genome.fa.s8044.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008044.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110532_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  979496

Tables:   1   2   3   4   

This is table  3  of  4  ( 380 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
636566--636605	20	2.0	20	95	0	71	25	17	10	47	1.78
637613--637698	41	2.1	41	84	0	109	32	25	16	25	1.96
637822--637855	12	2.8	12	100	0	68	35	17	17	29	1.93
638430--638500	26	2.9	26	85	10	96	36	7	9	46	1.64
640075--640119	18	2.5	18	88	0	72	40	31	4	24	1.75
640367--640777	204	2.0	206	98	1	799	38	20	7	33	1.81
643767--644076	154	2.0	155	99	0	613	33	16	16	33	1.92
651601--651678	23	3.3	23	82	8	95	38	3	6	51	1.46
651612--651692	25	3.3	25	81	5	85	38	3	4	53	1.41
654752--654865	34	3.2	34	82	5	138	25	18	22	33	1.97
663480--663521	12	3.4	13	80	9	52	11	14	2	71	1.24
664728--664820	46	2.0	46	91	0	150	37	29	20	12	1.90
665265--665497	70	3.4	71	89	3	332	24	6	13	54	1.62
668797--668840	3	15.0	3	85	4	63	29	0	4	65	1.12
670791--670842	27	2.0	27	81	11	63	40	7	15	36	1.76
670859--671196	130	2.6	131	83	1	430	34	11	17	37	1.85
681053--681405	44	8.0	44	88	0	481	42	11	21	24	1.86
686721--686769	20	2.5	20	96	0	89	38	12	26	22	1.89
687300--687469	44	3.9	43	84	3	187	43	11	19	25	1.85
687300--687469	88	1.9	88	89	2	261	43	11	19	25	1.85
688387--688956	285	2.0	285	98	1	1108	31	14	21	32	1.93
690586--690652	26	2.6	26	83	4	82	79	0	8	11	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690591--690657	32	2.1	32	84	15	86	79	0	10	10	0.95
691142--691175	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
699811--699874	23	2.8	23	92	0	101	29	17	17	35	1.92
700234--700278	21	2.1	22	83	4	56	26	6	4	62	1.39
702544--702596	20	2.7	20	91	5	81	28	24	18	28	1.98
704039--704353	131	2.4	130	83	4	384	30	10	18	40	1.84
712475--712762	144	2.0	144	100	0	576	33	15	13	37	1.87
712955--713181	111	2.0	111	87	1	321	38	17	15	29	1.90
715703--715735	16	1.9	18	88	11	52	33	9	0	57	1.30
720979--721023	22	2.1	22	87	4	65	35	13	2	48	1.54
721514--721549	18	1.9	19	94	5	65	16	0	2	80	0.83
725043--725156	57	2.0	57	100	0	228	38	8	21	31	1.84
734869--734975	45	2.3	46	84	6	137	30	21	16	30	1.96
745147--745284	3	47.3	3	86	11	198	63	1	0	34	1.08
745433--745550	58	2.0	58	100	0	236	28	24	11	34	1.91
746721--746748	11	2.5	11	100	0	56	46	7	21	25	1.76
747741--747796	23	2.4	23	100	0	112	28	12	21	37	1.90
748832--748951	60	2.0	60	95	3	215	35	22	16	25	1.95
754956--755006	19	2.6	20	93	3	86	31	11	7	49	1.68
755673--755697	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
756924--756981	24	2.4	24	75	11	64	29	17	18	34	1.94
757918--758018	47	2.2	46	82	7	116	32	19	5	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758024--758066	20	2.2	20	86	0	59	58	18	4	18	1.56
758135--758256	59	2.1	59	85	3	165	30	25	16	27	1.97
765001--765095	47	2.1	46	86	4	129	34	22	4	38	1.73
769119--769170	20	2.7	20	91	8	81	34	11	7	46	1.69
777465--777517	21	2.5	21	77	20	56	41	3	26	28	1.73
780036--780118	13	6.3	12	75	15	60	75	3	16	3	1.08
780807--780871	6	10.3	6	78	15	60	83	0	15	1	0.73
780804--780865	9	6.9	9	83	7	81	82	0	17	0	0.67
780808--780873	26	2.5	27	83	11	93	81	0	16	1	0.76
780804--780872	15	4.6	14	78	10	66	82	0	15	1	0.74
821370--821423	23	2.5	22	85	11	69	44	0	11	44	1.39
822706--822804	46	2.2	46	88	0	144	23	20	18	38	1.93
834726--835437	46	15.4	46	80	7	654	21	19	16	42	1.89
834725--835437	92	7.7	92	80	7	744	21	19	16	42	1.89
