genome.fa.s8064.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008064.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110561_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  399611

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272--407	69	2.0	68	85	7	186	19	31	22	26	1.98
4535--4559	11	2.3	11	100	0	50	0	52	8	40	1.31
6318--6383	22	3.0	22	97	2	125	27	25	27	19	1.99
6670--6748	29	2.9	28	85	9	101	37	12	10	39	1.77
7037--7183	67	2.3	64	87	7	199	19	27	27	25	1.98
8839--8914	6	12.7	6	81	0	71	38	7	32	21	1.82
8856--8925	3	23.0	3	76	2	68	35	5	34	24	1.79
8839--8914	36	2.1	36	95	0	134	38	7	32	21	1.82
8839--8914	12	6.3	12	85	0	98	38	7	32	21	1.82
10090--10122	16	2.1	16	94	0	57	45	6	21	27	1.75
10477--10541	20	3.3	20	70	10	53	33	4	21	40	1.74
10902--11560	181	3.7	181	93	5	1105	33	15	17	33	1.92
13961--14025	25	2.6	25	95	0	112	38	10	13	36	1.80
14369--14440	23	3.2	22	88	2	99	34	4	20	40	1.72
14797--14869	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
15228--15300	23	3.2	23	92	0	110	34	4	23	38	1.74
14165--15465	430	3.0	431	96	0	2396	40	7	12	40	1.71
16222--16251	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19218--19527	43	7.3	43	74	8	206	24	16	6	52	1.67
19288--19508	85	2.6	85	80	5	214	24	17	6	51	1.68
19375--19547	43	4.0	43	76	11	117	24	16	6	53	1.66
20444--20696	31	8.2	31	94	0	443	33	15	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20469--20552	15	5.5	15	64	25	50	30	15	14	39	1.87
21206--21430	64	3.5	64	81	3	204	27	19	21	32	1.97
21460--21536	21	3.7	21	94	0	136	23	19	31	25	1.98
24319--24387	35	1.9	35	85	5	93	47	1	2	47	1.25
25171--25257	20	4.3	20	97	0	156	25	21	4	48	1.69
27591--27637	17	2.7	17	90	3	67	25	23	10	40	1.87
27835--27963	65	2.0	66	90	1	206	21	13	28	36	1.91
27802--27998	65	2.9	64	74	17	161	23	15	25	35	1.94
28540--28583	21	2.1	21	100	0	88	34	34	13	18	1.90
38577--38615	20	1.9	20	84	5	51	64	23	10	2	1.37
41619--41749	60	2.2	60	80	2	138	18	29	15	36	1.91
41661--41749	30	3.0	30	80	6	108	19	29	16	34	1.94
49649--49722	35	2.1	35	100	0	148	44	8	10	36	1.69
52869--52917	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
52738--52923	65	2.9	64	84	7	234	29	23	20	26	1.99
60217--60260	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
60253--60280	3	9.3	3	100	0	56	0	67	0	32	0.91
61367--61524	65	2.5	63	84	8	194	29	24	18	27	1.98
62636--62666	15	2.1	15	100	0	62	32	16	12	38	1.86
65782--65843	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
66597--66640	20	2.3	18	81	11	52	27	22	2	47	1.63
68694--68839	60	2.4	60	74	6	143	31	19	4	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68960--69052	46	2.0	46	83	4	116	38	6	23	31	1.80
70770--70810	10	3.8	10	82	17	55	60	21	9	7	1.52
70753--70810	23	2.5	23	88	8	82	62	22	8	6	1.48
70760--70818	13	4.7	13	74	21	54	61	25	8	5	1.46
70753--70818	23	2.8	23	84	6	80	62	24	7	6	1.45
71072--71107	14	2.6	14	95	0	63	58	16	11	13	1.63
72424--72504	36	2.3	35	89	4	126	33	12	38	16	1.85
72579--72674	2	51.0	2	70	12	60	52	0	0	47	1.00
72592--72674	38	2.2	38	83	12	100	53	0	0	46	1.00
77771--77825	16	3.3	16	75	22	51	72	0	7	20	1.07
77906--78002	26	3.7	25	70	27	69	64	2	4	28	1.23
78076--78112	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
78691--78775	37	2.3	37	85	0	107	30	11	14	43	1.81
79537--80594	106	10.0	106	89	2	1504	23	17	24	34	1.96
82049--82094	20	2.3	20	92	7	76	0	10	6	82	0.83
85485--85522	19	2.0	20	89	5	60	68	0	23	7	1.16
