genome.fa.s8051.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008051.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110546_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  579609

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914--1264	83	4.3	83	95	1	636	37	23	12	27	1.90
914--1264	163	2.1	166	95	1	636	37	23	12	27	1.90
2032--2068	16	2.3	16	90	9	58	54	5	10	29	1.57
2387--2431	9	5.0	9	84	10	65	0	13	0	86	0.57
2389--2432	11	3.8	11	82	8	52	0	11	0	88	0.51
13075--13145	24	3.0	23	78	14	74	63	1	1	33	1.12
14996--15038	16	2.7	16	96	0	77	20	18	53	6	1.67
15124--15150	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
15152--15232	6	13.5	6	86	0	99	58	0	0	41	0.98
15152--15232	9	9.0	9	86	0	99	58	0	0	41	0.98
15152--15232	24	3.4	24	92	0	135	58	0	0	41	0.98
15151--15243	18	5.4	17	76	14	84	58	0	0	41	0.98
15143--15242	24	4.3	24	83	11	120	57	0	0	43	0.99
15152--15232	15	5.4	15	86	0	108	58	0	0	41	0.98
25057--25245	95	2.0	95	100	0	378	31	12	19	37	1.88
31942--31970	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
41816--41848	17	1.9	17	100	0	66	24	15	30	30	1.95
53401--53483	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
56873--56928	24	2.3	24	81	3	58	14	48	12	25	1.78
58162--58244	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
62673--62735	20	3.2	20	91	4	94	26	20	4	47	1.70
74407--74458	26	2.0	26	88	7	79	34	0	1	63	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75088--75146	31	1.9	31	96	0	109	44	8	27	20	1.80
76825--76859	16	2.2	17	90	10	56	14	0	8	77	0.99
77751--77787	12	3.0	12	92	4	56	29	0	32	37	1.58
83528--83571	21	2.1	21	86	0	61	13	68	0	18	1.22
83675--83720	18	2.6	18	78	0	56	10	60	0	28	1.30
89408--89496	45	1.9	47	88	4	137	30	11	21	37	1.88
99151--99280	16	8.1	16	69	26	64	73	0	20	6	1.10
99165--99250	19	4.8	19	71	16	76	70	1	22	5	1.15
99151--99280	25	5.0	25	67	27	69	73	0	20	6	1.10
99146--99278	18	7.6	18	71	16	59	72	0	20	6	1.12
100601--100904	51	5.9	51	92	3	482	29	14	28	27	1.95
100609--101072	106	4.4	105	86	5	519	28	16	26	28	1.97
100596--101072	51	9.0	51	86	5	474	28	16	27	28	1.97
100662--101065	55	7.6	54	86	7	315	28	16	26	28	1.97
103568--103669	23	4.4	23	77	7	91	54	12	8	23	1.65
108069--108108	8	4.9	8	96	3	71	37	0	0	62	0.95
112220--112249	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
114133--114574	37	12.4	35	72	16	128	44	7	3	44	1.49
114255--114342	39	2.2	40	88	6	126	40	5	4	48	1.47
114245--114581	74	4.7	73	79	11	331	43	7	4	45	1.51
114245--114590	37	9.6	36	76	14	249	43	7	4	45	1.52
114585--114611	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115239--116025	84	9.4	83	82	5	901	24	20	25	29	1.99
115239--116025	249	3.1	249	86	3	1073	24	20	25	29	1.99
115218--116025	333	2.4	329	84	4	1004	24	20	25	29	1.99
119417--119462	19	2.4	19	100	0	92	67	10	10	10	1.43
120227--120257	16	1.9	16	100	0	62	29	38	6	25	1.81
122779--122874	34	2.6	36	87	9	133	46	8	1	43	1.40
122792--123162	35	10.6	34	74	17	226	43	6	3	45	1.48
122793--123082	104	2.8	97	76	16	257	44	5	3	46	1.44
122902--122989	39	2.2	40	88	6	126	40	5	4	48	1.47
122793--123242	37	12.6	35	72	16	261	43	6	4	45	1.49
123289--123340	2	28.0	2	85	14	76	50	0	0	50	1.00
135490--135544	26	2.1	27	93	3	94	34	21	14	29	1.93
143801--143867	17	3.9	16	77	14	55	19	10	0	70	1.16
144368--144393	8	3.2	8	100	0	52	38	0	11	50	1.39
153722--153750	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
