genome.fa.s8013.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008013.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110478_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1461402

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608792--608851	20	3.2	19	81	9	70	13	25	20	41	1.88
610549--610928	94	4.1	94	96	1	656	21	12	18	47	1.81
611016--611100	19	4.9	17	74	20	70	49	20	18	11	1.78
611031--611112	33	2.5	34	86	7	116	48	20	20	9	1.77
611155--611203	20	2.5	20	86	0	80	18	20	22	38	1.93
611687--611789	21	5.0	20	68	12	66	21	36	18	23	1.95
613148--613183	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
613343--613431	20	4.4	20	90	2	126	20	22	22	34	1.96
613632--613716	33	2.5	33	82	1	107	43	17	22	16	1.88
613731--613815	33	2.5	33	84	1	107	15	21	17	45	1.85
613731--613806	33	2.3	34	86	2	109	14	21	18	46	1.84
613798--613886	20	4.4	20	85	2	117	20	22	22	34	1.96
613874--613900	14	1.9	14	100	0	54	7	22	29	40	1.81
616848--616913	21	3.2	21	93	2	116	28	10	25	34	1.89
616930--616972	22	2.0	22	85	0	59	23	25	25	25	2.00
619482--619535	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
619482--619549	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
620386--620501	20	5.8	20	86	2	87	23	20	19	36	1.95
620401--620501	40	2.5	40	90	3	150	23	19	18	37	1.94
620498--620543	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
620594--620825	20	11.6	20	80	6	256	18	18	25	36	1.94
620594--620886	40	7.3	40	84	5	342	18	18	25	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620612--620886	121	2.3	122	86	4	387	18	18	25	37	1.93
620834--620886	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
622444--622522	39	2.0	39	92	0	131	26	30	17	25	1.97
629753--629794	22	1.9	22	85	9	59	57	11	2	28	1.47
636281--636338	30	1.9	30	100	0	116	46	3	6	43	1.47
639437--639579	70	2.0	70	97	0	268	40	4	32	22	1.75
654118--654194	40	1.9	40	84	5	102	38	9	19	32	1.83
656024--656110	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
656170--656221	20	2.7	20	81	3	61	73	5	0	21	1.04
657972--658474	253	2.0	249	96	3	938	22	15	15	46	1.83
666334--666425	46	2.0	48	91	4	152	42	10	18	28	1.84
674651--674704	20	2.7	20	97	0	99	37	18	20	24	1.94
675780--675816	14	2.6	14	91	4	56	51	21	18	8	1.72
677849--677883	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
677941--678223	140	2.0	140	95	0	512	28	13	14	44	1.82
678194--678290	20	4.8	20	93	0	158	29	21	19	28	1.98
678486--678522	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
679920--680026	21	5.1	21	77	4	81	29	19	30	19	1.97
679926--680026	42	2.4	42	74	0	94	28	19	30	20	1.97
680401--680442	13	3.2	13	100	0	84	40	16	7	35	1.76
680559--680626	20	3.4	20	82	8	84	36	23	19	20	1.95
680632--680685	19	2.8	19	88	0	72	48	24	16	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680690--680727	20	1.9	20	94	0	67	13	21	18	47	1.82
680707--680739	14	2.4	14	94	0	57	12	18	21	48	1.80
680740--680814	20	3.8	19	80	7	87	20	20	22	37	1.94
680721--680833	40	2.9	38	72	7	109	18	17	22	41	1.90
682730--682795	19	3.4	20	85	6	91	50	24	16	9	1.74
683185--683235	22	2.3	22	96	0	93	19	11	45	23	1.83
683443--683483	21	2.0	21	90	0	64	29	17	26	26	1.97
689766--689793	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
695247--695303	9	6.7	9	74	11	57	64	1	0	33	1.04
695249--695301	16	3.2	17	84	10	65	66	1	0	32	1.03
695259--695304	17	2.8	17	93	3	76	63	4	0	32	1.14
697546--697571	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
700319--700371	25	2.1	25	96	0	97	56	3	35	3	1.35
