genome.fa.s8020.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008020.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110488_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  406994

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1634--1684	22	2.4	21	93	3	84	23	17	21	37	1.94
6134--6176	20	2.2	20	91	4	70	37	9	4	48	1.56
7576--7696	59	2.1	59	87	3	172	28	15	17	38	1.90
15463--15526	24	2.7	24	85	4	76	35	1	0	62	1.05
15644--15693	21	2.4	21	86	0	64	38	28	12	22	1.89
15657--15701	21	2.1	21	91	0	72	40	22	13	24	1.90
16185--16222	12	3.1	12	85	14	51	81	0	2	15	0.80
17929--17959	14	2.2	14	100	0	62	12	41	6	38	1.69
20649--20678	5	6.2	5	92	7	53	80	0	0	20	0.72
20652--20678	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
26143--26221	38	2.1	38	97	0	149	18	18	29	32	1.96
33200--33312	35	3.2	35	82	1	109	33	2	33	30	1.72
33253--33311	13	4.8	13	69	12	52	33	0	35	30	1.58
37606--37721	35	3.3	35	80	3	135	31	3	36	28	1.74
39523--39575	22	2.5	22	81	6	56	22	16	24	35	1.95
50763--50816	27	2.0	27	100	0	108	29	25	7	37	1.83
53964--53988	10	2.5	10	100	0	50	28	44	8	20	1.79
58061--58112	22	2.4	22	96	0	95	23	19	21	36	1.95
59120--59173	25	2.2	24	77	6	65	77	1	12	7	1.05
62592--62634	20	2.2	20	91	4	70	37	9	4	48	1.56
64029--64149	59	2.1	59	87	3	172	28	15	18	38	1.91
71649--71712	24	2.7	24	85	4	76	35	1	0	62	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71831--71880	21	2.4	21	86	0	64	38	28	12	22	1.89
71844--71888	21	2.1	21	91	0	72	40	22	13	24	1.90
72576--72614	20	2.0	20	89	0	60	35	12	28	23	1.91
76815--76844	5	6.2	5	92	7	53	80	0	0	20	0.72
76818--76844	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
80584--80615	16	2.1	15	94	5	55	59	6	15	18	1.57
86005--86061	22	2.8	20	79	10	60	47	5	1	45	1.35
86038--86097	21	2.8	21	80	12	68	43	6	1	48	1.39
86090--86472	2	200.0	2	63	21	83	53	1	5	39	1.32
86090--86152	17	3.6	17	78	14	65	44	0	3	52	1.17
86030--86154	9	13.6	9	68	22	57	45	3	2	48	1.31
86182--86470	22	13.6	22	71	21	96	55	1	5	37	1.33
86182--86472	27	10.4	28	72	21	136	55	1	5	37	1.33
86259--86434	29	6.2	29	70	24	76	56	0	5	36	1.27
86213--86472	109	2.3	115	79	13	274	56	1	5	36	1.32
86171--86466	13	21.3	13	69	20	140	55	1	5	37	1.32
86506--86626	11	10.2	11	69	13	53	50	3	3	42	1.35
86814--86900	29	3.2	29	72	21	107	55	3	9	32	1.48
86852--86907	20	2.6	21	80	11	69	57	1	8	32	1.40
86894--86953	2	29.5	2	74	15	52	50	0	6	43	1.28
86212--87303	22	56.7	19	67	21	238	52	3	6	37	1.44
86939--87056	52	2.3	52	100	0	236	48	5	6	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87029--87293	32	8.1	33	66	18	117	52	3	7	36	1.47
87210--87408	2	101.5	2	65	21	57	42	7	2	47	1.44
87292--87796	14	36.3	14	64	26	106	38	8	1	51	1.41
87290--87784	20	24.7	20	65	24	128	38	8	1	51	1.42
87581--87644	22	3.0	22	84	6	78	35	6	0	57	1.24
87613--87786	22	8.2	22	68	21	79	39	8	0	51	1.36
87683--87790	2	54.0	2	69	20	57	38	6	0	53	1.33
87701--87809	14	7.0	16	72	25	76	38	6	0	54	1.33
87516--87743	119	1.9	119	81	12	272	39	8	0	51	1.38
94208--94232	13	1.9	13	100	0	50	40	0	28	32	1.57
97513--97793	45	6.2	45	86	0	382	22	19	11	46	1.81
99412--99448	16	2.3	16	95	0	65	29	5	32	32	1.80
105482--105530	23	2.1	24	88	3	73	10	16	12	61	1.57
105473--105531	20	2.8	21	74	18	59	10	15	11	62	1.54
109232--109273	11	3.6	12	81	15	52	52	2	30	14	1.54
115777--115815	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
