genome.fa.s8040.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008040.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110527_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  437554

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221--253	14	2.4	14	90	10	50	78	0	21	0	0.75
2921--2950	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
8518--8569	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
10019--10066	23	2.0	23	84	4	60	35	12	16	35	1.87
12295--12350	24	2.4	24	90	3	87	69	10	12	7	1.36
14833--14866	12	2.9	12	86	4	52	26	38	0	35	1.57
16981--17030	20	2.5	20	93	0	82	26	32	8	34	1.85
24424--24473	25	2.0	25	88	0	73	24	30	0	46	1.53
24859--24896	8	4.8	8	84	9	51	81	7	10	0	0.87
24858--24896	16	2.4	16	95	4	69	82	7	10	0	0.86
29503--29545	21	2.0	23	86	9	63	20	9	2	67	1.30
29783--29841	21	2.6	22	72	20	59	77	1	16	3	0.98
29781--29840	18	3.2	18	76	17	59	80	1	15	3	0.93
32934--33005	25	2.9	25	77	6	76	26	2	38	31	1.71
32964--33016	25	2.1	25	86	6	72	32	1	37	28	1.68
44557--44670	37	3.2	36	82	10	144	30	4	35	29	1.77
44557--44670	36	3.2	36	86	8	144	30	4	35	29	1.77
48044--48174	65	2.0	65	100	0	262	46	18	15	19	1.84
59042--59090	19	2.5	20	86	3	64	46	6	12	34	1.66
63233--63282	19	2.5	20	90	3	75	44	6	16	34	1.72
73203--73261	24	2.3	26	88	8	95	6	15	15	62	1.51
77981--78161	45	4.0	45	89	0	272	33	21	6	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78236--78331	40	2.5	40	80	8	92	22	25	23	28	2.00
83568--83608	21	2.0	21	85	0	55	34	9	31	24	1.88
84250--84304	23	2.3	25	84	6	78	60	12	18	9	1.58
84302--84333	5	6.6	5	92	7	57	81	0	18	0	0.70
88942--88995	22	2.4	21	82	17	65	3	12	11	72	1.25
98780--98817	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
98828--99006	64	2.8	65	80	9	188	31	21	15	30	1.95
98980--99025	19	2.4	19	89	10	76	26	26	21	26	2.00
104989--105034	14	3.4	14	84	3	58	36	8	2	52	1.45
105001--105041	14	2.9	14	85	0	55	36	12	2	48	1.54
105073--105129	24	2.4	24	96	0	105	26	14	1	57	1.46
105206--105271	30	2.2	31	84	7	84	27	7	10	54	1.61
105740--106122	21	18.4	20	80	11	287	21	19	21	37	1.94
105740--106092	105	3.4	103	91	4	500	21	19	22	36	1.95
106733--106769	18	2.2	16	90	9	56	5	16	48	29	1.68
106858--106977	19	5.9	19	71	14	96	37	20	19	22	1.94
106865--106996	42	3.2	42	93	2	223	37	23	18	21	1.94
106898--107148	21	11.8	21	70	13	129	32	23	20	23	1.98
107167--107258	21	4.4	21	84	0	103	23	20	22	32	1.98
107163--107258	42	2.3	42	83	0	120	22	20	22	33	1.97
109183--109213	15	2.1	15	93	0	53	19	3	12	64	1.41
109423--110284	81	10.7	81	87	3	1186	35	10	20	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114921--114946	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
117946--117985	20	2.0	20	85	9	55	32	20	15	32	1.93
118779--118829	20	2.5	21	78	12	52	37	9	5	47	1.61
119749--119787	15	2.6	15	91	0	60	41	20	20	17	1.91
123955--124009	24	2.3	24	100	0	110	14	20	25	40	1.90
125498--125566	34	2.0	34	88	8	104	27	30	15	26	1.96
125866--125935	34	2.1	34	100	0	140	35	21	2	40	1.68
130304--130551	125	2.0	123	91	3	399	26	9	9	54	1.64
130450--130500	22	2.3	22	83	10	59	15	15	1	66	1.34
130461--130512	23	2.3	22	83	6	59	17	11	3	67	1.36
137270--137317	24	2.0	25	83	4	62	12	25	12	50	1.75
151171--151219	22	2.2	22	78	7	55	14	14	8	63	1.52
163513--163561	18	2.6	19	83	6	64	48	2	0	48	1.12
163756--163786	15	2.1	15	93	0	53	67	3	0	29	1.06
164931--164964	7	5.0	7	89	7	52	58	0	0	41	0.98
