genome.fa.s8048.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008048.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110540_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  541079

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23--63	20	2.0	20	85	4	55	48	7	12	31	1.68
3574--3673	28	3.5	28	74	8	94	40	11	9	40	1.72
8070--8119	16	3.3	16	83	10	70	60	18	10	12	1.59
9191--9232	14	3.0	14	89	0	66	54	21	14	9	1.68
10784--10861	32	2.4	32	97	0	147	37	5	25	32	1.78
19178--20234	527	2.0	528	97	0	2017	25	17	23	33	1.96
27905--28782	98	9.0	98	90	1	1345	45	14	21	18	1.85
35070--35107	12	3.2	12	92	0	58	31	26	18	23	1.97
38378--38466	35	2.8	30	78	15	90	41	10	16	31	1.82
38381--38449	35	2.0	35	97	0	129	39	8	18	33	1.82
42173--42228	28	1.9	30	89	7	89	23	26	1	48	1.61
45162--45300	60	2.3	60	82	2	154	34	15	15	33	1.90
47984--48028	22	2.1	22	84	12	58	46	2	0	51	1.13
48489--48821	183	1.8	184	96	1	625	46	10	3	39	1.56
48802--48854	20	2.8	19	76	17	58	37	1	0	60	1.08
48810--48852	21	2.1	21	86	4	61	39	2	0	58	1.11
48489--48865	183	2.1	183	91	5	620	46	9	3	40	1.53
49784--49943	62	2.5	65	77	11	150	51	6	1	40	1.38
50566--50616	15	3.3	15	75	21	52	35	17	1	45	1.60
50898--50942	21	2.1	21	87	0	63	53	4	8	33	1.52
51958--51991	5	6.8	5	93	0	59	76	0	2	20	0.92
55315--55372	28	2.0	29	83	3	73	34	12	8	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56344--56405	27	2.3	27	91	2	97	35	29	11	24	1.90
58625--58662	15	2.5	15	86	0	58	5	13	68	13	1.37
58840--58867	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
63639--63694	21	2.7	21	71	0	58	39	10	17	32	1.84
69351--69402	14	3.9	14	87	7	81	5	28	0	65	1.16
72487--72826	163	2.1	163	90	0	545	45	13	14	26	1.82
72652--73066	183	2.3	183	88	1	634	43	14	14	26	1.84
75230--75273	21	2.1	21	86	0	61	38	15	13	31	1.87
75243--75288	21	2.2	20	85	11	58	36	10	15	36	1.82
77685--77712	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
77887--77942	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
78677--78719	16	2.7	16	96	0	77	58	20	13	6	1.59
79444--79519	24	3.2	24	84	0	98	56	21	9	13	1.64
82879--83012	60	2.2	60	81	2	144	32	14	17	35	1.90
83320--83554	103	2.3	102	83	2	274	26	25	12	34	1.92
84675--84992	105	3.0	104	84	2	404	29	24	13	32	1.93
90101--90174	17	4.5	17	83	9	73	14	22	31	31	1.94
90475--90502	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92839--92877	21	1.9	21	89	5	62	51	28	12	7	1.67
95345--95370	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
98167--98205	21	1.9	20	89	5	60	41	0	10	48	1.37
98598--98657	30	2.0	30	93	0	102	33	10	13	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101019--101057	20	2.0	20	100	0	78	51	20	10	17	1.74
102980--103079	30	3.4	28	77	9	94	45	9	7	39	1.63
107255--107283	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
108252--108674	222	1.9	227	84	8	572	30	12	15	41	1.84
109258--109324	27	2.5	27	82	0	71	28	14	10	46	1.78
109871--109907	17	2.2	17	90	0	56	24	24	27	24	2.00
111879--111951	35	2.1	35	97	0	137	35	16	16	31	1.91
121038--121716	341	2.0	338	96	3	1258	31	23	20	24	1.98
124622--124722	50	2.0	50	84	3	132	50	25	12	10	1.73
125025--125064	21	1.9	21	85	10	55	35	7	32	25	1.84
130785--130820	17	2.2	17	95	5	65	52	0	0	47	1.00
132361--132458	10	9.1	10	74	12	79	13	11	17	58	1.63
132398--132457	20	3.0	20	95	0	102	11	15	18	55	1.70
132494--132526	16	2.1	16	94	0	57	6	15	24	54	1.63
137532--137659	68	1.9	68	86	3	186	33	14	17	33	1.91