134368--134406	11	3.5	11	86	6	53	0	17	2	79	0.84
136593--136617	13	1.9	13	100	0	50	20	8	0	72	1.10
138171--138219	18	2.6	18	87	9	62	34	12	6	46	1.66
138964--139006	18	2.3	19	80	15	54	79	0	16	4	0.90
138964--139005	13	3.3	13	80	3	50	80	0	14	4	0.86
142826--142868	18	2.3	19	80	15	54	79	0	16	4	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142826--142867	13	3.3	13	80	3	50	80	0	14	4	0.86
150609--150656	22	2.2	21	77	3	51	22	14	0	62	1.32
153174--153220	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
156861--156969	36	3.1	35	88	5	159	30	37	3	28	1.74
157117--157156	20	2.0	20	100	0	80	10	25	0	65	1.24
163241--163289	19	2.5	20	81	12	50	42	6	14	36	1.70
174465--174825	177	2.0	177	91	0	578	29	16	20	32	1.95
177561--177609	18	2.7	18	93	0	80	32	4	14	48	1.62
181901--181943	13	3.3	13	84	9	52	79	4	0	16	0.90
192390--192505	35	3.3	35	82	3	126	33	4	33	28	1.77
199944--200438	248	2.0	248	91	1	796	38	13	19	28	1.89
203955--204026	13	5.8	13	77	12	71	33	1	40	25	1.64
203908--204013	35	3.0	35	88	1	149	32	3	37	26	1.74
208263--208307	16	2.7	16	82	6	54	66	0	17	15	1.25
211351--211402	5	9.8	5	76	19	52	76	3	15	3	1.07
215171--215207	14	2.7	14	91	4	58	21	45	0	32	1.52
216027--216098	17	4.2	17	83	1	90	34	13	6	44	1.71
216027--216098	35	2.1	35	86	2	101	34	13	6	44	1.71
222119--222154	13	2.6	14	91	4	56	25	47	0	27	1.52
222165--222243	33	2.3	36	80	13	110	27	30	0	41	1.56
222634--222688	5	11.0	5	75	13	51	76	1	18	3	1.02
222634--222678	11	4.0	11	81	13	56	80	0	17	2	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227421--227448	14	2.0	14	100	0	56	35	0	42	21	1.53
231969--232025	17	3.4	17	72	13	55	24	33	0	42	1.55
231973--232042	33	2.1	33	94	0	122	27	32	0	40	1.57
231984--232056	33	2.2	33	85	0	92	30	30	0	39	1.57
246501--246542	19	2.3	19	80	15	52	40	4	11	42	1.63
249534--249583	24	2.1	24	92	0	82	24	34	8	34	1.84
253601--253638	19	2.0	19	94	0	67	31	34	21	13	1.91
256134--256165	17	1.9	17	93	6	57	78	6	15	0	0.95
256162--256187	10	2.6	10	100	0	52	69	7	0	23	1.14
263385--263410	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
286123--286172	23	2.2	22	86	10	66	26	8	0	66	1.19
286440--286489	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
286434--286489	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
286434--286489	11	4.7	11	74	21	51	78	1	19	0	0.84
290712--290761	23	2.2	22	86	10	66	26	8	0	66	1.19
291026--291075	11	4.8	10	80	20	50	78	4	18	0	0.91
291023--291078	24	2.3	23	80	14	69	78	3	17	0	0.89
295309--295360	23	2.3	22	84	12	70	23	7	0	69	1.14
295613--295663	20	2.6	20	84	3	68	33	11	7	47	1.69
297849--297881	17	1.9	17	93	0	57	30	33	0	36	1.58
298606--298646	21	2.0	20	86	13	57	41	9	21	26	1.84
299520--299574	20	2.8	20	78	10	51	23	16	12	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306079--306124	14	3.3	14	85	11	51	6	13	0	80	0.89
306079--306119	20	2.0	20	90	9	66	7	12	0	80	0.90
309135--309185	20	2.6	20	90	3	77	35	11	5	47	1.65
321090--321128	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
325132--325178	21	2.3	21	85	10	62	38	6	2	53	1.39
332065--332095	5	6.2	5	100	0	62	0	19	0	80	0.71
332094--332141	22	2.3	21	92	7	80	10	12	12	64	1.50
338178--338221	16	2.8	15	80	10	52	54	0	18	27	1.44
349798--349967	45	3.8	45	84	5	200	31	20	6	42	1.77
350057--350132	40	1.9	40	83	0	98	27	23	21	27	1.99

Tables:   1   2