164936--164960	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
164931--164975	20	2.2	20	88	7	65	57	0	0	42	0.98
164929--164975	16	2.9	16	75	15	51	57	0	0	42	0.98
165491--165534	18	2.4	18	84	0	61	43	2	2	52	1.26
165503--165552	18	2.5	19	81	15	57	38	0	4	58	1.17
166676--166739	11	5.9	10	81	17	67	14	3	0	82	0.78
166693--166730	7	5.4	7	100	0	76	13	0	0	86	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166676--166739	21	3.0	22	84	13	80	14	3	0	82	0.78
170322--170359	20	1.9	19	94	5	67	10	13	7	68	1.39
177613--177720	55	1.9	56	84	1	146	53	13	20	12	1.71
178988--179026	20	2.0	19	85	5	51	28	20	25	25	1.99
180866--180917	25	2.1	25	92	0	86	38	5	13	42	1.68
186175--186237	31	2.0	31	93	0	108	41	9	9	39	1.70
196561--196608	20	2.5	19	89	3	69	37	22	6	33	1.80
196561--196610	19	2.5	20	90	3	75	38	22	6	34	1.78
196822--196870	21	2.5	19	76	23	57	51	8	12	28	1.68
199154--199279	47	2.8	45	85	5	164	30	23	7	38	1.82
199387--199505	40	3.0	40	94	0	220	32	26	16	24	1.96
203287--203384	6	18.4	5	72	18	58	5	18	2	74	1.10
203294--203349	27	2.1	26	90	3	85	5	17	1	75	1.09
203301--203343	21	2.0	22	86	8	63	4	18	2	74	1.10
203296--203351	21	2.5	21	78	16	60	5	19	1	73	1.12
203355--203383	15	1.9	15	100	0	58	3	20	0	75	0.94
204472--204502	6	5.2	6	92	0	53	29	35	19	16	1.93
206234--206359	47	2.8	45	86	5	173	29	23	7	39	1.81
206464--206585	40	3.0	40	97	0	226	33	26	16	23	1.96
209746--209812	34	2.0	34	85	5	91	23	26	16	32	1.96
210033--210075	20	2.2	20	100	0	86	9	13	44	32	1.76
210041--210084	20	2.2	20	91	0	70	15	9	40	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210176--210223	20	2.4	20	96	0	87	22	29	22	25	1.99
223140--223326	93	2.0	93	95	4	342	32	24	17	26	1.97
228705--228731	11	2.5	11	100	0	54	0	0	7	92	0.38
234605--234647	14	3.1	14	86	0	59	18	16	13	51	1.77
248664--248697	17	1.9	18	94	5	61	0	8	8	82	0.85
252566--252600	14	2.5	14	95	0	61	20	25	20	34	1.96
259005--259043	21	1.9	21	84	5	53	33	15	17	33	1.92
273101--273142	15	2.6	16	82	17	52	59	0	7	33	1.25
273282--273814	261	2.0	257	95	3	877	42	10	11	34	1.76
274116--274155	4	10.2	4	83	5	55	50	22	2	25	1.62
276383--276430	23	2.1	23	84	0	60	39	4	18	37	1.70
276470--276520	23	2.2	23	85	0	66	39	5	19	35	1.76
276361--276528	87	1.9	87	95	0	300	41	8	14	35	1.77
279023--279975	199	4.8	199	90	1	1448	31	15	14	39	1.87
281423--281471	24	2.1	24	88	3	73	48	14	4	32	1.62
281423--281459	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
281426--281478	24	2.2	24	80	6	63	50	13	7	28	1.68
284012--284057	15	2.9	15	81	15	56	26	4	41	28	1.74
284383--284848	199	2.3	199	91	0	736	29	16	14	40	1.88
284808--284892	44	1.9	44	90	0	134	34	16	11	37	1.85
284609--285091	243	2.0	243	86	2	684	31	15	13	39	1.87
285035--285267	128	1.8	127	86	2	342	29	13	12	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285032--285296	128	2.1	127	83	6	340	31	13	10	43	1.79
285032--285353	128	2.5	126	81	7	339	31	13	9	45	1.77
287905--288114	118	1.8	117	83	5	273	40	20	5	33	1.76
292407--293432	182	5.6	182	91	1	1560	26	16	14	42	1.87
293669--293697	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
294733--294778	23	2.0	24	82	4	58	50	4	2	43	1.34
295604--295644	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
297792--297835	22	2.0	22	90	4	70	34	13	22	29	1.93
298213--298577	49	7.5	49	86	3	427	33	13	21	30	1.93
298213--298577	97	3.8	97	87	3	452	33	13	21	30	1.93

Tables:   1   2