86685--86733	18	2.7	18	79	17	57	73	0	6	20	1.04
86844--86899	20	2.8	20	81	13	69	66	0	1	32	1.03
87002--87036	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
90145--90174	15	2.0	15	100	0	60	33	20	33	13	1.91
93159--93205	19	2.4	19	85	3	58	44	0	17	38	1.48
93896--94036	71	2.0	71	91	0	228	40	3	8	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93988--94026	21	1.9	20	89	5	60	35	0	7	56	1.28
94249--94308	28	2.1	28	87	0	84	33	6	5	55	1.48
96135--96165	16	1.9	16	93	0	53	61	19	19	0	1.35
101820--101848	6	4.8	6	100	0	58	17	13	0	68	1.20
102351--102419	20	3.3	20	69	16	59	47	0	1	50	1.09
102392--102462	34	2.1	34	84	10	92	50	1	0	47	1.09
108139--108311	48	3.6	48	85	3	224	21	26	32	19	1.97
109110--109188	31	2.5	31	87	0	122	27	7	10	54	1.61
109918--109993	25	3.1	24	75	24	70	42	3	1	52	1.28
109935--109993	22	2.5	23	86	13	77	40	5	1	52	1.33
111243--111282	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
111237--111281	10	4.5	10	94	0	63	53	0	0	46	1.00
111213--111287	8	8.8	8	79	15	53	54	2	0	42	1.14
113057--113765	54	13.1	54	82	5	593	29	18	19	33	1.95
113064--113763	268	2.6	268	86	4	885	29	18	19	33	1.95
113071--113765	108	6.4	109	83	3	716	29	18	18	33	1.95
114105--114148	22	2.0	21	86	4	61	31	25	11	31	1.91
115167--115233	35	1.9	35	84	0	89	35	19	16	28	1.93
117065--117105	20	2.0	20	85	0	55	9	9	39	41	1.71
117273--117312	16	2.5	16	100	0	80	57	22	10	10	1.61
117937--117983	11	4.0	12	77	22	55	55	19	0	25	1.43
118262--118314	26	2.0	26	100	0	106	37	18	0	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120047--120090	23	1.9	23	85	0	61	20	29	22	27	1.99
121637--121669	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
122186--122425	120	2.0	119	88	0	354	33	12	14	39	1.83
122786--122902	60	2.0	57	90	5	180	37	11	24	25	1.90
123048--123141	21	4.5	21	69	7	75	30	23	15	29	1.96
123040--123157	62	1.9	62	91	0	191	33	22	14	29	1.93
123188--123241	20	2.7	20	85	0	72	33	22	14	29	1.94
123208--123407	57	3.5	57	89	0	310	36	22	14	27	1.93
123379--123425	20	2.3	20	96	0	85	31	27	12	27	1.93
123466--123529	20	3.2	20	69	8	67	23	12	23	40	1.88
123523--123562	20	2.0	20	95	0	71	32	25	15	27	1.95
123456--123550	40	2.4	40	81	0	136	26	16	21	35	1.94
123600--123646	20	2.3	20	92	0	76	21	10	25	42	1.85
124244--124463	48	4.6	48	86	0	298	22	27	31	18	1.97
126687--126752	33	1.9	34	87	6	98	53	1	1	43	1.19
145036--145069	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
147192--147231	21	2.0	21	95	5	73	60	5	0	35	1.19
154003--154089	23	3.8	23	82	0	93	29	18	16	35	1.92
155878--155968	32	2.9	32	83	6	114	32	16	14	36	1.89
157940--157982	21	2.0	21	100	0	86	23	9	9	58	1.58
159980--160004	9	2.8	9	100	0	50	76	0	24	0	0.80
163547--163590	16	2.8	16	82	6	54	38	29	11	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164694--164834	43	3.4	42	80	3	153	39	17	15	26	1.90
164683--164834	42	3.7	41	79	9	157	38	17	15	28	1.90
166251--166298	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
166716--166788	23	3.2	23	80	7	85	39	20	4	35	1.72
166372--168716	430	5.4	431	97	0	4430	39	11	7	40	1.71
167160--167218	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
167576--167648	23	3.2	23	78	7	85	39	20	4	35	1.72
168016--168078	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
168449--168511	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
171370--171700	183	1.8	184	91	2	549	32	18	14	34	1.91

Tables:   1   2