700321--700377	25	2.2	26	90	3	89	57	3	35	3	1.33
702621--702665	19	2.5	18	89	7	65	28	28	17	24	1.97
708599--708683	21	4.0	21	77	6	89	30	21	21	27	1.98
708581--708661	23	3.6	23	76	8	85	27	24	19	28	1.99
708596--708682	44	2.0	44	86	0	120	29	21	20	27	1.98
710199--710242	21	2.1	21	91	0	70	6	36	15	40	1.74
711315--711351	19	1.9	19	94	0	65	29	29	16	24	1.96
711301--711460	66	2.5	64	82	6	180	33	22	16	28	1.95
719101--719129	11	2.5	12	88	11	51	37	10	0	51	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725555--725594	21	1.9	21	89	0	62	15	45	0	40	1.46
725566--725628	18	3.5	18	77	0	63	17	42	1	38	1.59
725563--725612	24	2.1	24	84	0	64	14	42	2	42	1.56
729320--729361	17	2.5	17	84	7	59	38	0	2	59	1.10
730666--730754	18	4.9	18	91	0	142	28	33	19	19	1.96
735522--735556	18	1.9	18	100	0	70	25	34	22	17	1.96
743860--743894	18	1.9	18	100	0	70	34	14	17	34	1.90
755184--755226	21	2.0	21	82	8	52	4	48	20	25	1.69
756293--756395	27	3.8	26	74	18	77	47	11	7	33	1.69
756289--756396	54	2.0	55	85	5	148	48	11	8	32	1.69
757067--757108	21	2.0	21	86	9	59	45	19	0	35	1.50
759060--759097	20	2.0	20	89	5	60	52	13	0	34	1.40
762931--762969	17	2.3	17	86	0	51	17	28	30	23	1.97
763818--764202	185	2.1	185	91	3	625	42	3	9	45	1.52
766112--766162	22	2.3	22	79	3	57	33	17	21	27	1.96
766499--766585	43	2.0	43	95	0	156	19	24	16	40	1.91
773889--774234	171	2.0	171	98	0	665	34	15	26	23	1.94
774800--774853	27	2.0	27	100	0	108	48	7	3	40	1.49
790254--790301	18	2.6	19	80	12	64	29	4	2	64	1.23
791918--791953	18	1.9	19	88	5	56	8	25	0	66	1.19
792163--792476	160	2.0	153	95	4	556	30	19	26	22	1.98
795106--795640	183	2.9	183	95	1	950	26	20	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796786--796899	36	3.2	34	71	9	86	25	16	14	43	1.85
796770--796944	72	2.4	75	84	8	218	26	18	13	41	1.87
796786--796981	72	2.7	72	82	8	177	26	17	15	40	1.89
797015--797278	103	2.5	104	91	1	440	30	19	12	37	1.89
797456--798086	105	6.0	105	90	2	912	33	26	17	22	1.96
798629--798732	37	2.8	37	85	0	127	42	13	13	30	1.83
799076--799126	18	2.8	17	88	8	66	27	3	1	66	1.20
799309--799408	9	11.2	9	77	16	77	23	4	0	73	1.00
799320--799370	21	2.5	21	75	9	52	25	3	0	70	1.04
805229--805266	6	6.3	6	100	0	76	31	15	36	15	1.90
809179--809226	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
809437--809505	21	3.0	23	77	16	79	30	0	0	69	0.89
809439--809487	22	2.2	22	89	7	73	24	0	0	75	0.80
809462--809497	16	2.3	15	95	4	63	25	0	0	75	0.81
827214--827281	9	7.6	9	78	15	70	76	0	13	10	1.02
827295--827346	25	2.1	25	85	0	68	76	1	17	3	1.02
827207--827355	42	3.5	44	73	19	145	73	0	17	8	1.10
827327--827361	17	2.1	16	94	5	61	77	0	17	5	0.96
828678--829162	55	9.1	51	87	4	495	28	15	26	29	1.96
828693--829226	55	9.9	54	87	5	412	28	15	26	28	1.96
828678--829228	110	5.2	106	86	6	490	28	15	26	29	1.96
828678--829226	165	3.4	163	83	8	571	28	15	26	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834009--834127	63	1.9	63	85	1	166	39	16	18	25	1.91
834165--835105	486	1.9	486	87	2	1381	27	22	21	29	1.99
851989--852094	23	4.7	23	88	2	160	48	0	32	18	1.55
851989--852094	45	2.3	46	88	1	160	48	0	32	18	1.55
852460--852502	13	3.2	13	80	9	50	62	0	2	34	1.08
854951--855045	31	3.1	31	70	11	97	36	14	18	29	1.91
854933--855068	60	2.3	59	88	5	211	32	16	19	32	1.93
854945--855036	29	3.1	30	69	12	98	32	15	18	33	1.92
856532--856569	18	2.1	18	85	9	51	57	0	0	42	0.98
868098--868150	27	2.0	27	100	0	106	30	15	9	45	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6