	30	3.6	28	79	8	88	39	6	0	53	1.33
97421--97539	29	4.0	29	77	14	82	36	9	0	53	1.39
97422--97539	61	2.0	58	83	5	146	35	9	0	54	1.39
97499--97619	30	4.1	30	77	5	106	38	9	1	50	1.46
97643--97704	24	2.6	24	84	5	72	41	8	0	50	1.32
97751--97861	30	3.7	29	84	8	111	53	0	8	37	1.37
97726--97861	29	4.6	29	80	7	130	53	1	8	36	1.40
98173--98267	29	3.2	29	85	8	113	51	1	7	40	1.37
101796--101843	25	1.9	25	100	0	96	27	16	16	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101958--101993	3	12.3	3	88	5	56	72	0	0	27	0.85
101950--101993	12	4.0	11	80	19	56	70	2	0	27	0.99
102149--102467	43	7.4	43	75	10	215	23	20	31	25	1.98
102191--102434	40	5.8	41	75	9	206	22	20	32	25	1.98
102193--102486	46	6.8	45	74	13	161	23	20	31	25	1.98
102142--102486	129	2.7	128	92	3	554	23	19	31	25	1.98
102824--102898	35	2.1	36	87	7	109	34	10	20	34	1.87
103270--103389	40	3.0	40	97	0	222	35	11	21	30	1.89
103372--103720	67	5.2	67	92	4	544	43	11	12	32	1.78
103392--103726	136	2.5	135	92	3	541	44	12	11	31	1.78
103667--103952	27	9.8	29	73	14	130	43	16	10	29	1.82
103605--103801	95	2.0	99	84	5	260	41	13	10	34	1.79
103787--103939	27	5.6	26	86	8	182	43	16	11	28	1.83
104195--104286	36	2.6	34	81	3	103	36	14	19	29	1.91
104491--104552	21	3.1	21	62	17	51	35	12	20	30	1.91
104486--104593	38	2.9	35	82	8	117	34	12	19	33	1.90
106114--106230	11	10.2	11	72	17	78	4	13	10	71	1.27
106116--106231	22	5.0	22	74	18	94	4	13	11	70	1.30
106140--106241	36	2.8	36	72	0	105	5	12	11	69	1.35
112667--112714	25	1.9	25	100	0	96	27	16	16	39	1.90
112829--112867	3	13.3	3	89	5	53	74	0	0	25	0.82
112821--112867	12	4.0	11	81	13	58	72	2	0	25	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113202--113283	42	2.0	42	85	4	112	31	7	14	46	1.72
113421--113472	17	3.1	17	75	2	52	48	0	0	51	1.00
113419--113522	47	2.1	52	82	12	130	45	1	0	52	1.11
113430--113480	17	2.8	19	79	11	61	45	0	0	54	0.99
113440--113553	25	4.3	27	71	17	78	45	3	0	50	1.18
113423--113522	52	1.9	52	82	8	123	46	2	0	52	1.12
119800--119833	2	17.5	2	93	6	61	0	50	0	50	1.00
122616--122786	46	3.7	46	92	2	256	38	12	29	20	1.89
136189--136229	14	2.9	14	85	0	55	75	4	0	19	0.98
144864--144981	32	3.7	31	79	11	141	33	18	16	30	1.94
144844--145000	63	2.5	63	95	0	278	34	18	17	29	1.94
144847--145034	31	6.0	31	76	11	177	31	19	18	30	1.95
145021--145092	30	2.4	30	85	0	90	20	22	26	30	1.98
160264--160322	29	2.0	31	90	6	95	22	13	10	54	1.69
160911--160997	37	2.6	31	73	19	84	47	1	4	47	1.30
160916--160992	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
160969--161017	18	2.7	18	74	3	53	51	4	2	42	1.32
162675--163459	228	3.4	227	84	1	897	29	26	23	20	1.99
162621--163480	456	1.9	456	81	0	1056	29	26	23	20	1.99
168486--168681	99	2.0	99	100	0	392	40	18	12	27	1.87
176271--176329	22	2.8	20	75	10	55	69	3	3	23	1.19
177563--177672	44	2.4	45	76	15	118	47	4	2	45	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177638--177696	24	2.4	25	85	5	75	45	6	1	45	1.40
177661--177835	37	4.8	36	82	11	203	46	6	2	44	1.42
177669--177879	37	5.5	37	77	15	187	48	6	2	43	1.41
177784--177879	45	2.1	46	88	7	142	48	5	2	43	1.36
177674--177927	86	3.2	82	80	12	275	46	6	3	43	1.45
178666--178732	21	3.2	21	95	0	116	58	10	4	26	1.50
179211--179264	25	2.2	24	80	9	65	25	9	3	61	1.43
180047--180163	47	2.5	48	81	2	130	45	17	14	23	1.85
180084--180152	24	2.9	23	85	6	84	49	15	10	24	1.76
180158--180258	30	3.4	30	75	13	109	58	15	8	16	1.62
183742--183865	44	2.8	44	91	6	198	29	21	7	41	1.80
184208--184248	21	1.9	22	90	5	66	43	9	7	39	1.65
184937--184965	15	1.9	15	100	0	58	27	20	6	44	1.77
192649--192691	22	2.0	21	86	9	59	37	2	4	55	1.33
192872--192937	25	2.6	25	78	4	62	48	6	1	43	1.36
194923--194965	18	2.4	18	88	3	61	58	2	0	39	1.11
207175--207269	42	2.2	42	94	1	163	35	12	11	40	1.80
211450--211507	27	2.3	24	74	23	57	53	1	1	43	1.21
227288--227321	15	2.3	15	89	0	50	8	26	14	50	1.72
228793--228858	30	2.2	30	100	0	132	37	25	19	16	1.93
233192--233219	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
235917--235975	21	2.8	20	71	5	55	45	44	0	10	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239100--239347	117	2.1	117	87	0	370	33	18	31	16	1.93
239100--239411	117	2.7	116	83	4	333	33	18	32	15	1.93
240019--240053	15	2.3	15	95	0	61	20	11	31	37	1.88
242273--242297	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
251129--251191	33	1.9	33	93	0	108	26	17	23	31	1.97
251270--251422	44	3.4	44	91	6	236	38	6	24	30	1.81
254301--254842	261	2.1	253	85	12	717	41	19	11	27	1.86
256666--257395	48	15.2	48	83	2	534	21	47	5	25	1.71
256792--256880	27	3.5	27	72	17	91	20	48	3	28	1.65
256771--256895	21	5.4	21	68	20	79	20	49	4	25	1.66

Tables:   1   2