834725--835416	195	3.7	184	79	9	676	22	19	16	41	1.90
835696--835999	151	2.0	149	94	5	540	38	17	5	38	1.74
839756--839809	28	1.9	28	96	0	99	22	18	33	25	1.97
840869--841623	46	16.7	46	81	5	752	22	20	15	42	1.88
842993--843049	19	2.8	19	81	7	60	35	15	19	29	1.93
842994--843049	22	2.8	20	83	10	69	33	16	19	30	1.94
843404--843610	55	3.8	55	84	3	267	35	12	20	32	1.89
843404--843609	108	1.9	110	86	7	294	35	12	19	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843850--843943	47	2.0	46	89	2	143	40	6	22	30	1.79
843896--844590	81	8.6	81	85	3	862	35	11	25	28	1.90
848453--848947	81	6.1	81	87	1	645	34	11	22	30	1.90
848453--848922	162	2.9	162	92	0	735	34	11	22	31	1.90
848988--849315	90	3.6	90	81	7	326	41	10	21	26	1.85
848991--849320	45	7.3	45	84	4	292	40	10	21	26	1.86
853420--853965	81	6.8	81	86	0	716	34	11	23	30	1.90
854076--854147	22	3.2	22	67	18	58	50	6	22	20	1.72
854028--854236	45	4.6	45	87	1	231	44	9	21	25	1.82
854028--854441	90	4.6	89	82	7	255	40	10	21	27	1.86
854085--854441	135	2.6	135	83	4	346	38	10	21	28	1.87
854127--854441	45	7.0	45	86	4	395	37	11	22	28	1.89
856258--856295	16	2.3	17	86	13	53	65	2	2	28	1.19
858293--858759	118	4.0	116	78	7	448	40	14	17	26	1.89
858899--858923	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
860216--860682	118	4.0	116	76	8	412	40	15	17	25	1.89
862135--862601	118	4.0	116	78	7	457	40	14	18	26	1.90
866232--867191	81	11.9	81	85	1	1156	28	24	11	35	1.91
867390--867596	55	3.8	55	82	5	258	34	17	12	35	1.87
867391--867596	108	1.9	109	86	3	299	34	16	12	35	1.87
869817--869895	12	6.5	11	72	18	59	1	17	1	79	0.86
869818--869878	18	3.3	17	76	14	59	1	16	1	80	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869818--869878	6	9.8	6	74	12	52	1	16	1	80	0.88
869828--869866	21	1.9	20	89	5	60	2	17	0	79	0.84
869832--869895	27	2.4	27	87	12	96	1	20	0	78	0.84
873075--873121	24	2.0	24	95	0	85	36	12	17	34	1.87
874470--874536	29	2.3	29	87	5	91	31	17	10	40	1.84
877368--878221	81	10.5	81	87	1	1154	27	25	12	34	1.92
878441--878654	55	3.9	54	85	6	268	32	19	13	35	1.90
880425--881091	46	14.9	45	76	9	559	43	15	19	21	1.87
880595--880673	38	2.1	38	87	0	113	43	18	16	21	1.88
880553--880714	84	1.9	84	85	0	225	43	16	17	22	1.87
880670--880829	81	2.0	82	83	3	207	45	16	18	20	1.85
880500--881012	127	3.9	128	76	10	443	43	15	20	20	1.87
882833--882862	13	2.4	13	94	5	53	76	0	0	23	0.78
889221--889365	72	2.0	72	90	4	229	38	9	11	40	1.73
894596--894631	18	1.9	19	88	5	56	33	27	16	22	1.95
894858--894962	19	5.2	19	80	13	102	32	24	5	37	1.79
904876--904901	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
905723--905778	20	2.8	20	83	0	67	50	10	16	23	1.76
905743--905785	20	2.3	19	88	8	61	48	6	23	20	1.73
908907--908936	13	2.2	14	94	5	53	40	0	13	46	1.43
909590--909630	18	2.3	18	91	0	64	7	29	17	46	1.74
911200--911246	21	2.3	20	85	7	67	17	34	27	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911205--911263	21	2.8	21	84	5	66	20	25	32	22	1.98
920338--920399	18	3.4	18	100	0	124	22	22	16	38	1.92
922129--922261	55	2.5	55	88	2	207	39	16	15	29	1.89
923884--923933	21	2.5	20	80	9	57	34	26	10	30	1.89
928316--928380	31	2.1	31	88	5	96	21	29	13	35	1.92
928893--929012	59	2.0	59	96	0	222	35	29	8	26	1.86
930377--930444	31	2.2	31	86	0	100	33	13	29	23	1.93
939334--940255	200	4.7	197	80	8	894	39	13	13	33	1.84
939269--940255	199	5.1	197	79	8	950	39	13	13	33	1.84
939316--940231	198	4.7	197	80	8	943	40	13	13	32	1.84

Tables:   1   2   3   4