genome.fa.s8019.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008019.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110487_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  368755

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 228 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3425--3454	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
3872--3947	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
8142--8296	77	2.0	79	87	5	226	43	5	12	38	1.66
8916--8982	16	4.2	16	74	0	62	53	10	13	22	1.69
8916--8982	32	2.1	32	85	0	89	53	10	13	22	1.69
8942--9013	32	2.2	32	87	0	99	54	11	13	20	1.70
8920--9018	16	6.2	17	72	9	57	52	14	14	19	1.74
20654--20712	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
22788--22835	22	2.1	23	88	3	71	31	4	6	58	1.42
22971--23001	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
25203--25250	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
25520--25601	30	2.8	30	86	1	103	32	30	20	15	1.94
26532--26585	20	2.4	23	82	11	69	27	24	16	31	1.96
26573--26713	64	2.2	63	80	9	153	25	22	18	33	1.97
27604--27630	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27917--27956	20	2.1	19	90	4	62	20	17	0	62	1.33
31031--31088	20	2.6	22	84	10	75	27	22	18	31	1.97
31076--31216	64	2.2	63	81	7	160	25	22	18	33	1.97
33907--33934	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
35378--35408	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
42740--43345	300	2.0	302	96	3	1116	29	17	20	32	1.96
44408--44485	38	2.1	38	97	0	147	19	19	16	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49607--49648	21	2.0	21	100	0	84	47	28	9	14	1.75
52692--52961	122	2.2	121	86	7	366	42	16	13	27	1.85
52692--52992	122	2.4	119	83	10	365	42	15	13	28	1.85
55028--55068	16	2.6	16	88	3	57	39	4	19	36	1.73
55120--55186	27	2.5	27	97	0	125	25	19	19	35	1.95
55435--55461	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
55237--55695	234	2.0	225	95	3	828	28	21	17	32	1.96
55669--55763	2	47.5	2	100	0	190	0	50	0	49	1.00
69439--69473	18	1.9	18	94	0	61	14	28	31	25	1.95
71725--71885	64	2.5	65	85	7	195	33	17	22	26	1.96
73296--73607	147	2.1	147	92	4	513	26	17	21	34	1.96
74664--74865	31	6.5	31	96	0	359	38	21	19	20	1.94
75430--75501	37	2.0	37	94	5	130	19	31	31	16	1.94
76408--76449	15	2.8	15	96	0	75	45	7	23	23	1.78
92679--93492	262	3.0	264	83	5	937	39	16	18	25	1.92
103917--103943	11	2.5	11	100	0	54	74	7	7	11	1.23
111206--111241	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
116344--116376	17	1.9	17	88	11	50	66	3	0	30	1.06
121383--121421	20	2.0	20	85	10	53	61	2	5	30	1.31
121897--121956	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
124876--124926	24	2.1	24	88	0	75	45	9	3	41	1.56
130121--130165	21	2.2	21	84	4	56	44	26	8	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130073--130232	20	8.0	20	81	6	139	36	25	11	26	1.91
130400--130436	16	2.4	16	86	8	51	29	5	0	64	1.15
131034--131067	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
131088--131144	24	2.4	24	96	0	105	36	36	3	22	1.72
133243--133349	55	1.9	55	92	0	178	28	22	15	32	1.95
133355--133506	42	3.7	42	87	3	204	22	17	22	37	1.94
133340--133527	61	3.0	62	78	11	172	22	17	23	36	1.95
133340--133555	103	2.1	102	85	5	283	23	18	22	36	1.95
133429--133556	61	2.1	61	89	0	202	25	17	21	36	1.94
134418--134468	21	2.4	21	100	0	102	29	29	23	17	1.97
135117--135152	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
135392--135553	63	2.6	63	87	2	227	32	21	18	27	1.97
136701--136802	20	5.1	20	86	0	150	20	20	21	37	1.95
136861--137018	64	2.5	64	94	1	271	51	15	1	31	1.55
138293--138411	21	5.7	21	83	3	141	22	20	36	21	1.95
138293--138411	42	2.8	42	89	2	168	22	20	36	21	1.95
140487--140579	20	4.7	20	90	0	123	49	21	18	10	1.77
140490--140579	40	2.2	40	92	0	153	50	21	18	10	1.76
140596--140634	20	1.9	21	89	5	62	15	10	20	53	1.70
140983--141062	22	3.6	22	89	0	106	21	17	41	20	1.91
141166--141203	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
141243--141297	20	2.8	20	72	8	58	29	14	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146441--146474	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
158365--158410	22	2.1	22	91	0	74	47	0	0	52	1.00
165059--165110	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
165166--165359	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
165162--165359	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
165166--165358	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
165740--165847	33	3.3	33	89	0	171	10	24	19	46	1.80
165764--165845	14	4.9	18	64	26	54	9	24	20	45	1.81
165783--165839	14	3.7	14	77	20	60	8	26	22	42	1.83
167546--168017	185	2.6	185	99	0	926	22	12	18	46	1.83
167546--168017	93	5.1	93	98	1	912	22	12	18	46	1.83
168061--168188	19	7.3	19	73	17	116	45	28	17	8	1.78
168097--168188	33	2.8	32	90	6	141	45	28	18	7	1.76
168184--168318	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
168206--168262	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
168189--168281	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
170217--170252	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
170359--170460	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
170489--170753	19	14.7	19	85	11	389	14	21	16	47	1.83
170467--170781	52	5.9	52	87	9	321	14	20	18	46	1.83
170489--170750	128	2.1	122	84	12	170	14	20	17	47	1.82
173057--173081	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173256--173302	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
173984--174352	20	18.5	20	85	5	442	20	18	26	34	1.95
174522--174565	3	14.3	3	95	4	79	68	0	0	31	0.90
187079--187120	23	1.9	22	90	9	68	38	9	16	35	1.81
189463--189544	33	2.5	33	85	0	101	24	25	13	36	1.92
191067--191114	14	3.4	14	85	2	69	29	0	4	66	1.10
191400--191453	14	3.6	16	70	29	55	27	0	7	64	1.20
192098--192236	21	6.8	20	72	8	82	36	25	17	20	1.94
192204--192432	20	11.4	20	79	5	212	37	24	17	20	1.94
193123--193168	24	2.0	23	87	12	67	26	15	21	36	1.93
195651--195750	32	3.1	32	84	9	130	46	19	22	13	1.83
195665--195860	85	2.3	85	94	2	340	45	18	21	13	1.84
195768--195822	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
195750--195842	33	2.8	33	96	3	170	46	18	22	12	1.83
195856--195973	54	2.2	52	95	4	218	13	24	17	44	1.85
195875--195973	19	5.4	19	84	12	136	14	23	17	45	1.84
196080--196116	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
198039--198145	19	5.6	19	85	1	124	45	25	18	10	1.81
198141--198199	19	3.4	18	71	22	54	8	18	27	45	1.78
198157--198213	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
198141--198231	33	2.7	33	89	1	128	9	18	26	45	1.81
198329--198644	93	3.4	93	99	0	614	45	18	13	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200329--200425	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
200327--200391	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
200376--200432	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
200327--200449	33	3.5	33	90	8	165	46	18	24	10	1.81
200466--200522	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
200450--200529	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
200510--200583	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
200663--200733	33	2.2	33	92	0	115	47	15	23	12	1.80
201113--201305	20	9.6	20	84	5	237	18	18	27	35	1.95
209642--209671	15	1.9	16	93	6	53	3	23	0	73	0.98

Tables:   1   2