genome.fa.s8052.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008052.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110547_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  532719

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 278 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4910--4939	14	2.1	14	100	0	60	23	13	26	36	1.92
13477--13538	27	2.3	27	85	0	79	3	35	0	61	1.12
16871--16916	21	2.2	21	84	0	56	13	15	34	36	1.86
30487--30521	18	1.9	18	100	0	70	37	11	0	51	1.38
30487--30534	18	2.7	18	87	6	53	37	10	0	52	1.36
30610--30648	20	2.0	20	94	0	69	48	5	2	43	1.38
30714--30749	19	1.9	18	88	5	54	41	0	16	41	1.48
33050--33136	28	3.0	29	68	17	81	48	4	3	43	1.40
36787--36835	20	2.5	20	82	0	62	14	22	55	8	1.65
44917--44955	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
45058--45082	9	2.8	9	100	0	50	24	8	20	48	1.76
53049--53296	123	2.0	123	94	0	433	30	23	18	27	1.98
57542--57616	21	3.7	20	81	3	78	28	25	17	29	1.97
57604--57872	20	13.4	20	88	1	297	37	25	17	19	1.94
58564--58610	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
61038--61270	72	3.3	72	81	9	286	47	17	21	13	1.82
61024--61293	53	5.1	52	88	8	397	46	17	22	13	1.83
61005--61298	72	4.2	68	77	13	258	45	18	22	14	1.84
61024--61293	105	2.6	105	90	7	408	46	17	22	13	1.83
61276--61385	53	2.1	52	84	1	139	18	22	18	40	1.91
61308--61396	19	4.9	19	77	14	98	14	22	14	48	1.80
61486--61522	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63441--63612	33	4.8	35	81	7	147	45	25	19	9	1.80
63534--63590	14	3.7	14	72	20	51	43	28	21	7	1.78
63441--63576	51	2.5	55	88	8	190	45	27	18	8	1.79
63476--63607	33	3.9	33	83	7	149	46	25	19	7	1.76
63476--63607	70	1.9	66	86	8	185	46	25	19	7	1.76
63441--63612	19	9.6	19	76	12	141	45	25	19	9	1.80
63608--63684	19	4.4	19	76	17	76	7	16	28	46	1.75
63642--63698	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
63623--63716	33	2.8	33	88	1	125	9	18	26	45	1.79
63813--64214	185	2.2	183	98	1	768	45	19	13	21	1.84
63813--64218	93	4.4	93	98	1	782	45	19	13	21	1.85
65917--65980	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
65915--65979	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
66016--66091	21	3.6	21	78	7	91	14	19	18	47	1.83
66171--66241	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
66621--66734	20	5.7	20	93	0	201	21	20	28	29	1.98
66766--66813	20	2.3	20	85	3	69	35	14	22	27	1.93
71589--71634	22	2.1	22	100	0	92	17	13	50	19	1.78
71818--71864	4	11.8	4	82	17	62	23	2	0	74	0.93
75890--77520	106	15.5	106	93	1	2444	33	24	18	23	1.97
77763--77821	3	19.3	3	79	10	66	33	0	1	64	1.04
78560--78605	22	2.1	22	100	0	92	17	13	50	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78793--78835	4	10.8	4	81	18	54	23	2	0	74	0.93
78869--78931	19	3.2	20	76	17	69	22	6	0	71	1.08
81965--82014	25	2.0	25	88	0	73	60	2	2	36	1.20
82002--82252	30	8.5	30	72	13	146	50	1	9	38	1.46
83883--83949	15	4.5	15	92	0	98	11	17	64	5	1.46
87046--87081	18	2.0	18	88	0	54	55	8	2	33	1.44
89982--90446	113	4.1	112	91	1	734	25	15	13	44	1.83
89982--90447	224	2.1	224	91	1	754	25	15	13	44	1.83
93813--93837	12	2.1	12	100	0	50	16	24	24	36	1.94
99583--99624	21	2.0	22	90	4	68	57	14	16	11	1.66
99553--100755	182	6.6	181	86	4	1629	44	14	15	25	1.84
99553--100755	363	3.3	363	93	1	2020	44	14	15	25	1.84
101142--101209	19	3.6	19	91	0	100	45	0	17	36	1.49
101284--101802	261	2.0	261	97	0	984	37	6	20	35	1.78