138250--138279	4	7.5	4	92	0	51	26	23	26	23	2.00
140105--140131	7	3.9	7	100	0	54	40	29	29	0	1.57
143635--143681	20	2.4	19	82	10	58	44	0	2	53	1.12
146068--146611	199	2.7	199	89	2	815	37	20	20	20	1.95
146071--146611	67	8.1	67	87	2	748	37	20	20	20	1.94
146073--146628	266	2.1	267	88	2	803	37	20	20	21	1.95
150688--150723	17	2.2	17	95	5	65	0	13	11	75	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151141--151253	3	37.0	3	82	7	138	60	0	0	38	1.03
151139--151253	48	2.3	51	86	7	164	60	0	0	39	1.03
151378--152551	76	15.5	76	96	0	2161	36	19	21	22	1.95
155991--156255	83	3.2	83	94	2	444	36	21	13	28	1.91
158228--158261	13	2.6	14	86	13	54	0	11	0	88	0.52
163629--163747	53	2.2	53	80	5	123	61	5	5	27	1.40
164295--164323	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
164585--164620	17	2.2	17	95	5	65	0	13	11	75	1.06
165038--165164	3	41.7	3	84	6	166	61	0	0	37	1.02
169669--169765	2	48.5	2	100	0	194	49	0	0	50	1.00
172106--172137	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
174574--174618	23	1.9	23	86	4	63	31	37	22	8	1.85
176159--176214	23	2.4	23	90	0	85	17	26	26	28	1.98
179262--179350	18	4.9	18	87	0	124	22	17	32	26	1.97
180600--180628	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
182445--182487	18	2.5	17	77	7	50	72	4	4	18	1.20
182693--182803	29	3.8	28	72	16	82	62	3	4	29	1.32
185475--185509	18	1.9	18	94	0	61	17	22	31	28	1.96
187464--187536	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
189011--189078	31	2.2	31	86	0	91	35	16	16	32	1.91
189691--190067	199	1.9	199	99	0	745	36	11	11	40	1.76
190069--190113	7	6.6	7	78	21	51	44	24	0	31	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190065--190101	19	1.9	19	100	0	74	48	21	0	29	1.50
190534--190580	22	2.2	22	88	7	71	42	4	6	46	1.48
190533--190580	20	2.2	23	82	14	66	41	4	6	47	1.48
190740--190771	3	10.7	3	93	0	55	65	0	31	3	1.08
191597--191673	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
195815--195852	17	2.4	16	86	8	51	73	0	2	23	0.95
196560--196650	19	4.4	20	76	17	105	30	28	5	35	1.80
196571--196652	44	1.9	41	87	7	119	32	29	6	31	1.82
202116--202277	84	2.0	83	95	4	292	25	25	22	26	2.00
205456--205492	16	2.4	16	90	4	58	45	8	16	29	1.76
207351--207414	21	3.1	21	88	2	94	39	1	1	57	1.17
212773--212828	8	7.9	7	88	11	55	48	0	0	51	1.00
212778--212823	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
213623--213662	21	1.9	21	85	10	55	60	5	10	25	1.49
214842--214914	36	2.0	36	84	10	96	49	4	0	46	1.21
214837--214916	37	2.2	37	80	15	94	51	3	0	45	1.19
220982--221017	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
225340--225420	36	2.3	36	79	10	87	51	9	8	29	1.65
226258--226309	23	2.3	23	93	0	86	32	26	19	21	1.97
233599--233661	33	1.9	33	90	0	99	22	34	22	20	1.96
239759--239859	31	3.3	31	72	14	93	30	15	13	39	1.87
241584--241610	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241618--241664	24	2.0	24	83	8	60	23	4	6	65	1.33
250650--250698	21	2.3	22	96	3	91	32	4	4	59	1.35
251355--251400	7	6.6	7	89	0	74	45	36	0	17	1.49
253845--253909	31	2.0	32	94	5	114	27	3	6	63	1.33
259660--259708	24	2.0	24	84	0	62	30	2	0	67	1.02
261745--261788	21	2.1	21	86	0	61	34	15	40	9	1.79
262599--262626	12	2.3	12	100	0	56	35	7	42	14	1.73
268622--268664	18	2.4	18	76	3	52	51	6	13	27	1.67
268934--268982	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
268954--269098	65	2.2	64	87	6	204	26	20	24	28	1.99

Tables:   1   2   3