159085--159138	21	2.6	21	69	0	54	35	7	11	46	1.67
163663--163711	23	2.0	25	84	7	66	40	8	4	46	1.52
164090--164135	24	1.9	24	86	0	65	8	0	10	80	0.91
164121--164185	19	3.0	20	74	20	60	13	4	0	81	0.84
165499--165526	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
171816--171871	21	2.6	21	83	8	60	35	1	5	57	1.32
171887--171938	16	3.2	17	72	22	58	42	0	19	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174585--174620	15	2.3	16	90	4	56	75	19	0	5	1.00
184945--184978	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
186644--186670	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
199159--199228	36	2.0	35	91	5	115	20	15	17	47	1.83
212509--212541	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
220269--220339	22	3.2	22	78	4	72	28	23	19	28	1.99
220268--220331	21	3.0	21	79	4	74	26	23	21	28	1.99
228838--228880	21	2.0	21	81	0	50	32	27	23	16	1.96
229288--229373	30	2.8	29	82	7	91	38	2	25	33	1.69
229549--229610	25	2.5	24	84	7	72	25	27	20	25	1.99
229550--229631	26	3.3	25	79	6	69	25	28	20	25	1.99
235666--235708	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
236381--236460	26	3.2	24	82	10	81	23	27	23	25	2.00
238321--238348	5	5.6	5	100	0	56	60	39	0	0	0.97
240571--240638	28	2.4	27	92	4	109	47	4	1	47	1.31
246293--246334	17	2.4	18	84	4	50	54	4	0	40	1.21
246906--246944	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
252886--252936	21	2.7	18	70	18	50	49	0	0	50	1.00
256356--256497	43	3.3	43	82	4	162	28	22	23	26	1.99
256692--256751	21	2.8	22	82	5	77	55	20	5	20	1.62
260211--260415	82	2.5	82	82	3	243	35	15	20	29	1.93
260228--260573	42	8.4	41	77	6	270	32	17	19	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260216--260518	83	3.7	84	78	5	273	33	16	19	30	1.94
261462--261516	20	2.8	20	80	5	67	36	30	14	18	1.91
261462--261581	21	5.8	21	66	6	57	35	24	16	24	1.95
262134--262224	20	4.6	19	78	9	85	50	18	16	14	1.78
262189--262241	19	2.8	19	91	0	79	49	22	16	11	1.78
262132--262225	40	2.3	41	78	7	113	48	18	17	15	1.81
262237--262336	40	2.5	39	82	6	121	15	22	17	46	1.84
262237--262336	19	5.1	19	82	7	119	15	22	17	46	1.84
264169--264248	42	1.9	42	86	0	115	22	38	16	22	1.92
265367--265740	186	2.0	186	98	0	730	27	12	22	37	1.90
265824--265859	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
265966--266043	19	4.4	19	76	18	87	46	20	20	12	1.83
265998--266060	19	3.3	19	88	4	83	44	22	17	15	1.86
266056--266121	19	3.7	19	67	19	61	10	24	19	45	1.82
266060--266134	33	2.3	33	95	0	132	10	25	20	44	1.83
266073--266154	33	2.5	33	85	2	101	13	24	20	41	1.88
266127--266200	20	3.7	20	69	16	62	24	17	25	32	1.97
268688--268734	24	2.0	24	91	0	76	34	17	19	29	1.94
268694--268743	24	2.1	24	84	0	64	38	20	18	24	1.93
269589--269627	20	2.0	20	90	10	62	35	23	17	23	1.95
269641--269751	20	5.6	20	97	0	204	18	20	25	35	1.96
269748--269793	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270186--270220	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
271738--272074	137	2.5	137	88	6	476	44	11	10	33	1.74
284998--285403	203	2.0	201	97	2	769	40	25	13	21	1.89
299207--299514	102	3.0	103	93	0	528	14	15	19	49	1.79
300368--300432	24	2.8	24	86	4	89	21	0	24	53	1.46
300516--300547	15	2.0	17	88	11	50	31	15	6	46	1.71
300628--300681	28	2.0	27	85	10	74	79	3	11	5	1.02
300644--300686	22	2.0	22	90	9	70	83	4	6	4	0.89
300637--300693	28	2.0	29	80	13	64	80	7	8	3	1.00
300649--300718	22	3.0	22	74	11	68	80	8	2	8	1.01

Tables:   1   2   3