103422--103460	18	2.2	18	95	0	69	53	0	41	5	1.23
104927--104977	19	2.7	19	93	0	84	31	1	9	56	1.43
105348--106623	199	6.4	199	93	1	2130	41	15	15	27	1.87
108183--108216	6	5.7	6	89	0	50	44	5	32	17	1.73
109658--110635	199	4.9	199	91	1	1451	41	15	14	28	1.86
114336--115014	182	3.7	182	91	1	1069	43	13	16	26	1.85
121477--121552	15	5.6	13	74	25	61	28	2	1	67	1.12
121490--121559	29	2.5	26	80	11	77	27	2	1	68	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121857--121895	15	2.7	15	85	14	55	58	0	2	38	1.12
122783--122842	27	2.3	27	85	8	79	58	6	3	31	1.40
126673--126726	21	2.6	21	84	0	72	16	25	20	37	1.93
129237--129357	30	4.0	30	97	0	233	27	9	19	43	1.82
129948--130088	43	3.2	43	62	15	106	51	12	9	26	1.70
129927--130109	90	2.0	90	100	0	366	48	13	11	26	1.76
130221--130300	32	2.6	31	86	11	112	62	5	6	26	1.40
146624--146658	3	11.3	3	93	6	61	31	0	0	68	0.90
147042--147174	65	2.0	66	91	1	214	37	12	1	48	1.51
148856--148883	10	2.8	10	100	0	56	60	0	17	21	1.36
158439--158476	18	2.1	19	85	14	53	63	0	5	31	1.17
161885--161909	11	2.3	11	100	0	50	52	32	0	16	1.44
162089--162166	28	2.8	28	88	3	104	38	14	24	23	1.91
165801--165830	12	2.5	12	100	0	60	53	0	36	10	1.35
165982--166879	138	6.5	139	84	2	1082	23	19	24	32	1.97
165982--166879	274	3.3	271	85	4	1138	23	19	24	32	1.97
165982--166879	412	2.2	413	83	4	1139	23	19	24	32	1.97
166881--166927	20	2.4	21	82	13	64	31	0	23	44	1.54
166885--166933	19	2.6	20	84	9	59	32	0	24	42	1.55
167944--168040	42	2.3	43	80	5	117	24	17	34	23	1.96
169785--169818	13	2.5	13	85	4	50	55	0	0	44	0.99
169764--169842	36	2.2	36	82	8	90	56	2	0	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172455--172584	3	43.3	3	98	0	251	65	0	0	33	0.98
173428--173464	15	2.5	15	100	0	74	32	5	0	62	1.18
174222--174295	2	37.5	2	95	2	132	51	0	1	47	1.09
174992--175060	31	2.2	31	97	0	129	24	20	26	28	1.99
175187--175225	18	2.2	17	90	4	60	48	2	2	46	1.29
178713--178749	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
178905--178949	21	2.2	21	84	7	58	26	17	17	37	1.93
179361--179397	19	1.9	19	100	0	74	27	29	5	37	1.79
185694--185723	15	2.0	15	100	0	60	53	26	0	20	1.46
188950--189094	47	3.0	46	66	21	118	23	7	22	46	1.77
188950--189143	96	2.0	96	89	2	300	24	7	20	47	1.75
202396--202455	31	1.9	32	86	3	86	36	3	8	51	1.49
203073--203097	7	3.6	7	100	0	50	72	0	12	16	1.13
206714--206866	56	2.7	55	83	5	200	27	16	13	42	1.86
208422--208481	19	3.1	19	75	11	59	26	0	8	65	1.21
214307--214369	33	1.9	33	90	0	99	30	12	31	25	1.93
217490--217568	38	2.1	38	83	4	97	40	11	11	36	1.77
219688--219732	22	2.0	22	86	8	63	57	0	0	42	0.98
221153--221203	3	17.0	3	92	8	86	66	0	0	33	0.92
221390--221658	123	2.2	122	86	4	371	25	19	14	40	1.90
221686--222237	113	4.9	113	91	1	842	28	19	13	38	1.90
222645--222699	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227601--227663	22	2.8	22	76	11	65	0	9	6	84	0.79
230878--230931	14	3.8	14	85	2	63	53	7	14	24	1.66
233021--233065	22	2.0	22	86	8	63	57	0	0	42	0.98
234493--234539	3	15.0	3	91	8	76	63	0	2	34	1.06
234498--234561	26	2.5	26	85	7	78	67	3	1	28	1.15
239267--239616	174	2.0	175	99	0	693	26	11	19	42	1.85
243704--243728	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
257340--257472	60	2.2	59	82	4	158	29	25	6	39	1.80
258431--258498	12	5.7	12	80	13	86	42	7	22	27	1.80
258431--258501	24	3.0	24	100	0	142	40	8	21	29	1.82

Tables:   1   2   3